The present invention discloses a SNP marker related to the grain number character of millet and its detection primer and application. This application is for a SNP marker related to millet number traits. The SNP marker is located in the bin marker of 3663497 BP to 372824 274 BP on the second chromosome. The SNP marker is closely linked to millet number. This application for SNP markers related to millet number traits can be used in molecular marker-assisted breeding of millet number traits. Through the detection of this SNP marker, the number of millet numbers can be predicted. It provides a scientific basis for early identification or screening of millet number traits and accelerates the process of genetic breeding or improvement of millet varieties. It has important theoretical and practical guiding significance. The application for detection of primer pairs of SNP markers can be used to classify the number of millet codes and detect differences in SNP expression.
【技术实现步骤摘要】
一种与谷子码数性状相关的SNP标记及其检测引物和应用
本申请涉及谷子育种
,特别是涉及一种与谷子码数性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。
技术介绍
我国是谷子的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家,产量约占全世界总量的80%。同时,我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家。谷穗由穗轴和众多谷码组成,码数和码粒数等是影响谷子产量的重要因子,研究与控制谷子码数、码粒数等产量性状相关的基因及其位置功能等,对于指导谷子遗传育种具有重要的意义。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是基因组水平上由单个核苷酸碱基的变异引起的DNA序列多态性,其在基因组中数量多,分布广泛,遗传稳定性好。随着基因测序技术的发展和成本的降低,对不同个体同一基因或基因片段进行直接测序和序列比较,就能够确定碱基是否存在变异。因此,SNP检测有利于基因分型,适用于快速和规模化地筛查未知或已知SNP与某遗传性状的关系。目前关于谷子数量性状相关的QTL定位和SNP标记研究主要集中于SSR标记的开发利用等途经,而利用群体自交系简并基因组测序检测多态性的SNP分子标记的开发应用研究尚未有报道。因此,开展谷子数量性状SNP分子标记的开发,并建立辅助选育体系,对于提高谷子产量,节约育种成本具有重要意义。
技术实现思路
本申请的目的是提供一种新的与谷子码数性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。为了实现上述目的,本申请采用了以下技术方案:本申请的一方面公开了一种与谷子码数性状相关的SNP标记,该SNP标记位于第二条染色体第36634497bp至第 ...
【技术保护点】
1.一种与谷子码数性状相关的SNP标记,其特征在于:所述SNP标记位于第二条染色体第36634497bp至第37282274bp的bin标记内,所述SNP标记与谷子码数紧密连锁。
【技术特征摘要】
1.一种与谷子码数性状相关的SNP标记,其特征在于:所述SNP标记位于第二条染色体第36634497bp至第37282274bp的bin标记内,所述SNP标记与谷子码数紧密连锁。2.根据权利要求1所述的SNP标记,其特征在于:所述SNP标记的碱基为T或C。3.根据权利要求1或2所述的SNP标记,其特征在于:所述SNP标记包括CN-02-986位点,所述CN-02-986位点所在的序列如SeqIDNo.1所示,所述CN-02-986位点是SeqIDNo.1所示序列中自5’端起第172位碱基。4.根据权利要求3所述的SNP标记,其特征在于:对SNP标记,利用复合区间作图法,采用5%的总体显著水平,QTL检测的LOD值为3.5987,表型变异解释率为3.28%。5.一种检测权利要求1-4任一项所述的SNP标记的引物对,其特征在于:所述引物对的上游引物为SeqIDNo.2所示序列,下游引物为SeqIDNo.3所示序列;SeqIDNo.2:5’-CAGTTCCACGCTTATTGCT-3’SeqIDNo.3:5’-TGATG...
【专利技术属性】
技术研发人员:赵治海,范光宇,王晓明,宋国亮,张耕耘,史高雷,任全军,张文英,王德权,
申请(专利权)人:张家口市农业科学院,
类型:发明
国别省市:河北,13
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