DNA条形码制备方法及草莓疫霉红心病菌DNA条形码技术

本申请公开了一种DNA条形码制备方法及草莓疫霉红心病菌DNA条形码。本申请的制备方法，包括用高通量测序技术对靶标菌株基因组DNA进行测序，并对测序结果进行生物信息学分析，采用系统进化树分析基因组DNA中各基因片段进化关系，获得靶标菌株与同属菌株的相似度大于或等于95％、小于100％，片段不大于1000bp的单拷贝基因片段，对单拷贝基因片段进行遗传距离分析，能真实反映亲缘关系的即靶标菌株DNA条形码。本申请的制备方法，利用高通量测序技术对基因组DNA进行全面分析，并用系统进化树和遗传距离分析，获得DNA条形码；为DNA条形码制备提供了一种简单、有效途径；获得的DNA条形码能最有效表征靶标菌株。

【技术实现步骤摘要】
201610137584

【技术保护点】
一种DNA条形码的制备方法，其特征在于：包括采用高通量测序技术对靶标菌株的基因组DNA进行测序，并对测序结果进行生物信息学分析，然后采用系统进化树分析基因组DNA中各个基因片段的进化关系，获得靶标菌株与同属其它菌株的相似度大于或等于95％、而小于100％，并且片段不大于1000bp的单拷贝基因片段，对所述单拷贝基因片段进行遗传距离分析，其中能够真实反映亲缘关系的单拷贝基因片段即所述靶标菌株的DNA条形码。

【技术特征摘要】
1.一种DNA条形码的制备方法，其特征在于：包括采用高通量测序技术对
靶标菌株的基因组DNA进行测序，并对测序结果进行生物信息学分析，然后采
用系统进化树分析基因组DNA中各个基因片段的进化关系，获得靶标菌株与同
属其它菌株的相似度大于或等于95％、而小于100％，并且片段不大于1000bp
的单拷贝基因片段，对所述单拷贝基因片段进行遗传距离分析，其中能够真实
反映亲缘关系的单拷贝基因片段即所述靶标菌株的DNA条形码。
2.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于：所述生物信息学分析包括
基因组拼接和基因注释。
3.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于：所述系统进化树分析采用
Mega5.0软件进行。
4.根据权利要求1-3任一项所述的制备方法，其特征在于：所述遗传距离分
析包括，以其它种属的菌株作为外群，采用靶标菌株以及靶标菌株同属其它菌
株的单拷贝基因片段进行系统进化关系分析，具体的，按照最大似然法...

【专利技术属性】
技术研发人员：高瑞芳，章桂明，程颖慧，汪莹，王颖，
申请(专利权)人：深圳出入境检验检疫局动植物检验检疫技术中心，
类型：发明
国别省市：广东;44