一种与西瓜果肉硬度相关的分子标记Hf2-Indel及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与西瓜果肉硬度相关的分子标记Hf2‑Indel及其应用。本发明专利技术基于97103全基因组序列及PI296341‑FR重测序信息，根据插入缺失位点设计标记，通过利用野生硬瓤西瓜PI296341‑FR与栽培西瓜97103杂交后的重组自交系后代定位群体对西瓜硬肉基因进行精细定位，开发的紧密连锁的分子标记Hf2‑Indel。通过实验证明：本发明专利技术的分子标记Hf2‑Indel可以进行西瓜果肉硬度品种的初期筛选，达到分子辅助育种的目的。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物
，具体涉及一种与西瓜果肉硬度相关的分子标记Hf2-Indel及其应用。
技术介绍
西瓜(Citrullus lanatus)属于葫芦科重要作物，占世界蔬菜作物面积的7％，全球年产量约为90,000,000吨(http://faostat.fao.org)。我国西瓜产销量位于世界第一，是我国具有国际竞争力和较大经济增长空间的重要园艺作物。随着西瓜全基因组序列的发布，如何挖掘重要功能基因，提高西瓜果实品质是分子育种工作的关键。如何寻找控制西瓜重要性状的关键基因，是目前西瓜分子生物学研究的首要内容。西瓜果肉硬度是重要的商品性状。目前市场青睐果肉较硬的西瓜品种，此类品种果实耐储运，并便于果实切片及拼盘；而大部分传统栽培品种果肉松脆。如何有效培育硬肉西瓜品种是目前西瓜育种工作的热点。利用分子标记辅助育种可以大大缩短育种周期，提高育种效率，而确定西瓜果实硬度控制基因的位置，开发稳定可用的分子标记是这项工作的前提。目前国内外对西瓜果实硬度基因的相关研究较少，尚未能对硬度基因进行精确定位。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是提供一种检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质的新用途。本专利技术提供了检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质在如下(1)-(6)中至少一种中的应用：(1)鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度；(2)制备鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的产品；(3)鉴定或辅助鉴定待测西瓜为非硬肉西瓜品种还是硬肉西瓜品种；(4)制备鉴定或辅助鉴定待测西瓜为非硬肉西瓜品种还是硬肉西瓜品种的产品；(5)选育非硬肉西瓜品种；(6)选育硬肉西瓜品种。上述应用中，所述检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质为PCR扩增含有所述DNA片段甲或所述DNA片段乙的引物。上述应用中，所述引物为如下1)或2)：1)由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对A；2)由序列A所示的单链DNA分子和序列B所示的单链DNA分子组成的引物对B；所述序列A为将序列1删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列1具有相同功能的核苷酸；所述序列B为将序列2删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列2具有相同功能的核苷酸。本专利技术的另一个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的方法。本专利技术提供的鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的方法是检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙，若待测西瓜含有DNA片段甲且不含有DNA片段乙，则待测西瓜为或候选为非硬肉西瓜品种；若待测西瓜含有DNA片段乙且不含有DNA片段甲，则待测西瓜为或候选为硬肉西瓜品种。上述方法中，所述检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的方法为如下X1)或X2)：X1)直接测序西瓜个体的基因组DNA；X2)测序含有DNA片段甲或DNA片段乙的PCR扩增产物；所述PCR扩增产物所用的引物为如下1)或2)：1)由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对A；2)由序列A所示的单链DNA分子和序列B所示的单链DNA分子组成的引物对B；所述序列A为将序列1删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列1具有相同功能的核苷酸；所述序列B为将序列2删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列2具有相同功能的核苷酸。本专利技术还有一个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的产品。本专利技术提供的鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的产品为检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质。上述产品中，所述检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质为如下Y1)或Y2)或Y3)或Y4)：Y1)由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对A；Y2)由序列A所示的单链DNA分子和序列B所示的单链DNA分子组成的引物对B；所述序列A为将序列1删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列1具有相同功能的核苷酸；所述序列B为将序列2删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列2具有相同功能的核苷酸；Y3)含有Y1)所述引物对A或Y2)所述引物对B的PCR试剂；Y4)含有Y1)所述引物对A或Y2)所述引物对B或Y3)所述PCR试剂的试剂盒。上述DNA片段甲或上述DNA片段乙也属于本专利技术的保护范围。本专利技术的最后一个目的是提供一种选育非硬肉西瓜品种的方法或一种选育硬肉西瓜品种的方法。本专利技术提供的选育非硬肉西瓜品种的方法是选育含有DNA片段甲且不含有DNA片段乙的西瓜；本专利技术提供的选育硬肉西瓜品种的方法是选育含有DNA片段乙且不含有DNA片段甲的西瓜。上述应用或上述方法或上述产品中，所述DNA片段甲的核苷酸序列为序列表中的序列3；所述DNA片段乙的核苷酸序列为序列表中的序列4；所述非硬肉西瓜为果肉硬度值小于12.5Kg/cm2的西瓜；所述硬肉西瓜为果肉硬度值大于或等于12.5Kg/cm2的西瓜。上述应用或上述方法或上述产品中，所述果肉硬度值是采用手持硬度计(KMH-51,KIYA SEISAKUSHD，LTD.)对待测西瓜的果实中心瓤进行检测，得到的数值。本专利技术基于97103全基因组序列及PI296341-FR重测序信息，根据插入缺失位点(InDel，Insertion/Deletion)设计标记，通过利用野生硬瓤西瓜PI296341-FR与栽培西瓜97103杂交后的重组自交系后代定位群体对西瓜硬肉(Hard flesh，Hf)基因进行精细定位，开发的紧密连锁的分子标记Hf2-Indel。通过实验证明：本专利技术的分子标记Hf2-Indel可以进行西瓜果肉硬度品种的初期筛选，达到分子辅助育种的目的。附图说明图1为果实硬度基因QTL定位结果图。图2为实施例1中引物对Hf2-Indel F和Hf2-Indel R对父本(硬肉)、母本(非硬肉)及F1代，21份重测序群体及部分RILs群体的PCR扩增反应条带的电泳图。其中，97为亲本97103的简写，PI为亲本PI296341FR的简写，F1为亲本杂交后的第1代。图3为实施例1中Hf2-Indel F和Hf2-Indel R对自然群体的PCR扩增反应条带的电泳图。其中，97为亲本97103的简写，PI为亲本PI296341FR的简写，F1为亲本杂交后的第1代。具体实施方式下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。实施例1、西瓜果肉硬度相关的分子标记Hf2-Indel的获得一、供试材料供试材料包括父本、母本、F1代、RILs群体；父本为：PI296341-FR，为典型野生类型西瓜材料，果实硬度高，含糖量低；母本为：97103，为典型的东亚类型西瓜栽培品种，果肉脆易裂，含糖量高；F1代为：以上述PI296341-FR父本，97103为母本进行杂交获取的F1代；RILs群体为：上述F1代自交多代获得的RILs群体，共103株(详见表1)；21份重测序群体为：经过检验的西瓜核心种质资源(详见表2)；上述各个供试材料均为北京市农林科学院蔬菜研究中心种质资源库保存的种质资源材料。表1、西瓜RILs材料及其单株果肉硬度鉴定结果(标记检测A为非硬肉本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质在如下(1)‑(6)中至少一种中的应用：(1)鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度；(2)制备鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的产品；(3)鉴定或辅助鉴定待测西瓜为非硬肉西瓜品种还是硬肉西瓜品种；(4)制备鉴定或辅助鉴定待测西瓜为非硬肉西瓜品种还是硬肉西瓜品种的产品；(5)选育非硬肉西瓜品种；(6)选育硬肉西瓜品种。

【技术特征摘要】
1.检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质在如下(1)-(6)中至少一种中的应用：(1)鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度；(2)制备鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的产品；(3)鉴定或辅助鉴定待测西瓜为非硬肉西瓜品种还是硬肉西瓜品种；(4)制备鉴定或辅助鉴定待测西瓜为非硬肉西瓜品种还是硬肉西瓜品种的产品；(5)选育非硬肉西瓜品种；(6)选育硬肉西瓜品种。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的物质为PCR扩增含有所述DNA片段甲或所述DNA片段乙的引物。3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：所述引物为如下1)或2)：1)由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对A；2)由序列A所示的单链DNA分子和序列B所示的单链DNA分子组成的引物对B；所述序列A为将序列1删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列1具有相同功能的核苷酸；所述序列B为将序列2删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列2具有相同功能的核苷酸。4.一种鉴定或辅助鉴定待测西瓜果肉硬度的方法，是检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙，若待测西瓜含有DNA片段甲且不含有DNA片段乙，则待测西瓜为或候选为非硬肉西瓜品种；若待测西瓜含有DNA片段乙且不含有DNA片段甲，则待测西瓜为或候选为硬肉西瓜品种。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述检测待测西瓜含有DNA片段甲还是DNA片段乙的方法为如下X1)或X2)：X1)直接测序西瓜个体的基因组DNA；X2)测序含有DNA片段甲或DNA片段乙的PCR扩增产物；所述PCR扩增产物所用的引物为如下1)或2)：1)由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对A；2)由...

【专利技术属性】
技术研发人员：许勇，张洁，张海英，宫国义，郭绍贵，任毅，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，京研益农北京种业科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11