本发明专利技术公开了用于甘薯块根淀粉含量性状标记的SSR标记引物及其应用和方法，其中甘薯块根淀粉含量性状相关的SSR标记引物有32对，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.64所示，该引物在淀粉含量不同的甘薯品种可检测出不同的特异条带，因此能够用于甘薯块根淀粉含量性状标记，在甘薯遗传育种中具有重要意义。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物
，具体设及用于甘馨块根淀粉含量性状预测的SSR标记。
技术介绍
传统的育种主要依赖于植株的表现型选择，但环境条件、基因间互作、基因型与环 境互作等多种因素会影响表型选择效率。而分子标记辅助选择(MAS)不受环境和育种世代 的影响，可W进行程序化早代选择和预测。所W利用分子标记尤其基因的功能标记进行关 键基因型的辅助选择，可显著提高目标性状的准确性，大大缩短农作物育种年限和提高育 种效率。 甘馨是重要的粮食、饲料和工业加工原料。目前中国甘馨种植面积约670万hm2,年 产量约1亿吨居世界首位。作为加工淀粉和燃料乙醇的重要原料，甘馨块根淀粉含量与产量 对甘馨食用、加工和产业化都具有极其重要的影响。选育具有特殊块根淀粉含量，尤其是高 块根淀粉含量的甘馨品种也成为甘馨育种的重要目标。由于甘馨是六倍体作物，缺乏基因 组信息，目前对其块根淀粉含量性状的调控机理仍不清楚，其分子育种进展缓慢。且其开花 结实率低、杂交不亲和的特性也阻碍了其传统育种的快速发展。选育具有高淀粉含量的甘 馨品种往往需要经过大规模种植杂交株系并进行筛选，或经过多年的田间试验。因此，寻求 一种与其块根淀粉含量相关的功能标记，将其应用于甘馨育种早代选择，可W大大缩小甘 馨优秀品种的选育范围，缩短育种周期，将为利用分子手段选育特殊块根淀粉甘馨新品种 提供支撑。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供用于甘馨块根淀粉含量性状标记的SS財示记引 物;本专利技术的目的之二在于提供用于甘馨块根淀粉含量性状标记的SS財示记引物在区分甘 馨块根淀粉含量中的应用;本专利技术的目的之Ξ在于提供利用所述的SS財示记引物标记甘馨 块根淀粉含量性状的方法。 为实现上述专利技术目的，本专利技术提供如下技术方案： 1、用于甘馨块根淀粉含量性状标记的SSR标记引物，所述SSR标记引物的核巧酸序 列如沈Q ID NO. 1~沈Q ID NO.64所示。 2、所述用于甘馨块根淀粉含量性状标记的SS財示记引物在区分甘馨块根淀粉含量 中的应用。 (1)提取甘馨待检甘馨基因组DNA;(2似步骤（1)提取的甘馨基因组0酷为模板，如569 10^.1~沈9 10^.64所示 序列为引物进行PCR扩增，然后进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳的多态性条带标记甘馨块根 的淀粉含量性状。 优选的，所述PCR扩增条件为94°C预变性5min; 95°C变性45s，退火溫度55°C进行 45s，72°C条件下延伸Imin，循环35次;然后72°C条件下延伸1 Omin，低溫4°C保存。 本专利技术的有益效果在于:本专利技术提供了用于甘馨块根淀粉含量性状标记的SS财示 记引物及其应用和方法，SSR标记引物从214对SSR引物中筛选获得32对在不同淀粉含量的 甘馨块茎中表现出多态性的引物，因此能够用于甘馨块根淀粉含量性状标记，在甘馨遗传 育种中具有重要意义。【附图说明】 为了使本专利技术的目的、技术方案和有益效果更加清楚，本专利技术提供如下附图： 图1为STRUCTURE群体结构分析的K值确定。[001引图2为ST抓CTURE群体结构分析。 图3为利用特异性引物扩增出的6个不同品种的甘馨的电泳结果图；每个图中最左 泳道为分子标记物，其后6条扩增条带分别为：1为D01414的扩增条带，2为渝馨33的扩增条 带，3为徐馨22的扩增条带，4为S1-5的扩增条带，5为潮馨1号的扩增条带，6为商丘52-7的扩 增条带。6个甘馨品种在2011-2013年间田间测定平均块根淀粉含量(范围）分别为:26.161 ±0.673% (>25% ),23.623±2,539% (20-25% ),17.961 ±1.211 % (15-20% ) ,11.989± 1.091%(10-15%)，10.201±0.085(约为10%)和5.587±1.568%(<10%)。【具体实施方式】 下面将结合附图，对本专利技术的优选实施例进行详细的描述。实施例中未注明具体 条件的实验方法，通常按照常规条件，例如分子克隆实验指南(第Ξ版，J.萨姆布鲁克等著） 中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。 -、关联群体构建及块根淀粉含量性状测定 根据多年考察性状和遗传多样性特点选取239个甘馨品种作为甘馨种质资源材 料，构建关联群体。每个甘馨品种各选取5个单株，在收获期每个品种随机选取5个块根去皮 切下，每个块根称取50g左右，重复3次，记录数据，分别于80°C烘干至恒重。采用常规烘干 法，计算每个甘馨品种的烘干率=干重/鲜重X 100%，淀粉率（％ ) = 0.86945 X烘干率一 6.34587%。结果表明239份甘馨种质资源材料的块根淀粉含量在4.476%与31.899%之间， 在各个淀粉含量范围内的株系分布较为平均，可用于块根淀粉含量性状的关联分析。 二、关联群体SSR多态性分析 先从NCB巧日甘馨转录组数据库获得RNA-seq，mRNA及EST序列；利用生物信息学工 具对序列进行处理、从头组装和拼接成11]11肖日]1日，并对11]11肖日]1日进行551?位点捜索获取651'- SSR;然后设计EST-SSR引物；扩增甘馨基因组DNA对EST-SSR进行验证，利用验证的EST-SSR 分子标记在馨葫种质中进行遗传多样性分析的应用。 EST-SSR进行验证方法如下：取作为种质资源的239个甘馨品种的幼嫩叶片，采用 CTAB法提取其基因组DNA。用1 %琼脂糖凝胶电泳检测纯度与浓度。采用化no化op 2000微量 紫外-可见分光光度计(Thermo Fisher scientific,USA)测定DNA的质量、纯度和浓度。 W提取的基因组DNA为模板，EST-SSR引物进行PCR扩增，PCR反应的体系为1 OyL，内 含浓度为15ngAiL模板DNA 1化，dNTP为0.36化，Taq酶0.抓，0当前第1页1 2 本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于甘薯块根淀粉含量性状标记的SSR标记引物，其特征在于：所述SSR标记引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.64所示。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：张凯，吴正丹，唐道彬，吕长文，罗凯，赵勇，刘勋，王季春，黄远新，
申请(专利权)人：西南大学，
类型：发明
国别省市：重庆;85
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