本发明专利技术公开了一种预测他汀类药物疗效和安全性的基因突变检测芯片，包括固相基片和点载在承载基片上的基因探针阵列，所述基因探针是与他汀类药物疗效和安全性相关基因突变位点互补的寡核苷酸序列。每个突变位点设计有野生型和突变型两种探针，设计探针长度为18-22bp。利用本发明专利技术的芯片，只需病人1ml血液，便能够再3-4h内迅速得到结果，并配合专用软件，向临床医生提供明确的建议。采用这一新的检测芯片，医生可以在患者服药前对用药方案进行调整，大大减少了病人不必要的痛苦与经济负担。并且，采用基因芯片技术，可以同时检测多个变异位点，一次判断患者用药的疗效和安全性，检测结果可以终生指导其治疗。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学
，涉及一种预测他汀类药物疗效和安全性相关基 因突变检测芯片。
技术介绍
他汀类药物是一种羟甲戊二酰辅酶A (HMG-CoA)还原酶抑制剂，广泛用于心血管 疾病的降脂治疗。具有调脂作用强、耐受性好等优点。但是，他汀类药物无论是在控制血脂 水平还是不良反应方面，不同个体之间存在着显著差异。当他汀类药物与贝特类降脂药合 用时可造成个别患者的横纹肌溶解而导致死亡。目前，临床上对他汀类药效和安全性的评 估主要还是依靠经验，即在患者服药后再进行评估。因此，找出这些差异以及改变目前传统 的用药方案，不但可以安全有效的用药，而且具有极大的经济学价值。 生物芯片是通过缩微技术，根据分子间特异性相互作用的原理，将生命科学领域 中不连续的分析过程集成于硅芯片或玻璃芯片表面的微型生物化学分析系统，以实现对细 胞、蛋白质、基因及其它生物组分的准确、快速、大信息量的检测。 目前用于突变检测的大多是序列特异性探针杂交法（SSOP)基因芯片技术，该种 技术利用寡核苷酸基因芯片的高通量和高度并行性的特点，对发生突变的众多基因设计序 列特异性的寡核苷酸探针，将这些探针固定于同一张基片上，将待测的包含突变位点的基 因片段进行体外扩增后与芯片杂交，根据杂交的信号判断突变位点的基因型。这种方法的 基本原理是与基因特定序列互补的一段序列特异性寡核苷酸探针对基因序列的特异性识 另Ij。当探针的序列与基因序列完全匹配时所形成的杂交体热稳定性高于含有错配碱基的杂 交体，据此通过控制杂交温度和其他杂交条件可以使完全匹配的杂交体与含有错配碱基的 杂交体区分开来，从而达到基因分型的目的。
技术实现思路
本专利技术旨在为服用他汀类药物的患者中进行疗效和安全性个体化差异的预测。 为了达到上述目的，本专利技术提供的技术方案为： -种预测他汀类药物疗效和安全性相关的基因突变检测芯片，包括固相基片和 点载在固相基片上的基因探针阵列；所述基因探针是与他汀类药物疗效和安全性相关 的寡核苷酸序列；所述药物疗效和安全相关的基因突变位点是CYP3A4*lG(rs2242480)、 CYP3A5*3C(rs776746)、CYP3APl*3(rs2177180)和 SLC01Bl*5(rs4149056)。所述 CYP3A4、 CYP3A5、CYP3AP1 和 SLC01B1 的序列如 SEQ ID NO. 1-4 所示。 其中，所述基因探针包括野生型基因探针和突变型基因探针，基因探针长度为 18-22bp,所述基因探针包括： CYP3A4*lGrs2242480 野生型探针 5 ' -tggtacatggagaaggagg-3 ' (SEQ ID NO. 5) CYP3A4*lGrs2242480 突变型探针 5 ' -cctccttctccatgtatcatcc-3 ' (SEQ ID NO. 6) CYP3A5*3Crs776746 野生型探针 5 ' -agtatctcttccctgtttg-3 ' (SEQ ID NO. 7) CYP3A5^3Crs7767A6 突变型探针 5 ' -ccaaacagggaagagatattga-3 ' (SEQ ID NO. 8) CYP3APl*3rs2177180 野生型探针 5 ' -cagccccgcctccttctc-3 ' (SEQID NO. 9) CYP3APl*3rs2177180 突变型探针 5 ' -ctggagaaggaggtggggctgc-3 ' (SEQ ID NO. 10) SLC01Bl*5rs4149056 野生型探针 5 ' -gcatattacccatgaacac-3' (SEQ ID NO. 11) SLC01Bl*5rs4149056 突变型探针 5 ' -gcgttcatgggtaatatgc-3 ' (SEQ ID NO. 12) 所述基因探针还包括： 阳性参照探针：5' -atatgcttcgtggaatagggga-3' （SEQ ID NO. 13) 阴性参照探针：5' -gagcatgcctttattgtaaccc-3' （SEQ ID NO. 14) 所述固相基片可采用硅片、玻璃片、塑料片、尼龙膜等固相介质中的一种或他们的 任意组合。 为提1?探针与基片结合的效率和检测灵敏度，所述探针和基片可作进一步修饰和 包被。如其基片表面处理方式可为多聚赖氨酸包被、琼脂糖包被、氨基或醛基化修饰。 本专利技术的芯片包括承载基片和在基片上呈阵列式分布的多种基因探针，基因探针 含有预测他汀类药物疗效和安全性相关基因突变位点的互补寡核苷酸序列。目前的研究结 果显示这些突变位点在人群中的发生频率较高，且对他汀类药物反应有明显影响。此外，出 于芯片质量控制的要求，芯片上基因探针可设置阳性和阴性参照探针。每个位点设计野生 型和突变型两种探针，其长度为18-22bp。 本专利技术的芯片制造方法是：根据所需检测的基因位点附近的碱基序列，每个突变 位点设计野生型和突变型两种探针，并设置阳性和阴性参照探针，设计长度范围18_22bp， 使用DNA序列合成仪合成探针，用点样装置将探针按一定的间距点在基片上，点样面积可 根据探针数量、探针间距、点的大小等因素进行调整，点样后将芯片按探针与基片结合方式 的不同，采取适当的方法进行固化。然后立即使用或贮存于4°C备用。 本专利技术芯片的使用方法 (1)采样 从病人身上采血Iml ; (2)样本处理 使用基因组DNA抽提试剂盒提取DNA ; 以下涉及到荧光标记引物及其产物的操作步骤均在避光条件下（有红灯的暗室 内）进行； (3) PCR反应扩增 使用基因突变位点特异性引物通过PCR反应对DNA标本扩增，使用荧光物质或同 位素对引物进行标记； (4)杂交 取PCR产物混合液，加阳性参照溶液及预热的杂交液，混匀，变性3min后置冰上， 全部转移到芯片的点样区域（对照点样矩阵定位芯片），加盖玻片（注意不要有气泡）；杂 交舱里加几滴水，以保持湿度；将芯片放入杂交舱，密封杂交舱，然后放进恒温箱或水浴保 温Ih ; (5)洗片 打开杂交舱，取出芯片，用洗脱液冲掉盖玻片，然后把芯片放入洗脱液中，室温 (25°C ±10°C )放置5min，用灭菌双蒸水冲洗二遍，室温下干燥； (6)读片 推荐使用ScanArray4000扫描仪在60-85扫描强度下扫描； (7)结果分析 采用人工判读或使用配套软件分析。根据基因型分析结果判断他汀类药物的疗效 和安全性。 利用本专利技术的芯片，只需病人Iml血液，便能够再3_4h内迅速得到结果，并配合专 用软件，向临床医生提供明确的建议。采用这一新的检测芯片，医生可以在患者服药前对用 药方案进行调整，大大减少了病人不必要的痛苦与经济负担。并且，采用基因芯片技术，可 以同时检测多个变异位点，一次判断患者用药的疗效和安全性，检测结果可以终生指导其 治疗。 本专利技术采用生物芯片技术检测与他汀类药物疗效和安全性相关的基因突变位点， 提前预测药物的疗效和毒性，辅助临床医师制定个体化用药方案，使患者治疗利益最大化。【附图说明】 图1为本专利技术所述芯片整体结构示意图； 图2为本专利技术所述基因探针阵列示意图。 图注如下：1.承载基片2点样区本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种预测他汀类药物疗效和安全性的基因突变检测芯片，包括固相基片和点载在承载基片上的基因探针阵列，其特征在于：所述基因探针是与他汀类药物疗效和安全性相关的寡核苷酸序列；所述药物疗效和安全相关的基因突变位点是CYP3A4*1G(rs2242480)、CYP3A5*3C(rs776746)、CYP3AP1*3(rs2177180)和SLCO1B1*5(rs4149056)。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：张莉蓉，
申请(专利权)人：郑州大学，
类型：发明
国别省市：河南;41
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