The invention relates to the field of gene detection technology, aiming at providing a method for determining small RNA from plant origin in human body by detecting feces. It includes the following steps: collecting human fecal samples by routine methods; extracting total RNA from fecal samples by RNA extraction kit; constructing small RNA libraries according to routine procedures and methods of small RNA library construction; high throughput sequencing technology platform for small RNA in fecal samples; and carrying out small RNA data for sequencing results. Bioinformatics analysis was used to determine the miRNA and abundance of plant sources in the human body. By sequencing small RNA in human fecal samples, the species and abundance of plant microRNAs in the samples can be identified by bioinformatics method. The method can not only analyze the relationship between plant microRNAs abundance and diet in human body by using fecal samples instead of blood, but also be used as a supplement to the detection of intestinal microorganisms and provide more information. Interest.
【技术实现步骤摘要】
通过检测粪便确定人体内植物性来源小RNA的方法
本专利技术属于基因检测
,特别涉及对人体内小RNA样品测序与分析,确定植物性来源小RNA的方法。
技术介绍
不编码蛋白质的单链小分子RNA是近10年来发现的一类具有调控功能的新基因,microRNA(miRNA)是其中重要一种小分子RNA。miRNA长度为20~24个核苷酸,能够通过序列配对,结合到靶基因mRNA上,特别是mRNA的3’端非翻译区(3’-untranslationalregion,3’-UTR)。如果序列完全匹配,会造成目标mRNA被切割,断裂的mRNA之后会被降解。如果miRNA和目标mRNA不完全互补结合,这将抑制mRNA翻译成蛋白质,而不影响mRNA的稳定性。近年来,植物性来源miRNA在人类血液中被大规模发现,如miR168,miR159等(Zhang等,2012,CellResearch;Chin等,2016,CellResearch)。植物miR159在血清里的含量和人类乳腺癌的发生增殖成负相关,提示该miRNA可能与癌症发生有关,进一步小鼠实验也证实了miR159抗乳腺癌的功效。现有的植物性来源miRNA检测主要是通过提取血清中的miRNA来鉴定人体血液中植物性小RNA。从植物miRNA角度来说,它们本身的序列特性、化学修饰以及和其他食物成分的相互作用会导致部分难以被人体吸收,因此许多植物miRNA很难在血液中被检测到(Axtell等,2011,Genomebiology)。另外,血液检测无法检测肠道微生物是否编码植物性miRNA,同时抽血获得血液过程相对复杂繁琐。人类粪便 ...
【技术保护点】
1.通过检测粪便确定人体内植物性来源小RNA的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)以常规方法采集人类粪便样品;(2)利用RNA提取试剂盒提取粪便样品的总RNA;(3)按照常规小RNA建库流程和方法,构建小RNA文库;(4)利用高通量测序技术平台对粪便样品中的小RNA进行高通量测序;(5)对测序结果进行小RNA数据的生物信息学分析,以确定人体内植物来源的miRNA及其丰度。
【技术特征摘要】
1.通过检测粪便确定人体内植物性来源小RNA的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)以常规方法采集人类粪便样品;(2)利用RNA提取试剂盒提取粪便样品的总RNA;(3)按照常规小RNA建库流程和方法,构建小RNA文库;(4)利用高通量测序技术平台对粪便样品中的小RNA进行高通量测序;(5)对测序结果进行小RNA数据的生物信息学分析,以确定人体内植物来源的miRNA及其丰度。2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(2)所用RNA提取试剂盒是下述的任意一种:BIOGRNAStoolKit粪便RNA提取试剂盒、StoolRNAKit(200)粪便RNA提取试剂盒、强力粪便RNA提取试剂盒PowerMicrobiomeRNAIsolationKit。3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤(2)所用RNA提取试剂盒是BIOGRNAStoolKit粪便RNA提取试剂盒,由吸附柱、收集管、裂解液Ⅰ、裂解液Ⅱ、析出液、洗涤液、洗脱液和消化液组成,另自行准备好无水乙醇、PBS和1.6mL离心管;步骤(2)的具体操作步骤如下:(1)取出试剂盒中的析出液和洗涤液,按以下操作:a)析出液:4.5mL加入25.5mL无水乙醇;9mL加入51mL无水乙醇;b)洗涤液:9mL加入21mL无水乙醇;18mL加入42mL无水乙醇;c)配制好的析出液如出现沉淀,将其在37℃溶解,摇匀后使用;(2)取200mg的粪便于试管中,若粪便样本为液态则取200μL于试管中;加入2mLPBS充分振荡混匀,300g离心5分钟,收集上清;取收集的上清液1mL于1.5mL离心管中,12000rpm离心5分钟,弃上清后沉淀用1mLPBS重悬,振荡混匀后,12000rpm离心5分钟,收集沉淀;(3)加入200μL裂解液Ⅰ,悬浮沉淀,37℃放置30分钟;(4)加入200μL裂解液Ⅱ,20μL消化液,充分振荡混匀,56℃水浴10分钟;(5)加入600μL析出液...
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