一种鸡保种群个体选配优化的方法技术

本发明专利技术公开了一种鸡保种群个体选配优化的方法，提取鸡保种群留种公、母鸡个体血液DNA，通过简化基因组测序技术进行测序，并与GenBank数据库参考鸡种进行序列比对，找到存在于不同个体上的SNP位点。通过这些SNP位点的等位基因频率和基因型频率计算出个体自身近交系数和个体间亲缘关系系数，根据统计量的值优化个体选配，避开近交系数过高个体及家系内亲缘关系系数过高交配组合，从而达到降低保种群近交水平和维持遗传多样性总量稳态的目的。通过本发明专利技术，能有效解决鸡品种资源保护过程中存在的依靠系谱信息无法进行个体精细选配的难题，能有效降低保种群近交水平，进而达到维持遗传多样性稳态，提高保种效果和保种效率的目的。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术公开了一种鸡保种群个体选配优化的方法，属于保护遗传学、分子生物学领域。
技术介绍
科学地保护好我国地方鸡品种资源所承载的遗传多样性，对我国乃至世界家禽产业可持续发展意义重大。目前，地方鸡品种资源主要由各级保种场、基因库采用小规模家系保种群进行保护，活体保存是最主要的保护方式。针对有限规模保种群，世代延续过程中，近交和遗传漂变会导致遗传多样性丢失。未来资源保护的发展趋势，是以最小的群体规模来最大限度地维持一个品种的遗传多样性稳态。因此，保种过程中必需对保种群的个体选配制度实施管理。传统的个体选配方法依靠系谱记录，即继代繁殖时根据系谱信息避开全同胞或半同胞个体，以避免近交水平的过快增加。然而，研究发现这种方法的效果并不理想，常难以实施，因为保种过程中系谱记录不完整或有错误现象普遍存在。更为关键的是，在保种群组建之初，基础群个体自身的近交系数及个体间的亲缘关系是未知的，尤其是针对那些濒危资源群体；基础群个体最初(0世代家系)人为的随机交配组合会不同程度地降低该群体的现实遗传多样性总量，而且随着世代数的增加，这种损失会愈发严重。这显然限制了系谱信息管理方式的使用。因此，有必要提供本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鸡保种群个体选配优化的方法，其特征是，包括以下步骤：(1)保种群留种公、母鸡个体血液采集；使用医用一次性注射器采集保种群或基础群留种公、母鸡翅静脉全血0.5～1.0ml，采集后迅速注入含有2μL 0.5mol/L Na2 EDTA抗凝剂的无酶管中，然后将无酶管置于4℃环境下保存备用；(2)保种群留种公、母鸡个体血液DNA提取和质量检测；常温下吸出无酶管中保存备用的保种群留种公、母鸡个体血液0.2～0.3ml，采用常规动物外周血苯‑酚抽提法提取个体血液DNA；琼脂糖凝胶电泳分析DNA完整度，分光光度计检测DNA的纯度；(3)文库构建和简化基因组测序；①提取后质检合格的基因组DNA 500ng...

【技术特征摘要】
1.一种鸡保种群个体选配优化的方法，其特征是，包括以下步骤：(1)保种群留种公、母鸡个体血液采集；使用医用一次性注射器采集保种群或基础群留种公、母鸡翅静脉全血0.5～1.0ml，采集后迅速注入含有2μL 0.5mol/L Na2 EDTA抗凝剂的无酶管中，然后将无酶管置于4℃环境下保存备用；(2)保种群留种公、母鸡个体血液DNA提取和质量检测；常温下吸出无酶管中保存备用的保种群留种公、母鸡个体血液0.2～0.3ml，采用常规动物外周血苯-酚抽提法提取个体血液DNA；琼脂糖凝胶电泳分析DNA完整度，分光光度计检测DNA的纯度；(3)文库构建和简化基因组测序；①提取后质检合格的基因组DNA 500ng，加入0.6U EcoRI、T4 DNA连接酶、ATP和EcoRI接头在37℃下反应3小时，65℃退火1小时，然后加限制性内切酶NlaIII和NlaIII接头在37℃下反应3小时，反应结束后在65℃PCR仪中放置30分钟失活内切酶；②使用琼脂糖凝胶电泳对连接产物进行片段选择，选择400-600bp回收酶切产物；③使用Qubit3.0对回收产物进行DNA定量，等量混合样品；④使用Illumina TruSeq试剂盒对混合产物进行DNA文库构建；(4)原始序列数据统计和过滤测序得到的原始序列含有带接头的、低质量的reads，为了保证信息分析质量，对raw reads过滤，得到clean reads用于后续分析；数据过滤的步骤如下：①去除带接头的paired-end reads；②当单端测序read中含有的N的含量超过该条read长...

【专利技术属性】
技术研发人员：韩威，朱云芬，李国辉，王洪志，张会永，盛中伟，殷建玫，邹剑敏，王克华，苏一军，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：江苏;32