与冠心病易感性关联的易感区域chr4q32的单核苷酸多态性位点及其应用制造技术

技术编号:7914443 阅读:139 留言:0更新日期:2012-10-24 23:43
本发明专利技术公开了与疾病易感性相关联的单核苷酸多态性位点,特别涉及一种与冠心病易感性关联的易感区域chr4q32的单核苷酸多态性位点及其在评估冠心病易感性中的应用,属于生物技术领域。所述单核苷酸多态性位点是位于染色体4q32上的GUCY1A3-GUCY1B3基因区域下游的一系列单核苷酸多态性位点,为:rs2625269,rs1976041,rs1905261,rs1905262,rs2705455,rs1483041,rs2200168,rs716428,rs990619,rs1842896,rs2625245,rs1123037。根据本发明专利技术染色体4q32由一段邻近GUCY1A3-GUCY1B3基因区域下游的SNP位点以及由一系列SNP位点组成的单体型的变异特性判断冠心病易感人群的方法,可以对未出现冠心病早期临床症状的人群,尤其具有传统危险因素的冠心病高危人群,进行无创快速简便的筛查,早期发现冠心病易感对象,并采取相应的保健措施,降低冠心病与心肌梗死的发病率。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及与疾病易感性相关联的单核苷酸多态性位点,特别涉及一种与冠心病易感性关联的易感区域Chr4q32的单核苷酸多态性位点及其在评估冠心病易感性中的应用,属于生物

技术介绍
动脉粥样硬化性心脑血管病已成为世界范围关注的主要健康问题。2004年的世界卫生组织(WHO)报告显示,全世界每年心血管疾病以冠心病和脑卒中为主导致的死亡人数达高达1720万,占所有死亡人数的三分之一。预计2020年这一数字将进一步增加50%, 高达2500万,心血管疾病是全球人类的“头号杀手”。在中国进行的一项大规模前瞻性研究也显示,心脏疾病已经成为中国人群的主要死亡原因,分列男、女性死亡原因的第2位和第I位。我国每年新发心肌梗死50万人,随着生活方式的改变以及动脉粥样硬化相关的危险因素持续增加,冠心病与心肌梗死发病也还将呈持续上升趋势。大量的研究资料表明,冠心病是一种复杂疾病,是由多个微效基因与环境因素长期相互作用所致。因此鉴定出与冠心病相关的易感基因或致病基因,在人群中进一步筛选增加疾病风险的易感基因确定易感个体,将有助于冠心病的发病风险预测、新药开发、诊断和个体化治疗。从基础到临床,人们对此进行了大量的研究,并在冠心病的危险因素和冠心病发生的病理生理学方面积累了大量的知识,但是关于冠心病与心肌梗死发生的确切遗传分子机制却知之甚少,对于怎样鉴定遗传易感基因以及鉴定受试者的冠心病遗传易感性,一直缺乏全面系统有效的识别方法。
技术实现思路
本专利技术实施例的目的是针对上述现有技术的缺陷,提供一系列与冠心病易感性显著相关的单核苷酸多态性位点(SNP, single nucleotide polymorphism)),并找出其中与冠心病易感性关联最显著的代表性位点,继而提供将所述单核苷酸多态性位点用于评估冠心病易感性的用途。为了实现上述目的本专利技术采取的技术方案是第一方面,提供一系列与冠心病易感性显著相关的易感区域chr4q32的单核苷酸多态性位点(SNP)。在中国汉族人群中选取1515例冠心病患者和5019例正常人为研究对象,使用全基因组芯片(Affymetrix Axiom Genome-Wide CHB I Array Plate)芯片对全基因组范围内SNP进行基因分型。利用芯片得到的数据,评价基因型和表型的关联关系,从而得到可能与冠心病之间存在潜在关联的区域是在染色体4q32上的⑶CY1A3-GUCY1B3基因区域的下游,与冠心病易感性显著关联的单核苷酸多态性位点是位于该区域的一系列单核苷酸多态性位点,为rs2625269,等位基因为A/G ;rsl976041,等位基因为A/G ;rsl905261,等位基因为A/C ;rsl905262,等位基因为A/T ;rs2705455,等位基因为G/A ;rsl483041,等位基因为A/G ;rs2200168,等位基因为C/T ;rs716428,等位基因为C/T ;rs990619,等位基因为G/C ;rsl842896,等位基因为G/T ;rs2625245,等位基因为A/G ;rsll23037,等位基因为 A/T。第二方面,使用logistic回归分析评估每个SNP位点与冠心病的关系,计算危险等位基因的相对危险度(Odds ratio, OR)和95%的可信区间,得到这一系列SNP位点的危险等位基因分别是rs2625269多态性位点为A,rsl976041多态性位点为G,rsl905261多态性位点为A,rsl905262多态性位点为A,rs2705455多态性位点为G,rsl483041多态性位点为A,rs2200168多态性位点为C,rs716428多态性位点为C,rs990619多态性位点为G,rsl842896多态性位点为T,rs2625245多态性位点为G,rsl 123037多态性位点为T。第三方面,选择chr4q32区域代表位点rsl842896,在数据分析中使用Haploview软件计算染色体区域位点间的连锁不平衡(Linkage disequilibrium, LD)情况。该区域 rsl842896 多态性位点与 rs2625269,rsl976041, rsl905261, rsl905262, rs2705455,rsl483041,rs2200168, rs716428, rs990619, rs2625245, rsll23037,具有强的连锁不平衡。同时使用 FludigmOEPl 基因分析系统(FludigmOEPl tmGENETIC ANALYSIS system), Taqman、MGB探针法进行基因分型,进一步在15460例冠心病患者和11472例对照样本中验证,合并所有16975例病例和16491对照样本分析显示rsl842896与冠心病的关联更加显著,这一结果进一步证实了 chr4q32区域多态位点与冠心病密切相关。第四方面,根据上述与冠心病易感性显著相关的单核苷酸多态性位点,构建单体型(haplotype)比较其在患者和正常对照之间的频率差异,用以评估冠心病易感性。本专利技术实施例提供的技术方案带来的有益效果是根据本专利技术染色体4q32由一段邻近⑶CY1A3-GUCY1B3基因区域下游的SNP位点以及由一系列SNP位点组成的单体型的变异特性判断冠心病易感人群的方法,可以对未出现冠心病早期临床症状的人群,尤其具有传统危险因素的冠心病高危人群,进行无创快速简便的筛查,早期发现冠心病易感对象,并采取相应的保健措施,降低冠心病与心肌梗死的发病率。根据本专利技术也可以为研发针对性的冠心病基因治疗提供了科学依据。本专利技术为进一步检测基因表达调控、蛋白功能,深入研究冠心病的致病机制,开发新型治疗药物和基因治疗,实现基于遗传学背景的个体化诊疗奠定了重要基础,并带来重要的医学健康效益和经济效益。附图说明图I为实施例I中所确定的chr4q32区域SNP位点与冠心病的关联图。图2为在实施例2的重复验证阶段的检测中,其中96个样本(94个待测样本及2个阴性对照)的代表位点rsl842896基因分型结果聚类图;图3 为应用 SNP Genotyping Analysis softgware version 3.0 软件对图 2 所述的96个样本(94个待测样本及2个阴性对照)的代表位点rsl842896进行基因分型的截图;图4为图2所述的96个样本(94个待测样本及2个阴性对照)代表位点rsl842896基因分型结果导出数据的截图。图I中横坐标“Position on chr”为染色体上的位置(单位Mb);纵坐标为单核苷酸多态性位点与冠心病的关联显著性P值(-IoglO (p-value)),右侧Recombination rate为重组率,单位(CM/Mb);代表位点rsl842896以 表示。图2中X轴代表VIC荧光强度,Y轴代表FAM荧光;基因型结果红色I为G/G纯合子,绿色2为T/T纯合子,蓝色3为G/T杂合子,黑色4为阴性对照(NTC)。其中横坐标X :Allele为等位基因,VIC-MGB代表VIC荧光标记MGB探针;纵坐标Y=Allele为等位基因,FAM-MGB为FAM荧光标记MGB探针;上方表示SNP位点、call rate为本文档来自技高网...

【技术保护点】
与冠心病易感性关联的易感区域chr4q32的单核苷酸多态性位点,所述单核苷酸多态性位点是位于染色体4q32上的GUCY1A3?GUCY1B3基因区域下游的一系列单核苷酸多态性位点,为:rs2625269,等位基因为A/G;rs1976041,等位基因为A/G;rs1905261,等位基因为A/C;rs1905262,等位基因为A/T;rs2705455,等位基因为G/A;rs1483041,等位基因为A/G;rs2200168,等位基因为C/T;rs716428,等位基因为C/T;rs990619,等位基因为G/C;rs1842896,等位基因为G/T;rs2625245,等位基因为A/G;rs1123037,等位基因为A/T。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员:顾东风黄建凤李建新鲁向锋王来元李宏帆
申请(专利权)人:中国医学科学院阜外心血管病医院
类型:发明
国别省市:

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