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一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物及其应用制造技术

技术编号:20931949 阅读:39 留言:0更新日期:2019-04-20 13:29
本发明专利技术提供了一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物及应用。本发明专利技术通过设计合成的3条2对引物,通过对TYR基因有色羽等位基因C与白羽等位基因c进行双重PCR扩增,将扩增的PCR产物在1.2%的琼脂糖凝胶电泳中电泳,之后用凝胶成像系统对琼脂糖凝胶拍照,得出电泳图谱结果进行基因型判定:如果只能够得到169bp的条带,则待测鸡等位基因型为cc型隐性白羽纯合型;如果只能够得到526bp的条带,则待测鸡的等位基因型为CC有色羽纯合型;如果同时得到169bp和526bp的两条带,则待测鸡的等位基因型为Cc有色杂合型。本发明专利技术具有能够快速、准确的鉴别香炉山鸡有色羽纯合、隐性纯合和杂合个体的特点。

A Primer for Identification of Recessive White Feather Genotype in Xianglu Pheasant and Its Application

The invention provides a primer for identifying recessive white feather genotype of Xianglu pheasant and its application. Through the design of 3 pairs of 2 pairs of primers, through the double PCR amplification of the TYR gene color feathered allele C and the white feather allele C, the amplified PCR products are electrophoretic in 1.2% agarose gel electrophoresis, and then photographed by agar gel system with gel imaging system, and the electrophoresis pattern is obtained. The allele is CC recessive white feather homozygous type; if only 526 BP bands can be obtained, the chicken allele to be tested is CC colored feather homozygous type; if 169 BP and 526 BP bands are obtained simultaneously, the chicken allele to be tested is Cc colored heterozygous type. The invention has the characteristics of rapid and accurate identification of the homozygous, recessive homozygous and heterozygous individuals of the colored feathers of Xianglu pheasant.

【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物及其应用
本专利技术涉及分子遗传学中一种基因分子鉴定
,涉及一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物及其应用。
技术介绍
香炉山鸡系凯里地区苗族人民从中原迁徙到西南后,在香炉山当地长期封闭的自然条件下形成的原始鸡种。母鸡主翼羽有片状黑色羽毛,尾部有黑色羽,大部分羽毛似葵花状,公鸡背部羽毛为棕红色,尾羽黑色并带绿色光泽。在香炉山鸡育种中,群体中有约千分之二左右的白羽鸡出现,育种发现隐性白羽等位基因会造成鸡的羽毛出现白斑,导致育种中淘汰比例大,选育进展慢。在中国,消费者对羽色有一定偏好,因而在香炉山鸡的纯种选育中剔除白羽杂合子个体尤为重要。常规剔除隐性白羽的方法是利用测交手段,将有色羽个体与隐性白羽鸡进行交配观察后代个体羽色情况。一般用白羽母鸡与有色羽公鸡交配,要连续几个世代淘汰杂合子公鸡,来逐步降低群体内杂合子基因型频率,常常耗费数年也不能彻底淘汰杂合子个体。分子标记辅助育种较之常规育种方法,成本低廉、准确度高、省时省力,能有效缩短育种周期,加快育种进展。隐性白羽形成的分子机制是:隐性白羽的形成是由于TYR(络氨酸酶基因)第四内含子区域插入了一段长7.7kp的内源性白血病病毒ALV序列,导致TYR基因转录物中缺少第五外显子编码的跨膜结构域无法正常转录。从而使络氨酸酶失去正常功能活性,致使无法合成黑色素,导致鸡白羽的形成。许多研究报告表明TYR基因第四内含子中ALV插入序列导致白羽的基因型cc(隐性白羽)能够作为隐性白羽的有效分子遗传标记。
技术实现思路
本专利技术的目的在于,提供一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物及其应用。本专利技术具有能够快速、准确的鉴别香炉山鸡有色羽纯合、隐性纯合和杂合个体的特点。本专利技术的技术方案:一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物,所述引物为2对共3条,1条上游引物F,2条下游引物分别为R1、R2,上游引物F与下游引物R1为TYR基因存在ALV插入序列引物,上游引物F与下游引物R2为TYR基因不存在插入序列引物,其中,上游引物F的引物序列为:5'GGGAAACTTTAAGGACTGGTGGA3',下游引物R1的引物序列为:5'CTGGGTAGATGGACAGACCGTTG3';下游引物R2的引物序列为:5'CAAGAGGCACAAGGAGTGGGACA3'。一种根据权利要求1所述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,是用于鉴别香炉山鸡隐性白羽纯合和有色羽纯合。前述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,其应用方法包括如下步骤:1)以待检测鸡的基因组DNA为模板,用F引物和R1引物扩增TYR基因白羽等位基因c,用F引物和R2引物扩增TYR基因有色羽等位基因C;2)通过引物组在同一PCR体系进行扩增反应,获得PCR扩增产物,根据PCR扩增产物在120V电压的1-1.4%琼脂糖凝胶中电泳20-30分钟;3)结束后,用凝胶成像系统对琼脂糖凝胶拍照,得出电泳图谱结果进行判型:如果只能够得到169bp的条带,则待测鸡的等位基因型为cc型隐性白羽纯合型;如果只能够得到526bp的条带,则待测鸡的等位基因型为CC有色羽纯合型;如果同时得到169bp和526bp的两条带,则待测鸡的等位基因型为Cc有色羽杂合型。前述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,步骤2)中,所述PCR扩增反应条件为:95℃预变性6min,95℃变性45s,59℃退火35s,72℃延伸35s,30个循环,72℃终延伸10min,4℃保存。前述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,步骤2)中,所述PCR扩增反应体系为:上游引物F加入1μL,下游引物R1加入1μL;下游引物R2加入1μL,2×PCRTaqmix加入6.5μL,ddH2O加4.5μL,模板DNA加1μL,总反应为15μL体系。前述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,步骤2)中,所述琼脂糖凝胶为1.2%的琼脂糖凝胶;所述电泳的时间为25分钟。multiplexPolymeraseChainReaction(多重PCR技术),又名复合式PCR技术,它的原理是通过在同一个PCR体系中加入两对或两对以上引物对进行PCR反应,在相同的条件下扩增得到多个核苷酸片段的PCR反应。普通PCR技术应用的是一对引物进行PCR扩增产生一段特定的核苷酸序列。多重PCR反应原理,反应试剂和操作过程与普通PCR完全一样。因此,多重PCR技术具有操作简单、特异性强、灵敏度高、DNA模板要求低等特点,适用于快速鉴定香炉山鸡羽色基因型。本专利技术的有益效果本专利技术通过引物设计合成的2对3条引物进行多重PCR扩增,对TYR基因白羽等位基因与有色羽等位基因进行扩增,从实验中得到鸡TYR基因隐性白羽与有色羽。通过琼脂糖凝胶电泳检测对PCR扩增产物进行鉴定待测鸡TYR基因隐性白羽及其基因型。并通过这样的方法可以快速、准确的鉴别香炉山鸡隐性白羽基因型和有色羽基因型。因此,TYR基因隐性白羽基因型cc和有色羽基因型CC能够作为香炉山鸡的有效分子遗传标记,从而淘汰Cc有色羽杂合。附图说明附图1为本专利技术实施例4得出电泳图谱;附图2为含插入序列测序图;附图3为未含插入序列测序图;附图4为TYR基因有色羽等位基因扩增产物测序结果与目的片段序列对比;附图5为TYR基因隐性白羽等位基因扩增产物测序结果与目的片段序列对比。具体实施方式实施例1:一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物,所述引物为2对共3条,1条上游引物F,2条下游引物分别为R1、R2,上游引物F与下游引物R1为TYR基因存在ALV插入序列引物,上游引物F与下游引物R2为TYR基因不存在插入序列引物,其中,上游引物F的引物序列为:5'GGGAAACTTTAAGGACTGGTGGA3',下游引物R1的引物序列为:5'CTGGGTAGATGGACAGACCGTTG3';下游引物R2的引物序列为:5'CAAGAGGCACAAGGAGTGGGACA3'。上述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,是用于鉴别香炉山鸡隐性白羽纯合和有色羽纯合,其应用方法包括如下步骤:1)以待检测鸡的基因组DNA为模板,用F引物和R1引物扩增TYR基因白羽等位基因c,用F引物和R2引物扩增TYR基因有色羽等位基因C;2)通过引物组在同一PCR体系进行扩增反应,PCR扩增反应条件为:95℃预变性6min,95℃变性45s,59℃退火35s,72℃延伸35s,30个循环,72℃终延伸10min,4℃保存,PCR扩增反应体系为:上游引物F加入1μL,下游引物R1加入1μL;下游引物R2加入1μL,2×PCRTaqmix加入6.5μL,ddH2O加4.5μL,模板DNA加1μL,总反应为15μL体系,获得PCR扩增产物,根据PCR扩增产物在120V电压的1%琼脂糖凝胶中电泳20分钟;3)结束后,用凝胶成像系统对琼脂糖凝胶拍照,得出电泳图谱结果进行判型:如果只能够得到169bp的条带,则待测鸡的等位基因型为cc型隐性白羽纯合型;如果只能够得到526bp的条带,则待测鸡的等位基因型为CC有色羽纯合型;如果同时得到169bp和526bp的两条带,则待测鸡的等位基因型为Cc有色羽杂合型。实施例2:一种用于鉴定香炉本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物,其特征在于:所述引物为2对共3条,1条上游引物F,2条下游引物分别为R1、R2,上游引物F与下游引物R1为TYR基因存在ALV插入序列引物,上游引物F与下游引物R2为TYR基因不存在插入序列引物,其中,上游引物F的引物序列为:5'GGGAAACTTTAAGGACTGGTGGA 3',下游引物R1的引物序列为:5'CTGGGTAGATGGACAGACCGTTG 3';下游引物R2的引物序列为:5'CAAGAGGCACAAGGAGTGGGACA 3'。

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物,其特征在于:所述引物为2对共3条,1条上游引物F,2条下游引物分别为R1、R2,上游引物F与下游引物R1为TYR基因存在ALV插入序列引物,上游引物F与下游引物R2为TYR基因不存在插入序列引物,其中,上游引物F的引物序列为:5'GGGAAACTTTAAGGACTGGTGGA3',下游引物R1的引物序列为:5'CTGGGTAGATGGACAGACCGTTG3';下游引物R2的引物序列为:5'CAAGAGGCACAAGGAGTGGGACA3'。2.一种根据权利要求1所述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,其特征在于:是用于鉴别香炉山鸡隐性白羽纯合和有色羽纯合。3.根据权利要求2所述的用于鉴定香炉山鸡隐性白羽基因型的引物的应用,其特征在于,其应用方法包括如下步骤:1)以待检测鸡的基因组DNA为模板,用F引物和R1引物扩增TYR基因白羽等位基因c,用F引物和R2引物扩增TYR基因有色羽等位基因C;2)通过引物组在同一PCR体系进行扩增反应,获得PCR扩增产物,根据PCR扩增产物在120V电压的1-1.4%琼脂糖凝胶中电泳20-30...

【专利技术属性】
技术研发人员:李辉李兴才彭邦星杨华婷陈林赵忠海师新彩
申请(专利权)人:贵州大学
类型:发明
国别省市:贵州,52

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