The present invention discloses SNP markers and their applications related to the growth rate of Squid Mansoni. Screening of SNP markers related to the growth rate of Squid Mansoni includes extraction of genomic DNA, construction of RAD library, high-throughput sequencing, filtering of original sequence data, detection and screening of SNP information sites; adding cyclic DNA and chitin in the process of extracting genomic DNA can effectively improve the screening accuracy of SNP markers. Accuracy and acquisition efficiency; SNP markers related to the growth rate of Squid Mansoni obtained by this method can be used for breeding fast-growing varieties of Squid Mansoni, thus speeding up the breeding process of Squid Mansoni. Beneficial effect: The method of acquiring SNP marker sites related to the growth rate of Squid Mansoni has the advantages of high throughput, low cost, high accuracy of SNP marker screening and high acquisition efficiency.
【技术实现步骤摘要】
曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记及应用
本专利技术涉及分子生物学
,尤其是涉及曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记及应用。技术背景曼氏无针乌贼(SepiellamaindronideRochebrune)俗称墨鱼,隶属软体动物门,头足纲、乌贼目、乌贼科,无针乌贼属,是我国沿海广温广布品种。作为一种重要的经济头足类,长期以来深受人们喜爱。曼氏无针乌贼曾是我国“四大海产”之一,进入20世纪70年代末以来,春汛在产卵场外围捕捞怀卵亲体、夏汛在产卵场捕捞产卵亲体并破坏产卵场、冬汛捕捞带鱼时兼捕越冬曼氏无针乌贼,致使资源受到严重损害,酿成曼氏无针乌贼资源枯竭,处于灭绝的边缘。到上世纪80年代中期,已没有曼氏无针乌贼渔汛,甚至连曼氏无针乌贼踪影也逐渐消失,因此,恢复和养护曼氏无针乌贼资源已经成为一项重要而紧迫的任务。单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphism,SNP)指的是某种生物不同个体DNA序列中单个核苷酸点突变产生的多态性,包括置换、颠换、插入或缺失引起的多态现象。SNP是由美国学者Lander于1996年提出的继RFLP、SSR的第三代新型分子标记技术,1998~2002年每年都召开“SNPs与复杂基因组”国际会议以探讨SNPs在复杂基因组中应用,随着PCR、分型检测、DNA芯片等技术的不断发展,SNP趋于高通量、自动化。近年来,分子标记技术逐渐成为研究水产动物遗传学的重要手段,SNP作为第三代遗传标记,位点数量多、密度广、遗传多样性高以及自动化程度强,能够显示其他分子标记技术难以检测到的遗传信息多态性,故而,SNP ...
【技术保护点】
1.曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记,包括提取基因组DNA、RAD文库构建与高通量测序、原始序列数据过滤、SNP信息位点检测与筛选,其特征在于:所述提取基因组DNA的步骤为:将曼氏无针乌贼组织样品剪碎,置于提取液I,加入环状DNA和甲壳质,冻融,离心,收集上清液后加入提取液II,颠倒混匀后,离心产生白色沉淀,洗涤沉淀得DNA样品,待用。
【技术特征摘要】
1.曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记,包括提取基因组DNA、RAD文库构建与高通量测序、原始序列数据过滤、SNP信息位点检测与筛选,其特征在于:所述提取基因组DNA的步骤为:将曼氏无针乌贼组织样品剪碎,置于提取液I,加入环状DNA和甲壳质,冻融,离心,收集上清液后加入提取液II,颠倒混匀后,离心产生白色沉淀,洗涤沉淀得DNA样品,待用。2.根据权利要求1所述的曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记,其特征在于:所述环状DNA为高纯度的细菌质粒DNA。3.根据权利要求1所述的曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记,其特征在于:所述提取液I包括缓冲盐、非离子表面活性剂、以及中性盐的水溶液,其pH值为7.5-8.5;提取液II包括缓冲盐和阳离子表面活性剂,其pH值为7.8-8.2。4.根据权利要求1所述的曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记,其特征在于:所述RAD文库构建与高通量测序,包括如下步骤:A1.酶切:利用选定内切酶对N个基因组DNA分别进行酶切反应,获得N份酶切片段,N为大于2的整数;A2.接头连接:对N份酶切片段分别连接接头,即设计N对接头组合,得到N份连接产物,每份酶切片段两端连接的接头均设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序列,根据所添加的接头决定了N组酶切片段的串联顺序;A3.连接产物扩增:将步骤A2所得到的N份连接产物分别利用不同的生物素引物和普通引物组合进行PCR扩增,富集连接有接头的酶切片段,切胶回收PCR产物,采用同样的方法扩增4-8个循环,扩增后得到N份富集的PCR产物;将N份富集的PCR产物等量混合,并进行纯化;A4.串联标签文库:利用SapI酶对混合并纯化后的N份PCR产物进行酶切,切除了酶切片段两端通用的接头和引物序列,使接头上带有的特征序列保留并形成末端粘性突出,N份PCR产物形成了可直接串联的标签,根据接头上的特征序列互补配对,使N份标签文库按照顺序依次串联,得串联长标签;A5.串联长标签富集:将串联长标签经凝胶纯化后利用引物进行PCR扩增,引入barcode构建串联标签文库;A6.文库测序:将串联标签文库利用Illunima测序平台进行测序。5.根据权利要求4所述的曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记,其特征在于:所述A1步骤中内切酶是IIB型限制性内切酶、...
【专利技术属性】
技术研发人员:刘炳舰,刘立芹,柳意樊,龚理,吕振明,江丽华,刘珠,朱科桦,张伟男,段雯,
申请(专利权)人:浙江海洋大学,
类型:发明
国别省市:浙江,33
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