一个与猪饲料转化率相关的SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术涉及SNP位点，具体公开了一个与猪饲料转化率相关的SNP位点(Chr4：18499116)及其应用。本发明专利技术通过测定并记录杜洛克猪的重要经济性状并计算饲料转化率，利用优化的GBS技术对3702头杜洛克猪体进行饲料转化率的GWAS研究，得到一个影响猪饲料转化率的SNP位点(Chr4：18499116)。统计该SNP位点在重测序的地方猪种(五指山猪、陆川猪、梅山猪、荣昌猪、莱芜猪、二花脸猪、河套猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中C为优势等位基因，地方猪中T为优势等位基因，为猪的标记辅助选择提供了科学依据。

【技术实现步骤摘要】
一个与猪饲料转化率相关的SNP位点及其应用
本专利技术涉及SNP位点，具体地说，涉及一个与猪饲料转化率相关的SNP位点及其应用。
技术介绍
我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中与猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)标记是第三代SNP位点，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。SNP位点辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是简化基因组测序的经典代表，是一种高效的全基因组SNP分型方法，可以从群体中直接鉴定SNP并进行分型，能以较低的成本获得几万到几十万不等的SNP分型信息，已被广泛应用于动植物的SNP位点开发、群体遗传分析、全基因组关联分析以及基因组选择育种等研究中(DeDonatoetal.，2013；Elshireetal.，2011；Heetal.，2014)。猪的饲料转化率直接与猪的生长性能相关，因此，研究猪的饲料转化率，在育种中具有重要的研究意义。若能够筛选一种与猪饲料转化率显著相关的SNP位点或SNP分子标记，则有助于为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。
技术实现思路
为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供一个与猪饲料转化率相关的SNP位点及其应用。为了实现本专利技术的目的，本专利技术的技术方案如下：一方面，本专利技术提供了一种与猪饲料转化率相关的SNP位点，该位点为基因组版本EnsemblSscrofa10.2的Chr4：18499116，该位点的等位基因为C和T，有C/C、C/T和T/T三种基因型。所述SNP位点位于SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。本专利技术通过测定并记录杜洛克猪的饲料转化率，对3757头杜洛克公猪进行GBS测序，鉴定到102,254个SNP覆盖了猪的整个基因组，严格质控后剩余66,737个用于3702头杜洛克猪纯种群体的饲料转化率的GWAS研究，即得到了一个与猪饲料转化率显著相关的SNP(Chr4：18499116)位点。统计该SNP位点在重测序的地方猪种(金华猪、五指山猪、陆川猪、梅山猪、荣昌猪、莱芜猪、二花脸猪、河套猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中C为优势等位基因，地方猪中T为优势等位基因。其中，商品猪表现为比地方猪增重快、瘦肉率高。另一方面，本专利技术提供了所述SNP位点在猪的标记辅助选择育种中的应用。所述应用具体体现为一种利用所述SNP位点对猪进行辅助育种的方法，可包括以下步骤：(1)检测样品猪在所述SNP位点的基因型；(2)选择具有优势等位基因基因型的样品猪进行优势品系的选育。作为优选，选择基因型为C/C的商品猪进行优势品系的选育。其中，所述优势品系主要表现为增重快、饲料转化率高。进一步地，所述步骤(1)可采用直接测序，或先扩增含所述SNP位点的片段再检测的方式进行，例如，设计引物，从SEQIDNo.1所示的序列中扩增出含有所述SNP位点的片段，再检测该位点上的等位基因。本专利技术还提供了所述SNP位点在鉴定商品猪/地方猪优势品系中的应用。另一方面，用于扩增含有本专利技术所述SNP位点片段的引物对也属于本专利技术的保护范围。所述引物对的作用为：从SEQIDNo.1所示的序列中扩增出含有所述SNP位点的片段。本专利技术的有益效果在于：本专利技术对猪Chr4：18499116的SNP位点进行基因分型，并对该SNP位点与猪饲料转化率进行关联分析，分析发现，SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中A为优势等位基因，地方猪中G为优势等位基因，为猪的标记辅助选择提供了科学依据。附图说明图1为猪饲料转化率GWAS结果的曼哈顿图。具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。实施例1猪饲料转化率全基因组关联分析1、试验材料以杜洛克猪纯种群体为研究对象，收集2007年8月至2016年1月出生的33,960头个体(12,987头公猪和20,973头母猪)的生产性能记录用于本专利技术。2、试验方法2.1饲料转化率测定按照以下标准FIRE全自动种猪生产性能测定站中原始数据进行质控，目的是去掉一些可能的错误记录，以免得到不实的表型记录：a.去掉测定起始日期与个体出生日期不相符的个体；b.去掉测定天数小于60天的个体；c.将单日采食量<0.5kg或者>4.5kg的记录设定为缺失值；d.将单日采食次数<2次或者>20次的记录设定为缺失值；e.将单日采食时间<5min或>2h的记录数据设定为缺失值。原始采食数据质控后，按以下公式计算饲料转化率(Feedconversionrate，FCR)：饲料转化率(FCR)＝平均日采食量(ADFI)/平均日增重(ADG)其中，公式中的平均日增重是FIRE系统中的每日体重对日龄进行稳健线性回归(Robustlinearregression)得到的(Doetal.，2014；Jiaoetal.，2014)。对所有7112头具有FIRE测定系统的记录的个体逐一进行体重对日龄的回归，回归方差的斜率即为该个体这一阶段的生长速度；为了确保日增重的可靠性，将回归拟合度(GoodnessofFit，R2)小于0.80的个体去掉，最终剩下6903头猪的料肉比数据用于后续研究。2.2基于GBS技术的猪全基因组SNP分型方法通过模拟酶切猪基因组，预测了36种常见的Ⅱ型限制性内切酶以及24种双酶切组合在猪基因组中的酶切效果；根据研究目的和群体特点，选择EcoRⅠ-MspⅠ双酶切组合用于猪的GBS建库，并对GBS实验和分析流程进行了优化，建立了基于GBS技术的猪全基因组SNP分型方法。通过对3757头杜洛克猪进行GBS测序，鉴定到的102,254个SNP覆盖了猪的整个基因组。2.3全基因组关联分析严格质控后剩余66,737个SNP用于对3702头杜洛克猪群体的30-100kg饲料转化率(FCR)进行全基因组关联分析。2.4SNP质控为了获得可靠的GWAS结果，本专利技术采用以下条件进行质控：(1)MAF≥0.05；(2)HWE≥10E-6；(3)每个SNP的两种纯合子个体数均≥30。2.5与经济性状显著相关的SNP位点基因组水平显著位点的检测，本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与猪饲料转化率相关的SNP位点，其特征在于，该位点为基因组版本Ensembl Sscrofa 10.2的Chr4：18499116，该位点的等位基因为C和T。

【技术特征摘要】
1.一种与猪饲料转化率相关的SNP位点，其特征在于，该位点为基因组版本EnsemblSscrofa10.2的Chr4：18499116，该位点的等位基因为C和T。2.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，商品猪中C为优势等位基因，地方猪中T为优势等位基因。3.根据权利要求1或2所述的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。4.权利要求1～3任一项所述的SNP位点在猪的标记辅助选择育种中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：(1)检测样品猪在所述SNP位点的基因型；(...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡晓湘，谈成，郭晓莉，吴珍芳，刘德武，李宁，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：北京,11