一种用于无创产前检测12种染色体微缺失微重复综合征的试剂盒及其专用探针组制造技术

本发明专利技术公开了一种用于无创产前检测12种染色体微缺失微重复综合征的试剂盒及其专用探针组。探针组包括600个特异探针。每个特异探针从5’末端到3’末端依次包括DNA片段1、DNA片段2和DNA片段3。600个特异探针的DNA片段2的核苷酸序列依次如序列表的序列1自5’末端起第16‑93位至序列表的序列600自5’末端起第16‑93位所示。实验证明，本发明专利技术提供的试剂盒可以检测待测胎儿是否患有12染色体微缺失微重复综合征，检测结果与临床SNP Aarray检测结果完全一致。本发明专利技术具有重要的应用价值。

【技术实现步骤摘要】
一种用于无创产前检测12种染色体微缺失微重复综合征的试剂盒及其专用探针组
本专利技术属于医学领域，具体涉及一种用于无创产前检测12种染色体微缺失微重复综合征的试剂盒及其专用探针组。
技术介绍
染色体微缺失微重复综合征是指在染色体上缺失或增加的片段不是很长、经过传统细胞遗传学分析难以发现的染色体畸变而导致复杂临床表现的遗传病，是除染色体非整倍体之外的另一大类新生儿出生缺陷。染色体微缺失微重复常见的临床表现有：胎儿在发育过程中某些脏器发育异常、生长发育异常、智力发育迟缓、特殊面容、内分泌异常、精神行为改变等。以Digeorge综合征为例，是由于22号染色体q11.2区段缺失引起的染色体疾病，又称22q11.2微缺失综合征。患儿多表现为先天性心脏病、上颚、胃肠、泌尿生殖系统发育异常、免疫缺陷、发育迟滞、认知障碍等临床表型。虽然小部分Digeorge综合征可以通过超声发现，但绝大多数仍会被漏掉。一项临床研究表明，每68个先心病患儿中就有一个患有Digeorge综合征。该综合征在新生儿中的发病率为1/1000-1/4000，比18三体综合征1/3500-1/7000的发病率还高。目前针对染色体微缺失微重复的检测技术主要有核型分析、荧光原位杂交技术(FISH)、多重连接探针扩增技术(MLPA)、染色体微阵列分析技术(CMA)等。核型分析难以发现5Mb以下的染色体缺失和重复，因而局限较大。FISH技术比核型分析具有更高的灵敏度和特异性，但也只能作为特定目标疾病或针对性排除某种疾病的诊断情况下使用，若作为多种染色体微缺失微重复的筛查技术，FISH明显不足，费时费力且成本很高。包含SNPArray和ArrayCGH在内的芯片技术对于染色体微缺失微重复具有很好的应用，但同样作为多种染色体微缺失微重复的筛查时，高昂的检测成本成为临床应用的掣肘。更为重要的一点，上述三种检测技术均为侵入式，检测样本需为羊水或绒毛膜，存在流产风险。第二代测序技术的高通量特性也非常适合开展无创产前基因检测。直接对全基因组测序存在成本高、数据分析复杂、周期长等问题。目标序列捕获测序降低了测序成本，提高了测序深度，能够更为精确地发现待定区域序列改变的信息。
技术实现思路
本专利技术的目的是检测待测胎儿是否患有12染色体微缺失微重复综合征。12染色体微缺失微重复综合征分别为1p36缺失综合征、猫叫综合征、腓骨肌萎缩症、Digeorge综合征、杜氏肌营养不良、Williams-Beuren综合症、Wolf-Hirschhorn综合症、15q13.3微缺失综合征、Miller-Dieker综合征、Smith-Magenis综合症、天使人综合症、Langer-Giedion综合症。本专利技术首先保护一种用于检测待测胎儿是否患有下表所示的染色体微缺失微重复综合征的试剂盒，可包括探针组；所述探针组可包括600个特异探针；每个特异探针可包括DNA片段2；所述DNA片段2可为下表所示的染色体微缺失微重复综合征对应的染色体区域的一部分；上述试剂盒中，所述DNA片段2可为60-140个(如60-78个、78-100个、100-140个、60个、78个、100个或140个)核苷酸组成的单链DNA分子。上述试剂盒中，所述600个特异探针的DNA片段2的核苷酸序列依次可如序列表的序列1自5’末端起第16-93位至序列表的序列600自5’末端起第16-93位所示。上述试剂盒中，每个特异探针还可包括DNA片段1和DNA片段3；所述DNA片段1位于所述DNA片段2的5’端；所述DNA片段3位于所述DNA片段2的3’端。所述DNA片段1和所述DNA片段3均可为10-20个(如10-15个、15-20个、10个、15个或20个)核苷酸组成的单链DNA分子。每个特异探针从5’末端到3’末端依次可包括所述DNA片段1、所述DNA片段2和所述DNA片段3。上述任一所述探针组具体可由600个特异探针组成。每个特异探针从5’末端到3’末端具体可由所述DNA片段1、所述DNA片段2和所述DNA片段3组成。上述任一所述试剂盒还可包括引物对甲；所述引物对甲可由引物1和引物2组成；所述引物1可包括所述DNA片段1；所述引物2可包括所述DNA片段3。所述引物1具体可为所述DNA片段1。所述引物2具体可为所述DNA片段3。所述引物1和/或所述引物2均可具有生物素标记。上述任一所述DNA片段1和/或上述任一所述DNA片段3具有生物素标记(即在试剂盒中不含有引物对甲的条件下，可直接对所述DNA片段1和/或所述DNA片段3进行生物素标记)。上述任一所述DNA片段1的核苷酸序列可如序列表的序列601所示。上述任一所述DNA片段3的核苷酸序列可如序列表的序列602所示。上述任一所述600个特异探针的核苷酸序列依次可如序列表的序列1至序列表的序列600所示。上述任一所述试剂盒具体可由所述探针组组成。上述任一所述试剂盒具体可由所述探针组和所述引物对甲组成。上述任一所述试剂盒还可包括接头1(用于制备待测孕妇血浆游离DNA文库)、接头2(用于制备待测孕妇血浆游离DNA文库)、引物3(用于封闭所述接头1)、引物4(用于封闭所述接头2)、引物5(用于PCR扩增)和引物6(用于PCR扩增)；所述接头1从5’末端到3’末端依次可包括DNA片段a(即测序接头序列1)、DNA片段b和DNA片段c；所述DNA片段c的3’末端可为T；所述接头2从5’末端到3’末端依次可包括DNA片段d和DNA片段e；所述DNA片段b和所述DNA片段d均可由A、T、C和G随机组成；所述DNA片段e的5’末端和所述DNA片段a的3’末端反向互补；所述引物5可包括所述DNA片段A；所述引物3从5’末端到3’末端依次可包括所述DNA片段A、DNA片段B和DNA片段C；所述DNA片段C和所述DNA片段a的5’末端完全一致；所述DNA片段B可由A、T、C和G随机组成；所述引物6可包括所述DNA片段D；所述引物4从5’末端到3’末端依次可包括所述DNA片段D、DNA片段E和DNA片段F；所述DNA片段F和所述DNA片段e的3’末端完全一致；所述DNA片段E可由A、T、C和G随机组成。所述DNA片段b和所述DNA片段d可以相同，也可以不同。所述DNA片段c的长度具体可为1bp。所述DNA片段b和所述DNA片段d的长度为6-14bp(如6-8bp、8-14bp、6bp、8bp或14bp)。所述DNA片段A的长度为17-25bp(如17-21bp、21-25bp、17bp、21bp或25bp)。所述DNA片段B的长度为1-8bp(如1-4bp、4-8bp、1bp、4bp或8bp)。所述DNA片段D的长度为17-25bp(如17-21bp、21-25bp、17bp、21bp或25bp)。所述DNA片段E的长度为10-25bp(如10-16bp、16-25bp、10bp、16bp或25bp)。所述引物4还可包括Barcode标记序列；所述Barcode标记序列位于所述DNA片段E的上游、下游或中间(在本专利技术的一个实施例中，Barcode标记序列位于所述DNA片段E的中间)。所述Barcode标记序列的长度为6-14bp(如6-8bp、8-14bp、6bp、8bp或14bp)。所述B本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测待测胎儿是否患有下表所示的染色体微缺失微重复综合征的试剂盒，包括探针组；所述探针组包括600个特异探针；每个特异探针包括DNA片段2；所述DNA片段2为下表所示的染色体微缺失微重复综合征对应的染色体区域的一部分；

【技术特征摘要】
1.一种用于检测待测胎儿是否患有下表所示的染色体微缺失微重复综合征的试剂盒，包括探针组；所述探针组包括600个特异探针；每个特异探针包括DNA片段2；所述DNA片段2为下表所示的染色体微缺失微重复综合征对应的染色体区域的一部分；染色体微缺失微重复综合征的名称位于的染色体对应的染色体区域1p36缺失综合征Chr110001-12840259猫叫综合征Chr510001-12533304腓骨肌萎缩症Chr1714097915-15470903Digeorge综合征Chr2219009792-21452445杜氏肌营养不良ChrX31135345-33231673Williams-Beuren综合症Chr772744455-74142672Wolf-Hirschhorn综合症Chr4492989-198393415q13.3微缺失综合征Chr1530910306-32445407Miller-Dieker综合征Chr171-2588909Smith-Magenis综合症Chr1716773072-20222149天使人综合症Chr1522749354-28438266Langer-Giedion综合症Chr8108776506-121312414。2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述DNA片段2为60-140个核苷酸组成的单链DNA分子。3.如权利要求1或2所述的试剂盒，其特征在于：所述600个特异探针的DNA片段2的核苷酸序列依次如序列表的序列1自5’末端起第16-93位至序列表的序列600自5’末端起第16-93位所示。4.如权利要求1至3任一所述的试剂盒，其特征在于：每个特异探针还包括DNA片段1和DNA片段3；所述DNA片段1位于所述DNA片段2的5’端；所述DNA片段3位于所述DNA片段2的3’端。5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：所述DNA片段1和所述DNA片段3均为10-20个核苷酸组成的单链DNA分子。6.如权利要求1至5任一所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括引物对甲；所述引物对甲由引物1和引物2组成；所述引物1包括所述DNA片段1；所述引物2包括所述DNA片段3。7.如权利要求6所述的试剂盒，其特征在于：所述引物1和/或所述引物2具有生物素标记。8.如权利要求1至5任一所述的试剂盒，其特征在于：所述DNA片段1和/或所述DNA片段3具有生物素标记。9.如权利要求1至8任一所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括接头1、接头2、引物3、引物4、引物5和引物6；所述接头1从5’末端到3’末端依次包括DNA片段a、DNA片段b和DNA片段c；所述DNA片段c的3’末端为T；所述接头2从5’末端到3’末端依次包括DNA片段d和DNA片段e；所述DNA片段b和所述DNA片段d均由A、T、C和G随机组成；所述DNA片段e的5’末端和所述DNA片段a的3’末端反向互补；所述引物5包括所述DNA片段A；所述引物3从5’末端到3’末端依次包括所述DNA片段A、DNA片段B和DNA片段C；所述DNA片段C和所述DNA片段a的5’末端完全一致；所述DNA片段B由A、T、C和G随机组成；所述引物6包括所述DNA片段D；所述引物4从5’末端到3’末端依次包括所述DNA片段D、DNA片段E和DNA片段F；所述DNA片段F和所述DNA片段e的3’末端完全一致；所述DNA片段E由A、T、C和G随机组成。10.如权利要求9所述的试剂盒，其特征在于：所述DNA片段b和所述DNA片段d的长度为6-14bp；所述DNA片段A的长度为17-25bp；所述DNA片段B的长度为1-8bp；所述DNA片段D的长度为17-25bp；所述DNA片段E的长度为10-25bp。11.如权利要求9或10所述的试剂盒，其特征在于：所述引物4还包括Barcode标记序列；所述Barcode标记序列位于所述DNA片段E的上游、下游或中间。12.如权利要求9至11任一所述的试剂盒，其特征在于：所述接头1、所述引物5和所述引物6的3’末端均进行硫代修饰；所述接头2的5’末端进行磷酸化修...

【专利技术属性】
技术研发人员：伍建，姬晓雯，刘娜，王海丽，韩路，
申请(专利权)人：北京迈基诺基因科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11