玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开了玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用。本发明专利技术提供了300个SNP位点在如下(1)‑(4)中至少一种中的应用：(1)检测玉米自交系遗传相似度；(2)检测玉米杂交种杂合度；(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；(4)玉米分子育种；本发明专利技术从740对SNP引物中筛选确定一套适用于玉米分子育种的SNP位点组合。因此本发明专利技术基于样品高通量的KASP检测平台，筛选适用于玉米分子育种的核心SNP位点组合，能够显著提高育种效率。

Combination of core SNP loci in maize molecular breeding and its application

【技术实现步骤摘要】
玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用
本专利技术属于生物
，尤其涉及玉米分子育种核心SNP位点组合及其应用。
技术介绍
目前我国玉米新品种培育很大程度仍然依赖常规育种技术，育种周期长、效率低、偶然性大、且费时费力。基因组学和DNA分子标记技术的飞速发展催生了作物分子育种。分子标记技术主要包括RAPD、AFLP、SSR、SNP等。其中SSR技术因其具有多态性高、操作简单等优点，目前在我国作物遗传育种上应用较为普遍和广泛。但是，由于SSR标记技术无法满足大规模、高通量、自动化的检测需求，在先锋、孟山都等国际种子企业已将SNP标记技术作为作物分子育种研发的主要标记技术。SNP标记作为第三代分子标记，与SSR标记相比具有以下优势：一是在基因组中密度更高分布更均匀；二是易实现数据整合比较；三是高通量，检测位点数可达几百万个；四是易实现数据统计的自动化。Illumina、Affymetrix、DouglasScientific等公司相继推出了SNP基因分型高通量检测平台，可以满足低、中、高不同通量的检测需求。随着玉米全基因组测序工作的大规模开展，SNP位点信息不断丰富和扩充，为开展基于SNP标记技术的玉米高通量分子育种奠定了良好的基础。近两年，国内科研单位及企业已经探索将SNP芯片技术应用在品种鉴定、分子育种检测等方面，位点高通量的玉米SNP芯片MaizeSNP200K、MaizeSNP3072、MaizeSNP384、MaizeSNP55K及Maize6H90K等相继问世。但是由于芯片单个样品检测成本偏高、位点固定等，在分子标记辅助选择育种中的应用受到一定限制。而KASP检测平台既能够达到样品高通量的目的，又能实现SNP位点的灵活变化和自由组合，比较符合玉米分子育种对SNP位点的检测需要。
技术实现思路
为了提高玉米育种效率，本专利技术筛选出300个SNP位点用于检测玉米自交系遗传相似度、玉米杂交种杂合度或用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择等分子育种。本专利技术的一个目的是提供300个SNP位点在如下(1)-(4)中至少一种中的应用：(1)检测玉米自交系遗传相似度；(2)检测玉米杂交种杂合度；(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；(4)玉米分子育种；所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73RefGenV4；所述300个SNP位点是BJ001-BJ300；BJ001位于1号染色体上第2386298位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ002位于1号染色体上第9015954位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ003位于1号染色体上第11678232位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ004位于1号染色体上第18044029位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ005位于1号染色体上第21772113位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ006位于1号染色体上第24949696位，其脱氧核苷酸为T或G；BJ007位于1号染色体上第27995196位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ008位于1号染色体上第30525614位，其脱氧核苷酸为T或G；BJ009位于1号染色体上第36684150位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ010位于1号染色体上第44316803位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ011位于1号染色体上第44730532位，其脱氧核苷酸为A或C；BJ012位于1号染色体上第57256655位，其脱氧核苷酸为A或C；BJ013位于1号染色体上第62426055位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ014位于1号染色体上第64842917位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ015位于1号染色体上第80946353位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ016位于1号染色体上第88699192位，其脱氧核苷酸为T或G；BJ017位于1号染色体上第99951335位，其脱氧核苷酸为A或C；BJ018位于1号染色体上第108427900位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ019位于1号染色体上第110560233位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ020位于1号染色体上第113772604位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ021位于1号染色体上第123880045位，其脱氧核苷酸为T或G；BJ022位于1号染色体上第157314653位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ023位于1号染色体上第158442106位，其脱氧核苷酸为T或G；BJ024位于1号染色体上第166195632位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ025位于1号染色体上第182929292位，其脱氧核苷酸为T或G；BJ026位于1号染色体上第200710300位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ027位于1号染色体上第212613678位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ028位于1号染色体上第223545401位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ029位于1号染色体上第239173394位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ030位于1号染色体上第245200617位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ031位于1号染色体上第246790737位，其脱氧核苷酸为G或C；BJ032位于1号染色体上第249338521位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ033位于1号染色体上第252666922位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ034位于1号染色体上第257767178位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ035位于1号染色体上第270258270位，其脱氧核苷酸为A或C；BJ036位于1号染色体上第278821858位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ037位于1号染色体上第286308381位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ038位于1号染色体上第287809693位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ039位于1号染色体上第290907274位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ040位于1号染色体上第294734309位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ041位于1号染色体上第295780473位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ042位于1号染色体上第297926819位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ043位于1号染色体上第302251282位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ044位于1号染色体上第304304693位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ045位于2号染色体上第3763049位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ046位于2号染色体上第6962452位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ047位于2号染色体上第9725122位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ048位于2号染色体上第13595075位，其脱氧核苷酸为A或C；BJ049位于2号染色体上第30127728位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ050位于2号染色体上第38275041位，其脱氧核苷酸为A或G；BJ051位于2号染色体上第39887341位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ052位于2号染色体上第48114795位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ053位于2号染色体上第53850049位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ054位于2号染色体上第61532853位，其脱氧核苷酸为T或C；BJ055位于2号染色体上第64590989位，其脱氧核苷酸为A或C；BJ056位于2号染色体上第821854本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.300个SNP位点在如下(1)‑(4)中至少一种中的应用：(1)检测玉米自交系遗传相似度；(2)检测玉米杂交种杂合度；(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；(4)玉米分子育种；所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73 RefGen V4；所述300个SNP位点是BJ001‑BJ300；BJ001位于1号染色体上第2386298位；BJ002位于1号染色体上第9015954位；BJ003位于1号染色体上第11678232位；BJ004位于1号染色体上第18044029位；BJ005位于1号染色体上第21772113位；BJ006位于1号染色体上第24949696位；BJ007位于1号染色体上第27995196位；BJ008位于1号染色体上第30525614位；BJ009位于1号染色体上第36684150位；BJ010位于1号染色体上第44316802位；BJ011位于1号染色体上第44730532位；BJ012位于1号染色体上第57256655位；BJ013位于1号染色体上第62426055位；BJ014位于1号染色体上第64842917位；BJ015位于1号染色体上第80946353位；BJ016位于1号染色体上第88699192位；BJ017位于1号染色体上第99951335位；BJ018位于1号染色体上第108427900位；BJ019位于1号染色体上第110560233位；BJ020位于1号染色体上第113772604位；BJ021位于1号染色体上第123880045位；BJ022位于1号染色体上第157314653位；BJ023位于1号染色体上第158442106位；BJ024位于1号染色体上第166195632位；BJ025位于1号染色体上第182929292位；BJ026位于1号染色体上第200710300位；BJ027位于1号染色体上第212613678位；BJ028位于1号染色体上第223545401位；BJ029位于1号染色体上第239173394位；BJ030位于1号染色体上第245200617位；BJ031位于1号染色体上第246790737位；BJ032位于1号染色体上第249338521位；BJ033位于1号染色体上第252666922位；BJ034位于1号染色体上第257767178位；BJ035位于1号染色体上第270258270位；BJ036位于1号染色体上第278821858位；BJ037位于1号染色体上第286308381位；BJ038位于1号染色体上第287809693位；BJ039位于1号染色体上第290907274位；BJ040位于1号染色体上第294734309位；BJ041位于1号染色体上第295780473位；BJ042位于1号染色体上第297926819位；BJ043位于1号染色体上第302251282位；BJ044位于1号染色体上第304304693位；BJ045位于2号染色体上第3763049位；BJ046位于2号染色体上第6962452位；BJ047位于2号染色体上第9725122位；BJ048位于2号染色体上第13595075位；BJ049位于2号染色体上第30127728位；BJ050位于2号染色体上第38275041位；BJ051位于2号染色体上第39887341位；BJ052位于2号染色体上第48114795位；BJ053位于2号染色体上第53850049位；BJ054位于2号染色体上第61532853位；BJ055位于2号染色体上第64590989位；BJ056位于2号染色体上第82185472位；BJ057位于2号染色体上第91614222位；BJ058位于2号染色体上第106729029位；BJ059位于2号染色体上第115915285位；BJ060位于2号染色体上第131206918位；BJ061位于2号染色体上第152741735位；BJ062位于2号染色体上第171118069位；BJ063位于2号染色体上第178096449位；BJ064位于2号染色体上第183651486位；BJ065位于2号染色体上第187447790位；BJ066位于2号染色体上第191280878位；BJ067位于2号染色体上第198323481位；BJ068位于2号染色体上第201507721位；BJ069位于2号染色体上第205404138位；BJ070位于2号染色体上第209509992位；BJ071位于2号染色体上第219172449位；BJ072位于2号染色体上第222359478位；BJ073位于2号染色体上第225208099位；BJ074位于2号染色体上第22740...

【技术特征摘要】
1.300个SNP位点在如下(1)-(4)中至少一种中的应用：(1)检测玉米自交系遗传相似度；(2)检测玉米杂交种杂合度；(3)用于玉米回交转育的分子标记辅助背景选择；(4)玉米分子育种；所述300个SNP位点的物理位置是基于玉米品种B73的全基因组序列比对确定的，所述玉米品种B73全基因组序列的版本号为B73RefGenV4；所述300个SNP位点是BJ001-BJ300；BJ001位于1号染色体上第2386298位；BJ002位于1号染色体上第9015954位；BJ003位于1号染色体上第11678232位；BJ004位于1号染色体上第18044029位；BJ005位于1号染色体上第21772113位；BJ006位于1号染色体上第24949696位；BJ007位于1号染色体上第27995196位；BJ008位于1号染色体上第30525614位；BJ009位于1号染色体上第36684150位；BJ010位于1号染色体上第44316802位；BJ011位于1号染色体上第44730532位；BJ012位于1号染色体上第57256655位；BJ013位于1号染色体上第62426055位；BJ014位于1号染色体上第64842917位；BJ015位于1号染色体上第80946353位；BJ016位于1号染色体上第88699192位；BJ017位于1号染色体上第99951335位；BJ018位于1号染色体上第108427900位；BJ019位于1号染色体上第110560233位；BJ020位于1号染色体上第113772604位；BJ021位于1号染色体上第123880045位；BJ022位于1号染色体上第157314653位；BJ023位于1号染色体上第158442106位；BJ024位于1号染色体上第166195632位；BJ025位于1号染色体上第182929292位；BJ026位于1号染色体上第200710300位；BJ027位于1号染色体上第212613678位；BJ028位于1号染色体上第223545401位；BJ029位于1号染色体上第239173394位；BJ030位于1号染色体上第245200617位；BJ031位于1号染色体上第246790737位；BJ032位于1号染色体上第249338521位；BJ033位于1号染色体上第252666922位；BJ034位于1号染色体上第257767178位；BJ035位于1号染色体上第270258270位；BJ036位于1号染色体上第278821858位；BJ037位于1号染色体上第286308381位；BJ038位于1号染色体上第287809693位；BJ039位于1号染色体上第290907274位；BJ040位于1号染色体上第294734309位；BJ041位于1号染色体上第295780473位；BJ042位于1号染色体上第297926819位；BJ043位于1号染色体上第302251282位；BJ044位于1号染色体上第304304693位；BJ045位于2号染色体上第3763049位；BJ046位于2号染色体上第6962452位；BJ047位于2号染色体上第9725122位；BJ048位于2号染色体上第13595075位；BJ049位于2号染色体上第30127728位；BJ050位于2号染色体上第38275041位；BJ051位于2号染色体上第39887341位；BJ052位于2号染色体上第48114795位；BJ053位于2号染色体上第53850049位；BJ054位于2号染色体上第61532853位；BJ055位于2号染色体上第64590989位；BJ056位于2号染色体上第82185472位；BJ057位于2号染色体上第91614222位；BJ058位于2号染色体上第106729029位；BJ059位于2号染色体上第115915285位；BJ060位于2号染色体上第131206918位；BJ061位于2号染色体上第152741735位；BJ062位于2号染色体上第171118069位；BJ063位于2号染色体上第178096449位；BJ064位于2号染色体上第183651486位；BJ065位于2号染色体上第187447790位；BJ066位于2号染色体上第191280878位；BJ067位于2号染色体上第198323481位；BJ068位于2号染色体上第201507721位；BJ069位于2号染色体上第205404138位；BJ070位于2号染色体上第209509992位；BJ071位于2号染色体上第219172449位；BJ072位于2号染色体上第222359478位；BJ073位于2号染色体上第225208099位；BJ074位于2号染色体上第227408503位；BJ075位于2号染色体上第230560613位；BJ076位于2号染色体上第231791729位；BJ077位于2号染色体上第232254988位；BJ078位于2号染色体上第242416915位；BJ079位于2号染色体上第243465767位；BJ080位于3号染色体上第5496829位；BJ081位于3号染色体上第8207992位；BJ082位于3号染色体上第10558026位；BJ083位于3号染色体上第14516004位；BJ084位于3号染色体上第17171530位；BJ085位于3号染色体上第41716639位；BJ086位于3号染色体上第110791214位；BJ087位于3号染色体上第108749512位；BJ088位于3号染色体上第89708520位；BJ089位于3号染色体上第117394708位；BJ090位于3号染色体上第110841958位；BJ091位于3号染色体上第126925604位；BJ092位于3号染色体上第133077911位；BJ093位于3号染色体上第135455615位；BJ094位于3号染色体上第143615147位；BJ095位于3号染色体上第142490909位；BJ096位于3号染色体上第152440715位；BJ097位于3号染色体上第157891895位；BJ098位于3号染色体上第167226752位；BJ099位于3号染色体上第177267256位；BJ100位于3号染色体上第180846069位；BJ101位于3号染色体上第182654916位；BJ102位于3号染色体上第187256252位；BJ103位于3号染色体上第198917190位；BJ104位于3号染色体上第206991538位；BJ105位于3号染色体上第211618708位；BJ106位于3号染色体上第212618653位；BJ107位于3号染色体上第215638283位；BJ108位于3号染色体上第218833090位；BJ109位于3号染色体上第219573683位；BJ110位于3号染色体上第230174013位；BJ111位于3号染色体上第233313935位；BJ112位于3号染色体上第235335829位；BJ113位于4号染色体上第1739065位；BJ114位于4号染色体上第14933099位；BJ115位于4号染色体上第19992707位；BJ116位于4号染色体上第21275190位；BJ117位于4号染色体上第23825706位；BJ118位于4号染色体上第34701792位；BJ119位于4号染色体上第39073611位；BJ120位于4号染色体上第58181917位；BJ121位于4号染色体上第69980490位；BJ122位于4号染色体上第82716278位；BJ123位于4号染色体上第116463964位；BJ124位于4号染色体上第123436433位；BJ125位于4号染色体上第128449774位；BJ126位于4号染色体上第131909367位；BJ127位于4号染色体上第134817964位；BJ128位于4号染色体上第148978829位；BJ129位于4号染色体上第152675972位；BJ130位于4号染色体上第154203504位；BJ131位于4号染色体上第157207753位；BJ132位于4号染色体上第172954523位；BJ133位于4号染色体上第176222779位；BJ134位于4号染色体上第180169695位；BJ135位于4号染色体上第198077263位；BJ136位于4号染色体上第205815966位；BJ137位于4号染色体上第212298903位；BJ138位于4号染色体上第214574654位；BJ139位于4号染色体上第218923039位；BJ140位于4号染色体上第225636570位；BJ141位于4号染色体上第227482564位；BJ142位于4号染色体上第236207694位；BJ143位于4号染色体上第238721563位；BJ144位于4号染色体上第241456450位；BJ145位于4号染色体上第243231190位；BJ146位于4号染色体上第245873226位；BJ147位于5号染色体上第7148611位；BJ148位于5号染色体上第8851444位；BJ149位于5号染色体上第11683352位；BJ150位于5号染色体上第13744674位；BJ151位于5号染色体上第21325877位；BJ152位于5号染色体上第21505964位；BJ153位于5号染色体上第30864455位；BJ154位于5号染色体上第34231061位；BJ155位于5号染色体上第36896481位；BJ156位于5号染色体上第43932481位；BJ157位于5号染色体上第51387774位；BJ158位于5号染色体上第60848684位；BJ159位于5号染色体上第62765284位；BJ160位于5号染色体上第66013542位；BJ161位于5号染色体上第74821251位；BJ162位于5号染色体上第82969158位；BJ163位于5号染色体上第90502766位；BJ164位于5号染色体上第103189624位；BJ165位于5号染色体上第118052768位；BJ166位于5号染色体上第134288332位；BJ167位于5号染色...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋伟，赵久然，苏爱国，王帅帅，李春辉，张如养，王凤格，田红丽，王蕊，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京,11