一种与猪腹股沟阴囊疝发生相关的分子标记及应用制造技术

本发明专利技术属于猪的遗传标记制备技术领域，具体公开了一种与猪腹股沟/阴囊疝性状相关的分子标记及应用，该标记从猪PRKCE基因中筛选得到，在SEQ ID NO.1所示序列的230位碱基处发生一个C/T碱基突变,导致Taq

A molecular marker linked to the occurrence of inguinal scrotum hernia and its application

The invention belongs to the technical field of pig genetic mark preparation, and discloses a molecular marker and application related to pig inguinal / scrotum hernia * * *. It is screened from pig PRKCE gene and a C/T base mutation occurs at the 230 base of SEQ ID NO.1 sequence, resulting in Taq.

【技术实现步骤摘要】
一种与猪腹股沟阴囊疝发生相关的分子标记及应用
本专利技术属于猪的标记辅助选择
，具体涉及一种与猪腹股沟阴囊疝发生相关的分子标记及应用，该分子标记分离自猪PRKCE基因的第十内含子区域。
技术介绍
腹股沟阴囊疝是在哺乳动物中普遍存在的一种复杂性疾病，主要表现为腹腔脏器(肠管或网膜)或腹水渗入腹股沟或阴囊内，造成局部膨大凸起。有研究表明，腹股沟/阴囊疝的发生是遗传和环境因素共同作用的结果，遗传力由于统计种群的不同而表现出较大变异，一般在0.2-0.6(Gatphayak,etal.PresentSituationofPorcineHemiainguinalis/scrotalisinThailand.TheGlobalFood&ProductChain—Dynamics,Innovations,Conficts,Strategies.DeutscherTropentag.October2005.),在纯种闭锁繁殖群中较多发，是一种典型的遗传缺陷病。该疾病会引起猪只长期食欲不振，消化不良，生长缓慢，影响猪只的使用性能，严重时可发生内毒素性休克而造成猪只死亡,给养殖户造成较大的经济损失。猪腹股沟/阴囊疝是由多基因控制的复杂遗传缺陷疾病，猪群的品种、饲养条件和来源差异以及人工表型选择干预均会使疝气的发病率表现出较大差异。单纯地依靠常规的表型选择只能小规模地降低患病率，而且需要很长的世代间隔。而以RCR-RFLP、微卫星标记和基因芯片等作为主要研究方法的标记辅助选择(MAS)技术可以很好地结合了分子抗病与育种，使常规育种获得了快速进展。酶切扩增多态性序列(CleavedAmplifiedPolymorphismSequences，CAPS)标记又称为PCR-RFLP(PCR-restrictionfragmentlengthpolymorphism)技术，是PCR技术与RFLP技术结合的一种方法。当SNP正好处于限制性内切酶位点上时，可将它转化为CAPS标记，并通过酶切片段大小的差异来检查PCR产物的多态性。由于内切酶的高度专一性，对待测的特定片段的针对性很强，只要酶切位点存在突变，在酶切条件合适的情况下就能检测出来，确认其是否发生了突变，受其他外界干扰因数影响较少，结果稳定，重复性好。作为一种分析速度快，成本低廉，信息量大的分子标记，PCR-RFLP技术已经广泛地应用于复杂疾病的鉴定，诊断及防治中。腹股沟/阴囊疝作为一种常见的外科病，已经被研究了相当长的时间，研究者也尝试从解剖学、鞘状突未闭合及腹内压增高等不同的角度来解释其发病的原因，但目前为止，其发生的确切原因还未能找到。近年，随着生命科学技术的迅速发展，不少学者从生物化学的角度提出，腹股沟阴囊疝的发生主要由于睾丸下降异常和胶原代谢紊乱两个方面。其中在睾丸下降的过程中，引带平滑肌细胞未凋亡致使鞘状突未闭合萎缩，由此推测细胞凋亡在疝气的形成过程中发挥重要作用。蛋白激酶C-ε(proteinkinaseC-ε,PKCε)是一类由单一多肽链组成的磷脂和钙离子依赖性激酶，属于丝氨酸/苏氨酸激酶家族，是细胞信号传导的重要组成成分。大量研究发现，PKCε涉及细胞凋亡的调控。KnaufJ等将部分缺失的PKCε导入PCCL3细胞中，发现细胞凋亡水平下降，提高了细胞对凋亡的抗性(1999)。Jones等发现用胆盐处理肝细胞后，PKCα、PKCδ和PKCε发生胞液到胞膜的易位，促进了肝细胞的凋亡(1997)。此外，Kajstura发现在平滑肌细胞中，血管紧张素能引起PKCδ、PKCε的膜易位，促使胞液内Ca2+水平增高，增加肌细胞凋亡(1997)。这些研究结果表明，PRKCE基因可以通过影响平滑肌细胞凋亡而促进阴囊疝的发生。因此，在猪育种进程中可以利用这些研究结果进行分子标记辅助选择，这将对猪腹股沟/阴囊疝病的个体筛选奠定良好的分子基础，为进一步解析该病发生的分子机理提供依据。本申请克隆了大白猪等PRKCE基因第十内含子区域的序列，并鉴定出一个SNP位点。通过关联分析发现，该位点与猪腹股沟/阴囊疝性状显著相关(P<0.05)。推测该SNP位点有可能与猪腹股沟阴囊疝病具有一定的关联性。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供了一种与猪腹股沟阴囊疝发生相关的分子标记，该分子标记位于猪PRKCE基因的第十内含子区，具体为SEQIDNO.1所示序列的第230个碱基突变，SNPID为rs328681942。本专利技术的另一个目的在于提供了一种与猪腹股沟阴囊疝发生相关的分子标记的应用，利用检测SEQIDNO.1所示序列的第230个碱基，可用于猪育种筛选。为了达到上述目的，本专利技术采取以下技术措施：申请人通过克隆猪PRKCE基因的第十内含子序列，经关联分析，得到一个与猪腹股沟阴囊疝性状显著相关的遗传标记，从而为猪的腹股沟阴囊疝性状建立新的标记辅助选择位点。以上所述的遗传标记，位于PRKCE基因的第十内含子序列内，SNPID为rs328681942，具体为下述序列的第230位碱基，以下序列中的R为C或T，该SNP突变导致TaqαI-RFLP多态性；ACCCTCAACGCTCTGTCCAGATCATTCCCTGTAACATTCTTGTTCTGTTACATCAAACTTCCAGGCTTAGCCATGCTTTATAATGATAAACAAAGCTCTACCGACTCCAAACATTGGATTGACAAAAATAGACAGTTTGTTTTGATTTGCTTTTGAAATGCTGATTTCCTTTTTGAATTTTCCTCCTCTTCATTGCAGGAACTGCCAATGTCTTCAAGTCTGGGGACCTR(C/T)GATCTTACTCATCAACATTTGCAAGGCCAGCATGGCTCCTGGCTTTTAGGTCAGATTCAGAAAGTGTCTTTCAAGTGCCATTTTTTTCTTCCAGTTCCTCAGGCATCCTATCTGCTGTTCACAGGCATTTTAGTGTGGTAGTAAGGTCACCGCCTTGGTTTCAATCCCATCTCCATTTTAGCTGGCTGTGTGATTTTGGTTAAGCGGCCTA。一种与猪腹股沟阴囊疝发生相关的分子标记的应用，包括用于检测SNPID为rs328681942的碱基的试剂在猪育种或猪腹股沟阴囊疝筛选中的应用；包含有SNPID为rs328681942的碱基序列的试剂在猪育种或猪腹股沟阴囊疝筛选中的应用；利用包含有SNPID为rs328681942的碱基突变的基因序列在制备猪育种筛选药物或是猪腹股沟阴囊疝筛选药物中的应用；或是针对SNPID为rs328681942的碱基突变设计的引物在制备猪育种筛选药物或猪腹股沟阴囊疝性状筛选药物中的应用。以上所述的应用中，优选的，是利用下述引物正向引物F：5'-ACCCTCAACGCTCTGTCC-3'反向引物R：5'-TAGGCCGCTTAACCAAAA-3'对猪基因组DNA中进行PCR扩增，将所得的PCR扩增片段用限制性内切酶TaqαI酶切分型，得到TaqαI-RFLP多态性核苷酸序列；CT基因型，221bp，229bp，441bp；CC基因型，212bp，229bp；TT基因型，441本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测SNP ID为rs328681942的碱基的试剂在猪育种中的应用。

【技术特征摘要】
1.一种用于检测SNPID为rs328681942的碱基的试剂在猪育种中的应用。2.一种检测包含有SNPID为rs328681942的碱基序列的试剂在猪育种中的应用。3.一种用于检测SNPID为rs328681942的碱基的试剂在猪腹股沟阴囊疝筛选中的应用。4.一种检测包含有SNPID为rs328681942的碱基序列的试剂在猪腹股沟阴囊疝筛选中的应用。5.包含有SNPID...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑嵘，邹丹阳，荣雷，左波，王国水，毛慧敏，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42