The invention belongs to the technical field of assisted breeding of aquaculture fish, and specifically relates to a SNP molecular marker associated with blackening and whitening of flounder and its application. The SNP molecular marker is as follows: (a) itpr2 7032 C/T, located at the 70bp position of the base sequence shown in gene SEQ ID NO:1, where the base T mutates into C, isoleucine becomes valine, and (b) itpr2 554 T/C, located in gene such as SEQ. The 554 BP position of the base sequence shown in ID NO:2 is located in the non-coding region. The present invention screens SNP loci related to body color abnormality from the point of view of gene, and applies this locus to the breeding of flounder, so as to fundamentally solve the problem of body color abnormality of flounder from the genetic point of view.
【技术实现步骤摘要】
一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于水产养殖鱼类辅助育种
,涉及SNP分子标记技术,具体涉及一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
自90年代初,鲆鲽类引入我国,随后迅速实现了初级工厂化的普及。鲆鲽类养殖不仅掀起了我国海水养殖第四次发展浪潮。2009年,鲆鲽类鱼种成为我国海水鱼类养殖中产量位居第二位的代表性品种,鲆鲽类养殖创造了巨大的社会财富的同时,为提高人们生活品质作出贡献。牙鲆等比目鱼幼鱼也在孵化场成功地以工业规模生产,但孵化场饲养的牙鲆经常在眼睛侧和盲侧出现体色异常,这个问题降低牙鲆的成活率和市场价格,如何避免牙鲆出现体色异常现象是牙鲆养殖业面临的重大问题。牙鲆的体色异常主要分为白化和黑化两种主要类型,近年来针对牙鲆体色异常的研究很多,也取得了一定进展,但是效果有限,都无法从根本上解决牙鲆体色异常现象,比如,通过早期饲喂富含DHA、维生素A、磷脂的轮虫等浮游动物可以有效的减少牙鲆白化的发生率,但是过量的维生素A会增加无眼侧黑化率;还有研究表明养殖池底沙可以有效减少牙鲆黑化率,很多研究证实营养和养殖环境(背景颜色、密度、光强度、水深、水温)对牙鲆的体色异常影响很大,通过改善养殖环境、营养等因素可以在一定程度上减少牙鲆体色异常率,但都是治标不治本,无法从根本上解决人工养殖牙鲆的体色异常现象。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记,SNP即单核苷酸多态性,与生物的很多性状如生长速度、抗病性和抗逆性联系密切,从遗传因素出发,通过与牙鲆体色相关的SNP位点对牙鲆亲本的 ...
【技术保护点】
1.一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记如下:(a)itpr2‑7032‑C/T,位于基因如SEQ ID NO:1所示碱基序列的7032bp位置,碱基T突变成C,异亮氨酸变成缬氨酸,正常牙鲆基因型为67.65%TT、14.71%CT和17.63%CC,黑化牙鲆基因型为19.35%CT和80.65%CC,白化牙鲆基因型为12.5%CT和87.5%CC;和(b)itpr2‑554‑T/C,位于基因如SEQ ID NO:2所示碱基序列的554bp位置,位于非编码区,正常牙鲆基因型为67.65%TT、14.71%CT和17.63%CC,黑化牙鲆基因型为19.35%CT和80.65%CC,白化牙鲆基因型全部为CC。
【技术特征摘要】
1.一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记如下:(a)itpr2-7032-C/T,位于基因如SEQIDNO:1所示碱基序列的7032bp位置,碱基T突变成C,异亮氨酸变成缬氨酸,正常牙鲆基因型为67.65%TT、14.71%CT和17.63%CC,黑化牙鲆基因型为19.35%CT和80.65%CC,白化牙鲆基因型为12.5%CT和87.5%CC;和(b)itpr2-554-T/C,位于基因如SEQIDNO:2所示碱基序列的554bp位置,位于非编码区,正常牙鲆基因型为67.65%TT、14.71%CT和17.63%CC,黑化牙鲆基因型为19.35%CT和80.65%CC,白化牙鲆基因型全部为CC。2.权利要求1所述与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记的筛选方法,其特征在于,包括以下步骤:(ⅰ)分别选择正常牙鲆的正常皮肤、无眼侧体色异常的牙鲆无眼侧正常的白皮肤以及无眼侧体色异常无眼侧的黑皮肤进行基因双向测序,再对测序数据进行SNP分析,初步检测出SNP位点,分析得到在差异表达基因中显著性富集的通路;(ⅱ)结合步骤(ⅰ)在6个已知的与体色相关的通路中进行SNP分析,筛选出位于编码区非...
【专利技术属性】
技术研发人员:彭康康,鲍宝龙,龚小玲,张博,
申请(专利权)人:上海海洋大学,
类型:发明
国别省市:上海,31
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