一种甜瓜果皮果面沟的SNP标记、检测方法及应用技术

技术编号:20612465 阅读:21 留言:0更新日期:2019-03-20 10:39
本发明专利技术公开了一种甜瓜果皮果面沟的SNP标记、检测方法及应用,涉及分子标记技术领域。本发明专利技术的SNP标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2;其中,SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列与甜瓜果面沟性状高度连锁,SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列与甜瓜无果面沟性状高度连锁。本发明专利技术公开了用于检测SNP标记的引物对、试剂盒及SNP标记在甜瓜育种中的应用。本发明专利技术还公开了检测甜瓜果面沟性状的方法,采用本发明专利技术方法可快速准确鉴定甜瓜果面沟形状。本发明专利技术的甜瓜果面沟的分子标记更准确,有助于甜瓜育种选择。

SNP Marker, Detection Method and Application of Fruit Surface Groove in Melon Peel

The invention discloses an SNP marker, detection method and application of melon peel surface ditch, which relates to the technical field of molecular marker. The SNP-labeled nucleotide sequence of the present invention is SEQ ID NO.1 and SEQ ID NO.2, in which the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO.1 is highly linked to melon fruit surface groove trait, and the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO.2 is highly linked to melon fruit surface groove trait. The invention discloses a pair of primers, a kit for detecting SNP markers and an application of SNP markers in melon breeding. The invention also discloses a method for detecting the characteristics of melon fruit surface ditch, and the method can quickly and accurately identify the shape of melon fruit surface ditch. The molecular marker of the melon fruit surface ditch of the invention is more accurate, and is helpful to the selection of melon breeding.

【技术实现步骤摘要】
一种甜瓜果皮果面沟的SNP标记、检测方法及应用
本专利技术涉及分子标记
,尤其涉及一种甜瓜果皮果面沟的SNP标记、检测方法及应用。
技术介绍
甜瓜(CucumismeloL)是葫芦科重要的经济作物,具有较高的商业价值和经济价值。作为一种重要水果型蔬菜作物,在世界园艺产业中据有举足轻重的地位,自20世纪80年代,我国成为世界上甜瓜种植面积最大与产量最高的国家。根据数据统计,中国甜瓜栽培面积达到世界总栽培面积的45%,产量达到50%左右,中国甜瓜播种面积在2013年达到42.31万公顷,产量总和为1433.7万吨(《2013中国农业统计资料》),对改变农业产业布局和增加农民收入具有重要意义。果皮果面沟作为重要的外观品质之一,对改良甜瓜的商品性具有重要作用,因此长期以来一直是育种家的研究重点。通过传统育种方对甜瓜果皮果面沟性状的选择需要在果实生长期进行,存在鉴定周期长、效率低的缺点,而利用分子标记辅助选择育种(MAS,molecularmarker-assistedselection)则可在苗期完成对果面沟性状的选育,不仅省时省力,而且还可以提高选育的准确性和效率,因此建立甜瓜果皮果面沟性状的分子标记辅助选择体系,对提高育种效率和加速育种进程具有重要意义。甜瓜的果型、果实大小、果皮颜色是甜瓜果实品质的重要指标,同时也可根据这些指标对甜瓜进行分类和分级。对于甜瓜来说果面沟不仅是一种外观品质,而且果面沟影响甜瓜果皮结构、物质积累、果实受力及甜瓜果实裂果。保证成熟甜瓜果实完整无损、无裂果,有利于甜瓜运输与贮藏,也是甜瓜遗传育种研究重点。因此,开展甜瓜果面沟性状遗传规律及相关基因定位研究,对甜瓜种质资源改良和加快分子育种进程具有重要意义。甜瓜果面沟形态发育的调控网络复杂且精细,由基因、microRNA及激素等共同决定。有关甜瓜果面沟基因克隆、调控机理等基础研究较为薄弱。因此,寻找与甜瓜果面沟性状紧密连锁的DNA标记,能够有效辅助甜瓜果面沟甜瓜的选育。
技术实现思路
有鉴于此,本专利技术实施例提供了一种甜瓜果皮果面沟的SNP标记、检测方法及应用,主要目的是提供一个与甜瓜果皮果面沟紧密连锁的分子标记Z1810268,用该分子标记在苗期可准确检测出甜瓜植株的果皮是否会有果面沟,为甜瓜果皮果面沟分子标记辅助技术体系的建立提供帮助。为达到上述目的,本专利技术主要提供了如下技术方案:一方面,本专利技术实施例提供了一种甜瓜果皮果面沟性状相关的SNP标记,所述SNP标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示;其中,SEQIDNO.1所示的核苷酸序列与甜瓜果皮果面沟性状高度连锁,SEQIDNO.2所示的核苷酸序列与甜瓜果皮无果面沟性状高度连锁。另一方面,本专利技术实施例提供了一种用于检测甜瓜果皮果面沟性状的引物对,所述引物对的核苷酸序列如SEQIDNO.3和SEQIDNO.4所示。又一方面,本专利技术实施例提供了一种用于检测甜瓜果皮果面沟性状的试剂盒,所述试剂盒包含上述引物对。又一方面,本专利技术实施例提供了上述SNP标记、上述引物对及上述试剂盒在甜瓜育种中的应用。再一方面,本专利技术实施例提供了一种检测甜瓜果皮果面沟性状的方法,通过检测待测甜瓜是否含有上述SNP标记来确定所述甜瓜的果皮果面沟性状。作为优选,所述检测方法包括以下步骤:提取待测甜瓜的基因组DNA;利用上述引物对对甜瓜基因组DNA进行PCR扩增,获得PCR扩增产物;对所述PCR扩增产物进行测序,获得测序结果,对比所述测序结果与上述SNP标记来确定所述待测甜瓜的果面沟性状;或对所述PCR扩增产物用限制性内切酶TaqI进行酶切,再通过琼脂糖凝胶电泳显示结果来确定所述待测甜瓜的果面沟性状。作为优选,所述PCR的扩增程序为:94℃,5min;94℃,30s;60℃,30s;72℃,1min,35cycles;72℃,5min。作为优选,通过所述测序结果来确定果面沟性状的具体操作为:当所述PCR扩增产物的核苷酸序列和SEQIDN0.1序列一致,表示该植株的甜瓜果皮具有果面沟;当所述PCR扩增产物的核苷酸序列和SEQIDN0.1序列不一致且与SEQIDN0.2序列一致,表示该植株的甜瓜果皮无果面沟。作为优选,通过所述凝胶电泳显示结果来确定果面沟性状的具体操作为:当显示出所述PCR扩增产物不可被限制性内切酶TaqI切开,表示该植株的甜瓜果皮具有果面沟;当显示出所述PCR扩增产物可被限制性内切酶TaqI切开,表示该植株的甜瓜果皮无果面沟。与现有技术相比,本专利技术的有益效果是:本专利技术通过利用BSR-seq技术鉴定SNPs,根据鉴定的SNPs和公布的甜瓜基因组数据开发分子标记,并扫描F2分离群体,结合群体植株的果皮果面沟表型,开发与果面沟调控基因连锁更加紧密的分子标记;本专利技术开发的分子标记(Z1810268)与果面沟调控基因位点连锁紧密,因而对甜瓜果皮果面沟性状分子标记辅助育种体系的建立更有帮助;本专利技术的分子标记可以简便、快速、高通量地应用于甜瓜育种实践。附图说明图1为本专利技术实施例提供的有果面沟(0426)和无果面沟果皮(Y101)的表型示意图;图2为本专利技术实施例提供的分子标记Z1810268在亲本(0426和Y101)、F1及F2代植株中的多态性电泳图谱。具体实施方式为更进一步阐述本专利技术为达成预定专利技术目的所采取的技术手段及功效,以下以较佳实施例,对依据本专利技术申请的具体实施方式、技术方案、特征及其功效,详细说明如后。下述说明中的多个实施例中的特定特征、结构、或特点可由任何合适形式组合。实施例1如图1所示,选择甜瓜种质材料0426果皮表面有宽清晰果面沟,材料Y101果皮无果面沟,以0426和Y101为亲本,杂交获得F1代植株,F1代植株自交构建F2分离群体;用CTAB法提取亲本、F1及F2分离群体的叶片总DNA:取上部幼嫩叶片在液氮中快速研磨成粉末状,放于1.5ml的离心管中;加入预热的800μlCTAB提取缓冲液,65℃水浴30min;加入等体积氯仿异戊醇,其中氯仿与异戊醇的体积比为24:1,混匀后12000r/min离心15min;将上清液转入新的离心管,加等体积异丙醇,轻轻混匀,冰浴1h以上;12000r/min离心15min;倒去上清液,用体积分数为75%的乙醇冲洗沉淀两次,干燥后,加入TE缓冲液200μl溶解后,加入10μg/ml的RNA酶去除RNA,37℃水浴30min;在0.8%琼脂糖凝胶电泳,以50ng/μl的λDNA为标准,估计所得DNA的浓度;后用TE稀释终浓度为100ng/μl,存于-20℃备用;在已种植F2分离群体中,选取30株果面沟果皮植株,取发育程度一致的甜瓜果皮组织,分别抽提总RNA后等量混合形成果面沟池;同样的方法,选30株无果面沟果皮植株,取发育程度一致的甜瓜果皮组织,分别抽提总RNA后等量混合形成无果面沟池;用Illumina平台的Hiseq2500双末端测序技术对两个混合池进行RNA-seq测序,其中pairend(双末端)各125bp,测序深度约为60x,每个池的测序数据约为6G,共12G;然后,用已开发好的程序(perl语言编写的脚本,Marker_SNPs_V1.pl)对两个池的RNA-seq数据进行分析,流程如下:将两个混合池的RNA-seq数据本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种甜瓜果皮果面沟性状相关的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2;其中,SEQ ID NO.1所示核苷酸序列与甜瓜果皮果面沟性状高度连锁,SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列与甜瓜果皮无果面沟性状高度连锁。

【技术特征摘要】
1.一种甜瓜果皮果面沟性状相关的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记的核苷酸序列为SEQIDNO.1和SEQIDNO.2;其中,SEQIDNO.1所示核苷酸序列与甜瓜果皮果面沟性状高度连锁,SEQIDNO.2所示的核苷酸序列与甜瓜果皮无果面沟性状高度连锁。2.一种用于检测甜瓜果皮果面沟性状的引物对,其特征在于,所述引物对的核苷酸序列为SEQIDNO.3和SEQIDNO.4。3.一种用于检测甜瓜果皮果面沟性状的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含权利要求2所述的引物对。4.一种权利要求1所述的SNP标记、权利要求2所述的引物对及权利要求3所述的试剂盒在甜瓜育种中的应用。5.一种检测甜瓜果皮果面沟性状的方法,其特征在于,通过检测待测甜瓜是否含有权利要求1所述的SNP标记来确定所述甜瓜的果皮果面沟性状。6.根据权利要求5所述的一种检测甜瓜果皮果面沟性状的方法,其特征在于,具体包括:提取待测甜瓜的基因组DNA;利用权利要求2所述的引物对对甜瓜基因组DNA进行PCR扩增,获得PCR扩增产物;对所述PCR扩增产物进行测序,获得测序结果,对比所述测序结果与权利要求1所述的SNP标...

【专利技术属性】
技术研发人员:魏春华张显赵伟
申请(专利权)人:西北农林科技大学
类型:发明
国别省市:陕西,61

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