本发明专利技术公开了一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记及其应用。一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列猪X染色体上g.116527064核苷酸位点，且其为T/C突变，所述SNP标记与二花脸母猪窝产总仔数极显著相关。一种用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明专利技术提供的SNP标记与二花脸母猪的产仔性能相关，因此，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高产的二花脸母猪品系，所得的二花脸母猪高产品系具有重要的经济效益与社会价值。
【技术实现步骤摘要】
一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记及其应用
本专利技术属于分子生物学
，涉及一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
猪产仔数是重要的经济性状，产仔数的提高将会大大地增加商品猪肉的供应量，给现代养猪生产带来巨大的经济效益。随着我国经济持续快速的发展，人们生活水平逐渐提高，对猪肉的需求量也越来越大。2014年12月底我国能繁母猪存栏数4300万头，如果母猪平均每胎多产仔1头，按每年每头母猪产2胎计算，则每年可为整个行业多提供约9000万头猪。因此，人们也越来越关注如何提高猪的产仔数性能。然而，产仔数为复杂多基因控制的经济性状，遗传力低，通过传统的选育方法提高猪产仔数收效甚微，所以开发和利用新的分子选育标记来提高猪的繁殖性能倍受重视。二花脸是位于我国太湖流域的国家级畜禽遗传资源保护品种，是我国劳动人民千百年来选育的产仔性能极其优秀的地方猪种资源。根据专利技术人所在单位对二花脸猪群最大基地“焦溪二花脸猪专业合作社”内177头二花脸约1000窝产仔数据分析来看，二花脸群体内产仔性能已出现显著分离，尤其是初产总产仔数和产活仔数变异系数分别达到22.14％和26.97％；经产也分别为19.87％和22.14％。然而目前导致二花脸猪品种内产仔数变异的遗传机理尚不清楚。多年以来虽然国内已有大量的研究机构利用二花脸来鉴别二花脸猪种高繁殖力的遗传机理，但限于研究方法、手段、材料及繁殖性状本身复杂性等众多因素的制约，二花脸猪种高繁殖力遗传机制并没有得到充分的揭示和有效的利用。因此，为保护好我国人民千百年来选育的二花脸品种的高产仔性能，我们急需鉴别出影响二花脸猪品种内产仔数变异的基因和标记，通过分子标记选择技术加快恢复和提升二花脸猪种的产仔性能，培育性能相对稳定的高产群体、巩固太湖流域这些地方猪种的高产优势。从国际猪QTL数据库网站(http://www.animalgenome.org/cgi‐bin/QTLdb/SS/index)可知，目前在猪除10、11号染色体及性染色体上没有定位到影响总产仔数的QTL，其它常染色体上都已定位到影响总产仔数的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10‐20cM，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。
技术实现思路
本专利技术的目的在于针对现有技术不足，产仔数的低遗传力，提供与母猪窝总产仔数相关的SNP标记。本专利技术的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物和检测方法。本专利技术的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列猪X染色体上g.116527064核苷酸位点，且其为T/C突变，所述SNP标记与二花脸母猪窝产总仔数极显著相关。该SNP位点具有CC基因型的二花脸个体母猪窝总产仔数显著高于具有TT基因型的二花脸个体母猪窝总产仔数。一种基于本专利技术所述的SNP开发分子标记的方法，以含有本专利技术所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以二花脸母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。其中，所述的引物对序列优选上游引物：SEQIDNO：2，下游引物：SEQIDNO：3；所述的分子标记序列优选如SEQIDNO：1所示，所述的SNP位点位于第894位，存在T/C多态性。按照本专利技术所述的方法得到的分子标记。所述的分子标记优选序列如SEQIDNO：1所示，所述的SNP位点位于第894位，存在T/C多态性。一种用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQIDNO：2，下游引物为：SEQIDNO：3。一种检测本专利技术所述的SNP标记的方法，包含PCR扩增二花脸母猪基因组中含有本专利技术所述的SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的T/C多态性。所述的检测本专利技术所述的SNP标记的方法优选包括以下步骤：(1)取一头二花脸母猪的耳组织样品并提取总DNA；(2)用已提取的二花脸母猪基因组DNA为模板，使用权利要求5所述的引物进行PCR扩增；(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQIDNO：1第894位的T/C多态性。本专利技术所述的SNP标记、所述的分子标记、所述的引物在筛选高产二花脸母猪品系中的应用。一种筛选高产二花脸母猪品系的方法，包括检测二花脸母猪g.116527064核苷酸位点的基因型，选育g.116527064核苷酸位点的CC型个体作为种猪。有益效果：本专利技术提供的SNP标记与二花脸母猪的产仔性能相关，因此，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高产的二花脸母猪品系，所得的二花脸母猪高产品系具有重要的经济效益与社会价值。附图说明图1为高产与相对低产二花脸群体间染色体上SNP标记Fst值的分布情况。其中，猪的18条常染色体及X染色体信息标识于X轴。图2为使用本专利技术的引物扩增g.116527064的电泳图。图3为g.116527064的突变位点不同基因型的DNA测序结果峰图。具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。在不背离本专利技术精神和本质的情况下，对本专利技术方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本专利技术的范围。实施例11、实验动物来源江苏常州焦溪二花脸猪专业合作社。计算177头二花脸母猪的育种值，计算模型为Y(窝产总仔数)＝parity(胎次)+farm(场)+year(年度)+season(季节)+age(母猪分娩年龄)+sire(与配公猪)+permanenteffect+additiveeffect(母猪的永久效应)+e(残差)，其中包括固定效应‐胎次、母猪分娩的场/年/季，协变量‐母猪分娩的年龄，随机效应‐与配公猪，永久效应‐母猪，个体加性遗传值。选择育种值排在最前或最后且产仔记录在3胎以上的个体各18个个体。2、提取基因组DNA采集36头母猪的耳组织样品，放置于装有70％酒精的离心管内，‐20℃冰箱保存备用。使用传统酚/氯仿法提取耳组织基因组DNA，所需试剂包括：裂解液实验室配备蛋白酶K(德国MERCK生物科技有限公司)Tris饱和酚(北京索莱宝生物科技有限公司)Tris饱和酚：氯仿：异戊醇(25：24：1)(北京索莱宝生物科技有限公司)氯仿(江苏永华精细化学品有限公司)无水乙醇(广东光华科技股份有限公司)3M乙酸钠(北京索莱宝生物科技有限公司)具体步骤如下所述：(1)取黄豆大小组织样，尽量剪碎放入2ml离心管中；(2)加入裂解液(自己配备)800μL，及蛋白酶K30μL(0mg/ml)；(3)样品置于55℃恒温箱中孵育过夜，至管中无组织块为止；(4)加入Tris饱和酚800μL，轻微混匀10min，4℃12000r/min离心12min；(5)取650μL上清加Tris饱和酚：氯仿：异戊醇(25：24：1)800μL，混摇10min，4℃12000r/min离心12min；(6)取550μL上清，加氯仿800μL，混摇10min，4℃12000r/min离心12min；以下步骤换1.5ml的离心管(7)取450μL上清，加无水乙醇800μL，3M乙酸钠40μL，混摇6min，4℃1000r/min离心8min；(8)弃上清留下DNA沉淀团本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记，其特征在于所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列猪X染色体上g.116527064核苷酸位点，且其为T/C突变，所述SNP标记与二花脸母猪窝产总仔数极显著相关。
【技术特征摘要】
1.一种基于与二花脸母猪产仔性状相关SNP标记开发分子标记的方法，其特征在于以含有所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以二花脸母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列猪X染色体上g.116527064核苷酸位点，且其为T/C突变，所述SNP标记与二花脸母猪窝产总仔数极显著相关。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于所述的引物对序列为上游引物：SEQIDNO：2，下游引物：SEQIDNO：3；所述的分子标记序列如SEQIDNO：1所示，所述的SNP位点位于第894位，存在T/C多态性。3.按照权利要求1或2所述的方法得到的分子标记。4.根据权利要求3所述的分子标记，其特征在于分子标记序列如SEQIDNO：1所示，所述的SNP位点位于第894位，存在T/C多态性。5.一种用于检测与二花脸母猪产仔性状相关SNP标记的引物对，其特征在于上游引物为：SEQIDNO：2，下游引物为：SEQIDNO：3，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列猪X染色体上g.11...
【专利技术属性】
技术研发人员：黄瑞华，方宇瑜，汪涵，李平华，郝帅帅，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：江苏;32
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