一种用于检测SNP多态性的引物组和利用引物组检测SNP多态性的方法技术

技术编号:20885236 阅读:42 留言:0更新日期:2019-04-17 13:34
本发明专利技术提供了一种用于检测SNP多态性的引物组和利用引物组检测SNP多态性的方法,属于生物技术领域。所述用于检测SNP多态性的引物组,包括引物组A1和引物组A2;所述引物组A1包括上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1,所述引物组A1中引物的质量分别为4300~6600Da;所述引物组A2包括上游引物A2、下游引物A2和延伸引物A2,所述引物组A2中引物的质量分别为6700~9000Da。本发明专利技术以引物质量为4300‑6600Da和6600‑9000Da两个区间来分别设计引物,从而在MALDI‑TOF MS结果读取时互不干扰,可以一个芯片点获取两份检测数据,试剂耗材的利用率更高,高产出低成本。

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测SNP多态性的引物组和利用引物组检测SNP多态性的方法
本专利技术属于生物
,尤其涉及一种用于检测SNP多态性的引物组和利用引物组检测SNP多态性的方法。
技术介绍
SNP(SingleNucleotidePolymorphisms,单核苷酸多态性)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,在人类基因组中广泛存在,是人类可遗传的变异中最常见的一种。目前SNP的检测已经用于用药指导、肿瘤易感性、遗传病等诸多领域。核酸质谱分析系统是一套高灵敏度高精确度快速分析核酸样本单核苷酸多态性的系统。通过PCR扩增目的片段、SAP酶消化多余盐分、非延伸引物特异性延伸目标SNP位点处的一个碱基,产物通过树脂纯化后经MassARRAYNanodispenserRS1000点样仪将核酸产物点样至384芯片上,再通过MassARRAY384平台的MALDI-TOFMS(MatrixAssistedLaserDesorptionLonizationTimeofFlightMassSpectrometry,基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱)读取芯片内容。其突破点在于能够检测痕量核酸样本中的SNP信息,较一代测序而言,具有更高的通量和更低的检出线;较二代测序而言,对目标位点有更强的针对性,数据利用率更高,数据的解读性更强。AgenaMassARRAY支持1~36重PCR,实际套餐中常会出现一个套餐只需要检测10个左右的SNP位点,PCR试剂为常规试剂,而树脂纯化和上机涉及到昂贵的实际耗材。
技术实现思路
有鉴于此,本专利技术的目的在于提供一种用于检测SNP多态性的引物组和利用引物组检测SNP多态性的方法。本专利技术将引物质量可允许的4300-9000Da的区间拆分为4300-6600Da和6600-9000Da两个区间来分别设计引物,从而在MALDI-TOFMS结果读取时互不干扰,可以一个芯片点获取两份检测数据,试剂耗材的利用率更高,高产出低成本。为了实现上述专利技术目的,本专利技术提供了一种用于检测SNP多态性的引物组,所述引物组包括引物组A1和引物组A2;所述引物组A1包括上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1,所述上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1的质量独立的为4300~6600Da;所述引物组A2包括上游引物A2、下游引物A2和延伸引物A2,所述上游引物A2、下游引物A2和延伸引物A2的质量独立的为6700~9000Da。优选地,所述上游引物A1和上游引物A2的核苷酸序列相同,所述上游引物A1和上游引物A2独立的包括如SEQIDNO.1~10所示的核苷酸序列;所述下游引物A1和下游引物A2的核苷酸序列相同,所述下游引物A1和下游引物A2独立的包括如SEQIDNO.11~20所示的核苷酸序列;所述延伸引物A1的核苷酸序列如SEQIDNO.21~30所示;所述延伸引物A2的核苷酸序列如SEQIDNO.31~40所示。优选地,所述SNP包括rs3892097、rs5030655、rs16947、rs1135840、rs59421388、rs1057910、rs20417、rs12746200、rs1467558和rs1065852。优选地,所述SEQIDNO.1、11、21和31用于对rs3892097进行多态性检测;所述SEQIDNO.2、12、22和32用于对rs5030655进行多态性检测;所述SEQIDNO.3、13、23和33用于对rs16947进行多态性检测;所述SEQIDNO.4、14、24和34用于对rs1135840进行多态性检测。优选地,所述SEQIDNO.5、15、25和35用于对rs59421388进行多态性检测;所述SEQIDNO.6、16、26和36用于对rs1057910进行多态性检测;所述SEQIDNO.7、17、27和37用于对rs20417进行多态性检测。优选地,所述SEQIDNO.8、18、28和38用于对rs12746200进行多态性检测;所述SEQIDNO.9、19、29和39用于对rs1467558进行多态性检测;所述SEQIDNO.10、20、30和40用于对rs1065852进行多态性检测。本专利技术还提供了上述技术方案所述引物组检测SNP多态性的方法,包括以下步骤:1)提取口腔拭子的基因组DNA;2)以所述步骤1)得到的基因组DNA为模板,用上游引物A1和下游引物A1进行PCR扩增,将得到的扩增产物经SAP酶进行消化处理,得到消化产物A1,将所述消化产物A1用延伸引物A1进行延伸反应,得到延伸产物A1;3)以所述步骤1)得到的基因组DNA为模版,用上游引物A2和下游引物A2进行PCR扩增,将得到的扩增产物经SAP酶进行消化处理,得到消化产物A2,将所述消化产物A2用延伸引物A2进行延伸反应,得到延伸产物A2;4)将所述步骤2)得到的延伸产物A1和步骤3)得到的延伸产物A2混合,得到延伸产物A;5)将所述步骤4)获得的延伸产物A进行树脂纯化,获得纯化产物A;6)利用基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱检测纯化产物A,确定SNP的多态性;所述步骤2)和3)无时间顺序限定。优选地,所述步骤2)和3)PCR扩增使用的反应体系以5μL计,独立的包括:5~15ng/μL基因组DNA1μL;10×PCR反应缓冲液0.5μL;25mmol/LMgCl20.4μL;25mmol/LdNTPs0.1μL;0.5μmol/LPCRPrimermix1μL;5U/μLTaqDNA聚合酶0.2μL;HPLC等级的水1.8μL;所述PCRPrimermix中上游引物和下游引物的浓度分别为0.5μmol/L;所述PCR扩增的程序为:预变性95℃2min;变性95℃30s;退火56℃30s;延伸72℃60s;所述变性、退火和延伸步骤进行45个循环后;72℃保持5min。优选地,将所述步骤2)和3)得到扩增产物后剩余的盐进行消化处理,所述消化的体系以2μL计,独立的包括:SAPBuffer0.17μL;1.7U/μLSAP酶0.3μL;超纯水1.53μL;所述消化的程序为:37℃,40min;85℃,5min。优选地,所述步骤2)和3)延伸反应的体系以2μL计,独立的包括:iplexGOLDBuffer0.2μL;IplexTerminatormix0.2μL;iplex延伸引物混合物0.94μL;iplexEnzyme0.041μL;超纯水0.619μL;所述延伸反应的程序为:94℃30s;[94℃5s,(52℃5s,80℃5s)];其中所述(52℃5s,80℃5s)进行5个循环,所述[94℃5s,(52℃5s,80℃5s)]进行40个循环;72℃3min。由本专利技术的实施例可知:本专利技术一次上机检测,使用1个芯片点,能够同时检测出同一例样本的套餐A1和套餐A2信息,即产出2份检测数据,且同一例样本套餐A1检测结果基因型与套餐A2检测结果基因型完全一致。套餐A1和套餐A2共同树脂纯化和上机节约了成本昂贵的试剂耗材,且节约了人力成本和时间,更高效产出测试数据。由此可见,本专利技术具有可行性、重复性好、高效性的特点。附图说明图1是实施例S1样本SNP多态性示意图,其中,S1-A1代表S1样本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测SNP多态性的引物组,其特征在于,所述引物组包括引物组A1和引物组A2;所述引物组A1包括上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1,所述上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1的质量独立的为4300~6600Da;所述引物组A2包括上游引物A2、下游引物A2和延伸引物A2,所述引物A2、下游引物A2和延伸引物A2的质量独立的为6700~9000Da。

【技术特征摘要】
1.一种用于检测SNP多态性的引物组,其特征在于,所述引物组包括引物组A1和引物组A2;所述引物组A1包括上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1,所述上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1的质量独立的为4300~6600Da;所述引物组A2包括上游引物A2、下游引物A2和延伸引物A2,所述引物A2、下游引物A2和延伸引物A2的质量独立的为6700~9000Da。2.根据权利要求1所述的引物组,其特征在于,所述上游引物A1和上游引物A2的核苷酸序列相同,所述上游引物A1和上游引物A2独立的包括如SEQIDNO.1~10所示的核苷酸序列;所述下游引物A1和下游引物A2的核苷酸序列相同,所述下游引物A1和下游引物A2独立的包括如SEQIDNO.11~20所示的核苷酸序列;所述延伸引物A1的核苷酸序列如SEQIDNO.21~30所示;所述延伸引物A2的核苷酸序列如SEQIDNO.31~40所示。3.根据权利要求1所述的引物组,其特征在于,所述SNP包括rs3892097、rs5030655、rs16947、rs1135840、rs59421388、rs1057910、rs20417、rs12746200、rs1467558和rs1065852。4.根据权利要求3所述的引物组,其特征在于,所述SEQIDNO.1、11、21和31用于对rs3892097进行多态性检测;所述SEQIDNO.2、12、22和32用于对rs5030655进行多态性检测;所述SEQIDNO.3、13、23和33用于对rs16947进行多态性检测;所述SEQIDNO.4、14、24和34用于对rs1135840进行多态性检测。5.根据权利要求3所述的引物组,其特征在于,所述SEQIDNO.5、15、25和35用于对rs59421388进行多态性检测;所述SEQIDNO.6、16、26和36用于对rs1057910进行多态性检测;所述SEQIDNO.7、17、27和37用于对rs20417进行多态性检测。6.根据权利要求3所述的引物组,其特征在于,所述SEQIDNO.8、18、28和38用于对rs12746200进行多态性检测;所述SEQIDNO.9、19、29和39用于对rs1467558进行多态性检测;所述SEQIDNO.10、20、30和40用于对rs1065852进行多态性检测。7.一种利用权利要求1~6任意一项所述引物组检测SNP多态性的方法,其特征在于,包括以下步骤:1)提取口...

【专利技术属性】
技术研发人员:洪甜武会娟田彦捷刘旭刘文丽魏颖朱博兰平海涛宋扬张志毅
申请(专利权)人:北京市理化分析测试中心北京北基医学检验实验室有限公司
类型:发明
国别省市:北京,11

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