用于检测丙型肝炎病毒的方法和装置制造方法及图纸

本公开文本提供了用于确定患者是否将受益于用抑制丙型肝炎病毒(HCV)的治疗剂进行的治疗的快速且非侵入性方法。这些方法基于在使用微量取样装置收集的小体积干生物流体样品中检测HCV RNA和/或抗HCV抗体。还提供了用于实践所述方法的试剂盒。

Method and device for detecting hepatitis C virus

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测丙型肝炎病毒的方法和装置
本公开文本提供了用于确定患者是否将受益于用抑制丙型肝炎病毒(HCV)的治疗剂进行的治疗的方法。这些方法基于在使用微量取样装置收集的小体积干生物流体样品中检测HCVRNA和/或抗HCV抗体。还提供了用于实践所述方法的试剂盒。
技术介绍
下文提供对本公开文本的背景的说明只为了帮助读者理解本公开文本，并且并不承认描述或构成本公开文本的现有技术。丙型肝炎病毒(HCV)被认为是导致90％至95％的输血后肝炎病例的主要病原体(RustgiVK.JGastroenterol.42:513-521(2007))以及大多数(如果不是全部)血源性非甲非乙型肝炎(NANBH)的致病物。抗HCV抗体的存在指示个体可能已经感染HCV并且可能能够传播HCV感染。HCV是一种单链正义RNA病毒，其具有编码3,000个氨基酸的大约9,500个核苷酸的基因组。作为血源性病毒，HCV通过血液和血液制品传播。HCV感染的发生与静脉内药物滥用最相关，并且与其他经皮暴露在较小程度上相关(LauerGM和WalkerBD,NEnglJMed345:41-52(2001))。根据世界卫生组织，约有1.3亿-1.7亿人慢性感染HCV，其中每年有超过35万人死于丙型肝炎相关的肝病。美国疾病控制中心(TheCentersforDiseaseControl)估计，有1.8％或390万美国人已经感染丙型肝炎—其中270万人为慢性感染。如果不治疗，丙型肝炎可导致肝癌、肝脏损伤并最终导致肝脏衰竭。因此，非常需要能够在有丙型肝炎感染风险的患者中快速检测HCV的更稳健且灵敏的方法。专利
技术实现思路
本公开文本提供了用于在具有肝炎病征或症状的患者中以及在有丙型肝炎感染风险的患者中检测HCV感染的方法。本专利技术技术的方法还可用于筛查孕妇的丙型肝炎感染，以鉴定在产前期间处于获得HCV高风险下的新生儿。一方面，本公开文本提供了一种用于在干生物流体样品中检测丙型肝炎病毒(HCV)的方法，所述方法包括(a)从自微量取样装置的吸收尖端洗脱的干生物流体样品中提取核糖核酸；(b)逆转录提取的核糖核酸以产生多种cDNA:RNA杂交复合物；(c)用与HCV基因组的5'UTR特异性杂交的引物对扩增cDNA:RNA杂交复合物以产生HCV扩增子；以及(d)当检测到步骤(c)中产生的HCV扩增子时，在所述干生物流体样品中检测HCV。在一些实施方案中，干生物流体样品是干血浆、干血清或干全血。存在于干生物流体样品中的HCV的基因型可以是选自以下的一种或多种基因型：基因型1a、基因型1b、基因型2a、基因型2b、基因型2c、基因型2d、基因型3a、基因型3b、基因型3c、基因型3d、基因型3e、基因型3f、基因型4a、基因型4b、基因型4c、基因型4d、基因型4e、基因型4f、基因型4g、基因型4h、基因型4i、基因型4j、基因型5a以及基因型6a。在某些实施方案中，干生物流体样品是从表现出肝炎病征或症状的患者或有HCV感染风险的患者中分离的。在一些实施方案中，cDNA:RNA杂交复合物是用Z05或Z05DDNA聚合酶扩增的。另外或可替代地，在一些实施方案中，微量取样装置吸收尖端上的干生物流体样品是通过手指针刺从患者收集的。在某些实施方案中，微量取样装置是尖端。干生物流体样品的洗脱可以通过使微量取样装置的吸收尖端与裂解缓冲液接触来进行。在一些实施方案中，裂解缓冲液包含异硫氰酸胍和任选的β-巯基乙醇。另外或可替代地，在一些实施方案中，干生物流体样品的洗脱是通过使微量取样装置的吸收尖端与裂解缓冲液在37℃下接触至少30分钟来进行的。在一些实施方案中，微量取样装置的样品体积不超过30μL、不超过25μL、不超过20μL、不超过15μL或不超过10μL。在某些实施方案中，方法还包括使cDNA:RNA杂交复合物与可检测地标记的探针接触。在一些实施方案中，可检测标记是选自以下的荧光报道分子：4-乙酰胺基-4'-异硫氰酸基茋-2,2'二磺酸、吖啶和衍生物(吖啶、吖啶异硫氰酸酯)、AlexaFluor(Alexa350、Alexa488、Alexa546、Alexa555、Alexa568、Alexa594、Alexa647(MolecularProbes))、5-(2'-氨基乙基)氨基萘-1-磺酸(EDANS)、4-氨基-N-[3-乙烯基磺酰基)苯基]萘酰亚胺-3,5-二磺酸酯(荧光黄(LuciferYellow)VS)、N-(4-苯胺基-1-萘基)马来酰亚胺、邻氨基苯甲酰胺、R-6G、530/550、FL、亮黄(BrilliantYellow)、CalFluorRed(CFR610)、香豆素和衍生物(香豆素、7-氨基-4-甲基香豆素(AMC、香豆素120)、7-氨基-4-三氟甲基香豆素(香豆素151))、四氯四溴荧光素(cyanosine)、4',6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)、5',5”-二溴邻苯三酚-磺酞(溴邻苯三酚红(BromopyrogallolRed))、7-二乙基氨基-3-(4'-异硫氰酸基苯基)-4-甲基香豆素、二亚乙基三胺五乙酸酯、4,4'-二异硫氰酸基二氢-茋-2,2'-二磺酸、4,4'-二异硫氰酸基茋-2,2'-二磺酸、5-[二甲基氨基]萘-1-磺酰氯(DNS、丹磺酰氯)、4-(4'-二甲基氨基苯基偶氮基)苯甲酸(DABCYL)、4-二甲基氨基苯基偶氮基苯基-4'-异硫氰酸酯(DABITC)、EclipseTM(EpochBiosciencesInc.)、曙红和衍生物(曙红、曙红异硫氰酸酯)、赤藓红和衍生物(赤藓红B、赤藓红异硫氰酸酯)、乙锭、荧光素和衍生物(5-羧基荧光素(FAM)、5-(4,6-二氯三嗪-2-基)氨基荧光素(DTAF)、2',7'-二甲氧基-4'5'-二氯-6-羧基荧光素(JOE)、荧光素、荧光素异硫氰酸酯(FITC)、六氯-6-羧基荧光素(HEX)、QFITC(XRITC)、四氯荧光素(TET)、荧光胺、IR144、IR1446、镧系磷光体、孔雀石绿异硫氰酸酯、4-甲基伞形酮、邻甲酚酞、硝基酪氨酸、副玫瑰苯胺、酚红、B-藻红蛋白、R-藻红蛋白、别藻蓝蛋白、邻苯二甲醛、Oregon碘化丙锭、芘和衍生物(芘、芘丁酸酯、1-芘丁酸丁二酰亚胺酯)、7、9、21、35(MolecularProbes)、反应红(ReactiveRed)4(亮红(BrilliantRed)3B-A)、罗丹明(rhodamine)和衍生物(6-羧基-X-罗丹明(ROX)、6-羧基罗丹明(R6G)、丽丝胺罗丹明B磺酰氯、罗丹明(Rhod)、罗丹明B、罗丹明123、罗丹明绿、罗丹明X异硫氰酸酯、磺酰罗丹明B、磺酰罗丹明101、磺酰罗丹明101的磺酰氯衍生物(德克萨斯红(TexasRed))、N,N,N',N'-四甲基-6-羧基罗丹明(TAMRA)、四甲基罗丹明、四甲基罗丹明异硫氰酸酯(TRITC)、核黄素、玫红酸、铽螯合物衍生物、Quasar以及在任何上述实施方案中，干生物流体样品中HCV的病毒载量为至少1-5IU/mL、至少5-10IU/mL、至少10-15IU/mL、至少15-20IU/mL、至少20-40IU/mL、至少40-60IU/mL、至少60-8本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于在干生物流体样品中检测丙型肝炎病毒(HCV)的方法，其包括(a)从自微量取样装置的吸收尖端洗脱的干生物流体样品中提取核糖核酸；(b)逆转录所提取的核糖核酸以产生多种cDNA:RNA杂交复合物；(c)用与HCV基因组的5'UTR特异性杂交的引物对扩增所述cDNA:RNA杂交复合物以产生HCV扩增子；以及(d)当检测到步骤(c)中产生的HCV扩增子时，在所述干生物流体样品中检测HCV。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.11.15 US 62/422,321;2016.11.22 US 62/425,2631.一种用于在干生物流体样品中检测丙型肝炎病毒(HCV)的方法，其包括(a)从自微量取样装置的吸收尖端洗脱的干生物流体样品中提取核糖核酸；(b)逆转录所提取的核糖核酸以产生多种cDNA:RNA杂交复合物；(c)用与HCV基因组的5'UTR特异性杂交的引物对扩增所述cDNA:RNA杂交复合物以产生HCV扩增子；以及(d)当检测到步骤(c)中产生的HCV扩增子时，在所述干生物流体样品中检测HCV。2.权利要求1的方法，其中所述干生物流体样品中的HCV具有选自以下的至少一种基因型：基因型1a、基因型1b、基因型2a、基因型2b、基因型2c、基因型2d、基因型3a、基因型3b、基因型3c、基因型3d、基因型3e、基因型3f、基因型4a、基因型4b、基因型4c、基因型4d、基因型4e、基因型4f、基因型4g、基因型4h、基因型4i、基因型4j、基因型5a以及基因型6a。3.权利要求1或2的方法，其中所述干生物流体样品是干血浆、干血清或干全血。4.权利要求1-3中任一项的方法，其中所述微量取样装置的吸收尖端上的干生物流体样品是通过手指针刺从患者收集的。5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与裂解缓冲液接触来进行的。6.权利要求5的方法，其中所述裂解缓冲液包含异硫氰酸胍和任选的β-巯基乙醇。7.权利要求1-6中任一项的方法，其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与所述裂解缓冲液在37℃下接触至少30分钟来进行的。8.权利要求1-7中任一项的方法，其中所述微量取样装置是尖端。9.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述微量取样装置的样品体积不超过30μL、不超过25μL、不超过20μL、不超过15μL或不超过10μL。10.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述干生物流体样品是从表现出肝炎病征或症状的患者或有HCV感染风险的患者中分离的。11.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述干生物流体样品中HCV的病毒载量为至少1-5IU/mL、至少5-10IU/mL、至少10-15IU/mL、至少15-20IU/mL、至少20-40IU/mL、至少40-60IU/mL、至少60-80IU/mL、至少80-100IU/mL、至少100-150IU/mL、至少150-200IU/mL、至少200-250IU/mL、至少250-300IU/mL、至少300-350IU/mL、至少350-400IU/mL、至少400-500IU/mL、至少500-600IU/mL、至少600-700IU/mL、至少700-800IU/mL、至少800-850IU/mL、至少850IU/mL或至少900IU/mL。12.权利要求1-11中任一项的方法，其还包括使所述cDNA:RNA杂交复合物与可检测地标记的探针接触。13.权利要求12的方法，其中所述可检测标记是选自以下的荧光报道分子：4-乙酰胺基-4'-异硫氰酸基茋-2,2'二磺酸、吖啶和衍生物(吖啶、吖啶异硫氰酸酯)、AlexaFluor(Alexa350、Alexa488、Alexa546、Alexa555、Alexa568、Alexa594、Alexa647(MolecularProbes))、5-(2'-氨基乙基)氨基萘-1-磺酸(EDANS)、4-氨基-N-[3-乙烯基磺酰基)苯基]萘酰亚胺-3,5-二磺酸酯(荧光黄VS)、N-(4-苯胺基-1-萘基)马来酰亚胺、邻氨基苯甲酰胺、R-6G、530/550、FL、亮黄、CalFluorRed(CFR610)、香豆素和衍生物(香豆素、7-氨基-4-甲基香豆素(AMC、香豆素120)、7-氨基-4-三氟甲基香豆素(香豆素151))、四氯四溴荧光素、4',6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)、5',5”-二溴邻苯三酚-磺酞(溴邻苯三酚红)、7-二乙基氨基-3-(4'-异硫氰酸基苯基)-4-甲基香豆素、二亚乙基三胺五乙酸酯、4,4'-二异硫氰酸基二氢-茋-2,2'-二磺酸、4,4'-二异硫氰酸基茋-2,2'-二磺酸、5-[二甲基氨基]萘-1-磺酰氯(DNS、丹磺酰氯)、4-(4'-二甲基氨基苯基偶氮基)苯甲酸(DABCYL)、4-二甲基氨基苯基偶氮基苯基-4'-异硫氰酸酯(DABITC)、EclipseTM(EpochBiosciencesInc.)、曙红和衍生物(曙红、曙红异硫氰酸酯)、赤藓红和衍生物(赤藓红B、赤藓红异硫氰酸酯)、乙锭、荧光素和衍生物(5-羧基荧光素(FAM)、5-(4,6-二氯三嗪-2-基)氨基荧光素(DTAF)、2',7'-二甲氧基-4'5'-二氯-6-羧基荧光素(JOE)、荧光素、荧光素异硫氰酸酯(FITC)、六氯-6-羧基荧光素(HEX)、QFITC(XRITC)、四氯荧光素(TET)、荧光胺、IR144、IR1446、镧系磷光体、孔雀石绿异硫氰酸酯、4-甲基伞形酮、邻甲酚酞、硝基酪氨酸、副玫瑰苯胺、酚红、B-藻红蛋白、R-藻红蛋白、别藻蓝蛋白、邻苯二甲醛、Oregon碘化丙锭、芘和衍生物(芘、芘丁酸酯、1-芘丁酸丁二酰亚胺酯)、7、9、21、35(MolecularProbes)、反应红4(亮红3B-A)、罗丹明和衍生物(6-羧基-X-罗丹明(ROX)、6-羧基罗丹明(R6G)、丽丝胺罗丹明B磺酰氯、罗丹明(Rhod)、罗丹明B、罗丹明123、罗丹明绿、罗丹明X异硫氰酸酯、磺酰罗丹明B、磺酰罗丹明101、磺酰罗丹明101的磺酰氯衍生物(德克萨斯红)、N,N,N',N'-四甲基-6-羧基罗丹明(TAMRA)、四甲基罗丹明、四甲基罗丹明异硫氰酸酯(TRITC)、核黄素、玫红酸、铽螯合物衍生物、Quas...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·罗杰斯，J·A·莱克，N·J·克拉克，R·E·鲍曼，
申请(专利权)人：奎斯特诊断投资有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国,US