一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒及方法技术

本发明专利技术涉及一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒，其包括用于检测86个SNP位点的引物组中的部分或全部。本发明专利技术的试剂盒利用最多仅86个SNP位点即可实现产前无创亲子鉴定，使用本发明专利技术的试剂盒和检测方法可进行高灵敏度、高通量、低成本，仅需5M数据即可获得平均2万乘深度的序列，在出生前检测亲缘关系，做到无创、早期检查，并且准确度超过99.99％，亲缘关系非常近的家系中也能很好的区分。

A kit and method for prenatal noninvasive paternity testing

The invention relates to a kit for prenatal noninvasive paternity testing, which comprises some or all of the primer groups used to detect 86 SNP loci. The kit of the invention can realize prenatal noninvasive paternity identification by using only 86 SNP loci. The kit and detection method of the invention can be used for high sensitivity, high throughput and low cost. The average 20 thousand multiplying depth can be obtained by only 5M data, and the relationship is detected before birth without invasive and early inspection. And the accuracy is more than 99.99%, and families with close relatives can also distinguish well.

【技术实现步骤摘要】
一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒及方法
本专利技术涉及亲缘关系鉴定领域，更特别地，涉及一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒及方法。
技术介绍
亲权鉴定是指通过检测与分析一系列多态性遗传标记来判定父母与子女之间是否存在生物学亲缘关系。现代亲权鉴定的方法采用DNA分析，主要是应用第二代遗传标记——短串联重复序列(STR)分型技术，即通过对DNA样品进行15-20个STRs的检测、分型和统计而达到计算出亲权概率的目的，若有3个及以上STR位点不同，可排除亲子关系。然而，在近20年的应用中，人们发现STR分型技术中由于不同等位基因的序列长度相似，区分和判型具有一定的困难，一般每个PCR反应的判型错误率可达1％-5％(Boninetal.2004；Welleretal.2004)，判型错误会直接影响亲子鉴定的准确性和可重复性。单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上，特定核苷酸位置上存在两种或两种以上不同的碱基，引起DNA系列的多态性，其中任何一种等位基因在群体中的频率不小于1％，已成为继限制性酶切片段长度多态(RFLP)和STR多态标记后的第三代分子遗传标记。在遗传制图、连锁性分析、疾病基因定位和物种多态性研究等诸多领域中，SNP已经逐渐取代STR，成为首选的遗传标记。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)是第三代遗传学标记，这种遗传标记是由于单碱基突变使特定核苷酸位置上出现两种碱基，其中最少的一种在群体中的频率不少于1％。SNP的分布密集，如果以1％的频率计算，在人基因组中就有300万个以上的SNP遗传标记，这可能达到了人类基因组多态位点数目的极限，因此被认为是应用前景最好的遗传标记物。在医学遗传学、群体遗传学和药物基因组学中有广泛的应用。在法医物证检验中，也由于SNP的含量丰富、遗传稳定，而引起了高度重视。1997年，Lo等人研究证实，在孕妇的血浆中含有胎儿游离DNA(cell-freefetalDNA，cffDNA)，为无创胎儿亲子鉴定技术提供了依据。胎儿游离DNA特点：A.含量低，每毫升血浆中游离DNA为纳克(10-9g)级，其中胎儿游离DNA仅占血浆游离DNA总量的5％-30％；B.片断化,胎儿游离DNA片断被降解，大小从75bp-250bp不等，平均为166bp。C.半衰期短,分娩后母体静脉血中胎儿游离DNA在2小时左右快速降解小时。现在的无创胎儿亲子鉴定技术选取SNP位点进行检测，使用液相交捕获的方法富集几千到上万个SNP位点，通过高通量测序进行基因分型，最后根据孟德尔遗传规律判断父母与子女之间是否存在亲子关系，该方法最终筛选过滤后的有效位点非常少，准确度也存在一定的问题，所以需要庞大的位点去做评估，该方法建库成本跟测序成本都非常高、信息分析上也是个挑战。对于有效SNP位点的选择可省去不必要的试剂和人工，去除杂乱的信息分析背景噪音。因此，需要一种新的用于无创亲子鉴定的试剂盒和检测方法，使用有效少量的SNP位点即可提供用于判断的信息。
技术实现思路
为解决以上问题，本专利技术提供了一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒，其包括用于检测86个SNP位点中的部分或全部的引物组，所述86个SNP位点为：rs1005323、rs12467794、rs2726588、rs10078204、rs12471813、rs27419、rs10133452、rs12895416、rs2774504、rs1015665、rs1292067、rs2917539、rs1018078、rs12959775、rs3018843、rs1036963、rs13026592、rs347001、rs10438055、rs13437093、rs4131354、rs10745266、rs1360864、rs4383040、rs10756626、rs1531500、rs4681878、rs10807347、rs1559497、rs4740053、rs10823547、rs1565691、rs4798343、rs10863776、rs1608962、rs4915564、rs11139320、rs1652603、rs6054870、rs11151684、rs17131659、rs631948、rs11224705、rs1824965、rs6446700、rs11238130、rs1996872、rs6472054、rs11973256、rs2000546、rs6554565、rs12319069、rs2026522、rs6800661、rs12440533、rs221899、rs6810046、rs12457304、rs224045、rs6901432、rs7208337、rs2324562、rs7046039、rs7212373、rs264949、rs7169403、rs7237823、rs2666504、rs9289628、rs744536、rs8079416、rs9310661、rs7448547、rs8086877、rs9469597、rs7593080、rs846212、rs947098、rs7624209、rs853805、rs984176、rs7968494、rs864674、rs7310727、rs6957316、rs4667590。在一个优选实施方案中，所述引物组的序列如SEQIDNO:1-172所示，其中SEQIDNO:2n-1与SEQIDNO:2n构成一对引物。在一个优选实施方案中，所述试剂盒还包括用于富集DNA的试剂组，所述用于富集DNA的试剂组包括接头和通用扩增引物。在一个优选实施方案中，所述接头的序列为SEQIDNO:173和174，或者SEQIDNO:175和176，或其组合。在一个优选实施方案中，所述通用扩增引物的序列为SEQIDNO:177和178，或者SEQIDNO:179和180，或其组合。在一个优选实施方案中，所述试剂盒还包括环化连接辅助序列Helper。在一个优选实施方案中，所述接头的序列为SEQIDNO:173和174，所述环化连接辅助序列Helper的序列如SEQIDNO:181所示；或者所述接头的序列为SEQIDNO:175和176，所述环化连接辅助序列Helper的序列如SEQIDNO:182所示。在一个优选实施方案中，所述试剂盒还包括用于BarcodePCR扩增的试剂组，所述用于BarcodePCR扩增的试剂组包括第二通用引物和index。在一个优选实施方案中，所述第二通用引物的序列如SEQIDNO:183所示，所述index的序列为SEQIDNO:184-195。本专利技术还提供了一种用于产前无创亲子鉴定的方法，包括使用上述试剂盒进行检测，并将检测结果进行高通量分析。本专利技术的试剂盒利用仅86个SNP位点即可实现产前无创亲子鉴定，使用本专利技术的试剂盒和检测方法可进行高灵敏度、高通量、低成本，仅需5M数据即可获得平均2万乘深度的序列，在出生前检测亲缘关系，做到无创、早期检查，并且准确度超过99.99％，亲缘关系非常近的家系中也能很好的区分。附图说明图1为Caliper检测Gel图；图2为Caliper检测片段分布图；图3为CPI分布图。具体实施方式以下结合实例对本本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒，其特征在于，包括用于检测86个SNP位点中的部分或全部的引物组，所述86个SNP位点为：rs1005323、rs12467794、rs2726588、rs10078204、rs12471813、rs27419、rs10133452、rs12895416、rs2774504、rs1015665、rs1292067、rs2917539、rs1018078、rs12959775、rs3018843、rs1036963、rs13026592、rs347001、rs10438055、rs13437093、rs4131354、rs10745266、rs1360864、rs4383040、rs10756626、rs1531500、rs4681878、rs10807347、rs1559497、rs4740053、rs10823547、rs1565691、rs4798343、rs10863776、rs1608962、rs4915564、rs11139320、rs1652603、rs6054870、rs11151684、rs17131659、rs631948、rs11224705、rs1824965、rs6446700、rs11238130、rs1996872、rs6472054、rs11973256、rs2000546、rs6554565、rs12319069、rs2026522、rs6800661、rs12440533、rs221899、rs6810046、rs12457304、rs224045、rs6901432、rs7208337、rs2324562、rs7046039、rs7212373、rs264949、rs7169403、rs7237823、rs2666504、rs9289628、rs744536、rs8079416、rs9310661、rs7448547、rs8086877、rs9469597、rs7593080、rs846212、rs947098、rs7624209、rs853805、rs984176、rs7968494、rs864674、rs7310727、rs6957316、rs4667590。...

【技术特征摘要】
1.一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒，其特征在于，包括用于检测86个SNP位点中的部分或全部的引物组，所述86个SNP位点为：rs1005323、rs12467794、rs2726588、rs10078204、rs12471813、rs27419、rs10133452、rs12895416、rs2774504、rs1015665、rs1292067、rs2917539、rs1018078、rs12959775、rs3018843、rs1036963、rs13026592、rs347001、rs10438055、rs13437093、rs4131354、rs10745266、rs1360864、rs4383040、rs10756626、rs1531500、rs4681878、rs10807347、rs1559497、rs4740053、rs10823547、rs1565691、rs4798343、rs10863776、rs1608962、rs4915564、rs11139320、rs1652603、rs6054870、rs11151684、rs17131659、rs631948、rs11224705、rs1824965、rs6446700、rs11238130、rs1996872、rs6472054、rs11973256、rs2000546、rs6554565、rs12319069、rs2026522、rs6800661、rs12440533、rs221899、rs6810046、rs12457304、rs224045、rs6901432、rs7208337、rs2324562、rs7046039、rs7212373、rs264949、rs7169403、rs7237823、rs2666504、rs9289628、rs744536、rs8079416、rs9310661、rs7448547、r...

【专利技术属性】
技术研发人员：王龙，罗喜鹏，李金良，张青，李佩，王煜，
申请(专利权)人：湖南优品司生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：湖南,43