本发明专利技术的目的是提供一种大菱鲆个体育种值评估方法，以解决利用背景来源不明、物理系谱残缺、或者利用引进的大菱鲆群体进行良种选育时，无法利用物理系谱信息推算出个体亲缘系数，从而不能进行个体遗传参数评估的问题，从而弥补现有技术的不足。相比于依靠物理系谱评估育种值的方法，本方法的方法能够大幅节约个体育种值评估的时间期限，即无需经过多代培育家系材料等繁琐步骤，只需一代即可完成个体育种值评估。
【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术的目的是提供，以解决利用背景来源不明、物理系谱残缺、或者利用引进的大菱鲆群体进行良种选育时，无法利用物理系谱信息推算出个体亲缘系数，从而不能进行个体遗传参数评估的问题，从而弥补现有技术的不足。相比于依靠物理系谱评估育种值的方法，本方法的方法能够大幅节约个体育种值评估的时间期限，即无需经过多代培育家系材料等繁琐步骤，只需一代即可完成个体育种值评估。【专利说明】
本专利技术属于海水动物遗传育种领域，具体地涉及一种可实现对大菱鲆个体进行育 种值评估的方法
技术介绍
大菱鲆（Scophthalmusmaximus L.)是原产于欧洲的底栖海水鱼类，由于其生长迅 速、耐低温、性格温驯并易于集约化养殖等优点，一直以来是欧洲等地的优良海水养殖品种 之一。我国于1992年开始引进大菱鲆，自1999年前后突破生产性育苗技术以来，大菱鲆养 殖产业在我国得到迅猛发展，已经成为我国北方沿海地区重要的海水养殖种类。但我国不 是大菱鲆原产国，长期以来一直依靠欧洲大菱鲆原产国来提供、补充种源。同时，由于国内 生产中忽视良种培育，累代养殖和近亲交配导致养殖业中普遍出现种质退化现象，主要表 现为生长速度降低、白化率增高、出苗率降低等现象。以养殖周期为例，引进初期时，达到商 品规格的养殖时间为7-8个月，而现在普遍延长到14个月左右。因此，良种选育已经成为 我国大菱鲆养殖生产可持续健康发展的重要研究内容之一。研究表明基于完整物理系谱记 录的传统良种选育模式是开展大菱鲆良种选育的重要途径之一。完整、准确的系谱信息不 仅可以有效指导亲本选留，避免近交衰退；同时利用系谱信息推算出的个体亲缘系数也是 用来进行遗传参数评估的重要数据。但是由于大菱鲆性成熟周期长（2-3年），个体标记要 求严格，目前国内几乎没有育苗场保有多代、完整的个体物理系谱记录信息；而且大菱鲆属 于引进物种，群体个体的遗传背景不清，这也为开展大菱鲆良种选育造成了很大的困难。虽 然分子标记可以部分实现物理系谱重建，但其有限性突出表现为只能重建到父母本一代， 只能推算出父母本的基因型组合，而无法推算出具体的父本、母本的基因型等。然后在良种 选育过程中，最重要的遗传参数评估就是个体/家系育种值的评估。因此，生产中迫切需要 一种无需多代详细物理系谱记录就能够对个体进行育种值评估的技术。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供，以解决利用背景来源不 明、物理系谱残缺、或者利用引进的大菱鲆群体进行良种选育时，无法利用物理系谱信息推 算出个体亲缘系数，从而不能进行个体遗传参数评估的问题，从而弥补现有技术的不足。 本专利技术的大菱鲆个体育种值评估方法，包括有如下的步骤： 1)首先将待检测的大菱鲆雌雄个体来构建家系，所述的家系为母系半同胞家系组 和/或全同胞家系； 2)对构建的家系中的子代个体在养殖后，选取全部或部分个体进行生长性状的测 量；获得个体的生长性状的测量值； 3)提取构建家系的雌雄亲本的DNA进行SSR位点基因分型；记录每一个体在每个 SSR位点上的等位基因峰值数据； 利用已经公开的12个大菱鲆SSR位点进行SSR-PCR扩增，12对引物正向序列5' 端分别标记6-FAM，HEX或ROX荧光标记；利用全自动基因分析仪进行12个位点的SSR基 因分型，最后利用GeneMapper3. 7 (Applied Biosystems)准确读取并记录每一个体在每个 SSR位点上等位基因峰值数据。 4)利用CoancestryL 0. 1. 2软件对SSR分型数据进行计算求得亲本个体间的共祖 率coancestry及近交系数F ; 家系子代个体间的共祖率由其父母本间的共祖率根据公式（1)求得，其中个体与 其本身的共祖率由公式（2)求出，并按公式（3)计算出子代个体间的遗传相关系数，即分子 遗传相关系数； 【权利要求】1. ，其特征在于，所述的方法包括有如下的步骤： 1) 首先将待检测的大菱鲆雌雄个体来构建家系， 2) 对构建的家系中的子代个体在养殖后，选取全部或部分个体进行生长性状的测量； 获得个体的生长性状的测量值； 3) 提取构建家系的雌雄亲本的DNA进行SSR位点基因分型；记录每一个体在每个SSR 位点上的等位基因峰值数据； 4) 利用CoancestryL0. 1. 2软件对SSR分型数据进行计算求得亲本个体间的共祖率 coancestry及近交系数F; 家系子代个体间的共祖率由其父母本间的共祖率根据公式（1)求得，其中个体与其本 身的共祖率由公式（2)求出，并按公式（3)计算出子代个体间的遗传相关系数，即分子遗传 相关系数；rPQ = 2ΘPQ (3) 其中A和B、C和D分别代表P和Q的父母本，Θ代表共祖率，F代表近交系数，r代表 遗传相关系数； 5) 然后利用R3. 0. 2软件将父母本间共祖率转化为其子代个体间的分子遗传相关系数 矩阵；最后利用ASReml软件计算个体育种值： y=Xb+Zu+e 其中y代表大菱鲆家系子代个体的测量值，bi代表固定效应，u代表随机效应，e表示 残差效应； 再根据狭义遗传力公式求得遗传力估计值：和分别表示加性遗传方差及表现方差。2. 如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的步骤1)中的家系为母系半同胞家系 组和/或全同胞家系。3. 如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的步骤3)中的SSR位点基因分型所用 到的微卫星引物序列信息如下：O4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的步骤3)中所述的SSR位点基因分型 是利用全自动基因分析仪进行SSR基因分型。【文档编号】A01K61/00GK104313135SQ201410514807【公开日】2015年1月28日 申请日期:2014年9月30日 优先权日:2014年9月30日 【专利技术者】王伟继, 官健涛, 胡玉龙, 栾生, 孔杰 申请人:中国水产科学研究院黄海水产研究所本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种大菱鲆个体育种值评估方法，其特征在于，所述的方法包括有如下的步骤：1)首先将待检测的大菱鲆雌雄个体来构建家系，2)对构建的家系中的子代个体在养殖后，选取全部或部分个体进行生长性状的测量；获得个体的生长性状的测量值；3)提取构建家系的雌雄亲本的DNA进行SSR位点基因分型；记录每一个体在每个SSR位点上的等位基因峰值数据；4)利用Coancestry1.0.1.2软件对SSR分型数据进行计算求得亲本个体间的共祖率coancestry及近交系数F；家系子代个体间的共祖率由其父母本间的共祖率根据公式(1)求得，其中个体与其本身的共祖率由公式(2)求出，并按公式(3)计算出子代个体间的遗传相关系数，即分子遗传相关系数；θPQ=14(θAC+θAD+θBC+θBD)---(1)]]>θAA=12(1+FA)---(2)]]>rPQ＝2θPQ (3)其中A和B、C和D分别代表P和Q的父母本，θ代表共祖率，F代表近交系数，r代表遗传相关系数；5)然后利用R3.0.2软件将父母本间共祖率转化为其子代个体间的分子遗传相关系数矩阵；最后利用ASReml软件计算个体育种值：y＝Xb+Zu+e其中y代表大菱鲆家系子代个体的测量值，bi代表固定效应，u代表随机效应，e表示残差效应；再根据狭义遗传力公式求得遗传力估计值：h2=σa2/σp2]]>和分别表示加性遗传方差及表现方差。...
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：王伟继，官健涛，胡玉龙，栾生，孔杰，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院黄海水产研究所，
类型：发明
国别省市：山东;37
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