一种用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的分子标记及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种可用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的分子标记及应用，属于近缘种鉴定技术，具体的说是一种乌贼近缘物种鉴定的方法。具体为以虎斑乌贼与拟目乌贼基因组DNA为模板，根据虎斑乌贼与拟目乌贼物种基因组的标签序列设计引物进行PCR扩增，利用扩增产物在高分辨率熔解曲线(HRM)中的Tm值差异进而区分乌贼物种；采用本发明专利技术能够快速、经济、简便的进行物种之间的鉴定，与标签序列测序结果相比较准确率为100％。

【技术实现步骤摘要】
一种用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的分子标记及应用
本专利技术属于乌贼物种鉴定
，尤其涉及一种可用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的分子标记及应用。
技术介绍
虎斑乌贼(Sepiapharaonis)隶属软体动物门(Mollusca)、乌贼目(Sepioidea)、乌贼科(Sepiidae)、乌贼属(Sepia)。分布于印度太平洋的热带海域，自近岸至水深100m的水域中均有发现。拟目乌贼(Sepialycidas)隶属头足纲(Cephalopoda)、乌贼目(Sepioidea)、乌贼科(Sepiidae)、乌贼属(Sepia)，是浅海暖水性较强的底栖种，栖息在大陆架区15～100m水深的近海水域，分布在印度洋-西太平洋海域。两者均营养价值好并且具有一定的药用价值；虎斑乌贼与拟目乌贼同属于乌贼科乌贼属，在中国东南沿海均有分布，系统发育分析研究表明虎斑乌贼与拟目乌贼亲缘关系较近，且两种乌贼在生长性状上有诸多相似，单靠形态学不易区分，尤其在繁殖生产的幼体时期，更难区分。因此，选用有效的方法来区分虎斑乌贼和拟目乌贼则具有重要意义；近年来，随着分子生物学的发展，利用分子生物学手段来鉴定物种已经逐渐成为一种趋势，并为大多数的生物学家所接受。自美国学者Lander于1996年提出继RFLP、SSR的第三代新型分子标记技术——SNP以来，SNP的检测和分型已成为遗传学研究的关键技术，SNP指的是某种生物不同个体DNA序列中单个核苷酸点突变产生的多态性，包括置换、颠换、插入或缺失引起的多态现象。高分辨率熔解曲线法是基于不同核酸物理性质的差异，将荧光染料加入PCR反应体系，当含荧光染料的DNA解旋后，便可收集荧光信息形成熔解曲线。当DNA序列中某个碱基发生变化，熔解曲线便会发生相应的改变，便可通过软件对遗传信息进行分析，其具有高效、精确、高通量、低成本等优点。目前，HRM技术已被应用于已知基因型的鉴定，突变筛查，DNA甲基化分析，微生物的分子分型与鉴定和RNA编辑等领域，是分子诊断中的热门技术。
技术实现思路
本专利技术所要解决的一个技术问题是针对现有技术的现状提供一种用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的分子标记。本专利技术所要解决的另一个技术问题是针对现有技术的现状提供一种利用上述分子标记来区分虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的应用。本专利技术所要解决的又一个技术问题是针对现有技术的现状提供一种利用上述分子标记来区分虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的方法。本专利技术解决上述技术问题所采用的技术方案为：该可用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的正向引物F1为5'ACGGGCGATATGTACGCG3'；反向引物F2为5'CTAATATGTCAAGTCAAAATGCAGC3'。本专利技术为解决第二个技术问题提供一种利用上述SNP分子标记在基于高分辩率溶解曲线鉴定虎斑乌贼与拟目乌贼中的应用。进一步地，所述虎斑乌贼目标扩增片段中的SNP为：ACGGGCGATATGTACGCGCTATAAAACCTGATTCATATAAACATATTAATTATTTACATTACTATTAAGTCCAATTTCAAAAATACATTTACATTATTTAATCCAATTTAAAATTATAAATCGTAGCTCATTCTATTTTCACCTTTCCTATTAGCTGCATTTTGACTTGACATATTAG。进一步地，所述拟目乌贼目标扩增片段中的SNP为：ACGGGCGATATGTACGCGCTATAAAACCTGATTCATATAAACATATTAATTATTTACATTACTATTAAGTCCAATTTCAAAAATAC-TTTACATTACTTAATCCATTTAAAAATTATAAATAGTAGCTCATT-TATAATAACCTTTTTTATTAGCTGCATTTTGACTTGACATATTAG。本专利技术为解决第三个技术问题提供一种基于高分辨率溶解曲线鉴定虎斑乌贼与拟目乌贼的方法，其特征在于：以虎斑乌贼与拟目乌贼基因组DNA为模板，根据虎斑乌贼与拟目乌贼的基因组的标签序列设计引物进行PCR扩增，利用扩增产物在高分辨率熔解曲线中的Tm值差异进而区分；以待鉴定乌贼基因组DNA为模板，根据乌贼的基因序列设计引物进行PCR扩增，利用扩增产物在高分辨率熔解曲线中的Tm值差异进而区分乌贼相近物种。进一步地，通过上述扩增获得的PCR产物，添加核酸饱和染料后变性处理，冷却至室温进行HRM测定。与现有技术相比，本专利技术具有如下优点：1、方法简单易行；不需要测序，直接通过扩增片段的Tm值来反应DNA水平上的区别而区分不同物种；2、结果明确直观；不用进行序列比对等步骤，不同物种之间DNA水平的差异以直观的峰图形式表现出来，极易区分辨别；3、准确有效；本专利技术鉴定方法采用高分辨率熔解曲线(HRM)具有分辨单个核苷酸差异的能力，能够准确反映DNA水平上的差异，使得鉴定结果准确可靠，与测序结果相比较准确率为100％；4、应用性广泛；与测序不同，不需要将待鉴定的所有个体一一测序分析，本专利技术中一组引物可以在无限多同类个体上进行物种鉴定而不需要重新设计引物；本专利技术通过提供鉴别虎斑乌贼与拟目乌贼的SNP引物，通过HRM技术成功对两种乌贼进行了基因分型，从分子水平探索了虎斑乌贼与拟目乌贼的基因片段序列差异，建立了虎斑乌贼与拟目乌贼的分子鉴别方法，其次，本专利技术为一个开放体系，应用范围广泛；不仅可用于特定几种乌贼近缘物种的鉴定，只要是基于DNA水平上的差异能够区分的乌贼物种均可以利用该方法来鉴定。附图说明图1为本专利技术实施例提供的乌贼属乌贼近缘物种鉴定高分辨率熔解曲线图(其中横坐标为温度℃)，纵坐标为荧光强度的对数值；每条曲线的最高点所对应的横坐标即为该曲线对应的PCR产物的Tm值)；图2为本专利技术实施例提供的乌贼属乌贼近缘物种鉴定高分辨率熔解的标准化曲线；图3为本专利技术实施例提供的乌贼属乌贼近缘物种在标准化和不同温度情况下的熔解曲线峰。具体实施方式以下通过结合附图及实施例对本专利技术作进一步说明。本专利技术在依靠核酸序列区别而进行物种鉴定的过程中引入高分辨率熔解曲线方法，仅用一对PCR引物将不同物种在DNA水平上的差异转化成更直观的熔解曲线。其步骤为：a、DNA提取采用传统的苯酚-氯仿-异戊醇法提取基因组DNA，琼脂糖凝胶电泳检测DNA样品的质量，NANODROP2000(ThermoScientific，USA)测定DNA原液质量和浓度，并稀释成50ng/ul的浓度待用。b、物种鉴定依据序列的获得和序列比对分析通过从NCBI数据库中获得虎斑乌贼与拟目乌贼的线粒体序列全长，使用AlignX软件进行序列比对，寻找两种乌贼中存在的碱基差异；从含有SNP位点序列中，选取符合引物设计的序列使用Premier5.0进行SNP引物设计；c、引物设计与筛选引物设计应满足以下条件：目标扩增序列在50bp-150bp之间，为使熔解温度不同，序列之间存在GC碱基含量的差异；退火温度(Tm)应在50℃-60℃之间；正反引物之间应尽量避免错配，发夹结构和引物二聚体；引物由上海生工工程有限责任公司合成。随机选择5个所对应的乌贼DNA样本为模板，使用使用琼脂糖凝胶电泳技术对引物进行初步筛选，选择能扩增出明本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的正向引物F1为5'ACGGGCGATATGTACGCG3'；反向引物F2为5'CTAATATGTCAAGTCAAAATGCAGC3'。

【技术特征摘要】
1.一种用于虎斑乌贼与拟目乌贼种间鉴定的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的正向引物F1为5'ACGGGCGATATGTACGCG3'；反向引物F2为5'CTAATATGTCAAGTCAAAATGCAGC3'。2.一种根据权利要求1所述的SNP分子标记在基于高分辩率溶解曲线鉴定虎斑乌贼与拟目乌贼中的应用。3.根据权利要求2所述的SNP分子标记在基于高分辩率溶解曲线鉴定虎斑乌贼与拟目乌贼中的应用，其特征在于：所述虎斑乌贼目标扩增片段中的SNP为：ACGGGCGATATGTACGCGCTATAAAACCTGATTCATATAAACATATTAATTATTTACATTACTATTAAGTCCAATTTCAAAAATACATTTACATTATTTAATCCAATTTAAAATTATAAATCGTAGCTCATTCTATTTTCACCTTTCCTATTAGCTGCATTTTGACTTGACATATTAG。4.根据权利要求2所述的...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵云，宋微微，王春琳，母昌考，李荣华，
申请(专利权)人：宁波大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33