本发明专利技术公开了用于鉴定桃果实表皮着色性状的单核苷酸多态性标记位点、引物、试剂盒及应用。所述的单核苷酸多态性标记位点是桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸，该核苷酸为T或G。本发明专利技术以桃基因组第3染色体的第3473250bp作为核苷酸多态性标记位点，能够用于鉴定或辅助鉴定桃果实表皮着色性状，在鉴定桃果实表皮着色性状时具有较高的准确率。本发明专利技术对15个杂交群体共221份待测桃单株进行SNPs准确率的验证，结果表明，本发明专利技术在进行杂交群体的表型性状预测时，针对显性表型准确率较高，与最近报道的其他研究相比，从8.06％提升至61.29％。这说明，利用本发明专利技术的单核苷酸标记位点进行检测具有简单、快速、成本低的优点，能够实现生产中大规模的应用。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及用于鉴定桃果实表皮着色(红)性状的单核苷酸多态性标记位点、引物、试剂盒及应用，属于生物
技术介绍
选择是育种中最重要的环节之一，它是指在一个群体中选择符合要求的基因型，来进行后续的培育。但在传统育种中，由于很难获知后代的基因型，因此选择的依据通常是表现型而非基因型，这种选择方法对质量性状而言一般是有效的，但对数量性状来说，因为其表现型与基因型之间缺乏明确的对应关系，因而效率不高。此外，对于以果实性状为目标的果树来说，这些性状都有其特定的表现时期，通常需要度过3-5年甚至更长时间的童期，因而选择的时间较晚。这对于那些植株高大、占地多、生长季长的作物，特别是果树之类的园艺作物，显然是非常不利的。近20年来迅速发展起来的基于DNA的分子标记技术，即“分子标记辅助选择”(marker-assisted selection，缩写为MAS)给育种提供了崭新的途径。它通过分析与目的基因紧密连锁的分子标记的基因型来进行育种，从而达到提高育种效率的目的。Yamamoto(2001)利用AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism，扩增片段长度多态性)、RAPD(random amplified polymorphic DNA，随机扩增多态性DNA)、SSR(Simple Sequence Repeats，简单重复序列)和RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性内切酶片段长度多态性)标记，将果皮颜色定位第6连锁群，与之连锁距离最近(3.7cM)的SSR标记为UDP96-015。由于进行分子标记辅助选择有两个重要的前提，首先是必须得到与目标性状紧密连锁的标记，即建立目标基因与分子标记的连锁关系。其次是检测的自动化，由于分子标记辅助选择要求对育种群体进行大规模检测，因而要求检测的方法要简单、快速、成本低、比较准确，以实现检测过程(包括DNA的提取、分子标记的检测、数据分析等)的自动化。但是，可以发现在过去很长一段时间内采用的分子标记，如RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性内切酶片段长度多态性)、RAPD(random amplified polymorphic DNA，随机扩增多态性DNA)、AFLP和SSR等通常需要酶切或PCR后用电泳检测分型结果，很难实现这一点。SNPs标记(single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它在基因组上分布广泛，数量众多，因此很容易检测到相对于RFLP、RAPD、AFLP、SSR标记更连锁的标记，且在检测时具有高
通量、简单、快速、高灵敏度的优点，是进行分子标记辅助育种中最具潜力的标记。近年来，Frett等人(2014)利用SNPs芯片构建了包含1335个SNPs的连锁图谱，在第3染色体鉴定到红皮性状的主效QTL(Blush.Pp.ZC-3.1)，最连锁的标记为SNP_IGA_341962(Chr3：12836182bp)。Tuan等人(2015)通过对桃果皮花色素合成关键基因PpMYB10测序，发现其等位基因间存在3个SNP，通过比较这3个SNPs的分型，发现Chr3(第3染色体)：12877863bp在预测果皮颜色时具有较高的准确率。然而，现有的与桃果实表皮着色性状连锁的SSR标记距离目标基因定位距离较远，在杂交后代的早期鉴定中准确率较低；而现有的与目标性状连锁的SNPs标记多来自芯片鉴定的结果，由于芯片位点较少(少于9000个)，因此不能保证鉴定出的SNPs是与目标性状最关联或连锁的位点。
技术实现思路
为了解决上述问题，本专利技术的目的是提供用于鉴定桃果实表皮着色性状的单核苷酸多态性标记位点、引物、试剂盒及应用，该标记位点在鉴定桃果实表皮着色性状时具有较高的准确率。为了实现上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：用于鉴定桃果实表皮着色性状的单核苷酸多态性标记位点，所述的单核苷酸多态性标记位点是桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸，该核苷酸为T或G。用于鉴定桃果实表皮着色性状的PCR扩增引物对，所述引物对中的上游引物是根据桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸及其上游序列进行设计，所述引物对中的下游引物是根据第3染色体的第3473250位核苷酸的下游序列进行设计。所述引物对由如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的两条单链DNA分子组成。用于鉴定桃果实表皮着色性状的单碱基延伸引物，所述单碱基延伸引物为如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列。用于鉴定桃果实表皮着色性状的试剂盒，所述的试剂盒包括所述的PCR扩增引物对和所述的单碱基延伸引物。桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸的单核苷酸多态性在鉴定或辅助鉴定桃果实表皮着色性状中的应用。一种单核苷酸多态性标记位点在桃果实表皮着色性状分子标记辅助选择育种方面的应用。所述的单核苷酸多态性标记位点在鉴定或辅助鉴定桃果实表皮着色性状中的应用。一种试剂盒在桃果实表皮着色性状分子标记辅助选择育种方面的应用。一种利用单核苷酸多态性标记位点鉴定桃果实表皮着色性状的方法，包括以下步骤：(1)PCR扩增：以待测桃的基因组DNA为模板，用PCR扩增引物对进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；(2)SAP反应：配制SAP反应体系，加入步骤(1)PCR扩增反应后的反应体系中，除去PCR扩增反应中未反应的dNTP；(3)单碱基延伸反应：配制单碱基延伸反应体系，加入步骤(2)SAP反应后的反应体系中；(4)基因分型：将完成单碱基延伸反应的产物进行树脂脱盐处理，点在芯片上，由芯片扫描仪扫描，检测分析，根据不同产物的分子量大小进行基因分型。本专利技术筛选得到桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸位核苷酸多态性标记位点，能够用于鉴定或辅助鉴定桃果实表皮着色(红)性状，在鉴定桃果实表皮着色(红)性状时具有较高的准确率。本专利技术针对桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸多态性的特性，设计了特定的PCR引物扩增对和单碱基延伸引物，将完成单碱基延伸反应的的产物进行树脂脱盐处理，点在芯片上，由芯片扫描仪扫描，进行MALDI-TOF质谱检测，Typer4.0软件分析实验数据，根据不同产物的分子量大小获得其基因分型结果。本专利技术对15个杂交群体共221份待测桃单株进行SNPs准确率的验证，结果表明，本专利技术对显性表型(果皮50％以下着红色)中具有较高的准确率，可达61％以上。这说明，利用本专利技术的单核苷酸标记位点进行检测具有简单、快速、成本低的优点，能够实现生产中大规模的应用。具体实施方式以下结合实施例对本专利技术的具体实施方式作进一步详细说明。实施例1 SNPs标记位点的获得本专利技术以从中国农业科学院郑州果树研究所桃种质资源圃随机获得的129份桃种质为样品，采用常规CTAB法提取样品DNA，并通过Illumina HiSeq 2000测序仪对129份桃种质进行重测序，得到121Gb数据，平均覆盖桃基因组89.28％，平均本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于鉴定桃果实表皮着色性状的单核苷酸多态性标记位点，其特征在于，所述的单核苷酸多态性标记位点是桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸，该核苷酸为T或G。
【技术特征摘要】
1.用于鉴定桃果实表皮着色性状的单核苷酸多态性标记位点，其特征在于，所述的单核苷酸多态性标记位点是桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸，该核苷酸为T或G。2.用于鉴定桃果实表皮着色性状的PCR扩增引物对，其特征在于，所述引物对中的上游引物是根据桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸及其上游序列进行设计，所述引物对中的下游引物是根据第3染色体的第3473250位核苷酸的下游序列进行设计。3.根据权利要求1所述的用于鉴定桃果实表皮着色性状的PCR扩增引物对，其特征在于，所述引物对由如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的两条单链DNA分子组成。4.用于鉴定桃果实表皮着色性状的单碱基延伸引物，其特征在于，所述单碱基延伸引物为如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列。5.用于鉴定桃果实表皮着色性状的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒包括权利要求2或3所述的PCR扩增引物对和权利要求4所述的单碱基延伸引物。6.桃基因组第3染色体的第3473250位核苷酸的单...
【专利技术属性】
技术研发人员：曹珂，王力荣，朱更瑞，方伟超，陈昌文，王新卫，王琪，
申请(专利权)人：中国农业科学院郑州果树研究所，
类型：发明
国别省市：河南;41
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