一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记及其应用。所述的打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记编号为TMn007、TMn025、TMn027、TMn085、TMn113、TMn131、TMn163、TMn183、TMn203、TMn223、TMn226、TMn233、TMn245、TMn249、TMn288、TMn302、TMn306和TMn323_N。本发明专利技术所述的一组分子标记具有稳定、可靠、简捷和高灵敏度的特点，可用于检测和判断烟草N基因上游（5’端）不同位置的连锁累赘片段打破信息，培育出既含有N基因又能完全打破或在不同位置部分打破不利连锁累赘影响的烟草抗TMV新品种。

A Group of Molecular Markers Breaking Downstream (5'End) Linkage of TMV Resistance Gene in Tobacco and Its Application

The present invention discloses a set of molecular markers that break down the upstream (5'end) chain redundancy of TMV resistance gene N in tobacco and its application. The molecular marker numbers for breaking the linkage redundancy in the upstream (5'end) of TMV resistance gene N of tobacco were TMn007, TMn025, TMn027, TMn085, TMn113, TMn131, TMn163, TMn183, TMn203, TMn223, TMn226, TMn233, TMn245, TMn249, TMn288, TMn302, TMn306 and TMn323_N. The set of molecular markers described in the present invention has the characteristics of stability, reliability, simplicity and high sensitivity, and can be used to detect and judge the breaking information of linkage redundant fragments at different locations in the upstream (5'end) of the N gene of tobacco, and to cultivate new tobacco varieties with both N gene and unfavorable linkage redundancy effects that can be completely broken or partially broken at different locations.

【技术实现步骤摘要】
一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记及其应用
本专利技术属于生物
，具体涉及一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记及其应用。
技术介绍
烟草花叶病是由属于花叶病毒家族的烟草花叶病毒（TobaccoMosaicVirus,TMV）引起的，因其宿主为包括烟草在内的茄科作物，因其严重影响烟叶的产量和品质，是我国烟叶生产上的重要病害。目前，生产上主要采取药剂防治和人为销毁田间病残体等措施进行防治，虽在控制TMV的发生流行上取得了一定的效果，但在局部田块爆发TMV的情况仍然时有发生，对烟草产业造成巨大经济损失。因此，选育抗病品种、提高烟草本身的抗病性是防治TMV的根本途径。在采用传统的杂交育种手段获得的含有N基因而具有TMV抗性的烟草品种中，除了目标基因N外还携带N基因上（5’端）下游（3’端）紧密连锁的累赘片段（源自野生烟-心叶烟染色体片段）。因连锁累赘的存在，使烟草在获得TMV抗性的同时也存在产量上较低、上部叶落黄较慢、后期成熟叶片烘烤困难等不利影响，严重阻碍了含有TMV抗性基因N的烟草在生产上大面积推广应用。已有研究证明N基因本身除了提供TMV抗性外，并无产量和产值的不利影响，而连锁累赘造成的不利性状或影响是源自N基因上（5’端）下游（3’端）紧密连锁片段上的其他基因（LewisRS.,LingerLR.,WolffMF.,WernsmanEA.,ThenegativeinfluenceofN-mediatedTMVresistanceonyieldintobacco:linkagedragversuspleiotropy.TheorApplGenet,2007,115:169-178;LewisRS,RoseC,Agronomicperformanceoftobaccomosaicvirus-resistanttobaccolinesandhybridspossessingtheresistancegeneNintrogressedondifferentchromosomes.CropSci.,2010,50:1339-1347）。基于烟草TMV抗性基因N的序列，国内外研究者成功的开发出多个用于检测含有N基因而具有TMV抗性的分子标记（LewisRS,MillaSR,andLevinJS,MolecularandgeneticcharacterizationofNicotianaglutinosaL.chromosomesegmentsintobaccomosaicvirusresistanttobaccoaccessions,CropSci.,2005,45(6):2355-2362；袁清华,陈俊标,李淑玲,马柱文,邱道寿,张振臣,抗TMV烟草种质资源的N基因片段序列研究,广东农业科学,2011,1(29):96-99；陈爽,朴世领,金爱兰，烟草抗TMVN基因及其在分子标记辅助育种中的应用,延边大学农学学报,2012,34(4):355-361；张玉,罗成刚,殷英,胡小波,戴培刚,张波,烟草N基因及其在烤烟遗传育种中的应用,中国农学通报,2013,29(19):89-92），同时建立了相应的检测体系（刘磊,郭兆奎,万秀清,颜培强,乔婵,刘丹,N基因标记基因PCR检测方法的建立及其在遗传育种中的应用,分子植物育种,2010,8(1):167-171），并将其中的部分检测标记及方法申请了专利（CN101892304B；CN102140546B；CN103866038B）。但上述标记和方法仅是用来检测具有N基因的TMV抗性烟草品种，而不具有打破N基因紧密连锁的累赘片段的功能。虽有相关文献（LewisRS,MillaSR,LevinJS,MolecularandgeneticcharacterizationofNicotianaglutinosaL.chromosomesegmentsintobaccomosaicvirus-resistanttobaccoaccessions.CropSci.,2005,45:2355-2362）和专利（CN105200052B;CN105200149B）利用分子标记来衡量和估算因导入N基因而携带的连锁片段长度，但这些研究所公开的分子标记是基于番茄基因组数据而不是与N基因紧密连锁的累赘片段序列信息，因此，这些分子标记只能用来粗略估计烟草中N基因上（5’端）下游（3’端）连锁累赘片段的长短，而不具备精确检测、判断和打破烟草中N基因的连锁累赘及具体位置信息，进而，限制了上述标记在培育既含N基因又具有完全打破连锁累赘或在不同位置部分打破连锁累赘的烟草抗TMV品种中的应用。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供一种打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记；第二目的在于提供所述的打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记的应用。本专利技术的第一目的是这样实现的，所述的打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记编号为TMn007、TMn025、TMn027、TMn085、TMn113、TMn131、TMn163、TMn183、TMn203、TMn223、TMn226、TMn233、TMn245、TMn249、TMn288、TMn302、TMn306和TMn323_N，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQIDNo.1、SEQIDNo.2和SEQIDNo.3、SEQIDNo.4和SEQIDNo.5、SEQIDNo.6、SEQIDNo.7、SEQIDNo.8、SEQIDNo.9、SEQIDNo.10、SEQIDNo.11和SEQIDNo.12、SEQIDNo.13和SEQIDNo.14、SEQIDNo.15和SEQIDNo.16、SEQIDNo.17和SEQIDNo.18、SEQIDNo.19和SEQIDNo.20、SEQIDNo.21和SEQIDNo.22、SEQIDNo.23、SEQIDNo.24、SEQIDNo.25、SEQIDNo.26所示。本专利技术的第二目的是这样实现的，利用上述一组分子标记来检测和判断待测烟草中N基因上游（5’端）的连锁累赘是否被打破及连锁累赘打破的精确位置信息。本专利技术的另一目的是提供一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的PCR扩增所用的引物对。本专利技术的又一目的是提供一种用于精确检测和判断待测烟草中N基因上游（5’端）的连锁累赘是否被打破及连锁累赘打破的位置信息的方法。本专利技术的再一目的是提供上述分子标记、引物对及应用方法在培育烟草抗TMV品种中打破N基因上游（5’端）不利连锁累赘影响的应用。为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：本专利技术公开了一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的标记，所述的分子标记为SEQIDNo.1、SEQIDNo.2和SEQIDNo.3、SEQIDNo.4和SEQIDNo.5、SEQIDNo.6、SEQIDNo.7、SEQIDNo.8、SEQIDNo.9、SEQIDNo.10、SEQIDNo.11和SEQIDNo.12、SEQIDNo.13和SEQIDNo.14、SEQIDNo.15和SEQIDNo.16、SEQ本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记，其特征在于所述的打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记编号为TMn007、TMn025、TMn027、TMn085、TMn113、TMn131、TMn163、TMn183、TMn203、TMn223、TMn226、TMn233、TMn245、TMn249、TMn288、TMn302、TMn306和TMn323_N，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No .1、SEQ ID No .2和SEQ ID No .3、SEQ ID No .4和SEQ ID No .5、SEQ ID No .6、SEQ ID No .7、SEQ ID No .8、SEQ ID No .9、SEQ ID No .10、SEQ ID No .11和SEQ ID No .12、SEQ ID No .13和SEQ ID No .14、SEQ ID No .15和SEQ ID No .16、SEQ ID No .17和SEQ ID No .18、SEQ ID No .19和SEQ ID No .20、SEQ ID No .21和SEQ ID No .22、SEQ ID No .23、SEQ ID No .24、SEQ ID No .25、SEQ ID No .26所示。...

【技术特征摘要】
1.一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记，其特征在于所述的打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记编号为TMn007、TMn025、TMn027、TMn085、TMn113、TMn131、TMn163、TMn183、TMn203、TMn223、TMn226、TMn233、TMn245、TMn249、TMn288、TMn302、TMn306和TMn323_N，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQIDNo.1、SEQIDNo.2和SEQIDNo.3、SEQIDNo.4和SEQIDNo.5、SEQIDNo.6、SEQIDNo.7、SEQIDNo.8、SEQIDNo.9、SEQIDNo.10、SEQIDNo.11和SEQIDNo.12、SEQIDNo.13和SEQIDNo.14、SEQIDNo.15和SEQIDNo.16、SEQIDNo.17和SEQIDNo.18、SEQIDNo.19和SEQIDNo.20、SEQIDNo.21和SEQIDNo.22、SEQIDNo.23、SEQIDNo.24、SEQIDNo.25、SEQIDNo.26所示。2.根据权利要求1所述的一组打破烟草TMV抗性基因N上游（5’端）连锁累赘的分子标记，其特征在于所述的分子标记所对应的18个位点的引物序列分别为：TMn007序列为TMn007F：5’-CGACTTCATGAAAGCACCAG-3’（SEQIDNo.27），TMn007R：5’-CTACTGGACTCCACCCACGA-3’（SEQIDNo.28）；TMn025序列为TMn025F：5’-TGGTTAAAACTCCCATCCCTA-3’（SEQIDNo.29），TMn025R：5’-TGGAAAATGAATTTTTCGAATG-3’（SEQIDNo.30）；TMn027序列为TMn027F：5’-TTTGTGCCAAAAGAAAAGGAA-3’（SEQIDNo.31），TMn027R：5’-TGGAGAGATCGTGAAGGTCA-3’（SEQIDNo.32）；TMn085序列为TMn085F：5’-TGCACGTCTGATACTTTTTGA-3’（SEQIDNo.33），TMn085R：5’-CAACTTTGCACCACCATCAC-3’（SEQIDNo.34）；TMn113序列为TMn113F：5’-CAACACGCACCATCACAAGT-3’（SEQIDNo.35），TMn113R：5’-CTATGCTGCCCCTTCTTCAC-3’（SEQIDNo.36）；TMn131序列为TMn131F：5’-TGGTTAAAGCATGCGACTTG-3’（SEQIDNo.37），TMn131R：5’-AGGAGTTTTTCGGCGATTG-3’（SEQIDNo.38）；TMn163序列为TMn163F：5’-TTTACGCCCTCACAAAAACC-3’（SEQIDNo.39），TMn163R：5’-GATTTCACCGTCGGGACTAA-3’（SEQIDNo.40）；TMn183序列为TMn183F：5’-TACCGGTTTTTGGGAAATTG-3’（SEQIDNo.41），TMn183R：5’-GCCCATTTTCTTGGGATTCT-3’（SEQIDNo.42）；TMn203序列为TMn203F：5’-TGAAAGTCACGCAACTCCAA-3’（SEQIDNo.43），TMn203R：5’-CGAAATGTGAAAGGGGAGAA-3’（SEQIDNo.44）；TMn223序列为TMn223F：5’-CTGCTCAGGCCAGTGTGAT-3’（SEQIDNo.45），TMn223R：5’-CACACAGGGTTATAGTCGTCCA-3’（SEQIDNo.46）；TMn226序列为TMn226F：5’-AGATTGCACACGAAATCGTAGA-3’（SEQIDNo.47），TMn226R：5’-GAGAGATAAATGGAAGGAGAACGA-3’（SEQIDNo.48）；TMn233序列为TMn233F：5’-ATTTGGTTGTGTTGCTGTCG-3’（SEQIDNo.49），TMn233R：5’-TGAAAAACAGGGAAGGAGGA-3’（SEQIDNo.50）；TMn245序列为TMn245F：5’-GAGGGC...

【专利技术属性】
技术研发人员：肖炳光，童治军，李永平，方敦煌，陈学军，谢贺，黄昌军，刘勇，
申请(专利权)人：云南省烟草农业科学研究院，
类型：发明
国别省市：云南,53