本发明专利技术公开了用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合，其包括如SEQ ID NO：1～29所示的核苷酸序列。本发明专利技术还公开一种用于鲤鱼种质鉴定的方法，包括：步骤一、获取待鉴定种质鲤鱼的基因组DNA和已知种质候选亲本鲤鱼的基因组DNA；步骤二、利用微流体系统检测待鉴定种质鲤鱼的基因组DNA和候选亲本的基因组DNA，获得每条鲤鱼的多个SNP标记位点的基因型；以及，步骤三、根据孟德尔遗传规律分析每条鲤鱼的多个SNP标记位点的基因型的结果，判断出待鉴定种质鲤鱼与已知种质候选亲本鲤鱼中的哪条鲤鱼有亲缘关系，以确定待鉴定种质鲤鱼的种质。本发明专利技术还公开了SNP标记组合在鲤鱼种质鉴定中的用途。本发明专利技术分型准确、效率高。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及鲤鱼种质鉴定领域，特别涉及用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合，也 特别涉及一种用于鲤鱼种质鉴定的方法，同时也特别涉及SNP标记组合用于鲤鱼种质鉴定 中的用途。
技术介绍
目前，应用于鲤鱼种质鉴定的分子标记主要是微卫星。利用微卫星对基因组DNA 进行分型的一般思路为，PCR扩增和电泳检测，然后根据片段大小分离等位基因进行分析； 扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳，该方法费 时费力效率低；目前较为先进的是荧光标记毛细管电泳，该方法虽然效率高，但成本也比较 高。微卫星分型的主要不足之处体现在，使用同一引物进行重复扩增时，较难得到稳定一致 的条带，严重影响分型的准确性，这极大限制了微卫星分型技术的广泛推广。由此可见，当 前的微卫星分型技术存在操作繁琐，效率较低等缺点。尤其是微卫星标记数量有限，在一定 程度上限制了其在种质鉴定中的应用。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是解决至少上述问题和/或缺陷，并提供至少后面将说明的优 点。 本专利技术还有一个目的是提供用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合，本专利技术提供的 SNP标记是从不同品系的鲤鱼中开发得到的全新的SNP标记，且能够利用该SNP标记组合中 的不同的标记组合来进行鲤鱼的种质鉴定。 本专利技术的再一个目的是一种用于鲤鱼种质鉴定的方法，本专利技术通过微流体系统利 用SNP标记组合进行鲤鱼的种质鉴定，扩增时条带稳定一致，提高了分型的准确性，并且操 作简便、效率高，以解决利用微卫星分型时较难得到稳定一致的条带的问题及操作繁琐，效 率较低等缺点。 本专利技术的又一个目的是SNP标记组合用于鲤鱼种质鉴定中的用途，本专利技术的SNP 标记数量多，能够通过几组数量不同的SNP标记形成几组不同的组合广泛深入地用于鲤鱼 种质鉴定。 为此，本专利技术提供的技术方案为： 用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合，所述SNP标记组合包括：碱基序列如SEQ ID NO :1~29所示的核苷酸序列。 优选的是，所述的用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合中，所述SNP标记组合还包 括：碱基序列如SEQ ID NO :30~37所示的核苷酸序列。 优选的是，所述的用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合中，所述SNP标记组合还包 括：碱基序列如SEQ ID NO :38~44所示的核苷酸序列。 优选的是，所述的用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合中，所述SNP标记组合还包 括：碱基序列如SEQ ID NO :44~48所示的核苷酸序列。 一种用于鲤鱼种质鉴定的方法，包括如下步骤： 步骤一、获取待鉴定种质鲤鱼的基因组DNA和已知种质候选亲本鲤鱼的基因组 DNA ;之后进入步骤二， 步骤二、利用微流体系统检测待鉴定种质鲤鱼的基因组DNA和候选亲本的基因组 DNA，获得每条鲤鱼的多个SNP标记位点的基因型，其中，所述多个SNP标记位点包括碱基序 列如SEQ ID NO :1~29所示的核苷酸序列，在微流体系统检测中，利用特定的探针序列组 一一对应检测所述多个SNP标记位点的基因型，每组探针序列组均由等位基因1特异探针、 等位基因2特异探针、和位点特异探针组成，检测时，等位基因1特异探针、等位基因2特异 探针分别和位点特异探针各自组成一对引物，以用于分别检测SNP位点处两个等位基因的 基因型，SEQ ID NO :1~29所示的核苷酸序列对应的探针序列组的碱基序列依次各自分别 为如SEQ ID NO :49~135所示的核苷酸序列；以及，之后进入步骤三， 步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析步骤二中得到的每条鲤鱼 的多个SNP标记位点的基因型的结果，判断出待鉴定种质鲤鱼与已知种质候选亲本鲤鱼中 的哪条鲤鱼有亲缘关系，以确定待鉴定种质鲤鱼的种质。 优选的是，所述的用于鲤鱼种质鉴定的方法中，所述步骤二中，所述多个SNP标记 位点还包括：碱基序列如SEQ ID NO :30~37所示的核苷酸序列，用于检测所述如SEQ ID NO :30~37所示的核苷酸序列的基因型的对应的探针序列组的碱基序列依次各自分别为 如SEQ ID NO : 136~159所示的核苷酸序列。 优选的是，所述的用于鲤鱼种质鉴定的方法中，所述步骤二中，所述多个SNP标记 位点还包括：碱基序列如SEQ ID NO :38~44所示的核苷酸序列，用于检测所述如SEQ ID NO :38~44所示的核苷酸序列的基因型的对应的探针序列组的碱基序列依次各自分别为 如SEQ ID NO : 160~180所示的核苷酸序列。 优选的是，所述的用于鲤鱼种质鉴定的方法中，所述步骤二中，所述多个SNP标记 位点还包括：碱基序列如SEQ ID NO :44~48所示的核苷酸序列，用于检测所述如SEQ ID NO :44~48所示的核苷酸序列的基因型的对应的探针序列组的碱基序列依次各自分别为 如SEQ ID NO : 181~192所示的核苷酸序列。 优选的是，所述的用于鲤鱼种质鉴定的方法中，所述步骤一中，所述基因组DNA从 该鲤鱼的鳍条、肌肉、或血液得到。 所述的SNP标记组合用于鲤鱼种质鉴定中的用途。 本专利技术至少包括以下有益效果： 本专利技术获得鲤鱼各个品系中共有的48个SNP位点，并对这48个SNP位点在鲤鱼种 质鉴定中的作用进行了研宄。以29、37、44、48个5即分型，都能够对鲤鱼种质鉴定进行很 好的鉴别。与微卫星标记相比，SNP标记具有明显的优越性，主要体现在，标记数量大基因组 覆盖率高，分型操作简单且速度快，分型准确度高且容易在不同环境下形成统一标准。基于 目前SNP分型技术的特点，本专利技术更以Fluidigm公司的微流体芯片（microfluidic-based chip)为技术支撑设计了专门应用于鲤鱼种质鉴定的"48SNP array"，其中包括48个SNP 位点，且分别位于鲤鱼的48条染色体上，这既满足了 SNP位点在鲤鱼全基因组范围内的覆 盖，也有效地避免了连锁不平衡。尤其是该微流体芯片分型技术具有通量高、准确率高、操 作简单等优点，使得其更容易广泛应用于实际生产实践中。 本专利技术的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现，部分还将通过对本 专利技术的研宄和实践而为本领域的技术人员所理解。【附图说明】 图Ia为本专利技术其中一个实施例中166个子代黄河鲤样本的基因型分型结果基因 型分型检出率（call rate)分布情况。 图Ib为本专利技术其中一个实施例中20个亲本黄河鲤样本的基因型分型结果基因型 分型检出率（call rate)分布情况。 图2为本专利技术其中一个实施例中从186个黄河鲤样本（166个子代，20个亲本）得 到的48个SNP位点的最小等位基因频率（MF)分布情况。 图3为本专利技术其中一个实施例中从186个黄河鲤样本（166个子代，20个亲本）得 到的48个SNP位点的多态信息含量（PIC)分布情况。【具体实施方式】 下面结合附图对本专利技术做进一步的详细说明，以令本领域技术人员参照说明书文 字能够据以实施。 专利技术人通过对33尾不同品系的鲤鱼进行基因组重测序，然后比对到参考基因组 序列，获得了超过2000万个SNP。是从其中选择出来的各个品系中共有的48个SNP位点并 对这48个SNP位点在鲤鱼种质鉴定中的作用进行了本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于鲤鱼种质鉴定的SNP标记组合，其特征在于，所述SNP标记组合包括：碱基序列如SEQ ID NO：1～29所示的核苷酸序列。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：许建，冯敬岩，徐鹏，
申请(专利权)人：许建，
类型：发明
国别省市：北京;11
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