鉴别脐橙的分子标记及其鉴别脐橙的方法、应用和试剂盒技术

本发明专利技术提供了鉴别脐橙的分子标记，属于柑橘分子育种技术领域，扩增所述分子标记使用的引物对包括Schr3‑5163123引物对、Schr3‑7185873引物对、Schr4‑16844636引物对、Schr7‑2452525引物对、Schr2‑19158899引物对、Schr6‑20236059引物对、Rchr3‑5163123引物对、Rchr3‑7185873引物对、Rchr4‑16844636引物对、Rchr7‑2452525引物对、Rchr2‑19158899引物对和Rchr6‑20236059引物对中的一种或多种。采用扩增所述分子标记的引物对能够将脐橙与普通甜橙在苗期早期进行鉴别。

Molecular marker for identifying navel orange and its identification method, application and kit for navel orange

The invention provides a molecular marker for identifying navel orange, belonging to the technical field of Citrus molecular breeding. The primer pairs used for amplifying the molecular markers include Schr3 5163123 primer pair, Schr3 7185873 primer pair, Schr4 168446 primer pair, Schr7 245;primer pair, Schr2 1919 primer pair, Schr6 primer pair. One or more primer pairs of Rchr3 5163123, Rchr3 7185873, Rchr4 16844636, Rchr7 24525, Rchr2 191899 and Rchr6 202. The primers that amplify the molecular markers are used to identify navel orange and common sweet orange at early seedling stage.

【技术实现步骤摘要】
鉴别脐橙的分子标记及其鉴别脐橙的方法、应用和试剂盒
本专利技术属于柑橘分子育种
，具体涉及鉴别脐橙的分子标记及其鉴别脐橙的方法、应用和试剂盒。
技术介绍
甜橙(Citrussinensis)是芸香科柑橘属水果，甜橙可以分为普通甜橙、脐橙和无酸甜橙等类型。其中，脐橙在世界范围广泛栽培，经济价值高，果肉脆、风味独特，酸甜适口、营养丰富，无籽，有早熟晚熟等丰富品种，果实耐运等特点，可生产加工，深受广大消费者喜爱。在苗木繁殖过程中，脐橙苗生产需求大，价格高；在苗期，脐橙和普通甜橙几乎无法区分；因此市场中常有各种甜橙的苗木充当脐橙苗来销售，开发能够在苗期早期鉴别脐橙的技术对于良种繁育一致性和保真性有重要价值。甜橙为无性繁殖，是严格单一起源的物种，遗传背景几乎一致，传统的分子标记手段，如SSR，RAPD和AFLP标记很难在DNA水平稳定区分脐橙和其它甜橙。主要原因有：脐橙与其他甜橙的遗传背景和DNA几乎完全一致，相似度达到99.9％，脐橙是来源于普通甜橙的芽变(点突变)，与普通甜橙的基因组差异仅仅只是个别位点的自发突变，传统的分子标记的密度比较小，无法覆盖全基因组并获得有效的差异信息。利用传统分子标记来区分脐橙和普通甜橙具有基因组随机性，不能很好的找到脐橙与普通甜橙真正的差异位点，进而不能够将脐橙与其它甜橙进行鉴别。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供鉴别脐橙的分子标记，采用扩增所述分子标记使用的引物对能够将脐橙与普通甜橙进行鉴别。为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：本专利技术提供了鉴别脐橙的分子标记，扩增所述分子标记使用的引物对包括Schr3-5163123引物对、Schr3-7185873引物对、Schr4-16844636引物对、Schr7-2452525引物对、Schr2-19158899引物对、Schr6-20236059引物对、Rchr3-5163123引物对、Rchr3-7185873引物对、Rchr4-16844636引物对、Rchr7-2452525引物对、Rchr2-19158899引物对和Rchr6-20236059引物对中的一种或多种；所述Schr3-5163123引物对包括Schr3-5163123上游引物和Schr3-5163123下游引物，所述Schr3-5163123上游引物具有SEQIDNo.1所示的核苷酸序列，所述Schr3-5163123下游引物具有SEQIDNo.2所示的核苷酸序列；所述Schr3-7185873引物对包括Schr3-7185873上游引物和Schr3-7185873下游引物，所述Schr3-7185873上游引物具有SEQIDNo.3所示的核苷酸序列，所述Schr3-7185873下游引物具有SEQIDNo.4所示的核苷酸序列；所述Schr4-16844636引物对包括Schr4-16844636上游引物和Schr4-16844636下游引物，所述Schr4-16844636上游引物具有SEQIDNo.5所示的核苷酸序列，所述Schr4-16844636下游引物具有SEQIDNo.6所示的核苷酸序列；所述Schr7-2452525引物对包括Schr7-2452525上游引物和Schr7-2452525下游引物，所述Schr7-2452525上游引物具有SEQIDNo.7所示的核苷酸序列，所述Schr7-2452525下游引物具有SEQIDNo.8所示的核苷酸序列；所述Schr2-19158899引物对包括Schr2-19158899上游引物和Schr2-19158899下游引物，所述Schr2-19158899上游引物具有SEQIDNo.9所示的核苷酸序列，所述Schr2-19158899下游引物具有SEQIDNo.10所示的核苷酸序列；所述Schr6-20236059引物对包括Schr6-20236059上游引物和Schr6-20236059下游引物，所述Schr6-20236059上游引物具有SEQIDNo.11所示的核苷酸序列，所述Schr6-20236059下游引物具有SEQIDNo.12所示的核苷酸序列；所述Rchr3-5163123引物对包括Rchr3-5163123上游引物和Rchr3-5163123下游引物，所述Rchr3-5163123上游引物具有SEQIDNo.13所示的核苷酸序列，所述Rchr3-5163123下游引物具有SEQIDNo.14所示的核苷酸序列；所述Rchr3-7185873引物对包括Rchr3-7185873上游引物和Rchr3-7185873下游引物，所述Rchr3-7185873上游引物具有SEQIDNo.15所示的核苷酸序列，所述Rchr3-7185873下游引物具有SEQIDNo.16所示的核苷酸序列；所述Rchr4-16844636引物对包括Rchr4-16844636上游引物和Rchr4-16844636下游引物，所述Rchr4-16844636上游引物具有SEQIDNo.17所示的核苷酸序列，所述Rchr4-16844636上游引物具有SEQIDNo.18所示的核苷酸序列；所述Rchr7-2452525引物对包括Rchr7-2452525上游引物和Rchr7-2452525下游引物，所述Rchr7-2452525上游引物具有SEQIDNo.19所示的核苷酸序列，所述Rchr7-2452525下游引物具有SEQIDNo.20所示的核苷酸序列；所述Rchr2-19158899引物对包括Rchr2-19158899上游引物和Rchr2-19158899下游引物，所述Rchr2-19158899上游引物具有SEQIDNo.21所示的核苷酸序列，所述Rchr2-19158899下游引物具有SEQIDNo.22所示的核苷酸序列；所述Rchr6-20236059引物对包括Rchr6-20236059上游引物和Rchr6-20236059下游引物，所述Rchr6-20236059上游引物具有SEQIDNo.23所示的核苷酸序列，所述Rchr6-20236059下游引物具有SEQIDNo.24所示的核苷酸序列。本专利技术还提供了一种鉴别脐橙的方法，包括以下步骤：1)提取样本基因组DNA，用上述技术方案所述的Schr3-5163123引物对、Schr3-7185873引物对、Schr4-16844636引物对、Schr7-2452525引物对、Schr2-19158899引物对和Schr6-20236059引物对分别进行PCR扩增，将得到的Schr3-5163123产物、Schr3-7185873产物、Schr4-16844636产物、Schr7-2452525产物、Schr2-19158899产物和Schr6-20236059产物进行Sanger测序，将得到的测序结果导入MutationSurveyorV4.0.9软件，分别得到Schr3-5163123峰图、Schr3-7185873峰图、Schr4-16844636峰图、Schr7-2452525峰图、Schr2-19158899峰图和Schr6-20236059峰图；2)提取样本基因组DNA和普通甜橙基因组DNA，用上述技术方案所述的Rchr3本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.鉴别脐橙的分子标记，扩增所述分子标记使用的引物对包括Schr3‑5163123引物对、Schr3‑7185873引物对、Schr4‑16844636引物对、Schr7‑2452525引物对、Schr2‑19158899引物对、Schr6‑20236059引物对、Rchr3‑5163123引物对、Rchr3‑7185873引物对、Rchr4‑16844636引物对、Rchr7‑2452525引物对、Rchr2‑19158899引物对和Rchr6‑20236059引物对中的一种或多种；所述Schr3‑5163123引物对包括Schr3‑5163123上游引物和Schr3‑5163123下游引物，所述Schr3‑5163123上游引物具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，所述Schr3‑5163123下游引物具有SEQ ID No.2所示的核苷酸序列；所述Schr3‑7185873引物对包括Schr3‑7185873上游引物和Schr3‑7185873下游引物，所述Schr3‑7185873上游引物具有SEQ ID No.3所示的核苷酸序列，所述Schr3‑7185873下游引物具有SEQ ID No.4所示的核苷酸序列；所述Schr4‑16844636引物对包括Schr4‑16844636上游引物和Schr4‑16844636下游引物，所述Schr4‑16844636上游引物具有SEQ ID No.5所示的核苷酸序列，所述Schr4‑16844636下游引物具有SEQ ID No.6所示的核苷酸序列；所述Schr7‑2452525引物对包括Schr7‑2452525上游引物和Schr7‑2452525下游引物，所述Schr7‑2452525上游引物具有SEQ ID No.7所示的核苷酸序列，所述Schr7‑2452525下游引物具有SEQ ID No.8所示的核苷酸序列；所述Schr2‑19158899引物对包括Schr2‑19158899上游引物和Schr2‑19158899下游引物，所述Schr2‑19158899上游引物具有SEQ ID No.9所示的核苷酸序列，所述Schr2‑19158899下游引物具有SEQ ID No.10所示的核苷酸序列；所述Schr6‑20236059引物对包括Schr6‑20236059上游引物和Schr6‑20236059下游引物，所述Schr6‑20236059上游引物具有SEQ ID No.11所示的核苷酸序列，所述Schr6‑20236059下游引物具有SEQ ID No.12所示的核苷酸序列；所述Rchr3‑5163123引物对包括Rchr3‑5163123上游引物和Rchr3‑5163123下游引物，所述Rchr3‑5163123上游引物具有SEQ ID No.13所示的核苷酸序列，所述Rchr3‑5163123下游引物具有SEQ ID No.14所示的核苷酸序列；所述Rchr3‑7185873引物对包括Rchr3‑7185873上游引物和Rchr3‑7185873下游引物，所述Rchr3‑7185873上游引物具有SEQ ID No.15所示的核苷酸序列，所述Rchr3‑7185873下游引物具有SEQ ID No.16所示的核苷酸序列；所述Rchr4‑16844636引物对包括Rchr4‑16844636上游引物和Rchr4‑16844636下游引物，所述Rchr4‑16844636上游引物具有SEQ ID No.17所示的核苷酸序列，所述Rchr4‑16844636上游引物具有SEQ ID No.18所示的核苷酸序列；所述Rchr7‑2452525引物对包括Rchr7‑2452525上游引物和Rchr7‑2452525下游引物，所述Rchr7‑2452525上游引物具有SEQ ID No.19所示的核苷酸序列，所述Rchr7‑2452525下游引物具有SEQ ID No.20所示的核苷酸序列；所述Rchr2‑19158899引物对包括Rchr2‑19158899上游引物和Rchr2‑19158899下游引物，所述Rchr2‑19158899上游引物具有SEQ ID No.21所示的核苷酸序列，所述Rchr2‑19158899下游引物具有SEQ ID No.22所示的核苷酸序列；所述Rchr6‑20236059引物对包括Rchr6‑20236059上游引物和Rchr6‑20236059下游引物，所述Rchr6‑20236059上游引物具有SEQ ID No.23所示的核苷酸序列，所述Rchr6‑20236059下游引物具有SEQ ID No.24所示的核苷酸序列。...

【技术特征摘要】
1.鉴别脐橙的分子标记，扩增所述分子标记使用的引物对包括Schr3-5163123引物对、Schr3-7185873引物对、Schr4-16844636引物对、Schr7-2452525引物对、Schr2-19158899引物对、Schr6-20236059引物对、Rchr3-5163123引物对、Rchr3-7185873引物对、Rchr4-16844636引物对、Rchr7-2452525引物对、Rchr2-19158899引物对和Rchr6-20236059引物对中的一种或多种；所述Schr3-5163123引物对包括Schr3-5163123上游引物和Schr3-5163123下游引物，所述Schr3-5163123上游引物具有SEQIDNo.1所示的核苷酸序列，所述Schr3-5163123下游引物具有SEQIDNo.2所示的核苷酸序列；所述Schr3-7185873引物对包括Schr3-7185873上游引物和Schr3-7185873下游引物，所述Schr3-7185873上游引物具有SEQIDNo.3所示的核苷酸序列，所述Schr3-7185873下游引物具有SEQIDNo.4所示的核苷酸序列；所述Schr4-16844636引物对包括Schr4-16844636上游引物和Schr4-16844636下游引物，所述Schr4-16844636上游引物具有SEQIDNo.5所示的核苷酸序列，所述Schr4-16844636下游引物具有SEQIDNo.6所示的核苷酸序列；所述Schr7-2452525引物对包括Schr7-2452525上游引物和Schr7-2452525下游引物，所述Schr7-2452525上游引物具有SEQIDNo.7所示的核苷酸序列，所述Schr7-2452525下游引物具有SEQIDNo.8所示的核苷酸序列；所述Schr2-19158899引物对包括Schr2-19158899上游引物和Schr2-19158899下游引物，所述Schr2-19158899上游引物具有SEQIDNo.9所示的核苷酸序列，所述Schr2-19158899下游引物具有SEQIDNo.10所示的核苷酸序列；所述Schr6-20236059引物对包括Schr6-20236059上游引物和Schr6-20236059下游引物，所述Schr6-20236059上游引物具有SEQIDNo.11所示的核苷酸序列，所述Schr6-20236059下游引物具有SEQIDNo.12所示的核苷酸序列；所述Rchr3-5163123引物对包括Rchr3-5163123上游引物和Rchr3-5163123下游引物，所述Rchr3-5163123上游引物具有SEQIDNo.13所示的核苷酸序列，所述Rchr3-5163123下游引物具有SEQIDNo.14所示的核苷酸序列；所述Rchr3-7185873引物对包括Rchr3-7185873上游引物和Rchr3-7185873下游引物，所述Rchr3-7185873上游引物具有SEQIDNo.15所示的核苷酸序列，所述Rchr3-7185873下游引物具有SEQIDNo.16所示的核苷酸序列；所述Rchr4-16844636引物对包括Rchr4-16844636上游引物和Rchr4-16844636下游引物，所述Rchr4-16844636上游引物具有SEQIDNo.17所示的核苷酸序列，所述Rchr4-16844636上游引物具有SEQIDNo.18所示的核苷酸序列；所述Rchr7-2452525引物对包括Rchr7-2452525上游引物和Rchr7-2452525下游引物，所述Rchr7-2452525上游引物具有SEQIDNo.19所示的核苷酸序列，所述Rchr7-2452525下游引物具有SEQIDNo.20所示的核苷酸序列；所述Rchr2-19158899引物对包括Rchr2-19158899上游引物和Rchr2-19158899下游引物，所述Rchr2-19158899上游引物具有SEQIDNo.21所示的核苷酸序列，所述Rchr2-19158899下游引物具有SEQIDNo.22所示的核苷酸序列；所述Rchr6-20236059引物对包括Rchr6-20236059上游引物和Rchr6-20236059下游引物，所述Rchr6-20236059上游引物具有SEQIDNo.23所示的核苷酸序列，所述Rchr6-20236059下游引物具有SEQIDNo.24所示的核苷酸序列。2.一种鉴别脐橙的方法，包括以下步骤：1)提取样本基因组DNA，用权利要求1所述的Sch...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐强，王沦，高雨豪，余惠文，邓秀新，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42