一种基于信息SNP集及其引物的核酸质谱亲权鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一种基于信息SNP集及其引物的核酸质谱亲权鉴定方法，该方法中使用的信息SNP集是基于40个人群的数据分析，具有较高的杂合率>0.4，群体遗传指数Fst<0.06，和较低的突变频率<0.01％，随机人群匹配率<10

【技术实现步骤摘要】
一种基于信息SNP集及其引物的核酸质谱亲权鉴定方法
本专利技术涉及使用核酸质谱检测信息SNP标记进行人类亲权鉴定的检测体系，具体涉及30个信息SNP标记组合以及引物序列和亲权鉴定方法。
技术介绍
亲权鉴定(ParentageTesting)是通过对人类遗传标记的检测，根据遗传规律分析，对个体之间血缘关系的鉴定。现代亲权鉴定的方法采用DNA分析，目前主要基于毛细管电泳技术(CapillaryElectrophoresis，CE)的PCR-STR复合荧光扩增检测，它是应用第二代遗传标记短串联重复序列(STR)分型技术，即通过对DNA样品进行15-20个STRs的检测、分型和统计而达到计算出亲权概率的目的。STR基因座由于多态性高、信息量大、分布广泛且遵循孟德尔共显性遗传等优点被认为是法医DNA鉴定中通用性最高的遗传标记。然而，随着STR基因座在法医鉴定中的广泛应用，其缺陷也越来越凸显，如：STR基因座的高突变率为亲权鉴定的结果解释带来困扰；PCR扩增不易实现对降解的DNA分型；STR的数量限制不利于复杂亲缘关系的鉴定。另外，由于STR不同等位基因的序列长度相似，这样会导致判型错误率高达1％-5％，这将直接影响亲权鉴定结果判读。SNP(SingleNucleotidePolymorphism，单核苷酸多态性)作为继STR后的第三代遗传标记越来越多地受到人们的关注，目前SNP分型技术应用在分子诊断、临床检验、法医学、遗传疾病研究、指导个体化用药和新药研发等多方面，并已逐渐取代STR，成为首选的遗传标记，因其具有分布广泛、数量丰富、遗传稳定、高通量、检测快速准确等其他标记无法比拟的优势，特别对于降解样本，比STR具有更好的识别率，因此在亲子鉴定领域中成为新兴热门的鉴定方法。随着测序技术发展以及考察人群规模增加，基因组中SNP分辨率也越来越高。研究发现，基因组内有一些信息SNP(也可以称为标签SNP)，它能代表其他的SNP，所以，无需对基因组中所有SNP位点做基因分析，只要对信息SNP位点进行识别，就可以区分出个体中其他位点上的基因型，这些位点被称为信息SNP位点或标签SNP。研究发现：相毗邻的多个SNPs之间倾向于以一个稳定的模式遗传给后代，而位于同一条染色体的某区域内多个SNP位点的组合模式被定义为单体型。理论上，单体型中存在信息SNP和大量的非信息SNP，只需对信息SNP位点进行识别，就可以知道单体型上其他普通SNPs基因型。因此在做基因分型时不需要对所有的SNP位点进行分型。全基因组中的一千万个普通SNPs所携带的遗传信息可被少数信息SNP所替代。因此选取信息SNP位点集合，可包含较多的SNP信息，解决了因SNP数量少而信息量不足的问题，且扩增产物长度可控制在200bp以内，容易实现多重PCR扩增。在选择信息SNPs时，筛选原则是：较高的杂合率和较低的人群变异。群体遗传学指数Fst作为一个人群等位基因变异的衡量标准。选择SNPs最终的平均杂合率&gt;0.45，Fst&lt;0.06，且两个SNP之间的平均距离超过37.5Mb，这也有利于后期核酸质谱检测引物的设计。核酸质谱分析系统，可用于快速分析核酸样本，其通量能够满足较灵活检测量的需求，快速出结果、具有低成本检测几百个基因突变的能力。该系统推出后，广泛用于SNP基因型分析和DNA甲基化分析。
技术实现思路
为了克服现有技术的上述不足，本专利技术的目的是针对信息SNP集高通量、信息量大的优点，建立一套可用于人类亲权鉴定的核酸质谱检测信息SNP集及其多重PCR引物组，并建立简便、准确的基于核酸质谱检测信息SNP集的亲权鉴定方法。为达到上述目的，本专利技术的技术方案提供一种人类亲权鉴定的核酸质谱检测信息SNP集，其包含30个信息SNP标记，本专利技术的30个信息SNP集是基于40个人群的数据分析，具有较高的杂合率＞0.4，群体遗传指数Fst＜0.06，和较低的突变频率＜0.01％，随机人群匹配率＜10-15，且两个SNP之间的平均距离超过37.5Mb，适合个体身份识别和亲子鉴定。本专利技术提出的30个信息SNP标记、位置、Fst指数及其平均杂合率如表1所示。表130个信息SNP位点信息SNP染色体染色体区带位置Fst指数平均杂合率rs5606811q23.3157，599，7430.0350.434rs75203861p3613，900，7080.0450.477rs129974532q31.3182，238，7650.0480.475rs64447243q29194，690，0820.0450.468rs2798444p1246，170，5830.030.485rs68112384q32.3170，038，3450.0310.485rs131348624q21.176，783，0750.0540.471rs131828835q31136，661，2370.0330.471rs3388825qter178，623，3310.0560.454rs3157915q35169，668，4980.0580.449rs13588566q22123，936，6770.0420.473rs13360716q16.194，593，9760.0450.472rs132184406p24.112，167，9400.0470.468rs22729986q24.3148，803，1490.0470.445rs2149556q25152，789，8200.0490.456rs25031076q22.3127，505，0690.0580.471rs10190297p2213，667，5160.0450.472rs100924918p2128，466，9910.0390.456rs74059810q26118，496，8890.040.463rs141005910q24.397，162，5850.0540.467rs1048871011q23.2114，712，3860.0250.441rs659114711q23105，418，1940.0590.468rs105808313q32.398，836，2340.0320.464rs182138015q1337，100，6940.0420.464rs722994618q11.120，992，9990.0430.464rs995117118p11.39，739，8790.0440.474rs98549218q11.227，565，0320.0590.465rs44525120p12.115，072，9330.0410.463rs152353720q13.150，729，5690.0420.472rs256760820p11.122，965，0820.0440.475其中，上述30个信息SNP标记多重引物组中，上游引物的核苷酸序列依次如SEQIDNO.1～30所示，下游引物的核苷酸序列依次如SEQIDNO.31～60所示，单碱基延伸引物的核苷酸序列依次如SEQIDNO.61～90所示。上述30个信息SNP标记的引物组序列如表2所示。上述30个信息SNP标记的基于40个人群的数据分析并且通过严谨的试验筛选得到的，最终选择的信息SNP集具有较本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种人类亲权鉴定的核酸质谱检测信息SNP集，其特征在于，包括30个信息SNP位点，分别为：rs560681、rs7520386、rs12997453、rs6444724、rs279844、rs6811238、rs13134862、rs13182883、rs338882、rs315791、rs1358856、rs1336071、rs13218440、rs2272998、rs214955、rs2503107、rs1019029、rs10092491、rs740598、rs1410059、rs10488710、rs6591147、rs1058083、rs1821380、rs7229946、rs9951171、rs985492、rs445251、rs1523537、rs2567608。

【技术特征摘要】
1.一种人类亲权鉴定的核酸质谱检测信息SNP集，其特征在于，包括30个信息SNP位点，分别为：rs560681、rs7520386、rs12997453、rs6444724、rs279844、rs6811238、rs13134862、rs13182883、rs338882、rs315791、rs1358856、rs1336071、rs13218440、rs2272998、rs214955、rs2503107、rs1019029、rs10092491、rs740598、rs1410059、rs10488710、rs6591147、rs1058083、rs1821380、rs7229946、rs9951171、rs985...

【专利技术属性】
技术研发人员：容芬，
申请(专利权)人：良培基因生物科技武汉有限公司，
类型：发明
国别省市：湖北,42