The invention provides a method for controlling GROMACS cloud computing process, which comprises the following steps: (1) obtaining several crystal structure. res or. CIF files with high energy obtained by clustering arrangement from ArangoDB database, and then obtaining the structure file of GROMACS; and (2) obtaining the force field opening from ArangoDB database. Produce the best force field parameters. PRM and. rtf, then call the Yoda library function to automatically convert the GROMACS force field parameters file; Step (3): According to the corresponding simulation type of different stages, call the Yoda library function to automatically generate the corresponding GROMACS simulation parameters file; Step (4): Call the Mixc library function to GROMACS simulation parameters file; Step (4): Call the Mixc library function, the GROMACS simulation parameters file; Computing and analyzing tasks are submitted to Majorana task scheduling platform; step (5) adding corresponding monitoring tasks to the same batch of tasks corresponding to each structure to obtain the execution status of tasks in real time; step (6) after all tasks are executed, the corresponding analysis results are obtained from ArangoDB database, and the corresponding analysis results are drawn by calling Matplotlib Graphics library, directly in the jupyter to make corresponding curves.
【技术实现步骤摘要】
一种GROMACS云计算流程控制方法
本专利技术属于高通量的GROMACS科学计算领域,涉及一种GROMACS云计算流程控制方法。
技术介绍
分子动力学(MD)计算已广泛地应用于材料科学的各个领域,GROMACS作为一个开源、高效的MD计算软件,已成为模拟计算的首选。当前,几乎所有的超算中心和云平台都安装了各类版本的GROMACS软件,并有相应的作业管理系统来完成任务的提交、修改和删除等功能。当前的GROMACS云计算流程主要存在以下缺陷:1.不能跨平台调度:当前几乎所有的GROMACS云计算平台,都需要先手动登录、编写任务脚本,再提交到各自的平台上计算。2.不能连续计算:一般GROMACS的后续任务都需要使用到上一个任务的最终结构,因此连续的任务都需要等前一个任务计算完成才能提交。3.存储形式单一:所有的GROMACS计算和分析结果都储存在平台上,不利于实时查看和监控模拟状态。4.缺乏用户界面:当前所有的GROMACS云计算和分析流程都是基于脚本的形式,用户体验差,不利于任务状态监控、结果的图形化显示等。
技术实现思路
为了解决以上技术问题,本专利技术提供一种GROMACS云计算流程控制方法,包括以下几个步骤:步骤(1):从ArangoDB数据库,获取聚类排位得到的能量靠前的几个晶体结构的.res或.cif文件,然后调用yoda库函数进行对称性操作、格式转化和晶胞扩展,得到GROMACS的结构文件;步骤(2):从ArangoDB数据库,获取力场开发研究得到的最佳力场参数.prm和.rtf,然后调用yoda库函数自动转换成GROMACS的力场参数文件;步骤(3 ...
【技术保护点】
1.一种GROMACS云计算流程控制方法,其特征在于,包括以下几个步骤:步骤(1):从ArangoDB数据库,获取聚类排位得到的能量靠前的几个晶体结构的.res或.cif文件,然后调用yoda库函数进行对称性操作、格式转化和晶胞扩展,得到GROMACS的结构文件;步骤(2): 从ArangoDB数据库,获取力场开发研究得到的最佳力场参数.prm和.rtf,然后调用yoda库函数自动转换成GROMACS的力场参数文件;步骤(3):根据不同阶段对应的模拟类型,调用yoda库函数自动生成对应的GROMACS的模拟参数文件;步骤(4):调用mixc库函数,将GROMACS计算和分析任务提交到Majorana任务调度平台;步骤(5):给每个结构对应的同批次任务添加相应的监控任务,实时获取任务的执行状态;步骤(6):待所有的任务都执行完成后,从ArangoDB数据库获取相应的分析结果,调用matplotlib绘图库,直接在jupyter中作出相应的曲线。
【技术特征摘要】
1.一种GROMACS云计算流程控制方法,其特征在于,包括以下几个步骤:步骤(1):从ArangoDB数据库,获取聚类排位得到的能量靠前的几个晶体结构的.res或.cif文件,然后调用yoda库函数进行对称性操作、格式转化和晶胞扩展,得到GROMACS的结构文件;步骤(2):从ArangoDB数据库,获取力场开发研究得到的最佳力场参数.prm和.rtf,然后调用yoda库函数自动转换成GROMACS的力场参数文件;步骤(3):根据不同阶段对应的模拟类型,调用yoda库函数自动生成对应的GROMACS的模拟参数文件;步骤(4):调用mixc库函数,将GROMACS计算和分析任务提交到Majorana任务调度平台;步骤(5):给每个结构对应的同批次任务添加相应的监控任务,实时获取任务的执行状态;步骤(6):待所有的任务都执行完成后,从ArangoDB数据库获取相应的分析结果,调用matplotlib绘图库,直接在jupyter中作出相应的曲线。2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述任务参数采用任务类型、镜像名、内存和核数中的至少一种。3.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述任务类型采用MD或REMD。4.如...
【专利技术属性】
技术研发人员:孙广旭,彭春望,杨明俊,肖辉,刘阳,马健,赖力鹏,温书豪,
申请(专利权)人:深圳晶泰科技有限公司,
类型:发明
国别省市:广东,44
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