用于诊断甲状腺肿瘤的组合物和方法技术

本发明专利技术提供了用于确定生物样本中的甲状腺癌的诊断测定法，包括细针抽吸，以及可用于实施本发明专利技术方法的相关组合物和试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于诊断甲状腺肿瘤的组合物和方法相关申请的交叉引用本申请要求于2012年11月27日递交的美国临时专利申请系列第61/730,391号和于2013年3月8日递交的美国临时专利申请系列第61/775,419号的优先权。这些申请通过引用整体并入本文。序列表与本申请相关的序列表以文本格式代替纸件提供，并通过引用并入说明书中。包含序列表的文本文件的名称为BMRC_001_02WO_ST25.txt。该文本文件约57KB，于2013年11月26日生成，并通过EFS-Web电子递交。专利技术背景
本专利技术涉及用于诊断甲状腺癌以及评估甲状腺结节以确定其是否为良性或癌性的组合物和方法。相关领域的描述在美国每年进行约350,000份甲状腺结节的细针抽吸(FNA)活组织检查，其中有20％被报道为不确定结节是否为癌性的。在大多数情况下，这些患者因癌症风险接受了手术，其范围仅为15％至30％。这意味着大多数患者不需要手术去除甲状腺。考虑到与甲状腺手术相关的急性和长期风险，以及对患者和医疗体系的成本，急切需要能够提高甲状腺FNA活组织检查的诊断准确度的工具。最近，已有新的检验投入了美国市场，其在不同程度上改善了甲状腺结节的不确定诊断。这些检验包括甲状腺FNA分析检验(Veracyte,SouthSanFrancisco,CA)，其为基于167种基因的基因表达分类器测定法。然而，检验在仅约50％的情况下正确改变手术实施。其他两种检验包括QuestDiagnostics和Asuragen开发的那些，其基于美国甲状腺协会接受的已知生物标志物的突变分析。然而，缺少充足的临床试验验证。不幸的是，检验需要分析大量的生物标志物，所有检验必须在中心实验室进行，因而需要运送用于分析的样本。另外，必须进行第二次FNA以获得足够的样本来进行这些测定。显然，本领域需要改善用于评估甲状腺结节和诊断甲状腺癌的方法和组合物。本专利技术通过提供用于新且简化的诊断方法而满足了这一需求并提供了其他优势，所述诊断方法用于评估已报导为通过细针抽吸(FNA)活组织检查为不确定的甲状腺结节。专利技术概述本专利技术提供了用于确定样本中有或无恶性或良性组织的组合物、方法和试剂盒，所述样本如甲状腺组织或甲状腺结节样本。在某些实施方案中，本专利技术提供了诊断个体的甲状腺癌的方法，其包括：确定获自所述个体的甲状腺组织样本中的三种或更多种基因产物的表达水平，其中所述三种或更多种基因产物由表1中列出的一种或多种基因表达，并且其中所述基因产物中的至少一种由CXCR3、CCR3、CXCL10、CAR、XB130、HO-1或CCR7基因表达；以及通过将所确定的表达水平与甲状腺组织样本中有或无甲状腺癌相关联而鉴定所述甲状腺组织样本为癌性或良性的。在不同的实施方案中，将所述方法用于确定所述组织样本是否为癌性或良性的，例如，用于确定所述个体是否患有癌症，例如甲状腺癌。在本专利技术方法的某些实施方案中，所述关联步骤通过将所述三种或更多种基因产物的表达水平与所述基因产物中的每种的正常对照表达水平相比较而进行，其中如果所述三种或更多种基因产物的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述正常对照表达水平之间存在差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。在相关的实施方案中，如果四种或更多种基因产物的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述正常对照表达水平之间存在差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。在某些实施方案中，所述正常对照表达水平为正常甲状腺组织样本中的表达水平，然而在某些实施方案中，所述正常对照表达水平为基于多个正常甲状腺组织样本中的表达水平的预定值。在本专利技术方法的某些实施方案中，相比正常对照表达水平，如果甲状腺组织样本中CXCR3、CXCL11、SPAG-9、CAR、Nectin-1(粘连蛋白-1)、XB-130和/或CXCL4基因中的任何一种或多种的表达水平降低；和/或CXCR3A、CXCR3B、CXCR4、CCR3、CXCL9、CXCL10、CK-19、TIMP-1、CLDN-1和/或CCR7基因中的任何一种或多种的表达水平增加，则将所述甲状腺组织样本鉴定为良性或癌性的，其中具有增加或降低表达的基因总数目至少为3种。在本专利技术方法的某些实施方案中，所述关联步骤通过将所述三种或更多种基因产物的表达水平与每一种基因产物的癌症对照表达水平相比较而进行，其中如果所述三种或更多种基因产物的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述癌症对照表达水平之间基本上没有差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。在特定实施方案中，如果四种或更多种基因产物的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述癌症对照表达水平之间基本上没有差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。在某些实施方案中，所述癌症对照表达水平为癌性甲状腺组织样本中的表达水平。在特定实施方案中，所述癌症对照表达水平为基于多个癌性甲状腺组织样本中的表达水平的预定值。在本专利技术方法的某些实施方案中，所述关联步骤包括比较所述表达水平与在以下两组生物样本中确定的所述三种或更多种基因产物的基因表达数据：(i)多个正常甲状腺组织样本；和(ii)多个癌性甲状腺组织样本，其中如果所述三种或更多种基因产物的表达水平在所述甲状腺组织样本与(i)中所述基因表达数据之间存在差异，或者如果所述一种或多种基因产物的基因表达水平在所述甲状腺组织样本与(ii)中所述基因表达数据之间基本上没有差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。在本专利技术方法的特定实施方案中，所述关联步骤使用鉴定不典型CT值和/或非不典型CT值的分类器进行。在某些实施方案中，所述分类器使用从多个正常甲状腺组织样本和/或癌性甲状腺组织样本确定的所述三种或更多种基因产物的基因表达数据生成。在本专利技术方法的特定实施方案中，所述甲状腺组织样本通过针抽吸、细针抽吸、芯针吸活组织检查、真空辅助的活组织检查、大芯针吸活组织检查、切开活组织检查、切除活组织检查或钻取活组织检查来获取。在本专利技术方法的不同实施方案中，所述基因产物为RNA，例如mRNA、rRNA、tRNA或miRNA。在某些实施方案中，所述RNA表达水平使用微阵列、SAGE、印迹、RT-PCR、定量PCR或qNPA来确定。在本专利技术的不同实施方案中，所述基因产物为蛋白。在某些实施方案中，所述蛋白基因表达使用ELISA、质谱分析、印迹、蛋白质组技术或免疫组化来确定。在本专利技术的方法、组合物和试剂盒的不同实施方案中，所述三种或更多种基因产物包含以下或由以下组成：CXCR3、CCR3、CXCL10、CK19、TIMP-1、CLDN-1、CAR、XB130、HO-1和CCR7基因中的三种或更多种基因产物；CXCR3、CCR3、CXCL10、CK19、TIMP-1、CLDN-1、CAR、HO-1和CCR7基因的基因产物；CCR3、TIMP-1、CAR和XB130基因的基因产物；CXCL10、TIMP-1、CAR和CCR7基因的基因产物；TIMP-1、CAR和CCR7基因的基因产物；或者CXCL10、TIMP-1、CLDN-1和CCR7基因的基因产物。在与任何这些基因组相关的方法、组合物和试剂盒的特定实施方案中，CXCR3、CXCL11、SPAG-9、CAR、Nectin-1、XB-130和/或CXCL4基因的表达水平降本文档来自技高网...

【技术保护点】
诊断个体的甲状腺癌的方法，其包括：(a)确定获自所述个体的甲状腺组织样本的三种或更多种基因产物的表达水平，其中所述三种或更多种基因产物由表1中列出的一种或多种基因表达，并且其中所述基因产物中的至少一种由CXCR3、CCR3、CXCL10、CAR、XB130、HO‑1或CCR7基因表达；以及(b)通过将(a)中确定的表达水平与所述甲状腺组织样本中有或无甲状腺癌相关联来鉴定所述甲状腺组织样本为癌性或良性的。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2012.11.27 US 61/730,391;2013.03.08 US 61/775,4191.试剂在制备用于诊断个体的甲状腺癌的试剂盒中的用途，其中所述试剂确定获自所述个体的甲状腺组织样本的不同基因产物的表达水平，其中所述基因产物由以下组成：由CXCR3、CCR3、CXCL10、CK-19、TIMP-1、CLDN-1、CAR、HO-1、XB130和CCR7基因表达的基因产物，并且通过将所确定的表达水平与所述甲状腺组织样本中有或无甲状腺癌相关联来鉴定所述甲状腺组织样本为癌性或良性的。2.如权利要求1所述的用途，其中通过将所述基因产物的表达水平与每一种基因产物的正常对照表达水平相比较来进行所述的关联，其中如果所述基因产物的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述正常对照表达水平之间存在差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。3.如权利要求2所述的用途，其中如果所述基因产物中的四种或更多种的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述正常对照表达水平之间存在差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。4.如权利要求2所述的用途，其中所述正常对照表达水平为正常甲状腺组织样本中的表达水平。5.如权利要求2所述的用途，其中所述正常对照表达水平为基于多个正常甲状腺组织样本中的表达水平的预定值。6.如权利要求2所述的用途，其中如果相比所述正常对照表达水平，所述甲状腺组织样本中的CXCR3、XB130和/或CAR基因中的任何一种或多种的表达水平降低；和/或CCR3、CXCL10、CK-19、TIMP-1、CLDN-1、HO-1和/或CCR7基因中的任一种或多种的表达水平增加，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的，其中具有增加或降低表达的基因总数目至少为3种。7.如权利要求1所述的用途，其中通过将所述基因产物的表达水平与每一种基因产物的癌症对照表达水平相比较来进行所述的关联，其中如果所述基因产物中的三种或更多种的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述癌症对照表达水平之间基本上没有差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。8.如权利要求7所述的用途，其中如果所述基因产物中的四种或更多种的表达水平在所述甲状腺组织样本与所述癌症对照表达水平之间基本上没有差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。9.如权利要求7所述的用途，其中所述癌症对照表达水平为癌性甲状腺组织样本中的表达水平。10.如权利要求7所述的用途，其中所述癌症对照表达水平为基于多个癌性甲状腺组织样本中的表达水平的预定值。11.如权利要求1所述的用途，其中所述的关联包括将所述表达水平与在以下两组生物样本中确定的所述基因产物的基因表达数据相比较：(i)多个正常甲状腺组织样本；和(ii)多个癌性甲状腺组织样本，其中如果所述基因产物中的三种或更多种的表达水平在所述甲状腺组织样本与(i)中所述的基因表达数据之间存在差异，或者如果所述所述基因产物中的一种或多种的基因表达水平在所述甲状腺组织样本与(ii)中所述的基因表达数据之间基本上没有差异，则将所述甲状腺组织样本鉴定为癌性的。12.如权利要求1至11中任一项所述的用途，其中使用鉴定不典型CT值和/或非不典型CT值的分类器进行所述的关联。13.如权利要求12所述的用途，其中所述分类器使用从多个正常甲状腺组织样本和/或癌性甲状腺组织样本确定的所述基因产物的基因表达数据来生成。14.如权利要求1至11中任一项所述的用途，其中所述基因产物为RNA。15.如权利要求14所述的用途，其中所述RNA为mRNA。16.如权利要求14所述的用途，其中所述RNA表达水平使用微阵列、SAGE、印迹、RT-PCR、定量PCR、分子条形码技术、TRAC、PCR阵列、多重qPCR或qNPA来确定。17.如权利要求1至11中任一项所述的用途，其中所述基因产物为蛋白。18.如权利要求17所述的用途，其中所述蛋白基因表达使用ELISA、质谱分析、印迹、蛋白质组技术或免疫组化来确定。19.如权利要求1至11中任一项所述的用途，其还包括以下步骤：在利用所述试剂盒确定获自所述个体的甲状腺组织样本的不同基因产物的表达水平之前对获自所述个体的甲状腺组织样本进行细...

【专利技术属性】
技术研发人员：埃尔南·埃乌杰尼奥·冈萨雷斯迪亚兹，瑟吉奥·瓦尔加斯塞拉斯，约瑟·罗德里戈·沃尔德马尔·马丁内斯索利斯，
申请(专利权)人：智利天主教教皇大学，
类型：发明
国别省市：智利;CL