基于惰性真杆菌预测艾滋病人HAART治疗效果的引物制造技术

本发明专利技术公开了一种基于惰性真杆菌预测艾滋病人HAART治疗效果的引物。本发明专利技术提供了用于鉴定惰性真杆菌的物质在制备用于预测艾滋病人HAART治疗效果的产品中的应用。本发明专利技术对HIV病人经过HAART治疗后的效果差异跟肠道菌群结构之间做关联性研究，进而找到HAART治疗效果不同的两组人之间的菌株——惰性真杆菌(Eubacterium siraeum)，并设计得到特异性鉴定引物。本发明专利技术对于帮助HIV患者及时调整治疗方案，找到更加有效地治疗方法具有重要意义。本发明专利技术还对指导患者通过服用益生菌、益生元等来调整患者的肠道微生物的组成来更好地促进HAART治疗的效果具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
基于惰性真杆菌预测艾滋病人HAART治疗效果的引物
本专利技术涉及生物
，特别涉及一种基于惰性真杆菌预测艾滋病人HAART治疗效果的引物。
技术介绍
近年来，肠道微生物成为了热门研究领域之一。随着研究的日益深入，研究者发现肠道微生物作为人体的一个“器官”，通过其代谢产物、影响宿主的免疫系统等方式来影响宿主的健康。比如，Ⅱ型糖尿病、癌症、高血压、神经系统退行性疾病等都已经被证明与肠道微生物有着密切的关系。人类免疫缺陷病毒(HIV)，即艾滋病(AIDS)病毒，是造成人类免疫系统缺陷的病毒。它能够通过破坏人体的T淋巴细胞，进而阻断细胞免疫和体液免疫过程，导致免疫系统瘫痪，从而使各种疾病在人体内蔓延，最终导致艾滋病。随着1996年美籍华裔科学家何大一提出鸡尾酒疗法，HIV患者机体的免疫功能部分甚至全部恢复，病程进展得以延缓，寿命延长，生活质量提高。高通量测序作为肠道微生物研究的重要技术手段，在疾病与肠道微生物的关联性研究中起到了非常重要的作用。高通量测序和生物信息技术的结合已经被广泛应用于人体肠道样本的微生物的研究当中。通过两种技术手段，我们可以发现肠道微生物在不同的条件下的结构的不同，从而发现其中在物种水平和基因水平的生物标志物，通过生物标志物将两组不同的人通过肠道微生物的生物标记物加以区分。基于肠道微生物能够调节机体的免疫系统，促进机体免疫细胞的增殖、分化的认识，近年来逐渐有研究将注意力转移到肠道微生物与艾滋病之间的关系上。但是这些研究只是针对不同的人群去分析HIV感染的病人和健康人之间在肠道微生物的多样性、结构和丰度的差异。但是这些研究只是机械地告诉人们HIV病人的肠道微生物和健康人之间的差别，并不能给临床的治疗提供任何参考，相应的临床应用价值也不明确。目前没有关于HIV病人经过HAART治疗后的效果差异跟肠道菌群结构之间做关联性研究。
技术实现思路
本专利技术的目的是对HIV病人经过HAART治疗后的效果差异跟肠道菌群结构之间做关联性研究，进而找到HAART治疗效果不同的两组人之间的菌株，针对相应的菌株进行检测来预测HAART治疗效果的不同。第一方面，本专利技术要求保护用于鉴定惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)的物质在制备用于预测艾滋病人HAART治疗效果的产品中的应用。其中，所述用于鉴定惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)的物质可为用于鉴定肠道中惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)的物质，进一步可为能够鉴定待测DNA样品中是否含有SEQIDNo.1的第832-1087位所示DNA片段的物质；所述待测DNA样品为来自于艾滋病人的粪便样本中的基因组DNA(不仅仅包含了细菌，还有真菌，病毒和宿主的DNA)。进一步地，所述用于鉴定惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)的物质可为如下引物对或含有所述引物对的试剂或试剂盒：(a)由SEQIDNo.2所示的单链DNA和SEQIDNo.3所示的单链DNA组成的引物对；(b)由将SEQIDNo.2和SEQIDNo.3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的两条单链DNA分子组成的，且与(a)中所述引物对功能相同的引物对；(c)由经SEQIDNo.1所示核苷酸序列设计所得的引物对，且与(a)中所述引物对功能相同的引物对。第二方面，本专利技术要求保护一种用于预测艾滋病人HAART治疗效果的产品。本专利技术所提供的用于预测艾滋病人HAART治疗效果的产品，为前文所述的能够鉴定所述待测DNA样品中是否含有SEQIDNo.1的第832-1087位所示DNA片段的物质或者为前文所述的引物对或试剂或试剂盒。进一步地，所述产品中还含有记载有下文所述方法(“一种预测艾滋病人HAART治疗效果的方法”或者“一种比较预测不同艾滋病人HAART治疗效果的方法”)的可读性载体。第三方面，本专利技术要求保护一种预测艾滋病人HAART治疗效果的方法。本专利技术所提供的预测艾滋病人HAART治疗效果的方法，可包括如下步骤：对待测艾滋病人的肠道微生物进行检测，如果所述待测艾滋病人的肠道微生物中含有惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)，则所述待测艾滋病人的HAART治疗效果不好或可能不好，如果所述待测艾滋病人的肠道微生物中不含惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)，则所述待测艾滋病人的HAART治疗效果好或可能好。进一步地，所述待测艾滋病人的HAART治疗效果不好是指所述待测艾滋病人经HAART治疗两年后，外周血的CD4+细胞计数小于200个/μL；所述待测艾滋病人的HAART治疗效果不好是指所述待测艾滋病人经HAART治疗两年后，外周血的CD4+细胞计数大于等于200个/μL。第四方面，本专利技术要求保护一种比较预测不同艾滋病人HAART治疗效果的方法。本专利技术所提供的比较预测不同艾滋病人HAART治疗效果的方法，可包括如下步骤：对不同待测艾滋病人的肠道微生物分别进行检测，肠道微生物中不含的惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)的所述待测艾滋病人HAART治疗效果好于或候选好于肠道微生物中含有惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)的所述待测艾滋病人HAART治疗效果。在第三方面和第四方面中，对所述待测艾滋病人的肠道微生物进行检测可按照包括如下步骤的方法进行：(1)提取所述待测艾滋病人的待测样品中的基因组DNA(不仅仅包含了细菌，还有真菌，病毒和宿主的DNA)；所述待测样品为粪便样本；(2)以步骤(1)中提取的基因组DNA为模板，采用前文所述的引物对或试剂或试剂盒进行PCR扩增，得到扩增产物；(3)如果所述扩增产物中含有大小为256bp的目的片段，则所述待测艾滋病人的肠道微生物中含有或候选含有惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)；如果所述扩增产物中不含有大小为256bp的目的片段，则所述待测艾滋病人的肠道微生物中不含有或候选不含有惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)。进一步地，步骤(2)中，进行所述PCR扩增时采用的退火温度具体可为55℃。步骤(3)中，所述大小为256bp的目的片段具体为SEQIDNo.1的第832-1087位所示DNA片段。第五方面，本专利技术要求保护惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)或SEQIDNo.1的第832-1087位所示DNA片段在作为预测HAART治疗效果的生物标记物中的应用。本专利技术对HIV病人经过HAART治疗后的效果差异跟肠道菌群结构之间做关联性研究，进而找到HAART治疗效果不同的两组人之间的菌株——惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)。本专利技术对于帮助HIV患者及时调整治疗方案，找到更加有效地治疗方法具有重要意义。本专利技术还对指导患者通过服用益生菌、益生元等来调整患者的肠道微生物的组成来更好地促进HAART治疗的效果具有重要意义。附图说明图1为13个HAART治疗效果不好的HIV病人和10个HAART治疗效果良好的HIV病人粪便样本的细菌进行LEfSe分析的结果。B代表HAART治疗效果不好的HIV病人，C代表HAART治疗效果好的HIV病人。图2为7个粪便样本在引物SEQIDNo.2和SEQIDNo.3扩本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于鉴定惰性真杆菌的物质在制备用于预测艾滋病人HAART治疗效果的产品中的应用。

【技术特征摘要】
1.用于鉴定惰性真杆菌的物质在制备用于预测艾滋病人HAART治疗效果的产品中的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述用于鉴定惰性真杆菌的物质为能够鉴定待测DNA样品中是否含有SEQIDNo.1的第832-1087位所示DNA片段的物质；所述待测DNA样品为来自于艾滋病人的粪便样本中的基因组DNA。3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：所述用于鉴定惰性真杆菌的物质为如下引物对或含有所述引物对的试剂或试剂盒：(a)由SEQIDNo.2所示的单链DNA和SEQIDNo.3所示的单链DNA组成的引物对；(b)由将SEQIDNo.2和SEQIDNo.3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的两条单链DNA分子组成的，且与(a)中所述引物对功能相同的引物对；(c)由经SEQIDNo.1所示核苷酸序列设计所得的引物对，且与(a)中所述引物对功能相同的引物对。4.一种用于预测艾滋病人HAART治疗效果的产品，为权利要求2中所述的能够鉴定所述待测DNA样品中是否含有SEQIDNo.1的第832-1087位所示DNA片段的物质或者为权利要求3中所述的引物对或试剂或试剂盒。5.根据权利要求4所述的产品，其特征在于：所述产品中还含有记载有权利要求6-9中任一所述方法的可读性载体。6.一种预测艾滋病人HAART治疗效果的方法，包括如下步骤：对待测艾滋病人的肠道微生物进行检测，如果所述待测艾滋病人的肠道微生物中含有惰性真杆菌，则所述待测艾滋病人的HAART治疗效果不好或可能不好，如果...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱宝利，封雨晴，张瑞芬，律娜，李晶，
申请(专利权)人：中国科学院微生物研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11