与母猪肢蹄骨密度相关的FAM131C基因的SNP分子标记制造技术

本发明专利技术属于动物分子标记筛选领域，具体涉及与母猪肢蹄骨密度相关的FAM131C基因的SNP分子标记。通过基因分型技术并参阅Ensembl数据库，得到登录号为ASGA0099279基因上下游100bp序列的FAM131C基因片段，序列如SEQ ID NO:1所示。利用基因芯片技术对FAM131C基因进行分型，筛选到与母猪肢蹄骨密度相关的标记，其序列如SEQ ID NO：1所示，上述序列的第101位碱基处的R是C或T，导致核苷酸序列的多态性。可作为检测与猪骨密度相关的分子标记，当SEQ ID NO：1上的第101位核苷酸为C时，则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明专利技术为猪骨密度的标记辅助选择提供了新的SNP标记。

SNP molecular marker of FAM131C gene related to sore bone density in sows

The invention belongs to the field of animal molecular marker screening, in particular to the SNP molecular marker of FAM131C gene related to the bone mineral density of the limbs and hooves of sows. By genotyping and referring to Ensembl database, the FAM131C gene fragment with the login number of ASGA0099279 was obtained. The sequence was shown as SEQ ID NO:1. The FAM131C gene was typed by microarray and the markers related to the bone mineral density of the limbs and hooves of sows were screened. The sequence of the markers was shown as SEQ ID NO:1. The R at the 101 base of the above sequence was C or T, which resulted in the polymorphism of the nucleotide sequence. As a molecular marker related to porcine bone mineral density, when the 101st nucleotide on SEQ ID NO:1 was C, the limbs and hooves of sows had higher bone mineral density. The present invention provides a new SNP marker for marker assisted selection of bone density in pigs.

【技术实现步骤摘要】
与母猪肢蹄骨密度相关的FAM131C基因的SNP分子标记
本专利技术属于动物分子标记筛选
，具体涉及一种与母猪肢蹄骨密度相关的FAM131C基因的SNP分子标记。本专利技术的分子标记可用于猪肢蹄骨密度性状的检测。
技术介绍
我国是猪肉消费大国，生猪产业是我国国民经济的重要组成部分，为了提高我国的生猪生产水平，满足国内日益增长的对瘦肉的需求，每年从国外引进大量的杜洛克、长白、大白等瘦肉型种猪。在我国的集约化饲养环境下，这些猪往往容易发生肢蹄病，跛行甚至瘫痪，造成种猪的提前淘汰。母猪患肢蹄病会延迟发情或影响发情症状表现，延长空怀时间，分娩母猪患肢蹄病会导致产程延长、产仔无力、提高难产率、产后无乳等(刘瑞玲，2011)，肢蹄病成为制约我国生猪生产的一大障碍，肢蹄病的发病率高，据明尼苏达大学的一项研究表明，184头母猪中仅有3.8％的个体不存在任何肢蹄损伤(李宇晓等，2009)，肢蹄病是母猪被淘汰的第二大原因(刘永祥等，2011)，前两胎母猪因肢蹄病淘汰的比例高达27％(Lahrmann等，2003)。国内规模化猪场肢蹄病发生率约为5％-35％(于永军，2015)，发病猪群母猪死亡率可能超过5％(张佳译，2010)，由于母猪肢蹄病导致的母猪提前淘汰或死亡，给猪场带来巨大的经济损失。骨密度，是指单位体积骨矿物密度的大小，可以反映骨的柔韧度，单位为g/cm3，目前主要有定量CT(Q-CT)、X-双能射线和超声波技术测定方法(Scholz等，2015)。骨密度是人类骨质疏松症的主要诊断指标，占70-80％的参考比例(王洪复等，2003)，同时骨关节炎(OA)、类风湿性关节炎(RA)也表现为骨密度低于正常组(赵鉴非，2003)。猪肢蹄结实度一般用肢蹄评分、步态评分、腿型评分、骨矿物含量和骨矿物密度、软骨病评分、关节面软骨评分以及肱二头肌长度等来度量(侯丽娟等，2013)，相比之下，骨密度是有通过仪器测量所得，且可活体无损测量，较其他评定依据更科学、客观。再者，骨密度受基因调控，据报道SMAD3基因中的内含子变体在骨重塑和软骨中发挥作用，是骨关节炎和骨密度的生物学相关性的基因(Hackinger等，2017)。在种猪选育过程中，如果能将骨密度作为一个育种指标，选育高产且骨密度高的种猪，提高种猪生产效率的同时增加其肢蹄结实度，就可以增加优良种猪使用年限、降低因肢蹄病造成的大量母猪淘汰，对降低母猪的淘汰率、降低母猪生产成本具有重要意义。本专利技术中发现的SNP与猪肢蹄骨密度性状的相关性达到了显著水平，为家猪肢蹄结实度性状的研究提供了新的遗传资源。
技术实现思路
本专利技术的目的在于完善家猪抗病育种分子标记，利用GeneSeekPorcine50KSNP芯片对SNP进行分型，并使用全基因组关联分析(简称GWAS)筛选与母猪肢蹄相关的SNP标记，为猪的抗病育种提供新的分子标记资源。本专利技术的技术方案如下所述：申请人通过基因分型技术并参阅Ensembl数据库，得到包括登录号为ASGA0099279基因上下游100bp的核苷酸序列的FAM131C基因片段，其序核苷酸列如SEQIDNO:1所示。具体为：TGTCAGAGAAACAGAGAAGGATCTCTGGGGAGCGTGGGCACTGATTTAACCGGAGGCTGGTGACTTTCCCCAGCAACGTGCAGCTCTGAGGGTTCAGGCAR(C/T)GAAGCAGGTGGAGGGTTGAGAGGGTCAAGGGCATCCGCAAAGGAGAGCTTGTAGGATACAAGTGGGAATGGCTGGCCCATCTGCCTGTGACTAATTCTAG，上述序列的第101位碱基处的R是C或T的基因突变,该突变使SEQIDNO：1序列产生了多态性。该分子标记可以作为检测与猪骨密度相关的分子标记，当SEQIDNO：1上的第101位核苷酸为C时，则判定母猪的肢蹄具有更高的骨密度。申请人提供了一种筛选猪骨密度性状相关SNP分子标记的方法，所述的方法包括如下步骤：①按常规方法提取猪耳朵基因组DNA，并对DNA进行质量检测。②利用基因芯片技术(美国GeneSeekPorcine50KSNP芯片，具体步骤见说明书文末)进行分型。③采用基于单标记关联回归模型的方法，以个体性别作为固定效应，在利用R统计环境下的enABEL软件包进行GWAS分析。回归模型如下：Y＝Xb+Sa+Zu+e，其中Y代表“表型值向量”(thevectorofphenotypes)；b代表“固定效应(包括性别)的估计值及表型值均值μ”；α代表“SNP的替换效应”；u代表“随机加性遗传效应”；服从多维正态分布，u～N(0,Gσα2)，G表示基因组相似度矩阵(基于SNP标记)，G表示多基因加性方差(通过此进行遗传力的估计)；X、S、Z分别为b、α、u的关联矩阵(incidencematrix)；e代表“残差向量”(avectorofresidualerrors)，服从正态分布，e～N(0,Iσe2)，表示残差方差。本专利技术筛选的分子标记可用于非诊断目的的对猪肢蹄骨密度相关基因的基因型或与猪肢蹄性状中的骨密度之间的关联分析中，为猪骨密度性状的分子标记辅助选择提供了一个新的分子标记资源。与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：本专利技术可通过在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，作为非诊断目的的评价猪的肢蹄结实度，与目前的PCR-RFLP等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。更详细的技术方案请参见说明书的《附图说明》及《具体实施方式》中的实施例。附图说明序列表SEQIDNO：1是本专利技术克隆的包括登录号为ASGA0099279基因上下游100bp核苷酸序列的FAM131C基因片段，该片段是本专利技术筛选的分子标记，其核苷酸序列长度为201bp，该序列的101位碱基处的R存在一个C/T等位基因突变。图1：本专利技术的总体技术流程示意图。图2：是本专利技术克隆的包括登录号ASGA0099279基因上下游100bp核苷酸序列的FAM131C基因片段(即，本专利技术筛选的分子标记的核苷酸序列)。附图标记说明：在图2中显示核苷酸序列的第101位碱基处存在一个C/T等位基因突变(101bp处的英文字母“R”为突变位点)。图3：是本专利技术的曼哈顿图。附图标记说明：黑色圆圈及箭头指向标记的为本专利技术筛选的分子标记，该标记位于猪第6号染色体上。具体实施方式实施例1：猪基因分型检测(1)利用试剂盒法提取骨密度相关群体的耳朵组织DNA本实施例的试剂盒采用TIANampGenomicDNAKit血液/细胞/组织基因组DNA提取离心柱型试剂盒，由天根生化科技(北京)有限公司生产。具体步骤为：1)将骨密度相关群体(品种为大白猪和长白猪，实施本专利技术并不限于上述品种，该群体由广西扬翔股份有限公司提供)的耳样组织，用眼科剪剪碎至糊状，加入200ulGA(上述试剂盒自带)，并震荡混匀；然后放入56℃水浴锅中消化过夜。2)将消化后的组织样加入200ul缓冲液GB(上述试剂盒自带)，充分颠倒混匀，并70℃放置10分钟，溶液应变清亮，简短离心以去除管壁上的水珠。3)加入200ul无水乙醇，充分震荡混匀15秒，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管壁上的水珠。4)将上一步所得本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示:TGTCAGAGAAACAGAGAAGGATCTCTGGGGAGCGTGGGCACTGATTTAACCGGAGGCTGGTGACTTTCCCCAGCAACGTGCAGCTCTGAGGGTTCAGGCAR(C/T)GAAGCAGGTGGAGGGTTGAGAGGGTCAAGGGCATCCGCAAAGGAGAGCTTGTAGGATACAAGTGGGAATGGCTGGCCCATCTGCCTGTGACTAATTCTAG，上述序列101位碱基处的R是C或T，导致上述序列多态性。

【技术特征摘要】
1.一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示:TGTCAGAGAAACAGAGAAGGATCTCTGGGGAGCGTGGGCACTGATTTAACCGGAGGCTGGTGACTTTCCCCAGCAACGTGCAGCTCTGAGGGTTCAGGCAR(C/T)GAAGC...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘向东，王梦芬，叶灯灯，尹立林，赵书红，李新云，张从林，刘小磊，马官军，唐振双，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42