基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel、检测试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel、检测试剂盒及其应用。其中，该检测panel包括脑胶质瘤相关基因和位点，脑胶质瘤相关基因及位点包括：1号染色体上的SNP位点、19号染色体上的SNP位点、MGMT、ATRX、H3F3A、ACVR1、CTC、HIST1H3B、MLH1、PLCG1、SMO、AKT1、CTNNB1、HIST1H3C、MSH2、PMS2、TERT、ATRX、DAXX、HRAS、MSH6、PPM1D、TP53、BCOR、DDX3X、IDH1、MYC、PTCH1等。应用本申请的检测panel，仅通过二代测序就可以为患者提供精准、全面的诊疗服务。

Detection panel, kit and application of glioma based on second generation sequencing

【技术实现步骤摘要】
基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel、检测试剂盒及其应用
本专利技术涉及生物医学
，具体而言，涉及一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel、检测试剂盒及其应用。
技术介绍
高通量测序技术(High-ThroughputSequencing)是对传统一代测序的一次革命性的改变，是将DNA连接接头，制备测序文库，通过对文库中数以万计的克隆进行延伸反应，检测对应的信号，最终获取序列信息。一次可以对几十万到几百万条DNA分子进行测序，所以称为下一代测序(NextGenerationSequencing，NGS)。同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又称为深度测序(Deepsequencing)。NGS检测方法通量高，可对大量的基因进行检测，满足临床检测的需求，既可以对已知突变位点进行检测，也能对未知突变位点进行检测，此外NGS检测方法还可以对各种突变类型进行检测，对临床上的各类样本，如全血、组织、FFPE样本、cfDNA等其他样本类型均能够进行检测。当前主要的测序技术平台，主要分为：(1)Solexa测序技术：目前主流的illumina测序平台；(2)454测序技术：读长长，但是准确度较低，成本较高，及焦磷酸测序技术，时长占有少；(3)Solid测序技术：双色编码技术。目标序列捕获测序技术(TargetedResequencing)是针对感兴趣的基因组区域设计特异性探针，将其与基因组DNA进行杂交，富集目标基因组区域的DNA片段，而后利用高通量测序技术进行测序的检测方法。脑胶质瘤(Glioma)是最常见的颅内原发恶性肿瘤，在成年人中，胶质瘤约占所有脑部肿瘤的30～40％。在原发性恶性中枢神经系统肿瘤中，胶质母细胞瘤(Glioblastoma，GBM)的发病率最高，占了46.1％，约为3.20/100000，中位发病年龄为65岁，中位总生存期为14.6个月，治疗效果并不理想。临床特点具有高发病率、术后高复发性及低治愈率的特点。脑胶质瘤根据其肿瘤细胞形态学与正常脑胶质细胞的相似程度(并不一定是其真正的细胞起源)，可划分为：星型细胞瘤—星形细胞、少突细胞瘤—少突细胞、室管膜瘤—室管膜细胞和混合胶质瘤—例如少突星形细胞瘤，包含了混杂类型的胶质细胞。按照世界卫生组织(WHO)制定的分级系统，按肿瘤细胞的恶性程度可划分为1级(恶性程度最低、预后最好)到4级(恶性程度最高、预后最差)。其中，传统细胞病理学所谓的间变胶质瘤与WHO的3级相对应；胶质母细胞瘤与WHO的4级相对应。根据此分级系统，脑胶质瘤按肿瘤细胞在病理学上的恶性程度，可以进一步分类：1)低级别胶质瘤(WHOI～II级)为分化良好的胶质瘤；虽然这类肿瘤在生物上并不属于良性肿瘤，但是患者的预后相对较好；2)高级别胶质瘤(WHOIII～IV级)为低分化胶质瘤；这类肿瘤为恶性肿瘤，患者预后较差。2016版WHO中枢神经系统肿瘤分类首次在组织学基础上加入了分子学特征，采用“综合诊断”，该分类整合了组织病理和基因型参数，提高了胶质瘤分型、诊断、预后和治疗决策的准确性。传统检测胶质瘤相关基因需结合多种实验平台和仪器设备，例如IDH突变传统检测方法为免疫组化(IHC)，1p19q检测方法为荧光原位杂交技术(FISH)、STR鉴定，MGMT启动子甲基化检测方法为甲基化特异性PCR(MSP)、焦磷酸测序。相应需要配备的仪器有一代测序仪、焦磷酸测序仪、荧光显微镜、qPCR仪等等，同时还需购买相应的试剂。完成全套的检测配备很多的仪器和试剂盒，同时每种检测方法需要相应的专业人员操作，总体投入成本很高。
技术实现思路
本专利技术旨在提供一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel、检测试剂盒及其应用，以提供一种成本较低的脑胶质瘤的检测产品。为了实现上述目的，根据本专利技术的一个方面，提供了一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel。该检测panel包括脑胶质瘤相关基因和位点，脑胶质瘤相关基因及位点包括：1号染色体上的SNP位点、19号染色体上的SNP位点、MGMT、ATRX、H3F3A、ACVR1、CTC、HIST1H3B、MLH1、PLCG1、SMO、AKT1、CTNNB1、HIST1H3C、MSH2、PMS2、TERT、ATRX、DAXX、HRAS、MSH6、PPM1D、TP53、BCOR、DDX3X、IDH1、MYC、PTCH1、TRAF7、BRAF、EGFR、IDH2、MYCN、PTEN、TSC1、BRCA1、FAT1、KDR、NF1、PTPN11、TSC2、BRCA2、FGFR1、KIT、NF2、RB1、USP8、CDK4、FGFR3、KLF4、NOTCH1、RELA、YAP1、CDK6、FUBP1、KRAS、NRAS、RGPD3、CDKN2A、GNAQ、MDM4、PDGFRA、SETD2、CDKN2B、GNAS、MEN1、PIK3CA、SMARCB1、CHEK2、H3F3A、MET、PIK3R1、SMARCE1、EGFRvIII、NTRK3、TYMS、NTRK1、NTRK2、GSTP1、ABCB1、CYP2B6、CYP2C19、DHFR、DYNC2H1、ERCC1、MTHFR、SLIT1、SOD2、UGT1A1和XRCC1。进一步地，脑胶质瘤相关基因及位点还包括1号染色体上的STR位点和19号染色体上的STR位点。根据本专利技术的另一个方面，提供一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测试剂盒。该检测试剂盒包含检测探针和/或检测引物，检测探针和/或检测引物针对脑胶质瘤相关基因和位点，脑胶质瘤相关基因和位点包括：1号染色体上的SNP位点、19号染色体上的SNP位点、MGMT、ATRX、H3F3A、ACVR1、CTC、HIST1H3B、MLH1、PLCG1、SMO、AKT1、CTNNB1、HIST1H3C、MSH2、PMS2、TERT、ATRX、DAXX、HRAS、MSH6、PPM1D、TP53、BCOR、DDX3X、IDH1、MYC、PTCH1、TRAF7、BRAF、EGFR、IDH2、MYCN、PTEN、TSC1、BRCA1、FAT1、KDR、NF1、PTPN11、TSC2、BRCA2、FGFR1、KIT、NF2、RB1、USP8、CDK4、FGFR3、KLF4、NOTCH1、RELA、YAP1、CDK6、FUBP1、KRAS、NRAS、RGPD3、CDKN2A、GNAQ、MDM4、PDGFRA、SETD2、CDKN2B、GNAS、MEN1、PIK3CA、SMARCB1、CHEK2、H3F3A、MET、PIK3R1、SMARCE1、EGFRvIII、NTRK3、TYMS、NTRK1、NTRK2、GSTP1、ABCB1、CYP2B6、CYP2C19、DHFR、DYNC2H1、ERCC1、MTHFR、SLIT1、SOD2、UGT1A1和XRCC1。进一步地，脑胶质瘤相关基因及位点还包括1号染色体上的STR位点和19号染色体上的STR位点。进一步地，检测试剂盒用于多种突变类型的检测，多种突变类型包括：点突变、融合突变、拷贝数变异、缺失突变和插入突变。进一步地，检测试剂盒还包括用于检测MGMT启动子甲基化的引物，用于检测MGMT启动子甲基化的本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel，其特征在于，所述检测panel包括脑胶质瘤相关基因和位点，所述脑胶质瘤相关基因及位点包括：1号染色体上的SNP位点、19号染色体上的SNP位点、MGMT、ATRX、H3F3A、ACVR1、CTC、HIST1H3B、MLH1、PLCG1、SMO、AKT1、CTNNB1、HIST1H3C、MSH2、PMS2、TERT、ATRX、DAXX、HRAS、MSH6、PPM1D、TP53、BCOR、DDX3X、IDH1、MYC、PTCH1、TRAF7、BRAF、EGFR、IDH2、MYCN、PTEN、TSC1、BRCA1、FAT1、KDR、NF1、PTPN11、TSC2、BRCA2、FGFR1、KIT、NF2、RB1、USP8、CDK4、FGFR3、KLF4、NOTCH1、RELA、YAP1、CDK6、FUBP1、KRAS、NRAS、RGPD3、CDKN2A、GNAQ、MDM4、PDGFRA、SETD2、CDKN2B、GNAS、MEN1、PIK3CA、SMARCB1、CHEK2、H3F3A、MET、PIK3R1、SMARCE1、EGFR vIII、NTRK3、TYMS、NTRK1、NTRK2、GSTP1、ABCB1、CYP2B6、CYP2C19、DHFR、DYNC2H1、ERCC1、MTHFR、SLIT1、SOD2、UGT1A1和XRCC1。...

【技术特征摘要】
1.一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测panel，其特征在于，所述检测panel包括脑胶质瘤相关基因和位点，所述脑胶质瘤相关基因及位点包括：1号染色体上的SNP位点、19号染色体上的SNP位点、MGMT、ATRX、H3F3A、ACVR1、CTC、HIST1H3B、MLH1、PLCG1、SMO、AKT1、CTNNB1、HIST1H3C、MSH2、PMS2、TERT、ATRX、DAXX、HRAS、MSH6、PPM1D、TP53、BCOR、DDX3X、IDH1、MYC、PTCH1、TRAF7、BRAF、EGFR、IDH2、MYCN、PTEN、TSC1、BRCA1、FAT1、KDR、NF1、PTPN11、TSC2、BRCA2、FGFR1、KIT、NF2、RB1、USP8、CDK4、FGFR3、KLF4、NOTCH1、RELA、YAP1、CDK6、FUBP1、KRAS、NRAS、RGPD3、CDKN2A、GNAQ、MDM4、PDGFRA、SETD2、CDKN2B、GNAS、MEN1、PIK3CA、SMARCB1、CHEK2、H3F3A、MET、PIK3R1、SMARCE1、EGFRvIII、NTRK3、TYMS、NTRK1、NTRK2、GSTP1、ABCB1、CYP2B6、CYP2C19、DHFR、DYNC2H1、ERCC1、MTHFR、SLIT1、SOD2、UGT1A1和XRCC1。2.根据权利要求1所述的检测panel，其特征在于，所述脑胶质瘤相关基因及位点还包括1号染色体上的STR位点和19号染色体上的STR位点。3.一种基于二代测序用于脑胶质瘤的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包含检测探针和/或检测引物，所述检测探针和/或检测引物针对脑胶质瘤相关基因和位点，所述脑胶质瘤相关基因和位点包括：1号染色体上的SNP位点、19号染色体上的SNP位点、MGMT、ATRX、H3F3A、ACVR1、CTC、HIST1H3B、MLH1、PLCG1、SMO、AKT1、CTNNB1、HIST1H3C、MSH2、PMS2、TERT、ATRX、DAXX、HRAS、MSH6、PPM1D、TP53、BCOR、DDX3X、IDH1、MYC、PTCH1、TRAF7、BRAF、EGFR、IDH2、MYCN、PTEN、TSC1、BRC...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋小凤，洪媛媛，闫慧婷，郭现超，陈敏浚，于佳宁，李彩琴，何骥，陈维之，
申请(专利权)人：臻和精准医学检验实验室无锡有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32