本发明专利技术公开了一种遗传性Usher综合征的致病突变及其检测试剂。一种用于检测遗传性Usher综合征的CEP78基因，突变位点为剪切位点的纯合突变CEP78c.1629‑2A>G。该突变能够引起正常剪切位点的消失，并导致CEP78基因所编码的Cep78蛋白结构的改变，CEP78基因是遗传性Usher综合征的一个新致病基因，c.1629‑2A>G是一个新的突变位点，可用于制备检测遗传性Usher综合征的试剂。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物医药领域，涉及一种遗传性Usher综合征的致病突变及其检测试剂。
技术介绍
Usher综合征，又称遗传性耳聋色素性视网膜炎综合征，视网膜色素变性感音神经性耳聋综合征，是一种常染色体隐性遗传性疾病。Usher综合征以先天性感音神经性聋、渐进性视网膜色素变性而致视野缩小、视力障碍为主要表现。临床上将Usher综合征主要分为以下三型：Ⅰ型为先天性重深度感音神经性聋，患者前庭反应消失，10岁左右出现视网膜色素变性；Ⅱ型为先天性中重度感音神经性聋，患者前庭反应正常，18～20岁出现视网膜色素变性；Ⅲ型为进行性感音神经性聋，前庭反应不确定，视网膜色素变性发生时间不确定。Usher综合征是临床上常见且危害较为严重的一类遗传性致聋、致盲性疾病，针对Usher综合征的遗传诊断能够辅助Usher综合征的临床诊断，也能为基因治疗提供必要的支持。Usher综合征为单基因遗传病，具有显著的遗传异质性。目前已知的遗传模式为常染色体隐性遗传，已知的致病基因有13个(www.RetNet.org)，且随着研究深入，该数目正逐年递增。然而，这些基因的突变并不能够解释全部Usher综合征患者的遗传病因，仍有40％到50％的Usher综合征患者的致病基因及突变尚未找到，提示存在未知的新致病基因有待挖掘。针对Usher综合征的分子遗传学研究必须建立在一定的分子生物学技术的基础上。研究Usher综合征致病基因的一个重要目的是进行分子诊断，鉴于其遗传异质性，寻求一种全新的Usher综合征致病基因的研究方法显得尤为迫切。高通量二代测序技术能够高效的针对大量基因的遗传信息进行捕获，具有传统技术所不可及的优势。Centrosomal protein of 78 kDa(CEP78)基因位于9号染色体，该基因含有16个外显子，其编码的Cep78蛋白是一种含有722个氨基酸的中心体蛋白，目前关于Cep78蛋白功能的研究较少，CEP78基因突变与疾病，尤其与Usher综合征间的关系国内外均未见任何报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对上述缺陷，提供一种遗传性Usher综合征的致病突变。本专利技术的另一目的是提供该致病突变的应用。本专利技术的又一目的是提供该致病突变的检测试剂。本专利技术的目的可通过如下技术方案实现：一种用于检测遗传性Usher综合征的CEP78基因，突变的CEP78基因为剪切位点纯合突变CEP78c.1629-2A>G。野生型CEP78基因在Ensemble数据库中的基因编号为：ENSG00000148019，所述的突变的CEP78基因在物理位置为80880286(human genome reference 19；hg19)的碱基由A突变为G其他部分与野生型相同。本专利技术所述的突变的CEP78基因在制备遗传性Usher综合征检测试剂或检测设备中的应用。其中所述的检测试剂优选自：引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。所述的检测设备优选包括含有检测突变的CEP78基因的基因芯片的检测平台。一种检测遗传性Usher综合征的试剂盒，所述的试剂盒包括：(a)检测CEP78基因物理位置为80880286核苷酸位点的试剂；(b)说明书；其中记载：发现CEP78基因在物理位置为80880286的碱基由A变为G的突变为遗传性Usher综合征患者的致病突变。其中，所述的试剂优选自：引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。作为本专利技术的一种优选，所述的试剂为基于深度测序为平台的基因芯片杂交探针。所述的试剂进一步优选包含如序列表中SEQ ID NO.28所示的检测80880286核苷酸位点的杂交探针chr9|80880268-80880387。作为本专利技术的另一种优选，所述的试剂为PCR检测80880286核苷酸位点的试剂。所述的PCR检测80880286核苷酸位点的试剂进一步优选包含PCR检测80880286位点的引物对，其正向引物序列为SEQ ID NO.36，反向引物序列为SEQ ID NO.37。一种以深度测序为平台筛查Usher综合征患者中CEP78基因突变的方法，包括以下步骤：(1)建立Usher综合征患者家系临床与遗传资源库，收集Usher综合征家系的临床资料及血液标本，提取基因组DNA；(2)设计SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.35所示的用于检测CEP78基因突变的杂交探针，并将其整合到基因芯片上；(3)利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序；(4)对测序结果进行优化的生物信息学分析，筛选到一个新的Usher综合征的致病突变为纯合突变CEP78 c.1629-2A>G。突变CEP78 c.1629-2A>G位于9号染色体，物理位置为80880286(hg19)的碱基由A突变为G。其中，步骤(2)所述的基因芯片优选Illumina公司生产的基因芯片。步骤(3)所述的利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序优选利用美国Illumina公司的HiSeq 2000仪器完成。步骤(3)所述的利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序优选流程为：将基因组DNA片段化，在DNA末端标记“A”并与Illumina PE接头-寡核苷酸混合物相连接；连接产物经PCR富集，获得DNA文库，并将DNA文库与已知致病基因捕获芯片杂交、洗脱、纯化，获得编码序列；创建配对末端，在Illumina HiSeq 2000平台上对目标序列进行测序。有益效果1.Usher综合征是常见的、严重的遗传性致聋、致盲疾病，在我国发病率较高，严重危害了国民健康。挖掘Usher综合征的新致病突变和新致病基因有利于进一步探索Usher综合征的分子遗传学病因，是充分利用我国的眼科遗传病资源，造福Usher综合征患者的现实需要，是后基因组时代最重要的研究方向之一。本专利旨在探索Usher综合征的遗传学病因，从而帮助了解发病机制、辅助临床诊断、产前诊断和转基因治疗。2.目前并没有研究指出CEP78基因突变与Usher综合征间的关系，因此，针对CEP78基因与Usher综合征的相关研究显得尤为必要。本专利选择CEP78基因作为Usher综合征的候选基因，是由申请人在多年从事临床医疗、遗传学研究的基础上所筛选出的，通过本专利技术方法进一步明确了CEP78基因与Usher综合征的关系。3.一个基因可以对应多个不同的转录本，且不同转录本所编码的RNA及蛋白有所不同。本专利中申请人根据长期从事遗传学研究的经验，筛选出CEP78基因的最优转录本，并根据不同的转录本设计相应的探针，从而使筛查效益达到最高，最终获得Usher综合征的致病突变CEP78 c.1629-2A>G。4.Usher综合征具有一定的遗传异质性，目前已知的致病基因有13个，但仍存在未知的致病基因。本专利技术提供了新的致病基因的致病位点，为该疾病的诊断提供了新的分子生物学基础。附图说明图1 家系图图2 患者双眼眼底荧光血管造影检查结果图3 患者双眼光学相干断层成像检查结果图4 CEP78基因突变序列测序图谱具体实施方式实施例1对一个近亲结婚Usher综合征家系的CEP78基因突变进行检测。实验方法：1.该家系临床资源的采集及遗传资源库的建立：收集该家系患者的临床资料及血液样本本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种用于检测遗传性Usher综合征的突变的CEP78基因，其特征在于突变的CEP78基因为剪切位点纯合突变CEP78c.1629‑2A>G。
【技术特征摘要】
1.一种用于检测遗传性Usher综合征的突变的CEP78基因，其特征在于突变的CEP78基因为剪切位点纯合突变CEP78c.1629-2A>G。2.根据权利要求1所述的突变的CEP78基因，其特征在于野生型CEP78基因在Ensemble数据库中的基因编号为：ENSG00000148019，所述的突变的CEP78基因在物理位置为80880286的碱基由A突变为G，其他部分与野生型相同。3.权利要求1所述的突变的CEP78基因在制备遗传性Usher综合征检测试剂或检测设备中的应用。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于所述的检测试剂选自：引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。5.根据权利要求3所述的应用，其特征在于所述的检测设备优选包括含有检测突变的CEP78基因的基因芯片的检测平台。6.一种检测遗传性Usher综合征的试剂盒，其特征在于...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵晨，陈雪，计江东，盛迅伦，孙仙桃，
申请(专利权)人：赵晨，
类型：发明
国别省市：江苏;32
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。