用于肺癌的血浆中微RNA表达谱分析的组合物和方法技术

本发明专利技术提供鉴定展现出肺癌的一或多种目标血浆的分子标记的诊断试剂盒，所述试剂盒包含编码miRNA序列的多种核酸分子。所述编码miRNA序列的核酸分子中的一或多种在目标血浆中及在对照血浆中差异表达。本发明专利技术还提供了使用所述微RNA来鉴定展现出肺癌的一或多种目标血浆的方法，以及用于预防或治疗肺癌的方法和药物组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用于肺癌的血衆中(the plasma of lung cancer),尤其是腺癌肺癌(adenocarcinoma lung cancer)、鱗状细胞肺癌(squamous cell lung cancer)和小细胞肺癌(small cell lung cancer)的微RNA(microRNA)表达谱分析的组合物和方法。
技术介绍
肺癌依然是导致全球癌症相关性死亡的最常见原因。据估计，在2009年有140万新病例，年均增长率达2. 51% (Frost & Sullivan estimates),而这些在2009年被确诊为肺癌的患者也会最终死于肺癌(Higgins, M. J. etl5 al. (2009)Expert Rev AnticancerTher 9,1365-1378)。尽管于过去的数十年中，肺癌的手术方法与综合治疗有一定的进展， 但是在欧美等地区，不同级别肺癌的五年生存率总计只有15%。肺癌可分为小细胞肺癌(small cell lung cancer, SCLC)或非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)。肺癌的大部分组织学分型(>80%)是非小细胞肺癌，当中包括肺腺癌和肺鳞状细胞癌。吸烟是导致肺癌的最主要危险因素，分别占全球男、女性的肺癌病例中的80%及50%。肺癌的治疗根据癌症的亚型各有不同。早期NSCLC的首选治疗方案是手术，其五年总生存率达40%。不过，大部分患者在确诊为肺癌时已属于晚期，错过一线治疗到多药化疗，导致期望生存率少于8个月。目前最新的靶向治疗要求更准确的区分非小细胞肺癌的亚型。肿瘤血管生成抑制剂对于肺鳞状细胞癌治疗过程中所引起的不良反应产生更高的风险(Lebanoy, D. (2009) J Clin Oncol 27，2030-2037)。小细胞肺癌(SCLC)被视为癌症中致命率最高的一种，其病死率大于90%。尽管观察到较高的初始反应率，处于局限期的患者的中位生存期约为20个月。手术治疗甚少适用于对SCLC患者的处理，因此单独化疗或合并放疗常被采用。除了根据肺癌的不同亚型和病因选用不同的治疗方法，测量者间变异和缺乏特异性、标准化的检测限制了目前对病患者采取最适治疗的能力。肺癌个体患者的治疗决策将根据肿瘤及患者本身的特征而制定，基于这一设想，用于区分肺癌的特异性的分子生物标记物是必不可缺的。目前对肺癌的早期检测的手段还没有被证实能有效降低死亡率。胸片，痰液细胞和光纤支气管镜的分析等检查对降低肺癌死亡率效果有限。崭新的检测手段，诸如低剂量螺旋电脑扫描成像(即CT)和痰液中分子标志物，对检测更早期、可手术阶段的肺癌和术后生存期的延长的产生了惊人的效果。但是，肺部活检及手术的相关风险以及晒查的净效益并未被考虑。因此，经临床验证的血液肿瘤生物标记物仍未能满足肺癌的检测。所以探索对目前肺癌检测手段的辅助和改进的办法成为了逼切的需要。由于很多常规的诊断性检测只分析单个分子标记物，干扰了检测的可靠性及准确性。此外，单个分子标记物一般不能详细预测肿瘤的潜伏阶段、肿瘤的恶化程度等等，由此可见，需要使用其他分子标记物和检测方法去克服这一方面的缺陷。针对这一方面的其中一个解决方法就是利用小分子调控RNA，特别是微RNA(miRNA)0作为一种进化保守的内源性表达的一类有20-25个核苷酸(nt)构成的非编码RNA，可以诱导目的mRNA的表达。而自十年前被发现后，miRNA被认为在细胞发育、分化、增殖和凋亡中有着重要的功能(Bartel, D. P. (2004)Cell 116，281-297，Ambros，V.(2004)Nature 431, 350-355;He, L. et al. (2004)5 Nat Rev Genet 5,522-531)。此外，miRNA比mRNA作为肿瘤生物标记物的有着更大的优势，这是因为在试管内，miRNA KmRNA十分稳定；而在体内前者的存在时限较后者更长(综述见例如Lu，J. et al.，(2005)Nature435, 834-838; Lim, L. P. et al. , (2005) Nature 433,769-773)。miRNA由初级转录产物经核糖核酸酶III Drosha (RNase III Drosha)切割后生成的发夹茎环结构的前体(前体-微miRNA，pre-miRNA)。在转运到细胞质后，通过另外的核糖核酸酶III, Dicer (RNase III Dicer)切开preniRNA的发夹莖环结构，生成双链短RNA (dsRNA)，其中一条链充当成熟miRNA组成miRNA-蛋白(miRNP)。然后，miRNA介导miRNP到它们的目的 mRNA 发挥作用(Bartel, D. P. (2004) Cell 23, 281-292;He, L. and Hannon, G.J. (2004) Nat Rev Genet 5,522-531)。 根据miRNA和起目的mRNA的互补性，miRNA可以介导不同的调控程序。miRNA若与目的mRNA高度互补，则其切割机制与干扰RNA (RNAi)的完全相同。为此，在这种情况下，miRNA作用于短干扰RNA (siRNA) 一致。反之，miRNA与目的mRNA呈低互补性的话，目的mRNA会在不影响mRNA水平的情况下，被导向细胞降解途径或翻译抑制。但是，对于miRNA通过什么机制抑制其目的mRNA的翻译的问题，至今尚存争议。高通量miRNA定量技术，如miRNA微阵列，实时RT -PCR技术为基础的荧光定量miRNA检测(基于实时RT-PCR的TaqMan miRNA测定)等，对整个肿瘤基因谱中的全miRNA表达谱的检测提供了强大的技术平台。不断更新的数据表示miRNA表达失调的情况下与某些种类肿瘤的发生发展的关系尤其密切。例如，2个miRNA，miR-15和miR-16-l，已被证实定位于慢性淋巴白血病(chronic lymphatic leukemia, CU)丢失的基因座上，同时，研究发现，这两个miRNA基因在大约70%的CLL患者中表现为缺失或表达下调。另外，研究发现miR-143和miR-145在大肠肿瘤发生中表达下调，而miRNA let_7则在肺癌中的表达常有所下降(综述见例如Michael，M. Z. et al. (2003)Mol Cancer ResI, 882-891 ;Mayr, C. et al. (2007) Science 315,1576-1579)。实际上，众多研究发现 miRNA表达所导致于肿瘤相关的改变，以及miRNA经常定位于肿瘤发生的基因位点上，推断miRNA可以是癌基因、也可以是抑癌基因(综述见例如Esquela-Kerscher, A. and Slack, F.J(2006)Nat Rev Cancer 6, 259-269;Calin, G. A. and Croce, C. M. (2007)J Clin Invest117,2059-2066;Blenkiron, C. and Miska, E. A. (2007)Hum 本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2009.12.24 CN PCT/CN2009/0759491.用于鉴别展现出肺癌的一或多种目标血浆的分子标记的诊断试剂盒，所述试剂盒包含多种核酸分子，姆种核酸分子均编码微RNA序列， 其中所述多种核酸分子的一或多种在所述目标血浆和ー或多种对照血浆中差异表达，以及 其中所述ー或多种差异表达的核酸分子一起代表核酸表达特征，所述核酸表达特征是存在肺癌和/或不同类型肺癌的指征， 其中不同的肺癌由腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌所组成。2.权利要求I的试剂盒，其中所述肺癌为腺癌肺癌。3.权利要求I或2的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含至少十二种核酸分子，优选至少六种核酸分子。4.权利要求1-3任ー项的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含至少ー种编码微RNA序列的核酸分子，其表达在ー或多种目标血浆中与一或多种对照血浆相比被上调；以及包含至少ー种编码微RNA序列的核酸分子，其表达在ー或多种目标血浆中与一或多种对照血浆相比被下调。5.权利要求1-4任ー项的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含编码肿瘤相关特征hsa_miR-638、hsa-miR-572 ;血衆特异性表达特征hsa_miR-383、hsa-miR-1233、hsa-miR-545*、hsa-miR-655、hsa-miR-19b_2*、hsa-miR-548d_5p、hsa_miR-190b、hsa-miR-623、hsa-miR-923和内部稳定对照hsa_miR-1238的任意一种或多种核酸分子。6.权利要求5的试剂盒，其中与一或多种健康对照血浆相比，在所述ー或多种目标血楽■中，编码 hsa-miR-638、hsa-miR-572、hsa-miR-383、hsa-miR-545*、hsa-miR-655、hsa-miR-19b-2*、hsa-miR-548d-5p、hsa-miR_190b、hsa-miR-623、hsa-miR-923 的任意一种或多种核酸分子的表达被上调；hsa-miR-1233的表达被下调，而hsa-miR-1238没有变化。7.权利要求1-3任ー项的试剂盒，其中核酸表达特征包括编码hsa-miR-383/hsa-miR-1233、hsa-miR-19b-2*/hsa_miR-1233、hsa-miR-548d-5p/hsa_miR-1233、hsa_miR_548d_5p/hsa-miR-1233、hsa-miR-545*/hsa_miR-1233、hsa-miR-923/hsa-miR-483_3p、hsa-miR-638/hsa-miR-483_3p、hsa-miR-190b/hsa_miR-1233、hsa-miR-190b/hsa_miR-1233 以及 hsa-miR-572/hsa_miR-1233 的任意一种或多种核酸组合 o8.权利要求I的试剂盒，其中所述肺癌为鳞状细胞肺癌。9.权利要求8的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含至少十九种核酸分子，优选至少六种核酸分子。10.权利要求I或8-9任ー项的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含至少ー种编码微RNA序列的核酸分子，其表达在ー或多种目标血浆中与一或多种对照血浆相比被上调；及包含至少ー种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在ー或多种目标血衆中与一或多种对照血浆相比被下调。11.权利要求I或8-10任ー项的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含编码肿瘤相关表达特征hsa_miR-181a、hsa-miR-623> hsa-miR-769_5p、hsa-miR-21*、hsa-miR-572、hsa_miR-34b*、hsa-miR-221、hsa-miR-939 ;血衆特异性表达特征hsa-miR-654_5p、hsa-miR-432、hsa-miR-194*、hsa_miR-302a、hsa-miR-485_3p、hsa-miR-654_3p、hsa-miR-22、hsa-miR-423_5p、hsa-miR-520d_3p、hsa-miR-923 以及内部稳定对照hsa-miR-1238的任意ー种或多种核酸分子。12.权利要求I或8-11任ー项的试剂盒，其中与一或多种健康对照血浆相比，在所述ー或多种目标血衆中，编码 hsa_miR-181a、hsa-miR-623、hsa-miR-769_5p、hsa-miR-21' hsa-miR-572、hsa_miR-34b' hsa-miR-221、hsa-miR-939、hsa-miR-432、hsa-miR-194申、hsa_miR-302a、 hsa-miR-485_3p、 hsa-miR-654_3p、 hsa-miR-22、hsa-miR-423_5p、hsa-miR-520d_3p、hsa-miR-923的任意ー种或多种核酸分子的表达被上调；hsa-miR-654-5p 被下调，而 hsa-miR-1238 没有改变。13.权利要求I或8-9任ー项的试剂盒，其中核酸表达特征包括编码hsa-miR-1947hsamiR-654_5p、hsa-miR-194*/hsa-miR-654-5p、hsa-miR-623/hsa-miR-654_5p、hsa-miR-181a/hsa-miR-654_5p、hsa-miR-432/hsa-miR-654_5p、hsa-miR-520d_3p/hsa-miR-654_5p、hsa-miR-302a/hsa-miR-654_5p、hsa-miR-423-5p/hsa-miR-654_5p 以及hsa-miR-22l/hsa-miR-654-5p的任意ー种或多种核酸组合。14.权利要求I的试剂盒，其中所述肺癌为小细胞肺癌。15.权利要求I或14的试剂盒，其中如本文所定义的核酸表达特征可包含至少三十六种核酸分子，优选至少十六种核酸分子，特別优选至少六种核酸分子。16.权利要求I或14-15任ー项的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含至少ー种编码微RNA序列的核酸分子，其表达在ー或多种目标血浆中与一或多种健康对照血浆相比被上调；及包含至少ー种编码微RNA序列的核酸分子，其表达在ー或多种目标血衆中与一或多种健康对照血浆相比被下调。17.权利要求I或14-16任ー项的试剂盒，其中所述核酸表达特征包含编码肿瘤相关表达特征hsa_miR-375、hsa-miR-543、hsa-miR-139_3p、hsa_miR-34b*、hsa-miR-429、hsa-miR-361_5p、 hsa_miR-130b、 hsa_miR-196a、 hsa_miR-200a、 hsa_miR-765、hsa_miR-33b*、hsa_miR-106a、hsa-miR-874、hsa-miR-142_5p ;血衆特异性表达特征hsa_miR-377、 hsa-miR-136、 hsa-miR-574_5p、 hsa-miR-767_3p、 hsa-miR-637、hsa-miR-548d_5p、 hsa-miR-485_3p、 hsa-miR-141、 hsa_miR-520b、 hsa-miR-609、hsa-miR-423_5p、 hsa-miR-1233、 hsa-miR-634、 hsa-miR-654_5p、 hsa-miR-138、hsa-miR-769_3p、 hsa-miR-665、 hsa-miR-501_5p、 hsa_let_7f、 hsa_miR-193b'hsa-miR-30cf以及内部稳定对照hsa_miR-123...

【专利技术属性】
技术研发人员：任一萍，吴莹，卢韶华，朱虹光，李兆勇，李健，黄威，
申请(专利权)人：复旦大学，
类型：发明
国别省市：