一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记制造技术

技术编号:20124564 阅读:23 留言:0更新日期:2019-01-16 13:24
本发明专利技术涉及一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记,所述SNP标记位于fst1基因的外显子中,在SEQ ID NO:1所示序列第5位,该位置处碱基是C或A,其中,长江水系其他草鱼第5位碱基为A,邗江、瑞昌草鱼第5位碱基为C,碱基由A错义突变为C,改变了氨基酸序列的构成,由赖氨酸(Lys)转变为了色氨酸(Thr)。实验发现,邗江、瑞昌草鱼体生长速度及质量显著高于长江水系其他草鱼,进而通过检测草鱼的上述SNP标记,能够在相同养殖条件下有效挑选体生长速度较快的邗江、瑞昌草鱼,进一步的,本发明专利技术的SNP标记能够用于草鱼的分子标记辅助育种,对草鱼苗种生产有积极意义,并可以大大节约育种时间,成本低廉,准确性高,加快草鱼育种。

A SNP Marker Related to the Growth of Grass Carp in Hangjiang and Ruichang Rivers of the Yangtze River

The present invention relates to an SNP marker related to the growth of Hangjiang and Ruichang grass carps in the Yangtze River system. The SNP marker is located in the exon of fst1 gene and the 5th position of the sequence shown in SEQ ID NO:1. The base at this position is C or A. The 5th base of other grass carps in the Yangtze River system is A, the 5th base of Hangjiang and Ruichang grass carps is C, and the base mutation from A missense to C changes the amino acid sequence. Composition, from lysine (Lys) to tryptophan (Thr). It was found that the growth speed and quality of grass carp in Hangjiang and Ruichang were significantly higher than those of other grass carps in the Yangtze River. By detecting the above SNP markers of grass carp, the grass carp in Hangjiang and Ruichang could effectively select the grass carp with faster growth rate under the same culture conditions. Furthermore, the SNP markers can be used in molecular marker-assisted breeding of grass carp and have positive effects on grass carp fry production. Meaning, and can greatly save breeding time, low cost, high accuracy, speed up grass carp breeding.

【技术实现步骤摘要】
一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记
本专利技术涉及SNP标记及其应用
,具体地说,是一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记。
技术介绍
肌肉生长抑制素(Myostatin,Mstn)基因是转化生长因子β家族成员之一,具有抑制肌肉分化和生长的作用。卵泡抑素(Follistatin,Fst)基因是一种激活素结合蛋白,在所有组织中均有表达,具有抑制mstn基因的作用,促进肌肉的生长。目前,在哺乳动物方面对mstn基因和fst基因的功能及调控机理开展了大量研究。在水产动物方面,主要研究了斑马鱼、虹鳟、罗非鱼、黑头呆鱼、草鱼等鱼类的mstn基因和fst基因的cDNA克隆与表达,功能研究相对较少。mstn基因的多态性在哺乳动物和水产动物中均有相关报道,fst基因的多态性研究甚少。草鱼(Ctenopharyngodonidella)属雅罗鱼亚科(Leuciscinae)、草鱼属(Ctenopharyngodon),是我国淡水养殖鱼类中年产量最大的养殖对象,因草鱼生长速度快,肉质鲜美,深受人们喜爱。目前养殖草鱼还有一定的效益空间,但从生产支出看,2008年以来饲料成本不断上涨,饲料成本占了草鱼养殖的70%以上成本。选育出生长速度更快的草鱼品种可以节约饲料成本,缩短养殖周期进而大幅度降低草鱼养殖成本,因此,开发快速可靠的育种技术,进行草鱼快长品种(系)的培育十分必要。本课题组将对我国7个群体的草鱼:石首草鱼、长沙草鱼、瑞昌草鱼、邗江草鱼、靖江草鱼、嘉兴草鱼和松江草鱼的fst1、fst2、mstn1和mstn2基因部分序列进行SNP位点的挖掘及其在不同群体草鱼中的差异分析,以期为深入开展基因型多态性与优良草鱼肌肉生长的相关性提供理论依据。中国专利文献CN106381331A公开了一种草鱼生长速度相关的SNP标记及其应用,通过对NPY基因部分片段进行扩增,通过SNaPshotSNP分型方法,提供一种草鱼生长速度相关的SNP标记,其中,S1位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子(ATG,以ATG的第一个核苷酸为第一位)起第639位,且该位置处碱基为T或A;S2位于NPY基因的内含子1序列中自起始密码子起第892位,且该位置处碱基为C或A;这两个SNP位点可用于鉴定或选育生长速度较快的草鱼,为筛选和建立草鱼快长新品系奠定基础。中国专利文献CN106755527A公开了一种用于评价草鱼生长性能的SNP标记、引物及评价方法,利用分子遗传学及分子生物学的方法获得用于评价草鱼生长性能的SNP标记(包括SNP1和SNP4)及用于扩增SNP位点所在基因片段的引物对,其中,SNP1位于草鱼MyoD基因全序列的启动子中第940位,且该位置处为T碱基插入或缺失;SNP4位于草鱼MyoD基因全序列的第一内含子中第107位,且该位置处碱基为A或T,通过检测这两个SNP位点的单倍型,判定草鱼的生长性能,由于所用的单倍型是依据MyoD基因内部产生的碱基突变,因此不存在遗传的交换,也不需要表型的进一步验证;利用该SNP标记的单倍型可以简单快速的鉴定快长草鱼,也可用于指导选育快长草鱼新品系。但是,有关本专利技术中草鱼fst基因单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphism,SNP)的研究均未见报道。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的是,针对现有技术中的不足,提供一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记。本专利技术的第二个目的是,提供一种用于检测上述SNP标记的引物对。本专利技术的第三个目的是,提供一种用于检测上述SNP标记的试剂盒。本专利技术的第四个目的是,提供上述SNP标记、引物对及试剂盒的用途。本专利技术的第五个目的是,提供一种鉴别长江水系邗江、瑞昌草鱼的方法。为实现上述第一个目的,本专利技术采取的技术方案是:一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记,所述SNP标记位于fst1基因的外显子中,在SEQIDNO:1所示序列第5位,该位置处碱基是C或A,用Y表示,SEQIDNO:1所示核苷酸序列如下:TGCAYAGAGACGTGCCGTGATGTCCTGTGTCCGGGAAGTTCGACTTGTGTGGTGGACCAGACAAACAACGCGTACTGTGTGACATGCAACCGCATATGCCCAGAGGTTACGTCTCCGGATCAGTACCTTTGTGGCAACGATGGGATTGTTTACGCCAGCGCGTGCCATTTAAGGAGAGCCACGTGCTTGCTCGG。其中,邗江、瑞昌草鱼第5位碱基为C,长江水系其他草鱼第5位碱基为A,碱基由A错义突变为C,改变了氨基酸序列的构成,由赖氨酸(Lys)转变为了色氨酸(Thr)。实验发现,邗江、瑞昌草鱼体生长速度及质量显著高于长江水系其他草鱼,进而通过检测草鱼的上述SNP标记,能够在相同养殖条件下有效挑选体生长速度较快的邗江、瑞昌草鱼,并淘汰生长速度较慢的其他草鱼,进一步的,本专利技术的SNP标记能够用于草鱼的分子标记辅助育种,进而能够根据实际育种需求对草鱼亲本进行基因型鉴定,挑选合适的基因型草鱼亲本进行繁殖,可以获得生长较快的草鱼后代,对草鱼苗种生产有积极意义,并可以大大节约育种时间,成本低廉,准确性高,加快草鱼育种。为实现上述第二个目的,本专利技术采取的技术方案是:一种用于检测上述SNP标记的引物对,所述引物对所述引物对具有SEQIDNO:2-3所示的核苷酸序列。利用引物对能够有效地对上述SNP标记位点所在的片段进行PCR扩增,达到快速检测SNP标记的基因型、降低检测成本的目的。具体地,本专利技术的引物对的序列如下所示:SEQIDNO:2:F2-CTGCGGCCCTGGGAAGAGATGTAAASEQIDNO:3:R2-ACACCAATGGATCTGCCGAGCAAGC为实现上述第三个目的,本专利技术采取的技术方案是:一种用于检测上述SNP标记的试剂盒,所述试剂盒包含SEQIDNO:2-3所示引物对。为实现上述第四个目的,本专利技术采取的技术方案是:上述SNP标记、引物对或试剂盒,在鉴别和选育邗江、瑞昌草鱼品种中的应用。如前所述,通过能够用于检测本专利技术的SNP标记的试剂,例如前述的引物对或包含该引物对的试剂盒等,能够有效地检测确定待测草鱼的上述SNP标记的基因型,进而基于获得的基因型能够有效确定待测草鱼的性状,从而能够有效辅助草鱼选育工作。为实现上述第五个目的,本专利技术采取的技术方案是:一种鉴别长江水系邗江、瑞昌草鱼和长江水系其它草鱼的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:1)提取待测草鱼DNA;2)用权利要求3所述的引物对将DNA进行PCR扩增,获得扩增产物;3)对步骤2)获得的PCR扩增产物进行测序,根据测序结果确定是否为长江水系邗江、瑞昌草鱼。优选地,所述长江水系其它草鱼为长江流域的石首草鱼、长沙草鱼、靖江草鱼、嘉兴草鱼和松江草鱼。本专利技术的提取待测草鱼DNA的方法不受特别限制,可以采用任何已知的DNA提取方法提取,也可采用试剂盒提取,本专利技术中的具体实施例是采用试剂盒提取。本专利技术将所述待测草鱼的DNA进行PCR扩增的条件不受特别限制。根据本专利技术的具体实施例,PCR扩增的扩增体系为50μL:模板DNA60~100ng,10×TaqBuffer5μL,dN本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记位于fst1基因的外显子中,在SEQIDNO:1所示序列第5位,该位置处碱基是C或A。

【技术特征摘要】
1.一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记位于fst1基因的外显子中,在SEQIDNO:1所示序列第5位,该位置处碱基是C或A。2.根据权利要求1所述与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记,其特征在于,所述邗江、瑞昌草鱼第5位碱基为C。3.用于检测权利要求1所述SNP标记的引物对,其特征在于,所述引物对核苷酸序列如SEQIDNO:2-3所示。4.用于检测权利要求1所述的SNP标记的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含SEQIDNO:2-3所示引物对。5.权利要求1所述SNP标记在鉴定和选育邗江、瑞昌草鱼品种中的应用。6....

【专利技术属性】
技术研发人员:邹曙明郑国栋周春雪王成龙周赛徐文迪
申请(专利权)人:上海海洋大学
类型:发明
国别省市:上海,31

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