【技术实现步骤摘要】
用于被成像的样品的光学畸变校正相关申请的交叉引用本申请要求于2017年3月7日提交的并且题为“OpticalDistortionCorrectionforImagedSamples”的美国临时专利申请第62/468,347号的权益,该美国临时专利申请通过引用的方式以其整体并入本文。本申请还要求于2017年5月5日提交的题为“OpticalDistortionCorrectionforImagedSamples”的荷兰专利申请第N2018852号的权益。背景用光学透镜成像的一个问题是透镜的几何形状在图像中引起不同类型的畸变。这种畸变可能包括例如放大畸变、偏斜畸变、平移畸变以及诸如桶形畸变和枕形畸变的非线性畸变。这些畸变通常在更偏离图像的中心的图像点中更明显。在沿一个方向扫描样品的平面的线扫描器中,沿被扫描的图像的垂直于扫描方向的边缘的一个维度上的畸变可能最为明显。例如,由光学系统的物镜或其他光学部件引起的像差可能引入“拉伸畸变”,由此放大倍率沿着一个轴(例如,在沿着该轴扫描线的情况下的x轴)变化。这种畸变对于具有大量(例如,数千、数百万、数十亿等)图案化斑点的底物的多周期成像是特别有害的,因为它可能使被扫描的图像上的斑点的实际位置偏移远离斑点的预期位置。这可能导致在多周期成像运行期间的数据吞吐量的下降和错误率的增加。这个问题通过图1A至图1B图示出。图1A示出了具有带荧光染料的多个样品区域的图案化目标的扫描图像的中心。在图像的中心处,没有斑点50的可检测出的畸变。图1B示出了图1A的扫描图像的右侧。在右侧,斑点50的光学畸变变得明显。概述本文中所公开的示例涉及 ...
【技术保护点】
1.一种方法,包括:对包括多个斑点的图案化样品执行第一成像周期;将在所述第一成像周期期间生成的第一组成像数据划分成第一多个成像数据子集,所述第一多个成像数据子集中的每个成像数据子集对应于所述图案化样品的相应区域,所述图案化样品的相应区域中的每个区域包括多个斑点;针对所述第一多个成像数据子集中的每个成像数据子集计算一组图像畸变校正系数;对所述图案化样品执行第二成像周期以生成第二组成像数据;以及将在所述第二成像周期期间生成的所述第二组成像数据划分为第二多个成像数据子集,所述第二多个成像数据子集中的每个成像数据子集与所述第一多个成像数据子集中的一个成像数据子集对应于所述图案化样品的相同的相应区域;以及针对所述第二多个成像数据子集中的每个成像数据子集,应用针对所述第一多个成像数据子集中的对应于所述图案化样品的相同的相应区域的一个成像数据子集所计算出的畸变校正系数。
【技术特征摘要】
2017.05.05 NL N2018852;2017.03.07 US 62/468,3471.一种方法,包括:对包括多个斑点的图案化样品执行第一成像周期;将在所述第一成像周期期间生成的第一组成像数据划分成第一多个成像数据子集,所述第一多个成像数据子集中的每个成像数据子集对应于所述图案化样品的相应区域,所述图案化样品的相应区域中的每个区域包括多个斑点;针对所述第一多个成像数据子集中的每个成像数据子集计算一组图像畸变校正系数;对所述图案化样品执行第二成像周期以生成第二组成像数据;以及将在所述第二成像周期期间生成的所述第二组成像数据划分为第二多个成像数据子集,所述第二多个成像数据子集中的每个成像数据子集与所述第一多个成像数据子集中的一个成像数据子集对应于所述图案化样品的相同的相应区域;以及针对所述第二多个成像数据子集中的每个成像数据子集,应用针对所述第一多个成像数据子集中的对应于所述图案化样品的相同的相应区域的一个成像数据子集所计算出的畸变校正系数。2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述图案化样品的所述多个斑点中的每个斑点包括荧光标记的核酸,其中,所述第一成像周期是第一测序周期,并且其中,所述第二成像周期是第二测序周期。3.根据权利要求1所述的方法,其中,所述第一组成像数据和所述第二组成像数据每个各自包括第一颜色通道的成像数据和第二颜色通道的成像数据,并且其中,针对所述第一多个成像数据子集中的每个成像数据子集计算一组图像畸变校正系数包括针对每个成像数据子集的每个颜色通道确定一组畸变校正系数。4.根据权利要求1所述的方法,其中,针对所述第一多个成像数据子集中的每个成像数据子集计算一组图像畸变校正系数包括:估计所述成像数据子集的仿射变换;锐化所述成像数据子集;以及迭代地搜索用于所述成像数据子集的最佳畸变校正系数组。5.根据权利要求4所述的方法,其中,迭代地搜索用于所述成像数据子集的最佳畸变校正系数组包括:在所述搜索的每次迭代期间应用所估计出的仿射变换。6.根据权利要求4所述的方法,其中,至少使用所述样品上的基准的位置来划分所述第一组成像数据和所述第二组成像数据,并且其中,使用所述基准估计用于所述第一多个成像数据子集中的每个成像数据子集的仿射变换。7.一种用于校正包括多个斑点的图案化样品的图像中的光学畸变的方法,包括:估计所述图像的仿射变换;锐化所述图像;以及迭代地搜索用于经锐化的图像的最佳畸变校正系数组,其中,迭代地搜索用于经锐化的图像的最佳畸变校正系数组包括计算所述图像中的多个斑点位置的平均纯净度,并且其中,在所述搜索的每次迭代期间应用所估计出的仿射变换。8.根据权利要求7所述的方法,其中,所述图像包括与第一颜色通道相对应的第一图像数据集和与第二颜色通道相对应的第二图像数据集,并且其中,估计所述仿射变换和锐化所述图像的操作被应用于所述第一图像数据集和所述第二图像数据集中的每一个。9.根据权利要求7所述的方法,其中,迭代地搜索用于经锐化的图像的最佳畸变校正系数组包括:为所述图像生成一组光学畸变校正系数;...
【专利技术属性】
技术研发人员:罗伯特·兰洛伊斯,保罗·贝利茨,
申请(专利权)人:伊鲁米那股份有限公司,
类型:发明
国别省市:美国,US
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