用于乳腺癌和其他癌症免疫治疗的肽和肽组合物制造技术

本发明专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白、核酸和细胞。特别是，本发明专利技术涉及癌症的免疫疗法。本发明专利技术还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(能够例如作为刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞并转入患者的疫苗组合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织兼容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可以是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于乳腺癌和其他癌症免疫治疗的肽和肽组合物
本专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是，本专利技术涉及癌症的免疫疗法。本专利技术还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞并转入患者的疫苗复合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织兼容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可以是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。本专利技术涉及数种新型肽序列及其变体，它们源自人肿瘤细胞的HLA-I类分子，可用于引发抗肿瘤免疫反应的疫苗组合物中或作为开发药物/免疫活性化合物和细胞的目标。
技术介绍
乳腺癌是迄今为止最常诊断的癌症和女性癌症死亡的最常见原因。2012年，估计有170万新发病例(占女性所有癌症病例的25％)和50万癌症死亡病例(占女性所有癌症死亡病例的15％)。工业化国家的年发病率为70-90新发病例/100000女性，比发展水平低的国家高出2倍。年龄标准化发病率在西欧最高，在东亚最低。全世界死亡率各不相同，约2-5倍；在人类发展水平较高的国家，死亡率较低。估计的新发病例中约43％和癌症死亡病例中34％发生在欧洲和北美。虽然，世界上大多数地区的发病率普遍上升，但在过去十年中，在一些高度发达国家发病率已经达到峰值并开始下降。自20世纪80年代末和90年代初期以来，许多高度发达国家的死亡率一直在下降，这是检测改进、早期诊断(通过基于人群的筛查)和更有效治疗方案的组合所致(WorldCancerReport,2014)。良好表征的乳腺癌风险因素包括年龄、家族史、生殖因素(包括不孕、30岁以后生第一胎、乳房摄影密度和先前良性乳房活检异型性)。引起乳腺癌的因素包括饮酒、联合使用雌激素-孕激素避孕药和绝经治疗、暴露于X光和γ辐射以及生活方式因素(如：高热量饮食和缺乏运动)。体育活动与由于内源性雌激素下降、肥胖、胰岛素抵抗、瘦蛋白和炎症导致的乳腺癌风险降低25-30％相关，内源性雌激素下降、肥胖、胰岛素抵抗、瘦蛋白和炎症都与乳腺癌风险增加独立相关(Winzeretal.,2011)。少部分乳腺癌是由于高外显率乳腺癌易感基因(BRCA1和BRCA2)的遗传突变所致。几种低外显基因已经通过新一代测序技术发现，该技术应用于检查100例乳腺癌的基因组以了解体细胞拷贝数变化和蛋白质编码基因编码外显子的突变(Stephensetal.,2012)。体细胞突变数个体肿瘤之间显著不同。突变数、癌症确诊时的年龄和癌症组织学分级之间存在明显的相关性，观察到多个突变签名，包括其中一个存在于约10％的肿瘤中，其特征为在TpC二核苷酸处有胞嘧啶的许多突变。在几种新癌症基因(包括AKT2、ARID1B、CASP8、CDKN1B、MAP3K1、MAP3K13、NCOR1、SMARCD1和TBX3)中发现到驱动因子突变。在100个肿瘤中，至少40个癌基因和73个不同组合突变癌基因中存在驱动因子突变。但是，总体而言，乳腺癌发生最可能的致病基因之一TP53可能仅仅累及25％的癌症，虽然，在乳腺癌亚群(例如三阴/基底样癌症)中发挥的作用更高。大量的基因似乎涉及小百分比的肿瘤，这将给实现患者特异性靶向和个性化医疗干预的梦想带来额外的挑战。乳腺癌不是单个的疾病，在临床和形态上都具有异质性。当前的世界卫生组织乳腺肿瘤分类(第4版)确认了超过20种不同的亚型。大多数乳腺癌来自上皮细胞(癌)；这些肿瘤细分为原位和浸润性病灶。原位癌是浸润前病灶，并进一步细分为导管原位癌(DCIS)和小叶原位癌(LCIS)。DCIS和LCIS之间的区别并不是源于微解剖学位置(导管对比小叶)，而是细胞的结构和细胞学特征差异。DCIS和LCIS在乳房内的分布以及它们复发和进展为浸润癌的风险也不同。特征为“无特殊类型”的浸润癌，也称为导管癌无特殊类型或浸润性导管癌，构成浸润性乳腺癌的最大子集。该名称确认了包含不容易由表征“特殊亚型”的特定形态特征分类肿瘤的异质组。因此，这是对于不能被归为“特殊亚型”名称的所有那些肿瘤(约占70％)的默认诊断。最常见的特殊亚型包括小叶癌、管状癌、黏液癌，具有髓质和顶浆特征的癌症、微乳头和乳头状癌和化生性癌。组织学分级度量肿瘤与起源组织类似的程度，是病理报告的组成部分。目前的分级系统评估肿瘤结构分化、核多形性和增殖的三个参数程度。虽然这种半定量方法平均了许多肿瘤中存在的肿瘤内异质性，但它仍然是患者预后的有力指标。组织学分级也与组织学类型和分子改变模式(如：雌激素受体(ER)和孕酮受体(PR)表达和人表皮生长因子受体2(HER2)蛋白过度表达和基因扩增强烈相关。最近的分子和遗传学研究强调，乳腺癌是一种高度异质的疾病，其预后和对治疗的反应不同。增加对构成不同乳腺癌亚型的分子途径和遗传改变的理解可带来更有靶向性和个性化的乳腺癌治疗方法。乳腺癌患者的标准治疗取决于不同的参数：肿瘤分期、激素受体状态和HER2表达模式。标准治疗包括肿瘤手术完全切除，随后放射治疗。在切除之前或之后可能激活以蒽环类和紫杉烷类为主的化疗。在晚期阶段，额外的化疗剂(如：烷化剂、氟嘧啶、铂类似物等)可以作为单一或组合疗法应用。HER2阳性肿瘤患者除了化疗药物外，还接受抗HER2抗体曲妥单抗。血管内皮生长因子(VEGF)抑制剂贝伐单抗与紫杉醇或卡培他滨单一疗法具有协同作用。化疗对于雌激素或孕激素受体阳性肿瘤患者通常效率较低。对于这些患者，标准治疗方案包括在初始化疗后使用他莫昔芬(一线)或芳香酶抑制剂(二线)的内分泌疗法(S3-LeitlinieMammakarzinom,2012)。十多年来，基因表达谱已被应用于定义乳腺癌的分子表型，管腔A和基底样亚型被确定是五个亚型中的两个主要亚型。这种类型的分析不仅证实了乳腺癌的两个大子集–ER阳性和ER阴性乳腺癌-而且还带来了ER类别内的显著差异。使用这些基因表达数据，越来越可能分类乳腺癌、开发预后“良好”与“差”的签名，并确认对特定疗法可能有反应或可能没有反应的肿瘤(vandeVijveretal.,2002)。基于乳腺癌发展和进展的分子事件和信号通路的知识快速发展也带来越来越多的新治疗靶目标确认和针对这些靶标药物的开发。目前许多临床试验正在全球进行，以评价这些新靶向疗法在治疗乳腺癌患者中的作用。已经或正在接受评估的单药、相互组合和与传统细胞毒性剂组合的新靶向治疗包括血管生成抑制剂、酪氨酸激酶抑制剂、雷帕霉素哺乳动物靶标抑制剂(mTOR)、聚(ADP-核糖)聚合酶1(PARP1)抑制剂、胰岛素样生长因子1受体(IGF-1R)抑制剂、蛋白酶体抑制剂、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂等(PerezandSpano,2012)。这项研究的最终目标是能够根据肿瘤的特定分子特征为个体患者量身制定乳腺癌治疗。分子分析也与生存相关。一项研究使用了信使RNA(mRNA)、拷贝数变化、微小RNA和甲基化的建模(Kristensenetal.,2012)。对于所有乳腺癌，良好结果的最强预测因子是以牺牲Th2驱动的免疫为代价获得有利于高T辅助1型(Th1)/细胞毒性T淋巴细胞反应的基因标签。这些资料反映了乳腺癌是一种免疫原性肿瘤实体，原发肿瘤中不同类型的浸润免疫细胞表现出不同的预后和预测意本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种肽及其药用盐，所述肽包括选自SEQ ID No.1至SEQ ID No.43的氨基酸序列、以及与SEQ ID No.1至SEQ ID No.43具有至少88％同源性的其变体序列，其中变体肽与主要组织兼容性复合体(MHC)结合和/或诱导T细胞与该变体肽发生交叉反应，其中所述肽不是全长多肽。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.22 GB 1522667.3;2015.12.22 US 62/270,9681.一种肽及其药用盐，所述肽包括选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.43的氨基酸序列、以及与SEQIDNo.1至SEQIDNo.43具有至少88％同源性的其变体序列，其中变体肽与主要组织兼容性复合体(MHC)结合和/或诱导T细胞与该变体肽发生交叉反应，其中所述肽不是全长多肽。2.根据权利要求1所述的肽，其中所述肽有能力与MHC-I或-II类分子结合，其中所述肽与MHC结合时能够被CD4和/或CD8T细胞识别。3.根据权利要求1或2所述的肽或其变体，其中氨基酸序列包括SEQIDNo.1至SEQIDNo.43中任一个的连续氨基酸延伸区段。4.根据权利要求1至3中任一项所述的肽或其变体，其中所述肽或其变体的总长度为8至100个氨基酸、优选为8至30个氨基酸、更优选为8至16个氨基酸、最优选为该肽由或基本由SEQIDNo.1至SEQIDNo.43中任一项的氨基酸序列组成。5.根据权利要求1至4中任一项所述的肽或其变体，其中所述肽被修饰，和/或包含非肽键。6.根据权利要求1至5中任一项所述的肽或其变体，其中所述肽为融合蛋白的一部分，尤其包含HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端氨基酸。7.一种核酸，编码权利要求1至6中任一项所述的肽或其变体，其任选地连接到异源启动子序列。8.一种表达载体，表达权利要求7所述的核酸。9.一种重组宿主细胞，其包括权利要求1至6所述的肽、权利要求7所述的核酸、权利要求8所述的表达载体，其中所述宿主细胞优选为抗原提呈细胞，例如树突状细胞。10.权利要求1至6任一项中所述的肽或其变体、权利要求7中所述的核酸、权利要求8中所述的表达载体、或权利要求9所述的宿主细胞在药物中的用途。11.一种制备权利要求1至6中任一项所述的肽或其变体的方法，该方法包括培养权利要求9所述的宿主细胞，该宿主细胞提呈权利要求1至6所述的肽、或表达权利要求7所述的核酸、或载有权利要求8所述的表达载体，以及从该宿主细胞或其培养基中分离出肽或其变体。12.一种体外制备激活的T淋巴细胞的方法，该方法包括将T细胞与载有抗原的人I或II类MHC分子体外接触一段时间，该时间足以以抗原特异性的方式激活T细胞，人I或II类MHC分子在合适的抗原提呈细胞表面或人工模拟的抗原提呈细胞结构表面上表达，其中所述抗原为权利要求1至4任一项中所述的肽。13.一种激活的T淋巴细胞，由权利要求12所述的方法制成，其有选择性地识别一种细胞，该细胞提呈含权利要求1至4任一项中给定氨基酸序列的多肽。14.一种杀灭患者中靶细胞的方法，其中该靶细胞提呈含有权利要求1至4中任一项给出的氨基酸序列的多肽，所述方法包括向患者施用有效量的权利要求13所述的激活的T细胞。15.一种抗体，特别是可溶性或膜结合性抗体，其特异性地识别权利要求1至5中所述的肽或其变体，优选为与MHC分子结合时的权利要求1至5中任一项所述的肽或变体。16.权利要求1至6任一项中所述的肽、权利要求7所述的核酸、权利要求8所述的表达载体、权利要求9所述的细胞或权利要求13所述的激活的毒性T淋巴细胞或权利要求15所述的抗体在诊断和/或治疗癌症或制造抗癌药物中的用途。17.根据权利要求16所述的用途，其中所述癌症选自急性骨髓性白血病、胆管癌、脑癌、慢性淋巴细胞性白血病、结直肠癌、食管癌、胆囊癌、胃癌、肝细胞癌、梅克尔细胞癌、黑色素瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、前例腺癌、肾细胞癌、小细胞肺癌、膀胱癌、子宫癌和其他肿瘤，这些肿瘤过表达能够衍生得到SEQIDNo.1至SEQIDNo.43的肽的蛋白。18.一种试剂盒，包括：(a)容器，包含药物组合物，该药物组合物含有权利要求1至6中任一项所述的肽或变体、权利要求7所述的核酸、权利要求8所述的表达载体、权利要求10所述的细胞、权利要求13所述的激活的T淋巴细胞、或权利要求15所述的抗体，以溶液或冻干的形式；(b)任选地，第二个容器，其含有冻干剂型的稀释液或重构液；(c)任选地，至少一种以上选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.71的肽，以及(d)任选地，(i)使用溶液或(ii)重构和/或使用冻干剂型的说明书。19.根据权利要求18所述的试剂盒，进一步包括一个或多个(iii)缓冲剂，(iv)稀释剂，(v)过滤液，(vi)针，或(v)注射器。20.根据权利要求18或19所述的试剂盒，其中所述肽选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.43。21.一种用于生产个性化抗癌疫苗以用作个体患者的基于化合物的和/或细胞疗法，所述方法包括：a)识别个体患者的肿瘤样本所提呈的肿瘤相关肽(TUMAP)；b)将a)中识别的肽与已经针对免疫原性和/或在肿瘤中相对正常组织过提呈进行预先筛选的肽库进行比较；c)选择库中的与在该患者中识别的TUMAP匹配的至少一种肽；以及d)基于步骤c)生产和/或制备个性化疫苗或化合物或细胞疗法。22.根据...

【专利技术属性】
技术研发人员：安德烈·马尔，托尼·温斯切尼克，海伦·昊泽，奥利弗·施尔，延斯·弗里切，哈普瑞特·辛格，
申请(专利权)人：伊玛提克斯生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：德国,DE