本发明专利技术提供一种用于检测萱草属(Hemerocallis L.)植物遗传多态性的引物组，属于分子生物学领域。所述引物组选自由34对引物对构成的群组：所述34对引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.1至SEQ ID No.68所示。上述引物组还可用于萱草属植物遗传群体结构的鉴定。采用本发明专利技术所提供的引物组和鉴定方法，可在萱草属植物的任一生长阶段采样，并进行遗传分类鉴定，具有周期短、限制少、准确性高等优点。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学领域，具体涉及一种用于鉴定萱草属植物遗传群体结构的引物组、试剂盒及方法。
技术介绍
黄花菜(Hemerocalliscitrina)又名金针菜,俗名金针花,为百合科多年生草本植物,原产于中国南部及日本,其根、叶、茎、花在东亚地区作为食品和传统的药品已有几千年的历史。黄花菜鲜甜味美,荤素兼优,在中国医学3000多年的食疗历史中,黄花菜被列为常用食疗食品之一。中医认为黄花菜具有平肝养血、消肿利尿、抗菌消炎、止血、镇痛、通乳、健胃和安神的功能,能治疗肝炎、黄疽、大便下血、感冒、痢疾、尿路感染、头晕、耳鸣、心悸、腰痛、水肿、缺乳、关节肿痛等多种病症。黄花菜营养丰富,含有糖类、蛋白质、维生素、无机盐及多种人体必需的氨基酸。黄花菜属高蛋白、低热值、富含维生素及矿物质的蔬菜。在现代生活中,黄花菜与香菇、木耳、冬笋一起被称为蔬菜类中的四大珍品。选育优质黄花菜品种，可使性状更稳定，增加产量，营养更丰富,富含花粉、糖类、蛋白质、氨基酸、Ca、P、Fe等矿物质,胡萝卜素、硫胺素、核黄素等维生素类；抗逆行增强,对病虫害有极强的抵御能力,既耐旱又耐涝、既耐肥又耐瘠薄、耐盐碱,不需特殊管理,能在路边、沟边及荒地生长,其野生性很强，综合品质优良等特点。现有
中，分子标记的种类大概包括：RFLP、RAPD、AFLP、SNP、SSR。EST(Expressed Sequence Tags)即表达序列标签，指从c DNA文库中随机挑取单克隆测序所获得的序列片段。序列长度一般约为60-500bp，由于cDNA的5’端或3’端的有限序列可特异性地代表一个基因，故称为“表达序列标签”。表达序列标签(EST)作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记(如RAPD、SSR、AFLP等)相比，更有可能突破家系与种的限制。因此，EST标记在亲缘关系较远的物种间具有更重要的意义。EST技术的基本原理是：基因表达遵从中心法则，即遗传信息由DNA序列经转录、剪接后到m RNA分子，m RNA分子由5’-UTR(5’-untranslated region，5’非编码区)、编码区(Coding sequence，简称CDS，为最大的开放阅读框ORF)、3’-UTR(3’region，3’非编码区)和poly A四部分组成。任何一个基因的5’-UTR和3’-UTR都是特定的，即每条cDNA的5’或3’的部分序列可特异性地代表某个基因在生物体中的表达情况。由于所测定的cDNA来源于mRNA，因此，每个EST均代表了所采样品特定发育时期和生理状态下的基因组DNA中一个表达基因的部分转录序列。由此可以表明，EST的数目可以反映某个基因的表达情况，一个基因的拷贝数越多，其表达越丰富，测定的相应EST序列就越多，从而通过对生物体EST分析可以获得生物体内基因的表达种类和丰度。Craig Venter为EST技术的发展做出了不懈努力，而自动化测序技术将EST技术从结构基因组学扩展到功能基因组学。然而目前，在黄花菜中开发出一种有效的EST-SSR分子标记引物，用于检测萱草属植物的遗传多态性及遗传结构，在本领域仍属空白。
技术实现思路
本专利技术基于本领域的上述空白，提供了一种基于黄花菜材料EST-SSR分子标记的引物组，它们可用于检测不同萱草属植物间的遗传多态性及遗传结构。本专利技术的技术方案如下：用于检测萱草属(Hemerocallis L.)植物遗传多态性的引物组，其特征在于，所述引物组选自由下述引物对构成的群组：sau00003F/sau00003R；sau00006F/sau00006R；sau00008F/sau00008R；sau00009F/sau00009R；sau00010F/sau00010R；sau00029F/sau00029R；sau00042F/sau00042R；sau00045F/sau00045R；sau00047F/sau00047R；sau00048F/sau00048R；sau00052F/sau00052R；sau00055F/sau00055R；sau00063F/sau00063R；sau00080F/sau00080R；sau00095F/sau00095R；sau00102F/sau00102R；sau00104F/sau00104R；sau00109F/sau00109R；sau00120F/sau00120R；sau00121F/sau00121R；sau00124F/sau00124R；sau00132F/sau00132R；sau00135F/sau00135R；sau00137F/sau00137R；sau00138F/sau00138R；sau00141F/sau00141R；sau00143F/sau00143R；sau00144F/sau00144R；sau00150F/sau00150R；sau00160F/sau00160R；sau00164F/sau00164R；sau00171F/sau00171R；sau00172F/sau00172R；sau00180F/sau00180R；上述引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.1至SEQ ID No.68所示。用于鉴定萱草属植物遗传群体结构的试剂盒，其特征在于，包括所述的引物组。所述试剂盒还包括用于PCR反应和/或电泳的常规试剂。用于鉴定萱草属植物遗传群体结构的方法，其特征在于，采用所述的引物组或所述的试剂盒进行如下步骤：(1)采用所述引物组中的每对引物对分别对待鉴定萱草属植物材料群体中的每个材料的基因组DNA进行PCR扩增；(2)凝胶电泳检测所述PCR扩增的产物；(3)根据STRUCTURE软件要求的格式对上述电泳条带进行统计；(4)将上述统计结果输入STRUCTURE软件进行分析，得出似然值LnP(D)达到最大值时或ΔK达到最大值时对应的K值，即为确定所述待鉴定萱草属植物材料群体所包含的遗传群体数目；所述ΔK计算公式如下：ΔK＝m[|L(K+1)-2L(K)+L(K-1)|]/s|L(K)|上述公式中，L(k)为每个K的对数值，s为标准差，m为平均值。所述PCR扩增的反应体系为：0.2μL/μL的所述基因组DNA做为扩增模板，2×Taq PCR MasterMix0.3μL/μL，0.5μmol/L的所述引物对，其余为双蒸水。所述PCR扩增的反应程序为：94℃，3min；以94℃45s，68～58℃1min，72℃1min为1个循环，6个循环；以94℃30s，58～50℃1min，72℃1min为1个循环，9个循环；以94℃30s，50℃30s，72℃1min为1个循环，20个循环；72℃5min；4℃保存。所述电泳指，采用8％非变性聚丙烯酰胺凝胶，于180V恒功率电压下，电泳分离150～180分钟，然后银染显色。所述STRUCTURE软件要求的格式指，每个材料对应的条带大小依次编号记录，相同大小的条带记为同一编号。所述方法在鉴定萱草属植物材料所属遗传群体中的用途，特征在于：将多种已知遗传群本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于检测萱草属(Hemerocallis L.)植物遗传多态性的引物组，其特征在于，所述引物组选自由下述引物对构成的群组：sau00003F/sau00003R；sau00006F/sau00006R；sau00008F/sau00008R；sau00009F/sau00009R；sau00010F/sau00010R；sau00029F/sau00029R；sau00042F/sau00042R；sau00045F/sau00045R；sau00047F/sau00047R；sau00048F/sau00048R；sau00052F/sau00052R；sau00055F/sau00055R；sau00063F/sau00063R；sau00080F/sau00080R；sau00095F/sau00095R；sau00102F/sau00102R；sau00104F/sau00104R；sau00109F/sau00109R；sau00120F/sau00120R；sau00121F/sau00121R；sau00124F/sau00124R；sau00132F/sau00132R；sau00135F/sau00135R；sau00137F/sau00137R；sau00138F/sau00138R；sau00141F/sau00141R；sau00143F/sau00143R；sau00144F/sau00144R；sau00150F/sau00150R；sau00160F/sau00160R；sau00164F/sau00164R；sau00171F/sau00171R；sau00172F/sau00172R；和/或sau00180F/sau00180R；上述引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.1至SEQ ID No.68所示。...
【技术特征摘要】
1.用于检测萱草属(Hemerocallis L.)植物遗传多态性的引物组，其特征在于，所述引物组选自由下述引物对构成的群组：sau00003F/sau00003R；sau00006F/sau00006R；sau00008F/sau00008R；sau00009F/sau00009R；sau00010F/sau00010R；sau00029F/sau00029R；sau00042F/sau00042R；sau00045F/sau00045R；sau00047F/sau00047R；sau00048F/sau00048R；sau00052F/sau00052R；sau00055F/sau00055R；sau00063F/sau00063R；sau00080F/sau00080R；sau00095F/sau00095R；sau00102F/sau00102R；sau00104F/sau00104R；sau00109F/sau00109R；sau00120F/sau00120R；sau00121F/sau00121R；sau00124F/sau00124R；sau00132F/sau00132R；sau00135F/sau00135R；sau00137F/sau00137R；sau00138F/sau00138R；sau00141F/sau00141R；sau00143F/sau00143R；sau00144F/sau00144R；sau00150F/sau00150R；sau00160F/sau00160R；sau00164F/sau00164R；sau00171F/sau00171R；sau00172F/sau00172R；和/或sau00180F/sau00180R；上述引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.1至SEQ ID No.68所示。2.用于鉴定萱草属植物遗传群体结构的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的引物组。3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，还包括用于PCR反应和/或电泳的常规试剂。4.用于鉴定...
【专利技术属性】
技术研发人员：李森，史青青，陈志峰，侯非凡，冀芳芳，张宁，王金耀，亢秀萍，邢国明，
申请(专利权)人：山西农业大学，
类型：发明
国别省市：山西;14
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