一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物及方法技术

本发明专利技术公开了一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物及方法，属于植物分子生物学领域。本发明专利技术基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物的序列如SEQ ID NO.1‑2所示。本发明专利技术方法包括如下步骤：提取待检样品的DNA，使用序列如SEQ ID NO.1‑2所示的引物进行PCR扩增，扩增产物进行电泳，若400bp处有特异条带，则判断所鉴定样品是黄州萝卜。本发明专利技术首次开发出适用于黄州萝卜特征与纯度检测的SSR分子标记，大大提高了鉴定黄州萝卜的速度和准确性。

A primer and method for identification of radish in Huangzhou based on SSR markers

The invention discloses a primer and a method for identifying Huangzhou radish based on SSR marker, belonging to the field of plant molecular biology. The invention is based on SSR markers for identifying primers of Huangzhou radish, as shown in SEQ ID NO.1 2. The method of the invention comprises the following steps: extracting the DNA of the sample to be tested, amplifying the amplified product by PCR using the primers as shown in SEQ ID NO.1_2, and electrophoresis. If there is a specific band at 400 bp, the identified sample is Huangzhou radish. The SSR molecular marker suitable for the detection of the characteristics and purity of Huangzhou radish is developed for the first time, which greatly improves the speed and accuracy of identifying Huangzhou radish.

【技术实现步骤摘要】
一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物及方法
本专利技术属于植物分子生物学领域，具体涉及一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物及方法。
技术介绍
“黄州萝卜”是中国湖北省黄冈市黄州区具有地方特色的农家品种，有着悠久的种植历史。黄州萝卜以品质好、产量高而著称，尤其是品质：肉质紧密嫩脆，水分中等，生食味稍甜，熟食味鲜美，久煮不绵，回锅不烂。素有“生食甜，熟食香，腌食脆，冬藏春吃更有味”的美称。据华中农业大学刘砾善测定，黄州萝卜每100g可食部分含维生素C23mg，赖氨酸含量为一般白萝卜的2.5倍。1959年，“黄州萝卜”被选送到北京参加国庆10周年农展馆的展览并获奖，1992年又被选入湖北省名、特、优、新农产品开发项目库，成为湖北省具有开发前景的名优农产品资源之一。2008年8月，“黄州萝卜”正式成为国家地理标志保护产品。黄冈积极系列开发“黄州萝卜”，种子的提纯复壮成效显著，种植面积不断扩大，在黄冈市康尔达食品有限公司的带动下，黄州萝卜生产企业和农户要加大产品的深加工，以提高黄州萝卜的附加值，达到增加经济产出、提高经济效益的目标。“黄州萝卜”作为优秀的黄冈地方品种得到广泛推广，市场影响力日益增强。近年来该传统品种出现纯度下降甚至是品种自交退化等不良现象，因此提高和加强“黄州萝卜”纯度及生活力等任务迫在眉睫，对其开展提纯扶状工作尤为紧迫。目前还没有用于鉴定黄州萝卜品种的SSR分子标记，SSR分子标记可分析探讨供试材料的遗传多样性，筛选“黄州萝卜”特异性分子标记，可为“黄州萝卜”提纯扶壮工作提供有利工具。
技术实现思路
本专利技术的目的在于解决现有技术存在的问题，提供一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物及方法。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物，其序列如下所示：R112-F：ttggggagcaagaaaaagaa，R112-R：agttctctcctcagcgcaac。上述引物在鉴定黄州萝卜中的应用。一种鉴定黄州萝卜的方法，包括如下步骤：提取待检样品的DNA，使用上述引物进行PCR扩增，扩增产物进行电泳，若400bp处有特异条带，则判断所鉴定样品是黄州萝卜。该方法中所扩增出的400bp条带的序列即为用于鉴定黄州萝卜的SSR分子标记。本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：(1)首次开发出适用于黄州萝卜特征与纯度检测的SSR分子标记；(2)目前能在夏抗萝卜、红宝萝卜和黄州萝卜及其它红皮、白皮萝卜等中快速检测出黄州萝卜；(3)较形态学鉴定方法准确性大大提高。具体实施方式以下实施例用于进一步说明本专利技术，但不应理解为对本专利技术的限制。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。实施例1(1)DNA的提取：将黄州萝卜的种子放置在25℃恒温培养箱3天，待种子子叶长出后取子叶100mg叶片，提取萝卜子叶的总基因组DNA，之后用1％的琼脂糖凝胶电泳及紫外分光光度计分别检测总DNA纯度和含量。(2)引物初步筛选：根据萝卜的SSR重复片段设计引物，以提取的基因组DNA为模板，使用所设计引物分别进行PCR扩增。PCR体系为：12.5μLPCRMastermix(ThermoScientificTM)、0.5μLDNA、上下游引物各1μL、10μL双蒸水。反应程序为：94℃模板预变性5min；94℃预变性30s，55-60℃退火30s，72℃延伸30s，40个循环；最后72℃延伸10min。PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，电泳时以600bp的DNAMarker(含有100、200、300、400、500、600bp)为对照，筛选100bp-300bp之间有清晰明显条带的引物。共筛选到25对引物，所筛选引物具体见表1。表1引物序列(3)黄州萝卜鉴定引物的筛选提取不同品种萝卜(包括黄州萝卜、南畔洲萝卜、南乡萝卜、夏抗40天、双红萝卜、红宝、短叶-13、七叶红、红庙萝卜、春白一号、脉地湾萝卜、武青一号等)的基因组DNA，分别使用上述25对引物进行PCR扩增，扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，结果显示R102和R112引物能够特异性鉴定所检测样品是否为黄州萝卜。具体情况如下：R102引物扩增结果：通过PAGE检测PCR扩增条带在黄州萝卜与其它萝卜之间的差异，唯有黄州萝卜扩增出227bp的特异条带，而其它萝卜在227bp处均没有扩增出任何条带，因此R102标记可作为鉴定出黄州萝卜的特异标记。进一步测序，结果显示该227bp特异条带序列如SEQIDNO.1所示。R112引物扩增结果：通过PAGE检测PCR扩增条带在黄州萝卜与其它萝卜之间的差异，上述萝卜都能够扩增出251bp的条带，但唯有黄州萝卜在400bp处扩增出不同于其它萝卜的特异条带，其它萝卜在400bp处均没扩增出任何条带，因此R112标记可作为鉴定出黄州萝卜的特异标记。上述内容表明R102和R112标记可开发为鉴定黄州萝卜特征与纯度的SSR分子标记，R102和R112引物对可用于鉴定黄州萝卜。上述实施例为本专利技术较佳的实施方式，但本专利技术的实施方式并不受上述实施例的限制，其他的任何未背离本专利技术的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本专利技术的保护范围之内。序列表<110>黄冈师范学院<120>一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物及方法<160>2<170>SIPOSequenceListing1.0<210>1<211>20<212>DNA<213>人工序列(ArtificialSequence)<400>1ttggggagcaagaaaaagaa20<210>2<211>20<212>DNA<213>人工序列(ArtificialSequence)<400>2agttctctcctcagcgcaac20本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物，其特征在于：所述引物的序列如下所示：F：ttggggagcaagaaaaagaa，R：agttctctcctcagcgcaac。

【技术特征摘要】
1.一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物，其特征在于：所述引物的序列如下所示：F：ttggggagcaagaaaaagaa，R：agttctctcctcagcgcaac。2.权利要求1所述的引物在鉴定黄...

【专利技术属性】
技术研发人员：李世升，向福，李竟才，项俊，方元平，陈娟，
申请(专利权)人：黄冈师范学院，
类型：发明
国别省市：湖北,42