本发明专利技术公开了一种鸡环状RNA,其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示;并提供了其检测引物,其核苷酸序列如SEQ ID NO:3~4所示。本发明专利技术验证了GHR的环状转录本circGHR的存在,并克隆获得了该环状RNA的分子序列全长,确定了circGHR环结构,该分子对核酸外切酶RNase R存在抗性。定量发现随着机体生长发育呈现不同的趋势,在胸肌和腿肌组织中逐渐下调,在成肌细胞核中高表达,表明circGHR对出壳后怀乡鸡的肌肉发育过程具有抑制作用;同时,鸡环状RNAcircGHR在检测或评估鸡的肌肉率方面的应用也有很大的应用价值。
A circular RNA circGHR and its detection primers for chicken muscle growth and development
The invention discloses a chicken cyclic RNA whose nucleotide sequence is shown as SEQ ID NO:2, and provides a detection primer whose nucleotide sequence is shown as SEQ ID NO:3-4. The present invention verifies the existence of the circular transcript circGHR of GHR, clones the full length of the molecular sequence of the circular RNA, determines the circGHR ring structure, and the molecule is resistant to the nucleic acid exonuclease RNase R. Quantitative analysis showed that circGHR could inhibit the muscle development of Huaixiang chickens after hatching. At the same time, circGHR could also be used to detect or evaluate the muscle rate of chickens. Application value.
【技术实现步骤摘要】
一种参与鸡肌肉生长发育的环状RNAcircGHR及检测引物
本专利技术涉及鸡肌肉生长发育
,更具体地,涉及一种参与鸡肌肉生长发育的环状RNAcircGHR及检测引物。
技术介绍
环状RNA(CircularRNA,circRNA)是一类共价环形的RNA分子,不存在游离的5’端帽子和3’端Poly(A)尾巴结构,对RNA外切酶RNaseR存在耐受性,稳定性高,不易降解。CircRNA主要来源于RNA前体(pre-RNA)的反式剪接,即下游外显子同上游外显子反向结合形成一个环形结构。不同序列来源的circRNA可发挥不同的生物学功能。最新研究发现RNA的环化与pre-mRNA的剪接可竞争剪接因子,以此调控目的基因的表达。也有文献报道circRNA可吸附miRNA参与内源性竞争调控网络(competingendogenous,ceRNA)。Jeck等在人类的成纤维细胞中检测出超过25000个circRNA,Memczak等利用高通量测序结合人类白细胞数据库鉴定出1950种人类circRNAs,1903种小鼠circRNAs和724种线虫circRNAs,其中人和小鼠中有81种circRNAs高度保守。随着大量研究表明,circRNA广泛存在真核生物等高等动物体内,并且在基因表达和机体生长发育中发挥重要作用。例如circFUT10可抑制牛成肌细胞增殖,促进分化;circEIF3J和circPAIP2能促进母基因的线性转录本的表达;circZNF609具有编码起始点和终止点的开放阅读框;circCDR1as和circSry可与AGO蛋白形成沉默复合体抑制翻译起始。circMbl会结合MBL蛋白,正向促进circMbl和MblmRNA的生成。大量实验表明circRNA在动物的生长发育中发挥重要作用。随着RNA-seq技术的发展,越来越多的circRNA被发现,且逐渐成为研究热点。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种参与鸡肌肉生长发育的环状RNAcircGHR及检测引物本专利技术的第一个目的是提供一种鸡环状RNA。本专利技术的第二个目的是提供鸡环状RNA的荧光定量PCR检测引物。本专利技术的第三个目的是提供所述检测引物在检测所述鸡环状RNA中的应用。本专利技术的第四个目的是提供所述鸡环状RNA在抑制肌肉发育中的应用。本专利技术的第五个目的是提供所述鸡环状RNA的抑制剂在促进肌肉发育中的应用。为了实现上述目的,本专利技术是通过以下技术方案予以实现的:本专利技术首次发现环状转录本circGHR的存在,并发现其与鸡肌肉生长密切相关,因此本专利技术要求保护以下内容:一种鸡环状RNA,其核苷酸序列如SEQIDNO:2所示。以上所述鸡环状RNA的荧光定量PCR检测引物,其特征在于,其核苷酸序列如SEQIDNO:3~4所示。以上所述检测引物在检测以上所述鸡环状RNA中的应用。以上所述鸡环状RNA在抑制肌肉发育中的应用。以上所述鸡环状RNA的抑制剂在促进肌肉发育中的应用。进一步,本专利技术要求保护所述鸡环状RNA在检测或评估鸡的肌肉率方面的应用。优选地,所述肌肉率包括胸肌率和腿肌率。与现有技术相比,本专利技术具有如下有益效果:本专利技术验证了GHR基因的环状转录本circGHR的存在,并克隆获得了该环状RNA的分子序列全长,确定了circGHR环结构,该分子对核酸外切酶RNaseR存在抗性。定量发现随着机体生长发育呈现不同的趋势,在胸肌和腿肌组织中逐渐下调,在成肌细胞核中高表达,表明circGHR对出壳后怀乡鸡的肌肉发育过程具有抑制作用;同时,鸡环状RNAcircGHR在检测或评估鸡的肌肉率方面的应用也有很大的应用价值。附图说明图1为组织总RNA检测。图2为circGHR位置引物示意图,蓝色箭头表示Divergentprimers;黑色箭头表示Convergentprimers。图3为测序峰图与线性序列比对。图4为circGHR结构示意图。图5为RNaseR处理后circGHR和GHR-S的定量变化。图6为鸡胸肌和腿肌组织circGHR表达变化。图7为鸡circGHR在成肌细胞中的核质分布表达变化。具体实施方式下面结合说明书附图和具体实施例对本专利技术作出进一步地详细阐述,所述实施例只用于解释本专利技术,并非用于限定本专利技术的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明,均为常规方法;所使用的材料、试剂等,如无特殊说明,为可从商业途径得到的试剂和材料。实验动物来源及饲养规范由广东盈富农业有限公司提供种蛋,采用标准程序(温度:37.8℃±0.5,相对湿度:50%-70%)进行孵化,出壳后笼养并进行常规免疫。主要试剂耗材无酶枪头、离心管、PCR管、核酸染料、DNAMarker、LoadingBuffer均购于生工生物工程(上海)股份有限公司,也包括引物合成。RNA酶抑制剂(天净沙)购于北京天恩泽基因科技有限公司,HipureTissueRNAMiniKit购于美基生物科技有限公司,RNaseR购于中北林格生物技术公司,PrimeScriptTMRTreagentKitwithgDNAEraser(PerfectRealTime)购于TaKaRa生物公司,EasyPureQuickGelExtractionKit和2×EcoTaqPCRSuperMix(+dye)购于北京全式金生物技术有限公司。pMD18-T载体购于TaKaRa生物公司。培养细菌所用的琼脂粉、蛋白胨、NaCl、酵母粉、氨苄青霉素(Amp)均购自鼎国昌盛生物技术公司。主要仪器设备高压灭菌锅(Hirayama,Japan);StepOnePlusReal-TimePCRSystem(ABI);-80℃超低温冰箱(BCD-537WT,青岛海尔有限公司);4℃冰箱(BCD-539WT,青岛海尔有限公司);-20℃冰箱(BCD-534WT,青岛海尔有限公司);C1000TouchThermalCycler(BIO-RAD);制冰机(Scotsman,意大利);干燥箱(上海博讯实业有限公司医疗设备厂);通风柜(广州湘仪机电设备有限公司);漩涡振荡器(SK-1,金坛市国旺实验仪器厂);电泳仪(DYY-6C,北京六一);微波炉(美的);电动匀浆器(OSE-Y30/Y40,天根生化科技有限公司);恒温空气摇床(美国精骐有限公司);恒温酶连仪(广州方统生物科技有限公司);移液器(351170A,Eppendorf公司)、凝胶成像系统(WFH-201B,上海精科实业有限公司);电泳仪、电泳槽(DYCP-31D,泰州市星火生化仪器制造有限公司)。统计分析实时荧光定量结果的数据用MicrosoftExcel2003进行整理并保存,运用IBMSPSSStatistics19软件进行t检验和相关性分析。引物序列引物序列见表1:表1引物序列实施例1circGHR的环状鉴定一、实验操作(1)样品采集采集1D-1-2-3W怀乡鸡公鸡腿肌和胸肌,1D-1-3-5W怀乡鸡公鸡肝脏组织,每个时间点各14-16个。样品采集过程中,要使用外科手术解剖采集肝脏和胸肌和腿肌组织,迅速放入液氮中,待样品采集结束后,将样品放入-80℃冰箱保存备用。(2)组织总RNA抽提①取出保存在-80℃冰箱的组织,用眼科剪剪取米粒大小的组织块置于一新的无酶离心管中,然后迅速本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种鸡环状RNA,其特征在于,其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
【技术特征摘要】
1.一种鸡环状RNA,其特征在于,其核苷酸序列如SEQIDNO:2所示。2.权利要求1所述鸡环状RNA的荧光定量PCR检测引物,其特征在于,其核苷酸序列如SEQIDNO:3~4所示。3.权利要求2所述检测引物在检测权利要求1所述鸡环状RNA中的应用。4...
【专利技术属性】
技术研发人员:张丽,徐海冬,赵志辉,安立龙,
申请(专利权)人:广东海洋大学,
类型:发明
国别省市:广东,44
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