设计的细菌组合物制造技术

本发明专利技术提供了使用有限数量的限定细菌物种来治疗胃肠道生态失调的组合物和方法。

Designed bacterial compositions

The invention provides a combination and method for treating gastrointestinal ecological disorders using a limited number of limited bacterial species.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】设计的细菌组合物
本文公开了可用于治疗例如人类中的生态失调的细菌组合物。
技术介绍
生态失调与许多疾病有关，包括感染如艰难梭菌(Clostridiumdifficile)和耐药肠球菌的感染，以及代谢性疾病如糖尿病。治疗生态失调相关病状的方法包括粪便微生物组移植(FMT)，其可以向胃肠道(GI)提供微生物。然而，粪便移植呈现多个问题，包括与安全性和例如基于鼻-十二指肠、基于经结肠镜或基于灌肠剂的方法的递送方法有关的问题，其通常需要诊所内程序并可能引入不良事件。使用FMT的治疗由于捐献移植用粪便的个体之间的可变性而具有固有地不一致的可能性。FMT方法还引入病原生物体(包括源材料中的病毒、细菌、真菌和原生生物)的感染风险。此外，可能存在与捐献粪便的稳定性和储存有关的问题，例如与细菌物种的存活有关的问题。一些使用以胶囊递送的粪便细菌的治疗需要患者服用大量胶囊，这对于患有GI疾病的人来说可能是困难的并且可能降低对完全治疗的依从性。因此，需要递送含有培养细菌的一致产品的组合物，所述培养细菌具有足够的复杂性以有效治疗生态失调或与生态失调有关的病状，例如艰难梭菌感染，例如预防或抑制感染，或者预防或抑制感染复发。如本文所用，治疗和预防可以包括减少疾病的征象或症状。
技术实现思路
本专利技术涉及细菌组合物的发现，例如含有限定类型细菌的聚生体的细菌芽孢组合物，其可用于治疗生态失调。这样的聚生体在这里被称为设计的细菌组合物(DBC)。因此，在第一方面，本专利技术提供了包含活细菌群体的组合物，所述活细菌群体含有以下细菌物种：表3的DBC1、DBC2、DBC3、DBC4、DBC5、DBC6、DBC7、DBC8或DBC9；或者表4的DBCS1、DBCS2、DBCS4、DBCS5、DBCS6、DBCS7、DBCS8、DBCS9、DBCS10、DBCS11、DBCS12、DBCS13、DBCS14、DBCS15、DBCS16、DBCS17、DBCS18、DBCS19、DBCS20、DBCS21、DBCS22、DBCS23或DBCS24。任选地，DBC中的一个或多个(例如每个)细菌物种的16SrDNA与图1中的至少一个16SrDNA序列具有至少97％(例如，至少98％、至少99％或100％)同一性。在某些实施方案中，所述组合物由如本文所定义的DBC1、DBC2、DBC3、DBC4、DBC5、DBC6、DBC7、DBC8、DBC9、DBCS1、DBCS2、DBCS4、DBCS5、DBCS6、DBCS7、DBCS8、DBCS9、DBCS10、DBCS11、DBCS12、DBCS13、DBCS14、DBCS15、DBCS16、DBCS17、DBCS18、DBCS19、DBCS20、DBCS21、DBCS22、DBCS23或DBCS24的细菌物种的活菌群体组成。任选地，DBC中的一个或多个(例如每个)细菌物种的16SrDNA与图1中的至少一个16SrDNA序列具有至少97％(例如，至少98％、至少99％或100％)同一性。在一些实施方案中，细菌物种群体能够利用图4中列出的碳源的至少90％(例如，至少95％、至少98％或100％)。另一方面，本专利技术提供了组合物，其包含至少5个(例如至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个)物种的活细菌群体，其中所述群体物种中的至少一个(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个)具有选自以下的一个或多个(例如1、2、3或4个)特征：(i)利用由病原微生物利用的一种或多种碳源，(ii)产生组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂，(iii)产生吲哚或其它色氨酸代谢物，和(iv)产生在胆汁酸调节中起作用的酶。在多个实施例中，病原微生物是艰难梭菌，并且群体包括一个或多个(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个)物种的活细菌，其可利用至少5个(例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个)不同的艰难梭菌碳源。例如，艰难梭菌碳源可包括或选自：牛磺胆酸盐、甘氨胆酸盐、甘氨鹅脱氧胆酸盐、牛磺鹅脱氧胆酸盐、胆酸盐、鹅脱氧胆酸盐和脱氧胆酸盐。在其它实例中，群体包括一个或多个(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个)物种的活细菌，其产生HDAC抑制剂，例如选自以下的HDAC抑制剂：丁酸盐、异戊酸盐、异丁酸盐、丙酸盐和2-甲基-丁酸盐。在另外的实例中，群体包括一个或多个(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个)物种，其产生在胆汁酸调节中起作用的一种或多种(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种)酶，例如选自胆汁水解酶(BSH)、3-α-羟基类固醇脱氢酶(3-α-HSDH)、7-α-羟基类固醇脱氢酶(7-α-HSDH)和12-α-羟基类固醇脱氢酶(12-α-HSDH)。另一方面，本专利技术提供了组合物，其包含来自进化枝86、90、101、139、195、197、206、233、238、241、244和290中的每一个的至少一个物种，以及任选地来自权利要求202的物种。在多个实施例中，本专利技术的组合物包含5、6、7、8、9、10、11或12个物种的细菌。此外，在多个实施例中，组合物的至少75％(例如至少80％、85％、90％或95％)的细菌呈芽孢形式。另一方面，本专利技术提供了包含如本文所述的组合物和药学上可接受的赋形剂(例如包括甘油、聚乙二醇或可可脂的药学上可接受的赋形剂)的制剂。所述制剂可以任选地以胶囊或片剂形式用于例如口服递送。本专利技术还提供了药学有效量的如本文所述组合物的用途，其预防(例如降低可能性)或治疗处于生态失调风险中或诊断患有生态失调的受试者中的生态失调。在多个实施例中，组合物中细菌的总浓度为10e1至10e9。此外，组合物的细菌可以任选地以1、2、3、4或5个胶囊提供。此外，本专利技术提供了治疗有效量的如本文所述组合物的用途，其用于治疗艰难梭菌感染，或预防(例如降低可能性)艰难梭菌感染，或预防(例如降低可能性)艰难梭菌感染复发。本专利技术还提供了预防或治疗处于生态失调风险中或诊断患有生态失调的受试者中的生态失调的方法，其包括向所述受试者施用药学有效量的如本文所述的组合物或制剂。在多个实施例中，组合物中细菌的总浓度为10e1至10e9。此外，组合物的细菌可以任选地以1、2、3、4或5个胶囊提供。本专利技术还包括治疗艰难梭菌感染或预防艰难梭菌感染或预防艰难梭菌感染复发的方法，所述方法包括施用治疗有效量的如本文所述的组合物或制剂。在所述方法的一些实施方案中，所述组合物可用于预防感染(例如艰难梭菌感染)的复发。在一些实施方案中，所述组合物可用于减少胃肠道病原体携带，例如艰难梭菌携带或耐万古霉素肠球菌携带。定义本文所述的设计的细菌组合物(DBC)的“治疗有效量”可以根据诸如以下因素而改变：个体的疾病状态、年龄、性别和体重，以及DBC在个体中引发所需应答例如改善病症的至少一种征象或本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种组合物，其包含活细菌群体，所述活细菌群体含有以下细菌物种：表3的DBC 1、DBC 2、DBC 3、DBC 4、DBC 5、DBC 6、DBC 7、DBC 8或DBC 9，或表4的DBC S1、DBC S2、DBC S4、DBC S5、DBC S6、DBC S7、DBC S8、DBC S9、DBC S10、DBC S11、DBC S12、DBC S13、DBC S14、DBC S15、DBC S16、DBC S17、DBC S18、DBC S19、DBC S20、DBC S21、DBC S22、DBC S23或DBC S24。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.11.24 US 62/259,523;2016.06.17 US 62/351,696;1.一种组合物，其包含活细菌群体，所述活细菌群体含有以下细菌物种：表3的DBC1、DBC2、DBC3、DBC4、DBC5、DBC6、DBC7、DBC8或DBC9，或表4的DBCS1、DBCS2、DBCS4、DBCS5、DBCS6、DBCS7、DBCS8、DBCS9、DBCS10、DBCS11、DBCS12、DBCS13、DBCS14、DBCS15、DBCS16、DBCS17、DBCS18、DBCS19、DBCS20、DBCS21、DBCS22、DBCS23或DBCS24。2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述DBC中的每个细菌物种的16SrDNA与图1中的至少一个16SrDNA序列具有至少97％同一性。3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述组合物由以下活细菌物种群体组成：DBC1、DBC2、DBC3、DBC4、DBC5、DBC6、DBC7、DBC8、DBC9、DBCS1、DBCS2、DBCS4、DBCS5、DBCS6、DBCS7、DBCS8、DBCS9、DBCS10、DBCS11、DBCS12、DBCS13、DBCS14、DBCS15、DBCS16、DBCS17、DBCS18、DBCS19、DBCS20、DBCS21、DBCS22、DBCS23或DBCS24。4.根据权利要求3所述的组合物，其中所述DBC中的每个细菌物种的16SrDNA与图1中的至少一个16SrDNA序列具有至少97％同一性。5.根据权利要求1至4中的任一项所述的组合物，其中所述细菌物种群体能够利用图4中列出的碳源的至少90％。6.一种组合物，其包含至少五个活细菌物种的群体，其中所述群体中的至少一个物种具有选自以下的一个或多个特征：(i)利用由病原微生物利用的一种或多种碳源，(ii)产生组蛋白脱乙酰酶(HDAC)的抑制剂，(iii)产生吲哚或其它色氨酸代谢物，和(iv)产生在胆汁酸调节中起作用的酶。7.根据...

【专利技术属性】
技术研发人员：J·巴顿，D·库克，M·海恩，MJ·L·麦肯齐，K·利科弗斯凯，A·马蒂奈兹，G·麦肯齐，M·南达库马尔，M·乌里克，J·沃特曼，
申请(专利权)人：赛里斯治疗公司，
类型：发明
国别省市：美国,US