米猪及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一种米猪及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法，通过提取生猪肉或肉制品的基因组DNA，经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序，根据测序结果特点位点的SNP基因型鉴定米猪及其肉制品；所述的Sanger测序，其鉴定位点为：pig12‑6044104、pig16‑72138396、pig4‑119045753、pig13‑32829013和pig15‑55926968位点处出现特异突变；本发明专利技术解决现有技术中尚未有米猪及其肉制品相关的鉴定方法的问题。

SNP Marker Combination and Identification of Rice Pig and Raw Meat Products

【技术实现步骤摘要】
米猪及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法
本专利技术涉及的是一种食品安全监测领域，具体涉及一种米猪及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法。
技术介绍
太湖流域地方品种猪主要有：二花脸猪、梅山猪、枫泾猪、沙乌头猪、米猪、嘉兴黑猪，其中梅山猪因体型大小分为中梅山猪和小梅山猪。太湖流域地方品种猪同根共源，又各具特点，但因其体型外貌相近，尤其是仔猪，在生产中存在混淆的情况，而通过传统体型外貌品种鉴定方法将太湖流域地方品种猪各个品种进行区分难度较大，不利于有效地开展保种和开发利用工作。另一方面，太湖流域地方品种猪肉质鲜美而广受消费者欢迎，其经济价值高于市场常见的杜洛克、长白、大白猪等杂交后代猪肉，因而市场上出现了上述杂交后代猪肉假冒的太湖流域地方品种猪肉销售的情况，以及将上述杂交猪肉掺假在太湖流域地方品种猪肉产品(例如火腿、肉馅等)的销售行为，但传统方法无法对宰杀分割肉和处理后的肉制品进行准确归属判断。单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，具有位点丰富、分布广泛、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。而其中，在一定的品种(群体)范围内，只在一个群体中出现的SNP被称作品种特异SNP。品种特异SNP位点筛选和位点组合方法研究是开展品种和制品鉴定的关键。第三代分子标记SNP相对于前两代分子标记具有变异丰富、对DNA样本要求低、稳定性高、测定准确、检测方法简便且通量高等优点。目前，第三代分子标记SNP已广泛应用于亲子鉴定、动植物品种(品系)鉴定、遗传育种等领域。
技术实现思路
本专利技术的目的在于针对现有技术的不足，提出一种鉴定米猪及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法，利用第三代分子标记鉴别及Sanger测序技术鉴别米猪及生肉制品，解决现有技术中尚未有米猪及其肉制品相关的鉴定方法的问题，提供了一种结果准确、操作简单、价格低廉的鉴定米猪及其肉制品的方法和相关专用引物。本专利技术的目的是通过以下技术方案实现的：一种米猪及生肉制品的SNP标记组合，包括：pig12-6044104、pig16-72138396、pig4-119045753、pig13-32829013和pig15-55926968，所述pig12-6044104表示猪12号染色体第6044104位位点，pig16-72138396表示猪16号染色体第72138396位位点，pig4-119045753表示猪4号染色体第119045753位位点，pig13-32829013表示猪13号染色体第32829013位位点，pig15-55926968表示猪15号染色体第55926968位位点。进一步地，基于SNP标记组合的米猪及其生肉制品鉴定方法，首先提取待鉴定的生猪肉或肉制品的基因组DNA，然后经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序，得到SNP标记组合各个检测位点的信息，当SNP标记组合任意三个位点处出现特异突变，即可鉴定为米猪及其肉制品。进一步地，所述的PCR扩增，pig12-6044104处的上下游引物的序列如SEQIDNO.1～2所示，pig16-72138396处的上下游引物的序列如SEQIDNO.3～4所示，pig4-119045753处的上下游引物的序列如SEQIDNO.5～6所示，pig13-32829013处的上下游引物的序列如SEQIDNO.7～8所示，pig15-55926968处的上下游引物的序列如SEQIDNO.9～10所示。进一步地，测序产物鉴定位点对比信息如下表所示：SNPREFALTpig12-6044104TApig16-72138396ACpig4-119045753CTpig13-32829013CTpig15-55926968CA表中REF代表参考基因型，ALT代表突变基因型。进一步地，所述的鉴定位点信息为：各个检测位点的突变基因型与参考基因型，当待测猪检测位点出现参考基因型时认为该位点没有鉴定意义，当待测猪检测位点出现突变基因型时，认为该位点具有鉴定意义。本专利技术的有益效果是：与现有技术相比，本专利技术以米猪品种特有SNP位点为鉴定依据，从分子层面研究鉴别米猪的方法，并以Sanger测序为主要分子鉴定方法，能够将米猪与其他猪品种(品系)相互鉴定区分，并能将米猪与常见西方猪种鉴定区分，例如：小梅山猪、枫泾猪、中梅山猪、二花脸猪、嘉兴黑猪、沙乌头猪、长白猪、大白猪、杜洛克、皮特兰、巴克夏等。具体实施方式以下对本专利技术具体实施方式作进一步详细说明。本专利技术涉及一种米猪及生肉制品的SNP标记组合，包括：pig12-6044104、pig16-72138396、pig4-119045753、pig13-32829013和pig15-55926968，所述pig12-6044104表示猪12号染色体第6044104位位点，pig16-72138396表示猪16号染色体第72138396位位点，pig4-119045753表示猪4号染色体第119045753位位点，pig13-32829013表示猪13号染色体第32829013位位点，pig15-55926968表示猪15号染色体第55926968位位点。本专利技术提供了一种基于上述SNP标记组合的米猪及其生肉制品鉴定方法，首先提取待鉴定的生猪肉或肉制品的基因组DNA，然后经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序，得到SNP标记组合各个检测位点的信息，当SNP标记组合任意三个位点处出现特异突变，即可鉴定为米猪及其肉制品。所述的PCR扩增，其中涉及的引物如表1所示：表1扩增位点引物及产物信息表中F代表上游引物，R代表下游引物，length代表标准产物长度，F'-position代表SNP位点在扩增产物的位置。所述的PCR扩增，反应体系为模板DNA1ng/uL、引物1uL、H2O3.8uL、2×TaqPCRMasrerMix50uL；和/或，所述PCR反应的反应程序为95℃预变性2min，95℃预变性30s，60℃退火温度30s，72℃延伸1min，循环次数30次，72℃再延伸10min。所述的琼脂糖凝胶的质量浓度为2％。所述的凝胶电泳，其条带长度要求为如表1所示。测序产物鉴定位点对比信息如表2所示：表2测序产物鉴定位点对比信息SNPREFALTpig12-6044104TApig16-72138396ACpig4-119045753CTpig13-32829013CTpig15-55926968CA表中REF代表参考基因型，ALT代表突变基因型。如表2所示，各个检测位点的突变基因型与参考基因型，当待测猪检测位点出现参考基因型时认为该位点没有鉴定意义，当待测猪检测位点出现突变基因型时，认为该位点具有鉴定意义，例如一头待测猪A在pig12-6044104位点，如果测序数据为T，则认为待测猪A在pig12-6044104位点不具备鉴定意义；如果测序数据为A，则认为待测猪A在pig12-6044104位点具有鉴定意义。由于单个位点作为鉴定依据的存在假阳性错判，且错判概率较高，所以本专利技术利用位点组合作为鉴定Marker。各个品种鉴定位点组合鉴定Marker信息如表3所示。表3鉴本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种米猪及生肉制品的SNP标记组合，其特征在于，包括：pig12‑6044104、pig16‑72138396、pig4‑119045753、pig13‑32829013和pig15‑55926968；所述pig12‑6044104表示猪12号染色体第6044104位位点，pig16‑72138396表示猪16号染色体第72138396位位点，pig4‑119045753表示猪4号染色体第119045753位位点，pig13‑32829013表示猪13号染色体第32829013位位点，pig15‑55926968表示猪15号染色体第55926968位位点。

【技术特征摘要】
1.一种米猪及生肉制品的SNP标记组合，其特征在于，包括：pig12-6044104、pig16-72138396、pig4-119045753、pig13-32829013和pig15-55926968；所述pig12-6044104表示猪12号染色体第6044104位位点，pig16-72138396表示猪16号染色体第72138396位位点，pig4-119045753表示猪4号染色体第119045753位位点，pig13-32829013表示猪13号染色体第32829013位位点，pig15-55926968表示猪15号染色体第55926968位位点。2.一种基于权利要求1所述SNP标记组合的米猪及其生肉制品鉴定方法，其特征在于，首先提取待鉴定的生猪肉或肉制品的基因组DNA，然后经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序，得到SNP标记组合各个检测位点的信息，当SNP标记组合任意三个位点处出现特异突变，即可鉴定为米猪及其肉制品。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述的PCR扩...

【专利技术属性】
技术研发人员：潘玉春，王起山，岳阳，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33