一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法技术

本发明专利技术公开了一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，包括以下步骤：(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；(5)根据获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；(6)利用所得的分子标记引物，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的分子标记，获得分子标记。该方法提高分子标记开发的效率，且开发的SSR分子标记能高效应用于遗传学、增殖放流评估等方面的研究。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学及生物信息学领域，具体涉及一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法。
技术介绍
分子标记是以检测生物个体在遗传物质内核苷酸序列变异所产生的差异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。分子标记在不同发育阶段的生物个体、不同组织中均一致，并且分子标记的数量越多，多态性越高，遗传就越稳定，不会受到环境的影响。与传统的几种遗传标记相比较，DNA分子标记具有很多优点。随着分子生物学的迅猛发展，DNA分子标记已有数十种，广泛应用于遗传育种、物种亲缘关系的鉴定，群体遗传多样性分析，物种增值放流评估等方面。根据分子标记的发展，可以将其分为三代，第一代以RFLP、AFLP和RAPD为代表；RFLP和AFLP的等位基因具有共显性特点，但其实验操作较繁锁，检测周期长，成本费用高；RAPD具有技术简单，检测速度快，但其不能鉴别纯合子和杂合子，实验的稳定性和重复性较差；第二代以SSR标记和ISSR为代表，它们以重复序列的重复次数为标记，其特点是易本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，包括以下步骤：(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，检测出SNP、Indel变异信息以及SSR位点，并根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；(5)根据步骤(4)获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；(6)...

【技术特征摘要】
1.一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，包括
以下步骤：
(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；
(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；
(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；
(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，检测出SNP、Indel变异信息以及
SSR位点，并根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性
SSR位点；
(5)根据步骤(4)获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定
清晰条带，作为待验证分子标记引物；
(6)利用步骤(5)所得的分子标记引物，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的
分子标记，获得分子标记。
2.根据权利要求1所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，
其特征是，所述步骤(1)采用MagenDNA提取试剂盒提取待开发样品的DNA，进行RAD-seq测
序。
3.根据权利要求1或2所述基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方...

【专利技术属性】
技术研发人员：张殿昌，朱克诚，刘田田，江世贵，张楠，郭华阳，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院南海水产研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44