【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用MITRA尖端提取检测囊性纤维化突变的方法
本公开文本提供了用于确定表现出囊性纤维化症状的患者或有囊性纤维化风险的患者是否将受益于用一种或多种抗囊性纤维化治疗剂进行的治疗的方法。这些方法基于在使用体积计量吸收微量取样装置收集的小体积干生物流体样品中检测遗传性囊性纤维化相关突变。可以使用下一代测序(NGS)检测对应于一种或多种囊性纤维化相关突变的靶核酸序列的改变。还提供了用于实践所述方法的试剂盒。
技术介绍
下文提供对本公开文本的背景的说明只为了帮助读者理解本公开文本,并且并不承认描述或构成本公开文本的现有技术。囊性纤维化(CF)是高加索人群中最常见的严重常染色体隐性遗传性障碍。它影响北美大约1/2,500的活产儿(Boat等人,TheMetabolicBasisofInheritedDisease,第6版,第2649-2680页,McGrawHill,NY(1989))。北欧高加索人后裔中大约有1/25人是所述疾病的携带者。负责基因位于7号染色体长臂上存在的250,000个碱基对基因组序列中。该序列编码称为“囊性纤维化跨膜调节因子”(或“CFTR”)的膜相关蛋白。CFTR基因中存在超过1000种不同的突变,每种突变在不同群体中具有不同的发生频率,目前报告给囊性纤维化遗传分析联盟(CysticFibrosisGeneticAnalysisConsortium)。这些突变存在于CFTR基因的编码区(例如ΔF508,在约70%的CF等位基因中发现的突变,代表508位处苯丙氨酸残基的缺失)和非编码区(例如5T、7T和9T变体对应于位于内含子8的剪接分支/受体位 ...
【技术保护点】
1.一种用于检测样品CFTR核酸中的至少一种突变的方法,其包括(a)从自微量取样装置的吸收尖端洗脱的干生物流体样品中提取所述样品CFTR核酸;(b)产生包含对应于所述样品CFTR核酸的多个靶区段的扩增子的文库;以及(c)使用高通量大规模平行测序检测所述文库中扩增子中的至少一个中的至少一种突变。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.11.15 US 62/422,3381.一种用于检测样品CFTR核酸中的至少一种突变的方法,其包括(a)从自微量取样装置的吸收尖端洗脱的干生物流体样品中提取所述样品CFTR核酸;(b)产生包含对应于所述样品CFTR核酸的多个靶区段的扩增子的文库;以及(c)使用高通量大规模平行测序检测所述文库中扩增子中的至少一个中的至少一种突变。2.权利要求1的方法,其中所述干生物流体样品是干血浆、干血清或干全血。3.权利要求1或2的方法,其中所述微量取样装置的吸收尖端上的干生物流体样品是通过手指针刺从患者收集的。4.权利要求1至3中任一项的方法,其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与裂解缓冲液和蛋白酶K接触来进行的。5.权利要求4的方法,其中所述裂解缓冲液包含盐酸胍、Tris·Cl、EDTA、Tween20和TritonX-100。6.权利要求4或5的方法,其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与所述裂解缓冲液在90℃下接触长达15分钟来进行的。7.权利要求4-6中任一项的方法,其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与蛋白酶K在56℃下接触长达1小时来进行的。8.权利要求4-7中任一项的方法,其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与蛋白酶K在56℃下接触长达16-18小时来进行的。9.权利要求1至8中任一项的方法,其中所述微量取样装置是体积计量吸收微量取样装置。10.权利要求1至9中任一项的方法,其中所述微量取样装置是尖端。11.权利要求1至10中任一项的方法,其中所述微量取样装置的样品体积不超过10-20μL。12.权利要求1-11中任一项的方法,其中从所述微量取样装置的吸收尖端洗脱不超过400ng基因组DNA。13.权利要求1-12中任一项的方法,其中从所述微量取样装置的吸收尖端洗脱约100ng至约400ng基因组DNA。14.权利要求1-13中任一项的方法,其中所述至少一种突变选自碱基变化、基因缺失和基因重复。15.权利要求1-14中任一项的方法,其中所述至少一种突变选自表2中列出的突变。16.权利要求1-15中任一项的方法,其中所述至少一种突变与囊性纤维化相关。17.权利要求1-16中任一项的方法,其中所述干生物流体样品是从表现出囊性纤维化症状或具有囊性纤维化或CFTR突变家族史的个体获得的。18.权利要求1-17中任一项的方法,其中所述干生物流体样品是从患有囊性纤维化或具有至少一种CFTR突变的妇产科患者的男性伴侣获得的。19.权利要求1-18中任一项的方法,其中所述多个靶区段一起跨越CFTR基因的所有编码区和非编码区。20.权利要求19的方法,其中所述多个靶区段还跨越紧邻所述CFTR基因的第一外显子上游的启动子区的约1000个核苷酸。21.权利要求20的方法,其中所述多个靶区段还跨越紧邻CFTR基因下游的约200至350个核苷酸。22.权利要求1-21中任一项的...
【专利技术属性】
技术研发人员:H·桑德斯,N·J·克拉克,
申请(专利权)人:奎斯特诊断投资有限责任公司,
类型:发明
国别省市:美国,US
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