构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物、所构建的指纹图谱及其应用制造技术

本发明专利技术公开了构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物、所构建的指纹图谱及其应用。本发明专利技术根据栾树转录组数据设计获得96对SSR引物，进一步从中筛选出差异较为稳定、多态性好的13对引物用于构建彩叶栾树品种的特异指纹图谱。本发明专利技术进一步公开了利用所筛选的SSR引物构建彩叶栾树品种指纹图谱的方法，包括：提取栾树样品DNA作为扩增模板，以所述SSR引物进行PCR扩增；将扩增产物进行毛细管电泳，根据毛细管电泳结果对彩叶栾树品种样品DNA的扩增结果形成引物字母编号加扩增条带长度数字的带型编号，获得各个品种的指纹图谱。本发明专利技术所述SSR引物对栾树属植物的品种筛选或鉴定以及优良树种的选育等方面具有重要的应用价值。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及SSR引物，尤其涉及用于构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物，本专利技术还涉及所述SSR引物在构建彩叶栾树品种指纹图谱中的应用，属于彩叶栾树品种指纹图谱的构建领域。
技术介绍
简单重复序列标记技术是针对基因组DNA中简单重复序列所设计的分子标记技术。基因组DNA中重复序列包括两种类型：分散型和串联型，其中SSR标记主要针对的是串联重复序列中的微卫星DNA，因此又被称为微卫星DNA标记。由于微卫星DNA在不同植物中存在基因组位置不同、重复次数不同、重复程度不同以及同一物种中不同基因型重复次数不同等原因，造成SSR标记具有较高的多态性，同时SSR两端序列又具有较高的保守性，因此通过设计合适的引物即可快速进行SSR分子标记多态性的检测。SSR分子标记在应用上具备多种优势，它数量丰富，覆盖了整个基因组，可以鉴别出纯合子和杂合子，重复性高，同时具备多等位基因的特性，提供遗传信息量多，又由于两端序列的保守性，在同种而不同遗传型的个体中引物具有通用性；同时它的多态性信息量也远高于其他类型的分子标记。SSR分子标记技术的应用十分广泛，其在遗传多样性、定位基因、图谱构建以及品种鉴定等方面都有着重要应用价值。随着研究者们不断的创新与完善，由SSR又衍生出了多种标记技术，其中以ISSR和EST-SSR应用最为广泛。ISSR标记技术是由加拿大学者Zietkiewicz等提出的一种新型分子标记技术，其应用SSR序列两端几个碱基作为锚定序列，对其两侧具有反向SSR排列的序列进行扩增，兼顾了SSR、RAPD等多种标记的优点，同时操作简单，成本低，因此深受广大研究者喜爱，多被应用于种质资源鉴定、指纹图谱的构建、亲属关系的研究以及辅助育种等。EST-SSR为在EST序列中开发的SSR标记技术，由于EST序列保守型较非编码系列高，因此EST-SSR相对于SSR标记来说，重复性更好，更稳定，并在药用植物、蔬菜以及水果中的应用都成功进行了实践。同样在经济作物的育种过程中，EST-SSR标记也有极高的应用价值，在小麦、水稻、棉花以及小米的遗传多样性分析以及品种鉴定筛选过程中，相应的SSR标记都发挥了重要作用。栾树属植物为落叶乔木，在分类学上共有4种，其中三种为中国乡土树种，分别为栾树(KoelreuteriapaniculataLaxm.)、台湾栾树(K.formosanaHayta.)和复羽叶栾树(K.BipinnataFranch.)。除此之外，在复羽叶栾树中还有一变种为全缘叶栾树(K.integrifoliaMerr.)，在栾树中有一芽接变种为锦叶栾。栾树是栾树属植物中最主要的代表植物，与其他三种栾树属植物相比，它不具备完全的二回羽状复叶，且在小叶上边缘上有钝锯齿，在近基部的齿则常疏离而呈深缺刻状；蒴果也与其他三种不同，呈圆锥形，顶端有渐尖的趋势。由于栾树其本身抗性强，适应性好，因此栾树在园林绿化应用中具有极其重要的作用。锦叶栾为栾树的芽接变种，其生理学特征与普通栾树类似，它的叶色特异，为金黄色，具有独特的红色的茎，红色的脉和红色的嫩梢，观赏价值较普通栾树更高，具备更好的园林树种特性。全缘叶栾树，又称黄山栾，是复羽叶栾树的一个变种，其与栾树相比，具有完整的二回羽状复叶，果实为椭圆形、阔卵形或近球形，其顶端圆或钝；与复羽叶栾树相比，差异主要体现在它的小叶通常为全缘，或一侧近顶端略有锯齿，而复羽叶栾树的小叶边缘则通常具有稍密、内弯的小锯齿。除此之外，其与复羽叶栾树具备相同的生理和外部特性，因其生长迅速、抗烟尘、可三季观景的特点，常常被栽培于庭园和行道供观赏，其木材也可制家具，种子可用作油工业的材料；同时它的根和花还具有一定的药用价值。开发关于栾树属植物的分子标记，对栾树属植物的品种鉴定筛选以及优良树种的选育均具有重要意义，将为栾树属植物领域的相关研究发挥极其重要的作用。
技术实现思路
本专利技术所要解决的第一个技术问题是提供用于构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物；本专利技术所要解决的另一个技术问题是将所述SSR引物应用于构建彩叶栾树品种指纹图谱以及应用于品种鉴定。为解决上述技术问题，本专利技术所采取的技术方案是：本专利技术首先公开了用于构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物，选自以下13对引物中的任意一对或多对：引物对1：由核苷酸序列为SEQIDNo.1所示上游引物和SEQIDNo.2所示下游引物组成；引物对2：由核苷酸序列为SEQIDNo.3所示上游引物和SEQIDNo.4所示下游引物组成；引物对3：由核苷酸序列为SEQIDNo.5所示上游引物和SEQIDNo.6所示下游引物组成；引物对4：由核苷酸序列为SEQIDNo.7所示上游引物和SEQIDNo.8所示下游引物组成；引物对5：由核苷酸序列为SEQIDNo.9所示上游引物和SEQIDNo.10所示下游引物组成；引物对6：由核苷酸序列为SEQIDNo.11所示上游引物和SEQIDNo.12所示下游引物组成；引物对7：由核苷酸序列为SEQIDNo.13所示上游引物和SEQIDNo.14所示下游引物组成；引物对8：由核苷酸序列为SEQIDNo.15所示上游引物和SEQIDNo.16所示下游引物组成；引物对9：由核苷酸序列为SEQIDNo.17所示上游引物和SEQIDNo.18所示下游引物组成；引物对10：由核苷酸序列为SEQIDNo.19所示上游引物和SEQIDNo.20所示下游引物组成；引物对11：由核苷酸序列为SEQIDNo.21所示上游引物和SEQIDNo.22所示下游引物组成；引物对12：由核苷酸序列为SEQIDNo.23所示上游引物和SEQIDNo.24所示下游引物组成；引物对13：由核苷酸序列为SEQIDNo.25所示上游引物和SEQIDNo.26所示下游引物组成。优选的，本专利技术用于构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物，包括以下7对引物：引物对2：由核苷酸序列为SEQIDNo.3所示上游引物和SEQIDNo.4所示下游引物组成；引物对3：由核苷酸序列为SEQIDNo.5所示上游引物和SEQIDNo.6所示下游引物组成；引物对4：由核苷酸序列为SEQIDNo.7所示上游引物和SEQIDNo.8所示下游引物组成；引物对6：由核苷酸序列为SEQIDNo.11所示上游引物和SEQIDNo.12所示下游引物组成；引物对8：由核苷酸序列为SEQIDNo.15所示上游引物和SEQIDNo.16所示下游引物组成；引物对9：由核苷酸序列为SEQIDNo.17所示上游引物和SEQIDNo.18所示下游引物组成；和引物对12：由核苷酸序列为SEQIDNo.23所示上游引物和SEQIDNo.24所示下游引物组成。本专利技术所述彩叶栾树品种选自锦叶栾、晋栾1号、晋栾2号或晋栾3号。本专利技术根据栾树转录组数据进行了SSR引物的设计，并根据设计引物的稳定性、渗透性、产物的大小以及前后引物的Tm值差异进行了初步筛选，获得96对引物。本专利技术利用四个样本(栾树样本B1、B2；全缘叶栾树样本B3、B4)对所设计的96对引物的退火温度及扩增效果进行了初步筛选，结果在96对引物中有92对引物扩增出明确条带，其中27对为具有差异效果的引物，在总引物中占据了28％的比例，证明本专利技术所述SSR引物具有一定的多态性。本专利技术进一步通过本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物，其特征在于，选自以下13对引物中的任意一对或多对：引物对1：由核苷酸序列为SEQ ID No.1所示上游引物和SEQ ID No.2所示下游引物组成；引物对2：由核苷酸序列为SEQ ID No.3所示上游引物和SEQ ID No.4所示下游引物组成；引物对3：由核苷酸序列为SEQ ID No.5所示上游引物和SEQ ID No.6所示下游引物组成；引物对4：由核苷酸序列为SEQ ID No.7所示上游引物和SEQ ID No.8所示下游引物组成；引物对5：由核苷酸序列为SEQ ID No.9所示上游引物和SEQ ID No.10所示下游引物组成；引物对6：由核苷酸序列为SEQ ID No.11所示上游引物和SEQ ID No.12所示下游引物组成；引物对7：由核苷酸序列为SEQ ID No.13所示上游引物和SEQ ID No.14所示下游引物组成；引物对8：由核苷酸序列为SEQ ID No.15所示上游引物和SEQ ID No.16所示下游引物组成；引物对9：由核苷酸序列为SEQ ID No.17所示上游引物和SEQ ID No.18所示下游引物组成；引物对10：由核苷酸序列为SEQ ID No.19所示上游引物和SEQ ID No.20所示下游引物组成；引物对11：由核苷酸序列为SEQ ID No.21所示上游引物和SEQ ID No.22所示下游引物组成；引物对12：由核苷酸序列为SEQ ID No.23所示上游引物和SEQ ID No.24所示下游引物组成；引物对13：由核苷酸序列为SEQ ID No.25所示上游引物和SEQ ID No.26所示下游引物组成。...

【技术特征摘要】
1.用于构建彩叶栾树品种指纹图谱的SSR引物，其特征在于，选自以下13对引物中的任意一对或多对：引物对1：由核苷酸序列为SEQIDNo.1所示上游引物和SEQIDNo.2所示下游引物组成；引物对2：由核苷酸序列为SEQIDNo.3所示上游引物和SEQIDNo.4所示下游引物组成；引物对3：由核苷酸序列为SEQIDNo.5所示上游引物和SEQIDNo.6所示下游引物组成；引物对4：由核苷酸序列为SEQIDNo.7所示上游引物和SEQIDNo.8所示下游引物组成；引物对5：由核苷酸序列为SEQIDNo.9所示上游引物和SEQIDNo.10所示下游引物组成；引物对6：由核苷酸序列为SEQIDNo.11所示上游引物和SEQIDNo.12所示下游引物组成；引物对7：由核苷酸序列为SEQIDNo.13所示上游引物和SEQIDNo.14所示下游引物组成；引物对8：由核苷酸序列为SEQIDNo.15所示上游引物和SEQIDNo.16所示下游引物组成；引物对9：由核苷酸序列为SEQIDNo.17所示上游引物和SEQIDNo.18所示下游引物组成；引物对10：由核苷酸序列为SEQIDNo.19所示上游引物和SEQIDNo.20所示下游引物组成；引物对11：由核苷酸序列为SEQIDNo.21所示上游引物和SEQIDNo.22所示下游引物组成；引物对12：由核苷酸序列为SEQIDNo.23所示上游引物和SEQIDNo.24所示下游引物组成；引物对13：由核苷酸序列为SEQIDNo.25所示上游引物和SEQIDNo.26所示下游引物组成。2.按照权利要求1所述的SSR引物，其特征在于，所述彩叶栾树品种选自锦叶栾、晋栾1号、晋栾2号或晋栾3号。3.权利要求1所述的SSR引物在彩叶栾树品种鉴定中的应用。4.权利要求1所述的SSR引物在构建彩叶栾树品种指纹图谱中的应用。5.按照3或4所述的应用，其特征在于，所述彩叶栾树品种选自锦叶栾、晋栾1号、晋栾2号或晋栾3号。6.一种彩叶栾树品种指纹图谱的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取彩叶栾树样品的DNA；(2)以提取的DNA为模板，以权利要求1所述SSR引物为扩增引物，建立PCR反应体系并进行PCR扩增；(3)将扩增产物进行毛细管电泳，根据毛细管电泳结果对彩叶栾树每个品种的样品DNA的扩增结果形成引物字母编号加扩增条带长度数字的带型编号，即得。7.按照权利要求6所述的构建方法，其特征在于，...

【专利技术属性】
技术研发人员：安新民，杨雄，高凯，陈仲，杨晓宇，饶翩，
申请(专利权)人：北京林业大学，
类型：发明
国别省市：北京;11