【技术实现步骤摘要】
一种监测石油降解菌群结构变化的方法
本专利技术涉及一种监测石油降解菌群落结构变化的方法,属于微生物生态
技术介绍
PCR-DGGE技术突破了传统的人工培养基的束缚,从基因层次探究细菌群落组成变化,可直接分析复杂样品中的混合菌群结构,更加真实地反映了自然状态下的微生物的多样性。该技术主要包括DNA的提取、PCR扩增、DGGE凝胶电泳三大主要步骤。DNA是PCR-DGGE技术的核心原材料,一般石油环境样品中杂质较多,DNA的提取也会变得复杂。DNA质量是研究石油环境中微生物群落结构的保证,研究中通常采用传统方法提取细菌DNA,但此过程中试剂配制繁琐、用量极少,容易造成试剂浪费且操作费时;目前多采用进口试剂盒提取DNA,由于价格昂贵,难以普及使用。在PCR步骤中,PCR的随机性较强并且受到多种因素影响,通常会产生许多非目的片段产物,比如异源双链、二聚体等,这些副产物均会影响细菌群落多样性的真实性。DNA模板量、引物量、退火温度、循环数是影响PCR特异性扩增的主要因素。DNA的提取质量和PCR的稳定扩增是变性梯度凝胶电泳的基础,影响其效果的主要条件包括凝胶浓度、电泳电压、电泳时间,电泳条件不合适对图谱的效果有直接影响。鉴于PCR-DGGE技术在石油降解菌群落结构的研究中存在的问题,有必要针对各技术中的不足之处进行改进,从而完善技术条件,保证提取的DNA质量,稳定扩增目的片段,获取清楚的DGGE图谱。
技术实现思路
为了克服
技术介绍
中的不足,本专利技术建立了一种改进的PCR-DGGE方法用于监测海洋石油污染生物修复过程中石油降解菌群落结构的变化,该方法能够真实 ...
【技术保护点】
1.一种监测石油降解菌群落结构变化的方法,其特征是,步骤为:a)使用New Probe细菌总DNA提取试剂盒提取石油降解菌总DNA;b)PCR扩增体系中DNA模板量、引物量和PCR扩增程序中退火温度、循环数的优化;c)变性梯度凝胶电泳(DGGE)中凝胶浓度、电泳电压、电泳时间、APS量、TEMED量的优化;d)石油降解菌优势条带的回收测序;e)优势条带测序结果的分析。
【技术特征摘要】
1.一种监测石油降解菌群落结构变化的方法,其特征是,步骤为:a)使用NewProbe细菌总DNA提取试剂盒提取石油降解菌总DNA;b)PCR扩增体系中DNA模板量、引物量和PCR扩增程序中退火温度、循环数的优化;c)变性梯度凝胶电泳(DGGE)中凝胶浓度、电泳电压、电泳时间、APS量、TEMED量的优化;d)石油降解菌优势条带的回收测序;e)优势条带测序结果的分析。2.根据权利要求1所述的一种监测石油降解菌群落结构变化的方法,其特征是:总DNA提取中,取4mL的含石油培养液,11500r/min离心4min获取菌沉淀,使用NewProbe细菌总DNA提取试剂盒从菌沉淀中提取总DNA,最终DNA模板溶液体积为100μL。3.根据权利要求1所述的一种监测石油降解菌群落结构变化的方法,步骤b)中PCR扩增条件优化后,具体步骤包括选用引物对F357/R518作为引物,正向引物5'端加上GC夹,正向引物为F357-GC-clamp(5'-CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCCCCTACGGGAGGCAGCAG-3'),反向引物为F357-GC-clamp(5'-CGCCCGCCGCGCCCCGCG...
【专利技术属性】
技术研发人员:汤瑶,王红,吴文韬,李龙,李钟波,
申请(专利权)人:奥为天津环保科技有限公司,天津市拉贝尔实验室设备有限公司,
类型:发明
国别省市:天津,12
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