与母猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联的分子标记及应用制造技术

本发明专利技术属于猪的分子标记筛选技术领域，具体涉及与母猪产活仔数和5日龄活仔数关联的分子标记及应用。所述的分子标记克隆自EXOC6B基因片段，该基因片段位于在母猪3号染色体上(rs328171313)，该分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示，在该序列的113位碱基处有一个T/C的等位基因突变，该突变导致PCR‑MboI‑RFLP多态性。本发明专利技术还公开了该标记在母猪产活仔数(NBA)和5日龄活仔数(LS5)关联分析中的应用。

【技术实现步骤摘要】
与母猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联的分子标记及应用
本专利技术属于猪分子标记筛选
，具体涉及与母猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联的分子标记及应用。所述的分子标记克隆自EXOC6B基因片段，该基因片段基因位于母猪3号染色体上。该标记可在母猪繁殖性状相关的检测中和标记辅助选育中应用。
技术介绍
母猪繁殖性状的巨大潜在经济价值，直接决定了其在遗传育种改良中的重要地位。近十几年，随着分子生物学技术的快速发展，对母猪繁殖性能的改良也逐见成效。现阶段主要通过标记辅助选择和基因组选择方法对母猪繁殖性状进行选育，实现对母猪繁殖性能的改良，但目前与猪繁殖性状相关的分子标记依然十分有限。Hidalgo等(Hidalgoetal，2016)在大白和长白母猪中对妊娠期长进行GWAS分析，发现在大白猪5号染色体上有4个SNP显著关联，在长白猪2号染色体上有3个显著关联的SNP，并找到长白猪妊娠期的候选基因。Schneider等(Schneideretal，2015)对母猪产仔间隔进行分析，找到24个与产仔间隔显著关联的SNP，并发现3个候选基因。与母猪5日龄活仔数关联的分子标记的报道更少，而5日龄活仔数作为一个重要的育种指标，具有相当高的研究潜力。十几年前，丹麦育种中心将5日龄的活仔数作为母猪的主要选育目标，经过丹麦育种中心10年的持续选择，母猪繁殖性能获得了显著提高。在2006年到2011年期间，丹麦育种中心大白猪和长白猪的5日龄活仔数提高了1.8头左右，如果母猪的年产胎次按2.4胎算，每年丹麦育种中心每头母猪将可增加断奶仔猪4.32头(赵志伟，2013)。并且在2007年，Su等(Suetal，2007)对1万头母猪(大白猪和长白猪)的繁殖数据进行分析发现，从仔猪出生第1日到21日龄期间，在5日龄的活仔数的遗传力最高，而且5日龄活仔数与断奶仔猪数的相关性高达0.995。由此可见，研究改良母猪5日龄活仔数，对母猪繁殖性状的改良具有十分重要的意义。本专利技术涉及的突变位点在数据库中已存在，但其与母猪繁殖性状的关联分析数据尚未见报道。本专利技术检测了该位点在试验群体中的多态性，并检测了其在母猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联分析中的应用。这些成果均没有报道。
技术实现思路
专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，筛选一种与母猪的产活仔数和5日龄活仔数性状关联的分子标记的应用。该分子标记所述的分子标记克隆自EXOC6B基因(基因登录号为rs328171313)，该基因片段位于母猪3号染色体上。通过对猪3号染色体上的SNP位点进行分型，对分型成功的SNP位点与母猪繁殖性状(主要是)进行了关联分析，寻找与母猪繁殖性状显著关联的分子标记。关联分析表明，该分子标记与猪产活仔数和5日龄活仔数性状相关。本专利技术的技术方案如下：申请人通过筛选得到一种与母猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联的分子标记，该分子标记核苷酸序列如下所示：TTATTATCCAGTGTGTTATCCATTTTCTTTCCTCATATGTTAACATAGTGTCAGTTGGTCATTACTCCAGACACTTTGGGTGGACTTTATGGCCTGAAGTATTTTTGGTGATY(C/T)TCCAGTAGTTTGAGCAAAGACCTGGTAGCTTCTTCTCCTCTCTTTTCTTTCCCCCTCCCATTTCTCTTCTTCTTCCCTCTTCCCTTCTCTCTCTTGTCATATTCTGTATTCCTTCTATTTATCATTCTTATTATATAAAATGAAGCAAGATATAAAGTTGTTTGAAAGCCTCTAAGTAGACACTTTATTTTCAATCTCATGTACAGAAAATTAAATAAATTATATTAGTTTGTGAAATACTGTTCATCATTTCATACACAGTCCCCTATTTTATTTTATTTTATTTTTTTCCGTAAGCCCACTTGTCTCTTATCCCCAAGTACACTAACTCTAATATGTTTAATACGTAGTGATTGGTTATGCTTGTGTCCTTGAAAAATATATAGTGACTGTGTATGTATATGTTTTTAACTTGTTCTAATGGTATGTTCTTATGGACCTAGCTCTATTACTTATATCTTCTTTGGTACTATTTTTAATATTTATTCTCATTACAGTCTATATATCTAACTCATTGCCTCGCAG，上述序列的第113位的Y是C或T，该突变导致PCR-MboI-RFLP多态性。申请人提供了一种克隆EXOC6B基因片段和检测上述片段的分子标记的引物对，其DNA序列如下所示：正向引物：TTATTATCCAGTGTGTTATC，反向引物：CTGCGAGGCAATGAGTTAGA。申请人提供了一种与猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联的分子标记的筛选和应用方法，其步骤如下所述：(1)依据Ensmble11.1版本数据库里3号染色体上的SNP位点信息，筛选得到到rs328171313位点，该位点对应的基因是EXOC6B基因(登录号为rs328171313)；(2)提取猪基因组DNA，根据Ensmble11.1版本公布的参考基因组设计引物(正向引物：5’-TTATTATCCAGTGTGTTATC-3’和反向引物：5’-CTGCGAGGCAATGAGTTAGA-3’)，用这些引物对进行PCR扩增，得到长度为638bp的片段，该片段序列信息如SEQIDNO:1和图1所示，其电泳结果如图3所示，将PCR产物送至武汉擎科生物公司测序对该位点的多态性进行检测，结果如图2所示；本专利技术利用PCR-RFLP方法对该位点进行多态性检测，结果如图4所示；(4)本专利技术对该位点的不同基因型与产活仔数和5日龄活仔数进行关联分析；(5)SNP检测方法建立：申请人设计了扩增引物，扩增了包含该SNP目标DNA序列。扩增得到638bp的片段的核苷酸序列，在该序列的第113位碱基处存在一个等位基因的突变(C/T)，该突变导致PCR-MboI-RFLP多态性。关联分析表明：在本专利技术的基因分型中存在3种基因型，引发一个MboI的酶切位点，即：CC基因型(109bp、529bp)，CT基因型(109bp、529bp、638bp)，TT基因型(638bp)。酶切电泳结果证实了靶序列中存在该突变位点。本专利技术的分子标记可在母猪产活仔数和5日龄活仔数性状辅助选择中应用。本专利技术的引物对可在母猪产活仔数和5日龄活仔数性状标记辅助选择中应用。更详细的技术方案参见《具体实施方式》。附图说明序列表SEQIDNO:1是本专利技术扩增得到的核苷酸序列，该序列即是本专利技术筛选的分子标记，在该序列的第113位的碱基Y是C或T(序列表中该113位突变位点为了表述方便实例是T，C或T可以互换)，该突变导致PCR-MboI-RFLP多态性。其中第113位的碱基是突变后的碱基T。图1：利用Ensmble11.1版本参考基因组中设计引物后扩增的部分核苷酸序列，序列长度为638bp，该序列即是本专利技术筛选的分子标记，在该序列的第113位的碱基Y是T或C，该突变导致PCR-MboI-RFLP多态性。附图标记说明：图1中的下划线部分是PCR扩增该位点的引物序列。图2本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.EXOC6B基因片段的分子标记PCR‑MboI‑RFLP在母猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联分析中的应用，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，SEQ ID NO:1所示的第113位有一个的C或T的等位基因突变，该突变导致PCR‑MboI‑RFLP多态性。

【技术特征摘要】
1.EXOC6B基因片段的分子标记PCR-MboI-RFLP在母猪产活仔数和5日龄活仔数性状关联分析中的应用，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO:1所示，SEQIDNO:1所示的第113位有一个的C或T的等位基因突变，该突变导致PCR-MboI-RFLP多态性。2.一种检测EX...

【专利技术属性】
技术研发人员：马小龙，肖玉净，余梅，李新云，刘向东，郭猛，李小平，赵书红，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42