功效增强的CAR T细胞治疗制造技术

技术编号:19127162 阅读:27 留言:0更新日期:2018-10-10 08:29
本发明专利技术提供改善CAR T细胞治疗的组合物和方法。具体而言,本发明专利技术提供Tet(例如Tet2)功能或表达减少的细胞及其使用方法。本发明专利技术进一步提供Tet2抑制剂及其与CAR T细胞结合使用的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】功效增强的CART细胞治疗相关申请的交叉参考本申请要求2015年9月17日提交的美国申请系列号62/220,196的优先权,该申请的内容在此以其整体引入作为参考。序列表本申请包含序列表,该序列表已以ASCII格式电子提交,在此以其整体引入作为参考。于2016年9月14日创建的该ASCII拷贝命名为N2067-7098WO_SL.txt,大小为507,996字节。
本专利技术一般涉及改造为表达嵌合抗原受体(CAR)的免疫效应细胞(例如T细胞、NK细胞)在治疗与肿瘤抗原的表达相关的疾病中的用途。
技术介绍
用自体T细胞尤其是用嵌合抗原受体(CAR)转导的T细胞进行的过继细胞转移(adoptcelltransfer,ACT)治疗已在血液癌症试验中显示前景。存在对功效改善的T细胞治疗尤其是CART细胞治疗的医学需要。专利技术概述本专利技术提供破坏甲基胞嘧啶双加氧酶基因(例如Tet1、Tet2、Tet3)的组合物和方法,及这类组合物和方法在提高改造细胞(例如基因修饰的抗原特异性T细胞,如CART细胞)的功能活性中的用途。具体而言,本专利技术提供用于支持嵌合抗原受体(CAR)T细胞的治疗功效的方法和组合物。虽然不受限于理论,但Tet基因(例如Tet1、Tet2或Tet3)的单个等位基因的破坏导致与增强的增殖、效应细胞因子产生的调节和脱粒相关的5-羟甲基胞嘧啶的总水平降低,从而增加CART细胞增殖和/或功能。因此,本专利技术提供改造为表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞(例如细胞群体,如免疫效应细胞群体),其中CAR包含抗原结合结构域、跨膜结构域和胞内信号发放结构域,其中减少或消除了该细胞中Tet1、Tet2和/或Tet3的表达和/或功能。在一个实施方案中,减少或消除了该细胞中Tet2的表达和/或功能。在一些实施方案中,该抗原结合结构域结合选自以下的肿瘤抗原:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、TnAg、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素(mesothelin)、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、Prostase、PAP、ELF2M、肝配蛋白B2、IGF-I受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻-乙酰-GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、多聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPVE6,E7、MAGEA1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、prostein、存活蛋白(survivin)和端粒酶、PCTA-1/半乳凝集素(Galectin)8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人端粒末端逆转录酶、RU1、RU2、肠羧基酯酶、muthsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。在一个实施方案中,该肿瘤抗原是CD19。在一些实施方案中,该抗原结合结构域是例如WO2012/079000或WO2014/153270中所述的抗体或抗体片段在一方面,本专利技术提供改造为表达CAR的细胞(例如细胞群体,如免疫效应细胞群体),其中减少或消除了该细胞中Tet1、Tet2和/或Tet3的表达和/或功能。在一个实施方案中,减少或消除了该细胞中Tet2的表达和/或功能。在一些实施方案中,该CAR的跨膜结构域包含:(i)具有氨基酸序列SEQIDNO:12的至少1个、2个或3个修饰但不超过20个、10个或5个修饰的氨基酸序列,或与氨基酸序列SEQIDNO:12具有95-99%同一性的序列;或(ii)SEQIDNO:12的序列。在一方面,本专利技术提供改造为表达CAR的细胞(例如细胞群体,如免疫效应细胞群体),其中减少或消除了该细胞中Tet1、Tet2和/或Tet3的表达和/或功能。在一个实施方案中,该CAR的抗原结合结构域通过铰链区与跨膜结构域连接,其中该铰链区包含SEQIDNO:2或SEQIDNO:6,或与其具有95-99%同一性的序列。在一些实施方案中,该CAR的胞内信号发放结构域包含主信号发放结构域和/或共刺激信号发放结构域,其中主信号发放结构域包含选自CD3ζ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、常见FcRγ(FCER1G)、FcRβ(FcεR1b)、CD79a、CD79b、FcγRIIa、DAP10或DAP12的蛋白质的功能性信号发放结构域。在一些实施方案中,该CAR的主信号发放结构域包含:(i)具有氨基酸序列SEQIDNO:18或SEQIDNO:20的至少1个、2个或3个修饰但不超过20个、10个或5个修饰的氨基酸序列,或与氨基酸序列SEQIDNO:18或SEQIDNO:20具有95-99%同一性的序列;或(ii)SEQIDNO:18或SEQIDNO:20的序列。在一些实施方案中,该CAR的胞内信号发放结构域包含共刺激信号发放结构域,或主信号发放结构域和共刺激信号发放结构域,其中共刺激信号发放结构域包含选自以下的蛋白质的功能性信号发放结构域:CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、特异性结合CD83的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、本文档来自技高网...
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【技术保护点】
1.改造为表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞(例如细胞群体),其中CAR包含抗原结合结构域、跨膜结构域和胞内信号发放结构域,其中减少或消除了所述细胞中Tet1、Tet2和/或Tet3的表达和/或功能。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.09.17 US 62/220,1961.改造为表达嵌合抗原受体(CAR)的细胞(例如细胞群体),其中CAR包含抗原结合结构域、跨膜结构域和胞内信号发放结构域,其中减少或消除了所述细胞中Tet1、Tet2和/或Tet3的表达和/或功能。2.权利要求1的细胞,其中抗原结合结构域结合选自以下的肿瘤抗原:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、TnAg、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、Prostase、PAP、ELF2M、肝配蛋白B2、IGF-I受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻-乙酰-GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、多聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPVE6,E7、MAGEA1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、prostein、存活蛋白和端粒酶、PCTA-1/半乳凝集素8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人端粒末端逆转录酶、RU1、RU2、肠羧基酯酶、muthsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。3.权利要求2的细胞,其中肿瘤抗原是CD19。4.权利要求1的细胞,其中抗原结合结构域是例如WO2012/079000或WO2014/153270中所述的抗体或抗体片段。5.前述权利要求中任一项的细胞,其中跨膜结构域包含:具有氨基酸序列SEQIDNO:12的至少1个、2个或3个修饰但不超过20个、10个或5个修饰的氨基酸序列,或与氨基酸序列SEQIDNO:12具有95-99%同一性的序列;或SEQIDNO:12的序列。6.前述权利要求中任一项的细胞,其中抗原结合结构域通过铰链区与跨膜结构域连接,其中该铰链区包含SEQIDNO:2或SEQIDNO:6,或与SEQIDNO:2或SEQIDNO:6具有95-99%同一性的序列。7.前述权利要求中任一项的细胞,其中胞内信号发放结构域包含主信号发放结构域和/或共刺激信号发放结构域,其中主信号发放结构域包含选自CD3ζ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、常见FcRγ(FCER1G)、FcRβ(FcεR1b)、CD79a、CD79b、FcγRIIa、DAP10或DAP12的蛋白质的功能性信号发放结构域。8.前述权利要求中任一项的细胞,其中主信号发放结构域包含:具有氨基酸序列SEQIDNO:18或SEQIDNO:20的至少1个、2个或3个修饰但不超过20个、10个或5个修饰的氨基酸序列,或与氨基酸序列SEQIDNO:18或SEQIDNO:20具有95-99%同一性的序列;或氨基酸序列SEQIDNO:18或SEQIDNO:20。9.前述权利要求中任一项的细胞,其中胞内信号发放结构域包含共刺激信号发放结构域、或主信号发放结构域和共刺激信号发放结构域,其中共刺激信号发放结构域包含选自以下的蛋白质的功能性信号发放结构域:CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、特异性结合CD83的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。10.前述权利要求中任一项的细胞,其中共刺激信号发放结构域包含:具有氨基酸序列SEQIDNO:14或SEQIDNO:16的至少1个、2个或3个修饰但不超过20个、10个或5个修饰的氨基酸序列,或与氨基酸序列SEQIDNO:14或SEQIDNO:16具有95-99%同一性的序列。11.前述权利要求中任一项的细胞,其中共刺激信号发放结构域包含SEQIDNO:14或SEQIDNO:16的序列。12.前述权利要求中任一项的细胞,其中胞内结构域包含SEQIDNO:14或SEQIDNO:16的序列和SEQIDNO:18或SEQIDNO:20的序列,其中包含胞内信号发放结构域的序列在同一可读框中表达并表达为单条多肽链。13.前述权利要求中任一项的细胞,其进一步包含含有SEQIDNO:2的序列的前导序列。14.前述权利要求中任一项的细胞,其中细胞是免疫效应细胞(例如免疫效应细胞群体)。15.权利要求14的细胞,其中免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。16.权利要求15的细胞,其中免疫效应细胞是T细胞。17.权利要求16的细胞,其中T细胞是CD4+T细胞、CD8+T细胞或其组合。18.前述权利要求中任一项的细胞,其中细胞是人细胞。19.前述权利要求中任一项的细胞,其中细胞包含Tet1、Tet2和/或Tet3的抑制剂。20.权利要求19的细胞,其中Tet1、Tet2和/或Tet3的抑制剂是:(1)靶向编码Tet1、Tet2和/或Tet3的基因或其调节元件(例如Tet2或其调节元件)内的一个或多个位点的基因编辑系统;(2)编码所述基因编辑系统的一个或多个成分的核酸;或(3)其组合。21.权利要求20的细胞,其中基因编辑系统选自CRISPR/Cas9系统、锌指核酸酶系统、TALEN系统和大范围核酸酶系统。22.权利要求20或21的细胞,其中基因编辑系统结合编码Tet1、Tet2和/或Tet3的基因(例如Tet2)的早期外显子或内含子中的靶序列。23.权利要求22的细胞,其中基因编辑系统结合编码tet2的基因的靶序列,该靶序列在外显子4上游,例如在外显子1、外显子2或外显子3中,例如在外显子3中。24.权利要求20-23中任一项的细胞,其中基因编辑系统结合编码Tet1、Tet2和/或Tet3的基因(例如Tet2)的晚期外显子或内含子中的靶序列。25.权利要求24的细胞,其中基因编辑系统结合编码tet2的基因的靶序列,该靶序列在外显子8下游,例如在外显子9、外显子10或外显子11中,例如在外显子9中。26.权利要求18-25中任一项的细胞,其中基因编辑系统是包含含有与Tet基因的靶序列杂交的靶向序列的gRNA分子的CRISPR/Cas系统。27.权利要求26的细胞,其中靶向序列是表3中所列的靶向序列。28.权利要求26的细胞,其中靶向序列是表5中所列的靶向序列。29.权利要求19的细胞,其中Tet2抑制剂是对...

【专利技术属性】
技术研发人员:G·莫茨F·D·布什曼J·A·弗拉伊塔C·H·琼J·J·梅勒霍斯特C·L·诺布尔斯R·M·扬
申请(专利权)人:诺华股份有限公司宾夕法尼亚大学托管会
类型:发明
国别省市:瑞士,CH

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