探针组合及其含有探针组合的试剂盒在检测TTN单基因突变情况的应用制造技术

本发明专利技术涉及探针组合及其含有探针组合的试剂盒在检测TTN单基因突变情况的应用，具体涉及一种用于检测TTN单基因突变情况的探针组合、一种包含探针组合的检测TTN单基因突变情况的试剂盒，并将所述试剂盒用于肿瘤患者PD‑1抗体治疗疗效预测评估。本发明专利技术能够同时解决市场上基因检测中小基因组合检测肿瘤突变负荷不准确和大基因组合检测肿瘤突变负荷成本浪费，时间周期长的缺点。

Application of Probe Combination and Its Kit Containing Probe Combination in Detecting Single Gene Mutation of TTN

【技术实现步骤摘要】
探针组合及其含有探针组合的试剂盒在检测TTN单基因突变情况的应用
本专利技术属于基因检测
，具体涉及探针组合及其含有探针组合的试剂盒在检测TTN单基因突变情况的应用。
技术介绍
以PD-1抗体为代表的免疫治疗方案是最近几年发展起来的一种肿瘤创新性疗法，这种治疗方案是通过解除肿瘤细胞和免疫细胞的特异性结合从而重新激活人体自身免疫能力达到自体杀伤肿瘤细胞的目的。肿瘤微环境会诱导浸润的T细胞高表达PD-1分子，肿瘤细胞会高表达PD-1的配体PD-L1和PD-L2，产生特异性结合，导致肿瘤微环境中PD-1通路持续激活，T细胞功能被抑制，无法杀伤肿瘤细胞，PD-1抗体能够阻断这一通路，也就是解除了肿瘤细胞和T细胞的特异性结合，激发和恢复了T细胞的部分功能，杀伤肿瘤细胞。目前也已经陆陆续续有一些PD-1抗体获得FDA和CFDA的审批上市。虽然PD-1抗体的问世给过往一些没有特定药物治疗的癌症带来了希望，但是从现有的治疗效果来看，PD-1抗体用在中国患者身上的完全缓解率（CRR）不到20%并且常常出现一些严重的不良反应，因此通过获得生物标记物（biomarker）对肿瘤患者做分层治疗就变得非常必要，现有公认的生物标记物包括PD-L1表达水平和肿瘤突变负荷（TMB），同时通过第二代测序技术检测肿瘤突变负荷是比较行之有效的分子检测方案，其对于PD-1抗体治疗效果的预测准确率可以达到60%以上。检测肿瘤突变负荷的方法一般是通过二代测序的方法检测基因的突变，通过过滤、筛选和计算得到最终的肿瘤突变负荷（TMB）数值。人类有2万多个基因，31.6亿个碱基对，要研究哪些基因哪些位点与人类肿瘤有密切相关性，是一件很复杂，任务庞大的事情，国内基因检测公司针对不同的肿瘤与检测目的，有不同的基因panel的选取，如果基因panel选取不当，基因位点或者区域选取不当，就会错失重要位点的信息。现有的方案中主要包括：1、捕获全部基因的CDS区域并且测序（即全外显子组测序WES）；2、捕获至少200个以上基因并且测序（即特定基因捕获测序）；市面上常见的计算TMB的panel产品包括罗氏公司收购的FoundationMedicine公司的FoundationOneCDx产品，总共捕获并快速鉴定324个基因中的变异；纪念斯隆凯特琳癌症中心（简称MSK）的MSKIMPACT产品，可快速鉴定341个基因中的变异以及基因组其他分子变化情况。上述这些测定肿瘤突变负荷的方案和panel产品，无论是全外显子组测序（WES）方案还是特定基因捕获测序如FoundationOneCDx产品以及MSKIMPACT产品等大panel产品都需要捕获测定很多的基因，检测位点全面，涵盖较多的靶向化疗药物，但从检测结果上来看，有一部分基因在医学上的作用尚未明确，和实际用药检测并不相关，很大一部分推荐的药物较难获取，而且测序需要的DNA起始量也比较高，需要的时间周期也比较长，往往会造成检测成本的浪费。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种探针组合，及含有该探针组合的试剂盒用于检测TTN单基因的突变情况，通过DNA测序方法和生物信息学分析方法测定分析试剂中TTN单基因的突变有无以及突变数目，根据TTN单基因的突变判断肿瘤患者是否适用于PD-1抗体治疗，将能够检测TTN单基因突变情况的试剂盒用于检测肿瘤患者PD-1抗体治疗疗效，能够同时解决市场上基因检测中小基因组合检测不准确和大基因组合检测成本浪费，时间周期长的缺点。为实现上述目的，本专利技术通过如下技术方案实现：一种检测TTN单基因突变情况的探针组合，所述探针的序列如SEQIDNO.1~SEQIDNO.1349所示。进一步的，检测TTN单基因突变情况的探针组合在制备用于检测肿瘤患者是否适用于PD-1抗体治疗的试剂盒中的用途。一种检测TTN单基因突变情况的试剂盒，包含检测TTN单基因突变情况的探针组合，所述探针的序列如SEQIDNO.1~SEQIDNO.1349所示。进一步的，所述试剂盒用于肿瘤患者PD-1抗体治疗疗效预测评估。进一步的，所述肿瘤患者PD-1抗体治疗疗效预测评估包括：（1）分别提取肿瘤样本和对照样本的DNA分别于检测TTN单基因突变情况的试剂盒中，利用包含编号为SEQIDNO.1~SEQIDNO.1349所示探针序列捕获肿瘤样本和对照样本中的TTN单基因的CDS区域，进行对照实验；（2）通过DNA测序方法分别测定实验组试剂盒和对照组试剂盒中TTN单基因的突变情况和数目，通过生物信息学分析方法分析TTN单基因突变情况，TTN单基因发生突变，表明肿瘤患者适用于PD-1抗体治疗的概率高，TTN单基因未发生突变，表明患者不适用于PD-1抗体治疗的概率高；TTN单基因突变数目越多，则表明患者对于PD-1抗体治疗的响应可能性就越高。进一步的，通过检测TTN单基因的突变频率和突变覆盖深度判断TTN单基因发生是否发生突变；突变频率大于0.05，突变覆盖深度大于4，表明TTN单基因发生突变。进一步的，所述试剂盒用于非小细胞肺癌、食管癌、胃癌或黑色素瘤的PD-1抗体治疗疗效预测评估。本专利技术具有如下有益效果：本专利技术中通过设计探针组合，并利用该探针组合制得检测TTN单基因的突变情况的试剂盒以及检测肿瘤患者是否适用于PD-1抗体治疗的试剂盒，利用TTN单基因的突变情况对肿瘤患者PD-1抗体治疗疗效进行预测评估，通过DNA测序方法和生物信息学分析方法测定分析TTN单基因的突变有无以及突变数目来判定肿瘤患者是否适用于PD-1抗体治疗；由于本专利技术设计的探针组合仅针对于TTN单基因，成本较低，是市面上现有基因检测公司构建多基因组合检测方案成本的十分之一以下，具有非常高的临床应用价值；其次，该探针组合只需要捕获富集TTN单基因，需要的肿瘤样本DNA和对照样本DNA起始量比较低，在本专利技术中DNA起始量只需要50ng以下就可以实现测序判定，而常规的WES测序中DNA起始量需要500ng以上；最后，由于本专利技术中只需要通过TTN单基因进行检测，因此在Illumina公司的小型测序仪上即可完成，时间周期短，需要的生物信息学分析方法比较简单，将测序分析时间缩短至30分钟以内，而常规的WES测序或者多基因组合测序需要至少6个小时以上才能完成。附图说明附图1为本专利技术TTN单基因突变数目和WES数据样本中肿瘤突变负荷对照关系图；附图2为本专利技术TTN单基因突变数目在PD-1抗体响应人群中和不响应人群中的差别关系图；附图3为本专利技术中肿瘤患者TTN单基因突变数目分类及每一类别的客观缓解率。具体实施方式下面结合具体实施例来对本专利技术进行详细的说明。本专利技术中所采用的PD-1抗体包括纳武利尤单抗（Nivolumab，商品名Opdivo）和派姆单抗（Pembrolizumab，商品名Keytruda）。一种检测TTN单基因突变情况的探针组合，所述探针的序列如SEQIDNO.1~SEQIDNO.1349所示，序列的长度为120bp，具体序列如下表1所示。进一步的，检测TTN单基因突变情况的探针组合在制备用于检测肿瘤患者是否适用于PD-1抗体治疗的试剂盒中的用途。一种检测TTN单基因突变情况的试剂盒，包含检测TTN单基因突变情况的探针组合，所述探针的序列如SEQIDNO.1~SE本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测TTN单基因突变情况的探针组合，其特征在于：所述探针的序列如SEQ ID NO.1~ SEQ ID NO.1349所示。

【技术特征摘要】
1.一种检测TTN单基因突变情况的探针组合，其特征在于：所述探针的序列如SEQIDNO.1~SEQIDNO.1349所示。2.如权利要求1所述的检测TTN单基因突变情况的探针组合在制备用于检测肿瘤患者是否适用于PD-1抗体治疗的试剂盒中的用途。3.一种检测TTN单基因突变情况的试剂盒，其特征在于：包含如权利要求1所述的探针组合。4.如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒用于肿瘤患者PD-1抗体治疗疗效预测评估。5.如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述肿瘤患者PD-1抗体治疗疗效预测评估包括：（1）分别提取肿瘤样本和对照样本的DNA分别于检测TTN单基因突变情况的试剂盒中，利用包含编号为SEQIDNO.1~SEQIDNO.1349所示探针序列捕获肿瘤样本和对照样本中的TTN单...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵国栋，乔宗赟，曹建军，金鸽，
申请(专利权)人：上海仁东医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31