包括SNP10-1的分子标记及其在湖羊辅助育种中的应用制造技术

技术编号:20089286 阅读:845 留言:0更新日期:2019-01-15 08:24
本发明专利技术提供了与湖羊体重性状相关的多个SNP分子标记及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用。本发明专利技术还提供了检测与湖羊体重性状相关的多个SNP的引物对、包含该引物对的试剂盒以及它们在湖羊分子标记辅助育种中的应用。本发明专利技术进一步提供了筛选湖羊体重性状的方法及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用。本发明专利技术可用于湖羊肉用性状分子标记辅助育种以及湖羊肉用系核心群个体的早期选育。

【技术实现步骤摘要】
包括SNP10-1的分子标记及其在湖羊辅助育种中的应用
本专利技术属于分子标记领域,具体地涉及一种湖羊SNP分子标记、相关引物对、试剂盒,以及它们在湖羊分子标记辅助育种中的应用,进一步涉及一种筛选湖羊体重性状的方法及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用。
技术介绍
自20世纪中叶以来,我国绵羊遗传改良经历了地方品种的选优培育和提纯,杂交改良地方品种,再到新品种培育,生产方向也从“毛主肉辅”向“肉主毛辅”转变。目前国内畜牧养殖业中养羊业的发展速度仅次于家禽养殖[1]。我国虽然开展了多项肉用绵羊新品种的培育研究工作,并培育了巴美肉羊[2]、昭乌达肉羊[3]和察哈尔羊[4]等具有自主知识产权的肉羊品种。但在育种工作中还是存在“重引进,轻选育”的现象[1]。以湖羊、小尾寒羊为例,这两个品种是我国著名的多胎绵羊品种,但是这些品种毛用价值不高,产肉性能偏低,不能满足羊肉消费市场的需求。因此,进行遗传改良,提高养羊的生产效率是绵羊选育工作中亟待解决的问题,也是摆在广大动物遗传育种研究者面前的一项刻不容缓的任务。在人类单倍体型图计划、多物种基因组信息的陆续公布,商业化中高密度SNP芯片的出现和基因数据分析方法的成熟的大背景下,基于全基因组范围内搜寻与动物重要经济性状相关联的遗传变异研究,为分子育种研究带来了新思路和新途径,而全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudy,GWAS)已成为复杂性状功能基因鉴定的分析方法和手段之一。人们已经在与绵、山羊经济性状上开展了很多GWAS的研究[5-29]。OvineSNP50BeadChip芯片由Illumina公司与国际羊基因组协会专家联合开发,包含54241个SNP位点,平均每46kb有一个标记,覆盖整个绵羊基因组。该芯片已经成为绵、山羊经济性状GWAS分析的重要工具,目前已有的研究结果大都使用该芯片获得。GWAS在羊的相关性状基因的研究中主要分为两类:(1)无关个体基础上的联系。(2)家系基础上的联系剖析。病例-对照分析的方法主要用来分析病例组和对照组的全基因组中基因型的分布特点和差异性。随机群体基础上的分析法在动物的应用中主要用来分析数量性状。目前各国研究者已经对复杂疾病和经济性状开展了许多的GWAS研究分析,发现了许多与疾病或经济性状相关联的SNPs,已经证实的相关基因或位点就超过一千余个,而且近年来公开报道GWAS研究成果的数量呈逐年递增态势[30]。虽然GWAS分析在相关的研究中取得了优异的成绩和效果,也有学者对其持质疑的态度[31],有关研究和分析也在不断的修缮过程中[32-34]。目前对于GWAS研究和分析我们还需要从多方面入手,将科研转化到实际中去。随着生活水平的提高,人们对羊肉的消费需求也越来越多,国内一些地方肉用绵羊品种如湖羊、小尾寒羊等,因繁殖力强,肉质鲜美等优点深受消费者的喜爱,但与肉用品种相比,这些品种具有产肉量较低,生产周期长等,不能满足消费者的需求,湖羊为我国特有的宝贵绵羊品种,集繁殖力强,早期生长快,肉品质好等优点于一体,但也存在产肉性能不高,肉用体型不理想的缺陷。因此,进行湖羊肉用系选育,提高湖羊的生产性能,是湖羊选育工作中亟待解决的重要问题。
技术实现思路
为了解决现有技术中的技术欠缺和生活中的现实需求,本专利技术以湖羊为研究对象,运用OvineSNP50GenotypingBeadChip芯片在湖羊肉用新类群核心群的亲代(G1)和子代(G2)群体进行基因分型,对肉用核心群体长、体高、胸围、尾长、尾宽等体尺性状进行全基因组关联分析,得到与体高显著相关的位点11个,与胸围显著相关的位点1个,并对这些位点进行湖羊肉用系核心群G3代个体的SNP群体验证,一般线性模型分析结果显示,所有SNPs均不影响湖羊肉用系核心群G3代个体的体尺性状,而与G3代个体的体重性状显著相关。本专利技术是首次对湖羊体尺性状的GWAS研究,利用GWAS技术筛选湖羊体尺性状候选功能基因及SNPs,可定位绵羊体尺性状候选基因,为探索绵羊体尺性状功能基因提供重要的理论依据和参考。通过SNPs的群体验证,获得了可用于分子标记辅助育种的SNPs,它们可用于湖羊肉用性状分子标记辅助育种和湖羊肉用系核心群个体的早期选育。本专利技术的目的是提供与湖羊体重性状相关的SNP分子标记及其在筛选湖羊体重性状或湖羊分子标记辅助育种中的应用。在一个实施方案中,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:1的第209bp位点的SNP3,其为G或A。在一个实施方案中,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:2的第129bp位点的SNP5,其为T或C。在一个实施方案中,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:3的第303bp位点的SNP7-1,其为T或C。在一个实施方案中,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:3的第373bp位点的SNP7-2,其为T或C。在一个实施方案中,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:4的第87bp位点的SNP10-1,其为G或A。在一个实施方案中,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:4的第207bp位点的SNP10-2,其为T或C。在一个实施方案中,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:4的第211bp位点的SNP10-3,其为C或A。本专利技术的另一目的是提供与湖羊体重性状相关的SNP分子标记及其在筛选湖羊体重性状或湖羊分子标记辅助育种中的应用。在一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.1所示,其中第209bp(基因定位为OAR6_95218086.1上游44bp)位点的碱基为G或A。在另一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.2所示,其中第129bp(基因定位为s10476.1下游16bp)位点的碱基为T或C。在另一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.3所示,其中第303bp(基因定位为OAR1_164254640.1下游192bp)位点的碱基为T或C。在另一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.3所示,其中第373bp(基因定位为OAR1_16425464下游235bp)位点的碱基为T或C。在另一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.3所示,其中第303bp(基因定位为OAR1_164254640.1下游192bp)位点的碱基为T或C;和第373bp(基因定位为OAR1_16425464下游235bp)位点的碱基为T或C。在另一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.4所示,其中第87bp(基因定位为OAR6_90337552.1上游41bp)位点的碱基为G或A。在另一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.4所示,其中第207bp(基因定位为OAR6_90337552.1下游79bp)位点的碱基为T或C。在另一个实施方案中,所述分子标记的序列如SEQIDNO.4所示,其中第211bp(基因定位为OAR6_90337552.1下游83bp)位点的碱基为C或A。本专利技术另一目的是提供一种检测与湖羊体重性状相关的上述SNP3、SNP5、SNP7-1、SNP7-2、SNP10-1、SNP10-2、SNP10-3的引物对、包含该引物对的试剂盒以及它们在筛选湖羊体重性状或湖羊分子标本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种与湖羊体重性状相关的SNP分子标记,所述分子标记包括位点位于SEQ ID NO:4的第87bp位点的SNP10‑1,其为G或A。

【技术特征摘要】
1.一种与湖羊体重性状相关的SNP分子标记,所述分子标记包括位点位于SEQIDNO:4的第87bp位点的SNP10-1,其为G或A。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记,其中所述分子标记的序列如SEQIDNO:4所示,所述SNP10-1为G或A。3.一种用于检测权利要求1或2中所述的SNP10-1的引物对。4.根据权利要求3所述的引物对,其序列如SEQIDNO:11和SEQIDNO:12所示。5.一种包含权利要求3或4所述引物对的试剂盒。6.权利要求1或2所述的SNP分子标记、权利要求3或4所述的引物对或权利要求5所述的试剂盒在筛选湖羊体重...

【专利技术属性】
技术研发人员:姜俊芳蒋永清宋雪梅吴建良
申请(专利权)人:浙江省农业科学院
类型:发明
国别省市:浙江,33

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